• 제목/요약/키워드: Database model

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Proteomic Analysis and the Antimetastatic Effect of N-(4methyl)phenyl-O-(4-methoxy) phenyl-thionocarbamate-Induced Apoptosis in Human Melanoma SK-MEL-28 cells

  • Choi Su-La;Choi Yun-Sil;Kim Young-Kwan;Sung Nack-Do;Kho Chang-Won;Park Byong-Chul;Kim Eun-Mi;Lee Jung-Hyung;Kim Kyung-Mee;Kim Min-Yung;Myung Pyung-Keun
    • Archives of Pharmacal Research
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    • 제29권3호
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    • pp.224-234
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    • 2006
  • We employed human SK-MEL-28 cells as a model system to identify cellular proteins that accompany N-(4-methyl)phenyl-O-(4-methoxy)phenyl-thionocarbamate (MMTC)-induced apoptosis based on a proteomic approach. Cell viability tests revealed that SK-MEL-28 skin cancer cells underwent more cell death than normal HaCaT cells in a dose-dependent manner after treatment with MMTC. Two-dimensional electrophoresis in conjunction with matrixassisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry analysis or computer matching with a protein database further revealed that the MMTC-induced apoptosis is accompanied by increased levels of caspase-1, checkpoint suppressor-1, caspase-4, NF-kB inhibitor, AP-2, c-Jun-N-terminal kinase, melanoma inhibitor, granzyme K, G1/S specific cyclin D3, cystein rich protein, Ras-related protein Rab-37 or Ras-related protein Rab-13, and reduced levels of EMS (oncogene), ATP synthase, tyrosine-phosphatase, Cdc25c, 14-3-3 protein or specific structure of nuclear receptor. The migration suppressing effect of MMTC on SK-MEL-28 cell was tested. MMTC suppressed the metastasis of SK-MEL-8 cells. It was also identified that MMTC had little angiogenic effect because it did not suppress the proliferation of HUVEC cell line. These results suggest that MMTC is a novel chemotherapeutic and metastatic agents against the SK-MEL-28 human melanoma cell line.

Genome-wide survey and expression analysis of F-box genes in wheat

  • Kim, Dae Yeon;Hong, Min Jeong;Seo, Yong Weon
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.141-141
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    • 2017
  • The ubiquitin-proteasome pathway is the major regulatory mechanism in a number of cellular processes for selective degradation of proteins and involves three steps: (1) ATP dependent activation of ubiquitin by E1 enzyme, (2) transfer of activated ubiquitin to E2 and (3) transfer of ubiquitin to the protein to be degraded by E3 complex. F-box proteins are subunit of SCF complex and involved in specificity for a target substrate to be degraded. F-box proteins regulate many important biological processes such as embryogenesis, floral development, plant growth and development, biotic and abiotic stress, hormonal responses and senescence. However, little is known about the F-box genes in wheat. The draft genome sequence of wheat (IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly) used to analysis a genome-wide survey of the F-box gene family in wheat. The Hidden Markov Model (HMM) profiles of F-box (PF00646), F-box-like (PF12937), F-box-like 2 (PF13013), FBA (PF04300), FBA_1 (PF07734), FBA_2 (PF07735), FBA_3 (PF08268) and FBD (PF08387) domains were downloaded from Pfam database were searched against IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly. RNA-seq paired-end libraries from different stages of wheat, such as stages of seedling, tillering, booting, day after flowering (DAF) 1, DAF 10, DAF 20, and DAF 30 were conducted and sequenced by Illumina HiSeq2000 for expression analysis of F-box protein genes. Basic analysis including Hisat, HTseq, DEseq, gene ontology analysis and KEGG mapping were conducted for differentially expressed gene analysis and their annotation mappings of DEGs from various stages. About 950 F-box domain proteins identified by Pfam were mapped to wheat reference genome sequence by blastX (e-value < 0.05). Among them, more than 140 putative F-box protein genes were selected by fold changes cut-offs of > 2, significance p-value < 0.01, and FDR<0.01. Expression profiling of selected F-box protein genes were shown by heatmap analysis, and average linkage and squared Euclidean distance of putative 144 F-box protein genes by expression patterns were calculated for clustering analysis. This work may provide valuable and basic information for further investigation of protein degradation mechanism by ubiquitin proteasome system using F-box proteins during wheat development stages.

