Lipocalins are diverse group of small extracellular proteins found in various organisms. In this study, members of 10 non-homologous lipocalin-ligand crystal complex structures were remodeled using rigid and flexible ligand modes to validate the prediction efficiency of molecular docking simulation. The modeled ligand conformations indicated a high prediction accuracy in rigid ligand mode using cluster based analysis for most cases whereas the flexible ligand mode required further considerations such as ligand binding energy and RMSD for some cases. This in silico study is expected to serve as a platform in the screening of novel ligands against lipocalin family of proteins.
Natural wild-type strains of Bacillus subtilis are extensively used in agriculture as biocontrol agents for plants. This study examined two antagonist B. subtilis strains, KB-1111 and KB-1122, and the results illustrated that KB-1122 was a more potent inhibitor of the indicator pathogen than KB-1111. Thus, to investigate the intrinsic differences between the two antagonist strains under normal culture conditions, samples of KB-1111 and KB-1122 were analyzed using MALDI-TOF-MS. The main differences were related to 20 abundant intracellular and 17 extracellular proteins. When searching the NCBI database, a number of the differentially expressed proteins were identified, including 11 cellular proteins and 10 secretory proteins. Among these proteins, class III stress-response-related ATPase, aconitate hydratase, alpha-amylase precursor, and a secretory protein, endo-l, 4-beta-glucanase, were differentially expressed by the two strains. These results are useful to comprehend the intrinsic differences between the antagonism of KB-1111 and KB-1122.
Skeletal muscle contracts or relaxes to maintain the body position and locomotion. For the contraction and relaxation of skeletal muscle, $Ca^{2+}$ in the cytosol of skeletal muscle fibers acts as a switch to turn on and off a series of contractile proteins. The cytosolic $Ca^{2+}$ level in skeletal muscle fibers is governed mainly by movements of $Ca^{2+}$ between the cytosol and the sarcoplasmic reticulum (SR). Store-operated $Ca^{2+}$ entry (SOCE), a $Ca^{2+}$ entryway from the extracellular space to the cytosol, has gained a significant amount of attention from muscle physiologists. Orai1 and stromal interaction molecule 1 (STIM1) are the main protein identities of SOCE. This mini-review focuses on the roles of STIM proteins and SOCE in the physiological and pathophysiological functions of skeletal muscle and in their correlations with recently identified proteins, as well as historical proteins that are known to mediate skeletal muscle function.
During long standing hyperglycaemic state in diabetes mellitus, glucose forms covalent adducts with the plasma proteins through a non-enzymatic process known as glycation. Protein glycation and formation of advanced glycation end products (AGEs) play an important role in the pathogenesis of diabetic complications like retinopathy, nephropathy, neuropathy, cardiomyopathy along with some other diseases such as rheumatoid arthritis, osteoporosis and aging. Glycation of proteins interferes with their normal functions by disrupting molecular conformation, altering enzymatic activity, and interfering with receptor functioning. AGEs form intra- and extracellular cross linking not only with proteins, but with some other endogenous key molecules including lipids and nucleic acids to contribute in the development of diabetic complications. Recent studies suggest that AGEs interact with plasma membrane localized receptors for AGEs (RAGE) to alter intracellular signaling, gene expression, release of pro-inflammatory molecules and free radicals. The present review discusses the glycation of plasma proteins such as albumin, fibrinogen, globulins and collagen to form different types of AGEs. Furthermore, the role of AGEs in the pathogenesis of diabetic complications including retinopathy, cataract, neuropathy, nephropathy and cardiomyopathy is also discussed.
Foodborne contamination and salmonellosis caused by Salmonella Enteritidis (S. Enteritidis) are a significant threat to human health and poultry enterprises. Outer membrane vesicles (OMVs), which are naturally secreted by gram-negative bacteria, could be a good vaccine option because they have many biologically active substances, including lipopolysaccharides (LPS), outer membrane proteins (OMPs), and phospholipids, as well as periplasmic components. In the present study, we purified OMVs derived from S. Enteritidis and analyzed their characteristics through silver staining and sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis. In total, 108 proteins were identified in S. Enteritidis OMVs through liquid chromatography tandem mass spectrometry analysis, and OMPs, periplasmic proteins, and extracellular proteins (49.9% of total proteins) were found to be enriched in the OMVs compared with bacterial cells. Furthermore, native OMVs used in immunizations by either the intranasal route or the intraperitoneal route could elicit significant humoral and mucosal immune responses and provide strong protective efficiency against a lethal dose (~100-fold $LD_{50}$) of the wild-type S. Enteritidis infection. These results indicated that S. Enteritidis OMVs might be an ideal vaccine strategy for preventing S. Enteritidis diseases.
Among the effector molecules connected with the group of cell surface receptors, Ras proteins have essential roles in transducing extracellular signals to diverse intracellular events, by controlling the activities of multiple signaling pathways. For over 20 years since the discovery of Ras proteins, an enormous amount of knowledge has been accumulated as to how the proteins function in overlapping or distinct fashions. The signaling networks they regulate are very complex due to their multiple functions and cross-talks. Much attention has been paid to the pathological role of Ras in tumorigenesis. In particular, human tumors very frequently express Ras proteins constitutively activated by point mutations. Up to date, three members of the Ras family have been identified, namely H-Ras, K-Ras (A and B), and N-Ras. Although these Ras isoforms function in similar ways, many evidences also support the distinct molecular function of each Ras protein. This review summarizes differential functions of Ras and highlights the current view of the distinct signaling network regulated by each Ras for its contribution to the malignant phenotypic conversion of breast epithelial cells. Four issues are addressed in this review: (1) Ras proteins, (2) membrane localization of Ras, (3) effector molecules downstream of Ras, (4) Ras signaling in invasion. In spite of the accumulation of information on the differential functions of Ras, much more remains to be elucidated to understand the Ras-mediated molecular events of malignant phenotypic conversion of cells in a greater detail.
