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Genome-wide association analysis of nine reproduction and morphological traits in three goat breeds from Southern China

  • Xiaoyan, Sun;Jing, Jiang;Gaofu, Wang;Peng, Zhou;Jie, Li;Cancan, Chen;Liangjia, Liu;Nianfu, Li;Yuanyou, Xia;Hangxing, Ren
    • Animal Bioscience
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    • 제36권2호
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    • pp.191-199
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    • 2023
  • Objective: This study aimed to investigate the significant single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genes associated with nine reproduction and morphological traits in three breed populations of Chinese goats. Methods: The genome-wide association of nine reproduction and morphological traits (litter size, nipple number, wattle, skin color, coat color, black dorsal line, beard, beard length, and hind leg hair) were analyzed in three Chinese native goat breeds (n = 336) using an Illumina Goat SNP50 Beadchip. Results: A total of 17 genome-wide or chromosome-wide significant SNPs associated with one reproduction trait (litter size) and six morphological traits (wattle, coat color, black dorsal line, beard, beard length, and hind leg hair) were identified in three Chinese native goat breeds, and the candidate genes were annotated. The significant SNPs and corresponding putative candidate genes for each trait are as follows: two SNPs located on chromosomes 6 (CSN3) and 24 (TCF4) for litter size trait; two SNPs located on chromosome 9 (KATNA1) and 1 (UBASH3A) for wattle trait; three SNPs located on chromosome 26 (SORCS3), 24 (DYM), and 20 (PDE4D) for coat color trait; two SNPs located on chromosome 18 (TCF25) and 15 (CLMP) for black dorsal line trait; four SNPs located on chromosome 8, 2 (PAX3), 5 (PIK3C2G), and 28 (PLA2G12B and OIT3) for beard trait; one SNP located on chromosome 18 (KCNG4) for beard length trait; three SNPs located on chromosome 17 (GLRB and GRIA2), 28 (PGBD5), and 4 for hind leg hair trait. In contrast, there were no SNPs identified for nipple number and skin color. Conclusion: The significant SNPs or genes identified in this study provided novel insights into the genetic mechanism underlying important reproduction and morphological traits of three local goat breeds in Southern China as well as further potential applications for breeding goats.

영화(映畵) "Emma" 이미지의 의상(衣裳) 디자인 연구(硏究) (A Study on Fashion Design of the Movie, Emma's Image - Focusing on the Jane Austen's Emma -)

  • 박상영;조규화
    • 패션비즈니스
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    • 제3권2호
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    • pp.59-66
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    • 1999
  • The purpose of this thesis is to review the costume and symbolism of the English novelist Jane Austen's novel "Emma" which was produced as a movie in 1996. The novel "Emma" 's periodical background is from 1814 to 1815 in neo-classical age of costume. The English woman's costumes in 1810 were high-waisted empire style dress and redingote, pelisse, spencer jacket for going out. Man's costumes were frock coat, tail coat, shirts, vest and bottoms were breeches, pantaloons and trousers. In this literature, Harriet's naive and immature image was shown in the name of 'pretty'. Elegant and graceful way of talking and attitude was expressed in the 'beauty' of Emma. The costume is symbolically expressing the character's personality ; white is for Emma's intelligent and elegant image, pastor Elton's black suit symbolized his profession and ambitions for success. The analysis of the costumes from the movie "Emma" is following ; women wore empire dress and outer garment, redingote and spencer jacket. The fabrics were muslin, gauze, satin, lace and velvet. Men's costume were frock coat, tail coat with the shirts, vest, and pantaloons. The fabric was brown, black and dark color of wool. With an analysis of the movie "Emma", I would like to present '99 S/S collection, targeted for 21-25 aged woman by use of Emma's elegant and Harriet's pretty image as a main subject. As a second subject, I have chosen neo romantic memory, sophisticate feminine and pretty Harriet.