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한국 노인의 자연치아 수와 영양소 섭취상태와의 관련성 -2007~2009년 국민건강영양조사 자료에 근거하여- (The relationship between the numbers of natural teeth and nutritional status of elderly in Korea -based on 2007~2009 national health and nutrition survey data-)

  • 신보미;배수명;류다영;최용금
    • 한국치위생학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.521-531
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    • 2012
  • Objectives : The aim of this study was to evaluate the relation between the state of dental health(number of natural teeth) and nutritional status of Korean elderly using Korean Dietary Reference Intakes, which was an objective standard for nutritional intake based on database of Korea National Health and Nutrition Examination Survey, large scale of sample obtained by the government. Methods : Complex sampling procedure was used to analyze the fourth data(2007-2009) of Korea National Health and Nutrition Examination Survey. When preparing planning file, the estimator of variance as a stratification variance (variance name : kstrata), population of survey unit as a cluster variance(variance name : PSU), and previous exam and nutritional related weighted as a weighted were analyzed by considering reproduced survey and nutritional related total weighted. Complex samples chi-square test was used to estimate the relation between number of natural teeth and inadequate intake and relation factors included in the model were analyzed by complex samples logistic regression analysis. Results : The group of edentulous had a higher risk to intake less nutrient, except calcium, riboflavin and vitamin C than recommended level comparing to reference group which had natural teeth more than 20(phosphate : OR=1.763; 95% CI=1.273-2.443, thiamine : OR=1.748; 95% CI=1.276-2.395, protein : OR=1.610; 95% CI=1.213-2.138). Conclusions : The number of teeth in Korean elderly over 65 years old had a relation with nutritional status in this investigation. Especially, intake level of nutrients was different between the edentulous group and the reference group. Therefore, dental health care is needed from young and middle age to keep health dental condition for through whole life as well as old age. Although the dental condition of the aged is not good, it is evitable to educate them about the relation between dental health and nutritional ingestion to take balanced nutrition, we think.

말기 환자의 존엄요법 개념분석 (Dignity Therapy for End-stage Patients: Concept Analysis)

  • 정복례;오은희
    • Journal of Hospice and Palliative Care
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    • 제19권3호
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    • pp.211-221
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    • 2016
  • 목적: 본 연구의 목적은 말기 환자에게 이루어지는 존엄요법의 의미와 속성을 파악함으로써 말기 환자 간호의 질적인 향상에 기여할 수 있도록 하기 위함이다. 방법: 개념의 모든 사용을 확인하기 위하여 2014년 8월에서 2014년 12월까지 한국교육학술정보원(http://www.riss.net), 학술연구정보서비스(http://kiss.kstudy.com), 디비피아(http://www.dbpia.co.kr)에서 '존엄', '존엄요법'을 검색어로 국내문헌을 검색하였고, 국외 문헌의 경우 PubMed와 National Digital Science Links (NDSL)에서 'dignity', 'dignity therapy'를 검색어로 문헌을 검색하였다. 총 51개의 문헌을 Walker와 Avant(2005)의 개념분석 방법을 적용하여 분석하였다. 결과: 존엄요법의 선행요인은 말기 환자, 다양한 고통과 괴로움, 존엄한 죽음에 대한 바램이었다. 속성으로는 삶과 죽음의 질 향상, 치료적 대화, 인간의 존엄과 가치존중, 삶과 죽음에 대한 생각 표현, 체계적 과정으로 나타났고, 결과는 자신의 삶에 대한 반추 기회, 고통과 괴로움 감소, 가치와 존엄감 상승, 자신의 삶에 대한 가족과의 공유, 삶과 죽음의 질 향상, 환자와 가족에게 편안함 제공으로 나타났다. 결론: 존엄요법은 삶의 마지막을 경험하는 환자들이 좀 더 편안함을 느낄 수 있게 해 준다. 따라서 호스피스환자 간호 시 그들의 삶과 죽음의 질을 향상시키기 위해 존엄요법의 속성을 활용할 수 있을 것이다.

국토관측위성용 정밀영상생성시스템 개발 (Development of the Precision Image Processing System for CAS-500)