Kim, Soo-Min;Noh, Bong-Soo;Kim, Hae-Yeong;Park, Se-Jin;Ji, Geun-Eog
Food Science and Biotechnology
/
제14권3호
/
pp.410-412
/
2005
Vibrio parahaemolyticus is a gram-negative bacterium which acts as a causative agent for food poisoning. Studies with respect to specific extracellular proteins of V. parahaemolyticus would be useful for the development of specific detection methods against V. parahaemolyticus. In our present study, outer membrane proteins (OMPs) of V. parahaemolyticus were obtained from insoluble traction of 1% sarkosyl treated-cell wall materials. SDS-PAGE analysis showed the presence of several conserved outer membrane proteins among five strains of V. parahaemolyticus, and three bands were identified as V. parahaemolyticus OMPs through MALDI-TOF analysis. Polyclonal antibodies enriched with anti-OmpU were obtained from immunized rabbits. The antibodies against these proteins may be useful for the development of detection methods for V. parahaemolyticus.
Aspergillus niger has been used as a host to express many heterologous proteins. It has been known that the presence of an- abundant protease is a limiting factor to express a heterologous protein. The protease deficient mutant of A. niger was obtained using UV-irradiation. A total of $1{\times}10^5$ spores were irradiated with $10{\sim}20%$ survival dose of UV, 600 $J/m^2$ at 280 nm, and the resulting spores were screened on the casein-gelatin plates. Ten putative protease deficient mutants showing the reduced halo area around colonies were further analyzed to differentiate the protease deficient mutant from other mutant types. Among ten putative mutants, seven mutants showed significant growth defect on nutrient rich medium and two mutants appeared to be the secretory mutants, which resulted in the impaired secretion of extracellular proteins including proteases. A mutant $pro^--20$ showed reduced halo zone without any notable changes in growth rate. In addition, the starchdegrading and glucose oxidase activities in the culture filtrate of $pro^--20$ mutant showed the similar range as that of the parental strain, which suggested that the $pro^--20$ mutant ought to be the protease deficient mutant rather than a secretory mutant. The reduced proteolytic activity of the $pro^--20$ was demonstrated using SDS-fibrin zymography gel. The reduced extracellular proteolysis was quantified by casein degradation assay and, comparing with the parental strain, less than 30% residual extracellular protease activity was detected in the culture filtrate of the $pro^--20$ mutant. The bio-activity of an exogenously supplemented hGM-CSF(human Granulocyte-Macrophage Colony Stimulating Factor) in the culture filtrate of $pro^--20$ mutant was detected until eight times more diluted preparations than that of the parental strain.
Previous studies have shown that transforming growth factor beta ($TGF-{\beta}$) is a potent regulator of cell growth and differentiation. To study the effects of $TGF-{\beta}$ on cell morphology and cytoskeleton reorganization, we conducted a survey using Mv1Lu mink lung epithelial cells with antibodies to cytoskeletal proteins and an extracellular matrix protein. While the untreated cells showed a cuboidal shape of typical epithelia, the Mv1Lu cells displayed a drastic shape change in the presence of $TGF-{\beta}$. This alteration was most prominent when near-confluent cells were treated with $TGF-{\beta}$. Since the morphology alteration is known to be accompanied by the reorganization of cytoskeletal proteins in other cell types, we investigated the intracellular distribution of the three major cytoskeletal structures: microfilaments, microtubules, and intermediate filaments. In the microfilament system, $TGF-{\beta}$ induced new stress fiber formation, which was caused primarily by the polymerization of cytoplasmic G-actin. However, $TGF-{\beta}$ appeared not to induce any significant changes in microtubular structures and vimentin filaments as determined by indirect fluorescence microscopy. Finally we confirmed the rapid accumulation of fibronectin by immunoblot analysis and chased the protein locations by immunofluorescence microscopy.
Kim, Dong Yeol;Kim, Han Rae;Kim, Kwang Kon;Park, Jeong Woo;Lee, Byung Ju
Molecules and Cells
/
제38권2호
/
pp.145-150
/
2015
Continuous intra- and extracellular stresses induce disorder of $Ca^{2+}$ homeostasis and accumulation of unfolded protein in the endoplasmic reticulum (ER), which results in ER stress. Severe long-term ER stress triggers apoptosis signaling pathways, resulting in cell death. Neural epidermal growth factor-like like protein 2 (NELL2) has been reported to be important in protection of cells from cell death-inducing environments. In this study, we investigated the cytoprotective effect of NELL2 in the context of ER stress induced by thapsigargin, a strong ER stress inducer, in Cos7 cells. Overexpression of NELL2 prevented ER stress-mediated apoptosis by decreasing expression of ER stress-induced C/EBP homologous protein (CHOP) and increasing ER chaperones. In this context, expression of anti-apoptotic Bcl-xL was increased by NELL2, whereas NELL2 decreased expression of pro-apoptotic proteins, such as cleaved caspases 3 and 7. This anti-apoptotic effect of NELL2 is likely mediated by extracellular signal-regulated kinase (ERK) signaling, because its inhibitor, U0126, inhibited effects of NELL2 on the expression of anti- and pro-apoptotic proteins and on the protection from ER stress-induced cell death.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.