• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제46권5호
• /
• pp.841-848
• /
• 2004

살균된 우유에 오염된 Salmonella의 신속한 검출 방법을 공중 보건의 보호를 위하여 중요하다. RT-PCR 방법은 생균과 사균을 분별하여 검출할 수 있는 분자유전학적 방법이다. 본 연구의 RT-PCR 방법은 Salmonella의 type 1 fImbriae의 단량체 단백질을 암호화하는 fimA 유전자의 mRNA를 주형으로 하여 DNA를 증폭하는 방법으로서 활력이 있는 Salmonella를 검출할수 있기 위하여 개발되었다. RNA 시료를 RQRNase-free DNase로 처리하여 오염된 DNA를 파괴하여 RT-PCR 반응에서 주형으로서 DNA가 합성되는 것을 방지할 수 있었다. 이 RT-PCR 방법은 Salmonella 7균주를 검출하였으나 Escherichia coli, Shigella sonnei, Citrobacter freundii, 및 Klebsiella pneumoniae 는 검출하지 않았다. 우유 내에서 열처리된 $10^7/ml과 10^6/ml$ 세균수의 Salmonella는 검출되 었으나 $10^5{\sim}100/ml$는 검출되지 않았다. RT-PCR를 검출할 수 있는 활력이 있는 Salmonella의 최소 세균수는 100/ml이었다.

• 한국동물위생학회지
• /
• 제41권1호
• /
• pp.29-39
• /
• 2018

In this study, we developed a sensitive and specific reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for rapid visual detection of foot-and-mouth disease virus (FMDV) circulated in Korea. The RT-LAMP was completed in 40 min at $62^{\circ}C$ and the results of the assay were directly detected by naked eye without any detection process. The assay specifically amplified all 7 serotypes of FMDV RNAs but not amplified other viral and cellular nucleic acids. The sensitivity of the RT-LAMP was $10^2$, $10^3$ and $10^3TCID_{50}/mL$ for serotype O, A and Asia 1 FMDV, respectively, which was comparable to conventional reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and relatively lower than that of real time quantitative RT-PCR (qRT-PCR). Clinical evaluation of the RT-LAMP using different serotypes of Korean and foreign FMDV strains showed a 100% (35/35) agreement with the results of the RT-PCR and qRT-PCR. These results indicated that RT-LAMP assay developed in this study could be a valuable diagnostic method for FMDV monitoring and surveillance.

• 식물병연구
• /
• 제27권3호
• /
• pp.120-127
• /
• 2021

식물 바이러스는 작물 수확량에 상당한 손실을 일으키고 작물 생산을 지속적으로 위협하여 세계 식량 안보에 심각한 위협이 된다. 그 중 tomato spotted wilt virus (TSWV)는 주로 원예작물을 감염시키는 가장 위협적인 식물 바이러스로 넓은 기주 범위를 가진다. Reverse-transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR)은 TSWV의 민감한 검출을 위해 널리 사용되고 있지만 표준화의 어려움으로 인해 유용성이 감소한다. 따라서 본 연구에서는 TSWV 검출을 위해 민감하고 정확한 reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction (RT-ddPCR)을 확립하였다. TSWV 검출에 대한 RT-qPCR 및 RT-ddPCR의 민감도를 비교하였고, TSWV에 대한 RT-ddPCR의 특이성 분석은 고추에서 주로 발생하는 바이러스 및 음성 대조군에서 특이성을 확인한 결과 증폭되지 않았다. RT-ddPCR 및 RTqPCR에 의해 측정된 TSWV의 선형회귀곡선은 모두 높은 선형성을 나타냈지만, RT-ddPCR 분석이 10배 이상 더 민감하고 더 낮은 TSWV의 copy 수를 검출할 수 있었다. 종합적으로, 우리의 연구 결과는 RT-ddPCR이 TSWV 검출에 대해 높은 민감도와 특이성을 제공하고 낮은 농도의 현장 시료에서 TSWV 검출하는 데 적합하다는 것을 보여준다.