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돼지 MC1R 유전자변이의 양돈산업 적용 (Commercial Application of Porcine MC1R Gene Polymorphisms to Korean Pork Industry)

  • 하유경;최정석;김상욱;최양일;이승수;최재원;전순홍;김관석
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제51권3호
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    • pp.193-200
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    • 2009
  • 본 연구는 한국재래돼지의 MC1R 유전자형을 결정하고 MC1R 유전자의 변이와 육질과의 연관성을 규명하기 위하여 실시하였다. 재래돼지의 MC1R 유전자형을 분석한 결과 중국재래돼지품종이 속하는 $E^{D1}$ 내에서도 0201형에 속하는 것으로 나타났으며 몇몇의 재래돼지에서는 $E^P$ 유전자형이 출현하였는데 이는 Berkshire 품종의 혼입으로 인한 것으로 사료된다. 흑색의 모색과 관련되어 있다고 보고된 Leu102Pro (T1132C) 변이를 재래돼지와 Yorkshire의 양방향 교배로 생산된 F2 집단의 171 두를 대상으로 분석하고 육질형질과의 연관성을 분석하였다. 모든 육질형질에 대하여 유의적인 효과를 나타내지 않았으며 이로써 돼지의 흑색모색과 육질과는 연관성이 없으며 다른 육질관련 유전자에 의해 영향을 받는다는 근거를 제공하였다. 또한 Duroc 품종에서 AA으로 고정되어 있어 다른 품종과의 구분 기준이 되는 Ala243Thr (G1554A) 변이를 이용하여 종돈검정소에서 출하된 Landrace, Yorkshire, Duroc, Berkshire 순종집단에 대한 유전자형 빈도를 조사하였으며 Berkshire를 제외한 나머지 품종에서 이형접합체가 일부 출현하였다.

한우에서 모색관련 유전자 변이에 관한 연구 (Investigation of Coat Color Candidate Genes in Korean Cattle(Hanwoo))

  • 도경탁;신희영;이종혁;김내수;박응우;윤두학;김관석
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권6호
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    • pp.711-718
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    • 2007
  • 본 연구는 한우의 모색발현에 정확히 어떤 유전자가 어떤 유전기작에 의해 관여하고 있는가를 규명하고자 황갈색의 모색을 지닌 한우와 검정모색을 지닌 홀스타인과의 교배를 통해 만든 F2집단의 DNA를 이용하여, MC1R, ASIP 및 TYRP1 유전자형과 한우모색 발현양상을 연관분석 하였으며, 또 한우 집단내에서의 이들 유전자형 빈도를 조사하여 황갈색 한우모색 다양성과 후보유전자 변이의 연관성연구에 필요한 정보를 제공하고자 하였다. MC1R 유전자의 경우 황갈색을 지닌 3두의 유전자형은 모두 e/e 형으로 밝혀졌으며, 검정모색을 지니고 태어난 나머지 3두의 두 좌위에서의 유전자형은 ED/e임을 확인하였는데 황갈색과 검정모색의 비율이 1:1로 나온다는 것은 MC1R 단일유전자가 한우의 모색에 중요한 영향을 미치는 것으로 사료된다. MC1R 이외의 모색발현에 영향을 줄 수 있는 ASIP와 TYRP1 유전자들은 F2 집단에서 염기서열을 분석한 결과 이들 유전자들이 한우 황갈색모색에 주된 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다. 하지만 TYRP1 유전자에서 발견된 329번 (Glu329Lys) 아미노산 변이는 TYRP1 단백질의 구조와 화학적 성질에 영향을 줄 수 있는 것으로 사료되어 한우집단에서 황갈색바탕의 모색변이에 영향을 줄 수 있는지에 대한 추가적인 연구가 이루어져야 할 것이다.