  • 박형준;손종환;정형섭;권기억;이계동;김태정
    • 대한원격탐사학회지
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    • 제36권5_2호
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    • pp.881-891
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    • 2020
  • 고해상도 위성영상의 수요 증가로 국토교통부와 과학기술정보통신부에서 국토관측위성을 개발하고 있다. 국토관측위성의 주요 위성영상 산출물로 정밀보정영상, 정밀정사영상, DSM/DTM, 변화탐지 주제도 등이 계획되어 있다. 이러한 위성영상 산출물의 품질은 위성영상의 기하정확도에 기반하여 결정된다. 따라서, 고품질의 위성영상 산출물을 생성하기 위해 위성영상의 기하학적인 왜곡을 보정하는 것이 중요하다. 또한, 정밀기하수립을 위한 GCP를 취득하는 방법은 대체로 정사영상, 수치지도 등을 이용하여 수동으로 취득한다. 이 방식은 GCP를 취득하는데 많은 시간이 요구된다. 따라서, 자동으로 GCP를 추출하여 GCP 취득 시간과 정밀정사영상 생성 시간을 줄이는 것이 필요하다. 이를 위해, 국토관측위성으로 촬영한 위성영상의 정밀한 기하보정과 GCP 추출 시 사용자의 개입을 최소화할 수 있는 정밀영상생성시스템을 개발하였다. 본 논문은 국토관측위성용으로 개발된 정밀영상생성시스템의 산출물, 처리 과정 및 시스템 구성에 대해서 설명하고 개발된 시스템의 처리시간 성능에 대해서 기술한다. 본 시스템을 통해 개발된 기술과 데이터베이스를 활용하여 한반도를 촬영한 모든 국토관측위성영상으로부터 신속하게 정밀정사영상을 생성할 수 있을 것으로 기대된다. 향후, GCP DB와 DEM DB의 데이터를 해외지역으로 확장하여 해외지역의 정밀영상을 생성할 수 있는 후속 연구가 필요하다.

k-clustering 부공간 기법과 판별 공통벡터를 이용한 고립단어 인식 (Isolated Word Recognition Using k-clustering Subspace Method and Discriminant Common Vector)

  • 남명우
    • 대한전자공학회논문지TE
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    • 제42권1호
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    • pp.13-20
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    • 2005
  • 본 논문에서는 M. Bilginer 등이 제안한 CVEM(common vector extraction method)을 이용하여 한국어 화자독립 고립단어 인식실험을 수행하였다. CVEM은 학습용 음성신호들로부터 공통된 특징의 추출이 비교적 간단하고, 많은 계산 량을 필요로 하지 않을 뿐만 아니라 높은 인식 결과를 보여주는 알고리즘이다. 그러나 학습 음성의 개수를 일정 한도 이상으로 늘릴 수 없고, 추출된 공통벡터들 간의 구별정보(discriminant information)를 가지고 있지 않다는 문제점을 가지고 있다. 임의의 음성군으로부터 최적의 공통벡터를 추출하기 위해서는 다양한 음성들을 학습에 사용해야만 하는데 CVEM은 학습용 음성 개수에 제한이 있으므로 지속적인 인식률 향상을 기대하기 어렵다. 또한 공통벡터들 간의 구별정보 부재는 단어 결정에 있어서 치명적인 오류의 원인이 될 수 있다. 본 논문에서는 CVEM이 가지고 있는 이러한 문제점들을 보완하면서 인식률을 향상시킬 수 있는 새로운 방법인 KSCM(k-clustering subspace method)과 DCVEM(discriminant common vector extraction method)을 제안하였고 이 방법을 사용하여 고립단어를 인식하였다. 그리고 제안한 방법들의 우수성을 입증하기 위해 ETRI에서 제작한 음성 데이터베이스를 사용, 다양한 방법으로 실험을 수행하였다. 실험 결과 기존 방법의 문제점들을 모두 극복할 수 있었을 뿐 아니라 기존에 비해 계산량의 큰 증가 없이 향상된 결과를 얻을 수 있었다.

서비스 지향 아키텍처 기반의 모바일 서비스 모델링 (Mobile Service Modeling Based on Service Oriented Architecture)

  • 장영원;노혜민;유철중
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제45권2호
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    • pp.140-149
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    • 2008
  • 서비스 기반 아키텍처(Service-Oriented Architecture;SOA) 등장 이후 서비스와 애플리케이션을 상호 연결하는 측면에서 여러 가지 접근 방법들이 개발되고 있다. 모바일과 같은 정보기기는 일반적인 접근법이나 전통적인 접근법과는 달리 메모리와 프로세스 등 단말기 자체의 제약과 스크린 및 입출력 및 사용자 인터페이스의 제약이 많아 여러 가지가 고려되어 설계되어야 한다. 본 연구는 서비스를 기반으로 한 구조에서 많은 제약을 갖는 모바일의 효율성을 높이기 위해 모바일 애플리케이션 요구 사항을 분석하고 명세한 후 설계 방법을 최적화하고, 서비스 유스케이스 테스팅을 위한 확장된 유스케이스 명세를 제공하고, 서비스 명세로부터 서비스간 상호운영 테스트를 한다. 또한 모바일 애플리케이션의 성능을 확장하고, 제약을 최소화 할 수 있는 과정을 제시하며 유스케이스 테스팅을 위한 명세 방법과 서비스 상호간 상호운용성 보장 테스팅을 수행한다. 본 연구는 서비스 지향 아키텍처를 기반으로 모바일 서비스 명세 방법과 애플리케이션 테스팅 방법에 대한 아이디어를 제공한다는데 그 의의가 있다.