• 생명과학회지
• /
• 제31권6호
• /
• pp.574-580
• /
• 2021

본 연구는 강원도지역에서 분리된 전염성조혈기괴사증 바이러스(Infectious Hematopoietic Necrosis Virus: IHNV) 변이주들의 유전자형에 따른 병원성의 분석에 대한 연구이다. JRt-Shizuoka linage와 JRt-Nagano lineage에 속하는 IHNV 변이주들을 무지개송어 치어에 실험적으로 감염시켜 각 변이주들에 감염된 무지개송어의 폐사율을 비교하고, 병리조직을 관찰하며, 혈청형을 분석하였다. 그 분석의 결과, 고역가로 접종하였을 때 Sizuoka linage에 속하는 RtPc0314c와 RtPc0314g 변이주와 JRt-Nagano lineage에 속하는 RtPc0816g 변이주 모두 100% 누적 폐사율을 보였고, JRt-Shizuoka linage에 속하는 RtPc0314c와 RtPc0314g 변이주에 감염된 무지개송어에서 더 빠른 폐사가 관찰되었다. 저역가로 접종하였을 때에는 실험종료시까지 100% 폐사율을 보이지 않았지만, JRt-Nagano lineage에 속하는 변이주 보다 JRt-Shizuoka linage에 속하는 변이주에 감염된 무지개송어에서 더 높은 폐사율을 보였다. 또한 병리조직 분석 결과 RtPc0314c와 RtPc0314g 변이주에 감염된 무지개 송어의 신장과 비장 조직에서는 감염 증상이 확인되었지만, RtPc0816g 변이주에 감염된 무지개송어에서는 감염 증상이 확인되지 않았다. 하지만 이들 변이주들간의 구조 단백질, 혈청형에서는 차이가 없었다. 이러한 결과로 볼 때 강원도 지역에서 분리된 IHNV는 비록 구조 단백질과 혈청형의 차이는 나타나지 않았지만, JRt-Shizuoka lineage에 속하는 변이주들의 병원성이 더 높음을 확인할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제30권3호
• /
• pp.459-468
• /
• 2020

This study established a new polymerase spiral reaction (PSR) that combines with reverse transcription reactions for HCV detection targeting 5'UTR gene. To avoid cross-contamination of aerosols, an isothermal amplification tube (IAT), as a separate containment control, was used to judge the result. After optimizing the RT-PSR reaction system, its effectiveness and specificity were tested against 15 different virus strains which included 8 that were HCV positive and 7 as non-HCV controls. The results showed that the RT-PSR assay effectively detected all 8 HCV strains, and no false positives were found among the 7 non-HCV strains. The detection limit of our RT-PSR assay is comparable to the real-time RT-PCR, but is more sensitive than the RT-LAMP. The established RT-PSR assay was further evaluated for detection of HCV in clinical blood samples, and the resulting 80.25% detection rate demonstrated better or similar effectiveness compared to the RT-LAMP (79.63%) and real-time RT-PCR (80.25%). Overall, the results showed that the RT-PSR assay offers high specificity and sensitivity for HCV detection with great potential for screening HCV in clinical blood samples.

• 환경생물
• /
• 제22권2호
• /
• pp.329-335
• /
• 2004

To develop a biomarker for the monitoring of the contamination of estrogenic endocrine disrupters in the aquatic environment, reverse transcription -polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of vitellogenin (Vg) mRNA expression was optimized in Bombina orientalis, a Korean red bellied toad species. Based on partial cDNA sequences of both Vg and beta actin genes of B. orientalis, specific primers for RT-PCR of Vg and beta actin mRNAs were developed. Semiquantitative RT-PCR of the Vg mRNA in liver was optimized using a beta actin mRNA as an internal control in both sexes. In female RT-PCR using $1\;\mu{g}$ of the liver cDNA resulted in a linear increment in the PCR product of Vg from 18 to 34 cycles of amplification. In male, on the contrary, the RT- PCR product was first detected at 30 cycles of amplification and a linear increment was observed from 30 to 40 cycles of amplification, suggesting that male B. orientalis expresses minute amount of Vg mRNA which is a $2^{-12}$ equivalent of female. In conclusion, the optimized protocol for semiquantitative RT-PCR analysis of Vg mRNA level in B. orientalis male liver will be useful for the environmental monitoring the xenoestrogen contamination in the freshwater environment in Korea.