칡소의 MC1R의 유전자형에 따른 교배 조합이 자손의 모색과 유전자형 변이에 미치는 영향 (Effects of Genotype Mutation and Coat Color Phenotype on the Offspring from Mating System of MC1R Genotype Patterns in Korean Brindle Cattle)

  • 김상환;정경섭;이호준;백준석;정덕원;김대은;윤종택
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.215-222
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    • 2013
  • Bovine coat color is decided by the melanocortin receptor 1 (MC1R) genotype mutation and melanogenesis. Specially, in the various cattle breeds, dominant black coat color is expressed by dominant genotype of $E^D$, red or brown is expressed in the frame shift mutation of recessive homozygous e by base pair deletion and wild type of $E^+$ is expressed in various coat colors. However, not very well known about the effected of MC1R genotype mutation on the coat color through family lines in KBC. Therefore, this study were to investigate effect of MC1R genotype mutation on the coat color, and to suggest mating breed system in accordance with of MC1R genotype for increased on brindle coat color appearance. Parents (sire 2 heads and dam 3 heads) and offspring (total : 54 heads) from crossbreeding in KBC family line with the MC1R genotype and phenotype records were selected as experimental animals. The relationship between melanocortin 1 receptor (MC1R) genotypes expression verified by PCR-RFLP, and brindle coat color appearance to the family line of the cross mating breed from MC1R genotype pattern was determined. As a result, 4MC1R genetic variations, $E^+/E^+$ (sire 1), $E^+/e$ (sire 2 and dam 3), $E^+/e$ with 4 bands of 174, 207 and 328 bp (dam 1) and $E^+/e$ with 3 bands of 174, 207, 328 and 535 bp (dam 2) from parents (sire and dam) of KBC. However, 3 genetic variations, e/e (24%), $E^+/E^+$ (22%) and $E^+/e$ (56%) were identified in offspring. Also, brindle coat color expressrated was the e/e with the 0%, $E^+/E^+$ with 67% and $E^+/e$ with 77% from MC1R genotype in offspring on the cross mating of KBC. Furthermore, when the sire had $E^+/e$ genotype and the dam had $E^+/E^+$ with the 3 bands or $E^+/e$ genotype, and both had whole body-brindle coat color, 62% of the offspring had whole body-brindle coat color. Therefore, the seresults, the mating system from MC1R genotype patterns of the sires ($E^+/e$) and dams ($E^+/E^+$ with the 3 bands or $E^+/e$) with brindle coat color may have the highest whole body-brindle coat color expression in their offspring.

한우와 제주흑우, 홀스타인에서 MC1R 유전자형에 따른 melanin 생합성 유전자들의 발현수준과 모색 출현양상의 관계 (Relation of Expression Levels of Melanin Synthesis Genes according to the MC1R Genotypes with the Coat Color Patterns in Hanwoo, Jeju Black Cattle and Holstein)

  • 이성수;양영훈;조인철;김남영;고문석;정하연;한상현
    • 생명과학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.384-389
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    • 2009
  • 본 연구는 한우, 제주흑우, Holstein에서 모색 발현 양상과 MC1R 유전자형의 분포에 따라 melanin 합성에 핵심적인 과정에 참여하는 3 가지 유전자(TYR, TYRP1, DCT) 유전자들의 발현 수준의 상호 연관관계를 구명하기 위하여 수행되었다. 반정량 Real-time RT-PCR 분석을 통하여, 세 가지 유전자의 발현 수준을 MC1R 유전자형이 e/e인 한우의 황갈색 부위, $E^+/E^+$인 제주흑우의 야생형 흑색 부위, $E^D/E^D$인 Holstein의 우성 흑반과 백반부로 대표되는 4 종류의 피부 조직에서 분석하였다. TYR, TYRP1, DCT 유전자 모두 Holstein의 흑반 부위에서 제주흑우의 흑색 부위에 비해 각각 4.5 배, 2.3 배, 2.5 배 이상의 유전자 발현 수준을 나타내었다(p<0.001). 또한, 제주 흑우의 이들 3 가지 유전자들의 발현 수준은 한우에 비해 유의적으로 높은 수준을 나타내었다(p<0.001). 이러한 결과들은 한우와 제주흑우, Holstein의 흑색 부위의 모색 발현 양상들이 이들 3 가지 melanin 생합성 유전자들의 전사 수준과 직접적인 연관이 있는 것으로 사료되며, 이는 한우 e/e, 제주흑우 $E^+/E^+$ Holstein의 $E^D/E^D$ 등 서로 상이한 MC1R 유전자형의 관여가 반영된 결과로 추정되었다. 결론적으로 본 연구는 MC1R 단백질의 상태가 TYR과 일련의 melanin 합성 주관 유전자들의 전사활성을 유도할 뿐만 아니라 소의 피부에서 총 melanin 함량의 수준을 결정함을 제시하고 있다.