• 식물병연구
• /
• 제16권2호
• /
• pp.121-124
• /
• 2010

박과작물에 발생하는 종자전염 바이러스 3종(CGMMV, KGMMV, ZGMMV)에 대한 검출을 위해 IC-RT-PCR의 적용 가능성을 시험하였다. IC-RT-PCR을 이용하여 감염 종자와 잎으로 부터 바이러스의 특이적인 검출이 가능하였으며, 검출 민감도는 ELISA 보다 100배 이상 높았다. 또한 반응을 마친 ELISA 마이크로플레이트에 남아있는 항원을 IC-RT-PCR의 template로 사용할 경우 ELISA 결과를 곧바로 확인할 수 있었다. 따라서 IC-RT-PCR에 의한 본 검정방법은 박과작물의 대규모 포장검사 및 종자검사에 편리하게 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국지능시스템학회논문지
• /
• 제19권6호
• /
• pp.860-864
• /
• 2009

본 논문에서는 고속의 이더넷 네트워크 기술을 이용한 하드웨어 통합 기술과 RT 미들웨어를 이용한 소프트웨어 통합 기술을 적용한 친환경 스마트 가전 기기들을 효과적으로 통합하고 운용하는 기술 방법에 대하여 제시한다. 또한 고속 이더넷을 이용한 분산 하드웨어 장치들의 통합 및 RT 미들웨어 기술을 이용한 소프트웨어 통합 기술을 기술하고, 고속 이더넷 기술과 RT 미들웨어 기술을 적용한 친환경 스마트 홈 가전기기의 통합 관리 시스템을 구현한다.

• 한국통신학회논문지
• /
• 제28권3B호
• /
• pp.191-199
• /
• 2003

본 논문에서는 무선 ATM망에서 rt_VBR 서비스와 ABR 서비스를 위한 채널 접속제어 알고리즘과 동적 슬롯할당 알고리즘을 제안한다. 제안된 방식에서 실시간 서비스를 요구하는 rt_VBR 단말기는 RAS 미니슬롯을 통하여 예약요청을 하고, 예약에 성공한 단말기는 DPS 미니슬롯을 통하여 경쟁 없이 동적 매개변수를 전송한다. 반면, 비실시간성의 버스트 트래픽을 위한 ABR 단말기는 트래픽 버스트가 발생할 때마다 RAS 미니슬롯을 통하여 경쟁 기반으로 슬롯을 요청한다. 기지국의 스케줄러는 예약에 성공한 rt_VBR 단말기에게 예약요청 시 전송한 요청 슬롯 수와 잔여수명을 기반으로 상향 데이터 슬롯을 할당함과 동시에 DPS 미니슬롯도 할당한다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
• /
• 제23권6호
• /
• pp.139-143
• /
• 2023

본 논문에서는 CT영상을 구성하는 RT 알고리즘에 비해 원추형 CB-CT 시스템에서 이용할 수 있는 TPSM 알고리즘을 적용하여 기존의 RT보다 빠르게 3D CT 영상 구성을 할 수 있도록 하였으며 두 개의 알고리즘에 대한 영상속도를 비교분석 하였다. 이를 위하여 원추형 CB-CT 시스템에서 이용할 수 있는 TPSM 알고리즘을 적용하여 3D CT 영상구성에 있어서 실시간 처리가 가능하도록 하였다. 실험결과 TPSM을 이용하여 구성된 단면 영상은 중심점에서 멀어질수록 빈 화소에 의해 영상의 질이 미소하게 감소하지만 TPSM 회전 기반법의 경우에서 영상 구성 속도는 RT알고리즘보다 월등하게 우수하다는 것을 알 수 있었다.