소의 모발 멜라닌 색소 함량의 품종별 비교 분석 (Comparative Analysis of Melanin Contents in Hairs among Cattle Breeds)

  • 이성수;강승률;한상현;조인철;신광윤;조용일;강태영;고문석;양영훈
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권1호
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    • pp.147-154
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    • 2007
  • 한우와 제주흑우의 모색 특성과 양적 수치화를 위하여 분광광도법적 분석을 수행하였다. 분석 결과 제주흑우의 총 melanin 함량은 같은 흑색 품종인 Holstein과 Angus에 비해 유의적으로 낮았고 한우나 적색 품종 보다는 높은 수준을 보였다(P<0.001). 한우의 총 melanin 함량은 적색 품종에 비해 유의적으로 낮았고 한우×Charolais 교잡종에 비해 높았다(P<0.001). 전체 melanin 중 eumelanin, pheomelanin의 상대적 수준을 분석한 결과 Angus, 제주흑우, Red Holstein과 한우 각각 0.382, 0.359, 0.112와 0.124 이었다. 품종별 모발 melanin 색소 함량 분석결과는 분광광도법적 분석이 소 품종별 모색의 양적 수치화 및 특성 비교에 이용 가능하고 한우와 제주흑우의 주요 모색 관련 유전자 연구의 기초 자료로 유용함을 보여주고 있다.

검정콩 함유 안토시아닌의 동시분석을 위한 최적 HPLC 분석 조건 (Optimal HPLC Condition for Simultaneous Determination of Anthocyanins in Black Soybean Seed Coats)

  • 정명근
    • 한국작물학회지
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    • 제53권4호
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    • pp.359-368
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    • 2008
  • 검정콩 품질평가의 한 기준이 되는 안토시아닌의 함량평가를 위한 분석기술 개발의 일환으로 검정콩 종피 함유 안토시아닌의 최적 HPLC 분석조건을 확립하여 검정콩 함유 안토시아닌의 작물학적 연구와 검정콩 함유 안토시아닌의 이용도 증진 및 상업적 활용에 기초 자료를 제공하고자, 검정콩에 함유된 3종의 안토시아닌 성분을 동시에 분석할 수 있고, 재현성 및 검출 감도가 증진된 최적의 HPLC 분석 조건을 검토한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 검정콩에 함유된 3종의 안토시아닌 D3G, C3G 및 Pt3G를 동시에 분석할 수 있는 최적의 HPLC 분석 조건을 검토한 결과 컬럼은 YMC-pak ODS-AM 303($4.6{\times}250\;mm$, $5\;{\mu}m$) 컬럼을 이용하고, 검출파장은 520 nm, 컬럼온도를 $30^{\circ}C$, 분당유속은 0.7 mL, 이동상 용매로는 A용매로 5% 포믹산 - 증류수, B용매로 5% 포믹산 - 아세토니트릴을 사용하여 농도구배 조건으로 분석하는 것이 가장 분리능이 향상된 효율적 분석법으로 조사되었다. 2. 검정콩에 함유된 3종의 안토시아닌 D3G, C3G 및 Pt3G를 동시에 분석할 수 있는 최적 HPLC 분석 조건의 재현성 검정을 실시한 결과 머무름시간(Rt.)의 변이계수는 최대 1.24%, peak height의 변이계수는 최대 2.04%, peak area의 변이계수는 최대 0.21% 미만을 나타내므로 확립된 검정콩 함유 안토시아닌 동시분석을 위한 최적 HPLC 분석 조건은 극히 높은 분석 재현성을 나타내었다. 3. 확립된 최적 HPLC 분석조건의 최소 검출한계(LOD, Limit of Detection)를 평가하기 위해 검출기의 signal/noise ratio = 3인 조건에서 최소 검출한계를 조사한 결과 3종의 검정콩 종피 함유 안토시아닌 색소의 최소 검출한계는 최소 10 ppb(0.01 ppm, 10 ng/mL) 이하에서도 완벽하게 검출되는 양상을 나타내므로 확립된 최적의 HPLC 분석조건은 검정콩 함유 안토시아닌의 작물학적 특성 평가용으로 활용하기에 전혀 무리가 없는 분석법으로 조사되었다.

빠른 속도의 우주먼지 모사를 위한 레이저기반의 입자가속에 관한 실험적 연구 (Experimental Study on Laser-driven Miniflyer for Description of Space Debris with High-speed)

  • 백원계;여재익
    • 한국항공우주학회지
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    • 제41권2호
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    • pp.120-126
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    • 2013
  • 현재 자연적 또는 인공적으로 늘어난 지구 주위의 수많은 미세 입자들은 인공위성에 위협이 되고 있으며 인공위성과 우주 먼지간의 충돌 속도는 수 km/s에 이른다. 본 연구에서는 이러한 우주 먼지를 모사하기 위하여 작은 금속판을 레이저를 이용하여 가속하였다. 기존 연구에서는 다중코팅을 이용하여 속도 효율을 향상시켰으나 코팅하는데 시간과 비용이 많이 드는 단점이 있었다. 본 연구에서는 그러한 다중코팅 대신 단순한 검은색 페인트를 이용하여 코팅을 하지 않았을 때보다 1.5~2배 정도의 속도향상을 보였으며 Nd:YAG 레이저를 이용하여 1.4J이하에서 최대 1.42km/s의 속도를 얻었다. 이 속도는 정지궤도에서의 인공위성과 우주먼지 충돌을 모사하는데 적합하다.

칡소 씨수소의 MC1R 유전자형과 자손의 모색 발현 (Sires' MC1R Genotypes and Coat Color of the Offspring of the Chikso (Korean Brindle Cattle))

  • 박재희;이창우;이해이;최재원;최연호;권아남;지연희;김종국
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.21-27
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    • 2014
  • The objective of this study was to determine the effect of the MC1R genotypes of the Chikso (Korean brindle cattle) sires on the coat colors of their offspring. In this study, 15 Chikso sires with known MC1R genotypes were used for breeding in the Gangwon Province Livestock Research Center, the Chungbuk Institute of Livestock and Veterinary Research, and the Livestock Experiment Station, Jeonbuk Institute of Livestock and Veterinary Research from either 2011 or 2012 to 2013. There were 6 sires with $E^+E^+$ genotypes and 9 sires with $E^+e$ genotypes, and their coat colors were all whole brindle (more than 50 of the body). Among the 90 calves produced in 2011~2013 or 2012~2013 from the 15 sires, 50 (55.6%) of them were females and 40 (44.4%) of them were males. Coat colors of the offspring were determined when they reached over 6 months of age. Calves with whole brindle, part brindle, brown and black coat colors were 42 (48.3%), 11 (12.6%), 18 (20.7%) and 16 (18.4%), respectively. Ratio of calves with whole brindle coat color was higher than any other coat colors. Among the offspring with whole brindle color, 20 (41.7%) calves were female and 22 (51.3%) calves were male. By determining the MC1R genotypes of the dams and calves in this study along the family lines, and investigating other genes that may be involved in the coat colors of the Chikso, better breeding system may be established to increase the brindle coat color appearance in the future.