Risk Factors for Upper and Lower Urinary Tract Cancer Death in a Japanese Population: Findings from the Japan Collaborative Cohort Study for Evaluation of Cancer Risk (JACC Study)

  • Washio, Masakazu;Mori, Mitsuru;Mikami, Kazuya;Miki, Tsuneharu;Watanabe, Yoshiyuki;Nakao, Masahiro;Kubo, Tatsuhiko;Suzuki, Koji;Ozasa, Kotaro;Wakai, Kenji;Tamakoshi, Akiko
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권7호
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    • pp.3545-3549
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    • 2016
  • Background: The incidence of bladder cancer is lower in Asian than in Western countries. However, the crude incidence and mortality of bladder cancer have recently increased in Japan because of the increased number of senior citizens. We have already reported risk factors for urothelial cancer in a large population-based cohort study in Japan (JACC study). However, we did not evaluate the cancer risk in the upper and lower urinary tract separately in our previous study. Materials and Methods: Here we evaluated the risk of cancer death in the upper and lower urinary tracts, separately, using the database of the JACC study. The analytic cohort included 46,395 males and 64,190 females aged 40 to 79 years old. The Cox proportional hazard model was used to determine hazard ratios and their 95% confidence intervals. Results: Current smoking increased the risk of both upper and lower urinary tract cancer deaths. A history of kidney disease was associated with an increased risk of bladder cancer death, even after controlling for age, sex and smoking status. Conclusions: The present study confirmed that current smoking increases the risk of both upper and lower urinary tract cancer deaths and indicated the possibility that a history of kidney disease may be a risk factor for bladder cancer death in the Japanese population.

국지홍수 심도예측을 위한 새로운 홍수지수의 개발 (Development of a New Flood Index for Local Flood Severity Predictions)

  • 조덕준;손인욱;최현일
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제46권1호
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    • pp.47-58
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    • 2013
  • 최근 들어 전 세계적인 기후변화 양상에 따라 짧은 시간에 큰 유출양상을 보이는 국지적 돌발성 홍수의 발생이 증가하는 추세이며 이로 인한 인명 및 재산의 피해가 국내뿐만 아니라 전 세계적으로 발생하고 있다. 이와 같이 소규모 지역의 집중된 강우로 발생하는 국지적 돌발성 홍수는 빠른 수문반응으로 인하여 홍수피해를 예방하기 위한 예 경보 시간이 부족한 것이 특징이다. 국지 홍수로 인한 피해를 막기 위해서는 한계유량을 초과하여 제내지의 피해발생 가능성이 있는 홍수사상에 대한 심도예측이 중요하다. 본 논문의 목적은 소규모 유역에서 발생하는 홍수사상의 심각성 정도를 정량화할 수 있는 새로운 홍수지수(New Flood Index)를 개발하고 새로운 홍수지수와 강우특성과의 회귀분석을 통하여 국지 돌발홍수예측에 적용하고자 하였다. 2개의 시범유역들에 대한 홍수유출수문곡선은 장기간 관측된 연최대치계열 실측 강우자료를 이용하여 강우-유출 모형을 통하여 산정하였다. 새로운 홍수지수 NFI는 2년 빈도 홍수량으로 가정된 한계유량을 초과하는 홍수사상에 대하여, 첨두홍수량비, 상승부경사, 초과홍수지속시간 등 홍수 유출수문곡선의 특성을 이용한 3가지 상대심도계수의 기하학적 평균값으로산정하였다. 분석결과 3시간최대강우가 새로운 홍수지수NFI와 가장높은 상관관계가 있음을 확인하였다. 새로운 홍수지수와 강우특성과의 회귀분석을 통해 얻어진 최적 관계식은 소규모 미계측 유역에서의 국지적 홍수 심도예측을 위한 예비정보의 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

하이퍼미디어.멀티미디어.하이퍼텍스트: 정의(定義)와 개관(槪觀) (Hypermedia, Multimedia and Hypertext: Definitions and Overview)

  • 김지희
    • 정보관리연구
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    • 제25권1호
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    • pp.24-46
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    • 1994
  • 본 논문은 하이퍼미디어, 멀티미디어, 하이퍼텍스트의 정의(定義)와 개관(槪觀)에 관한 것이다. 하이퍼텍스트에서는 관련 정보가 노드의 형태로 분류되며, 각 노드는 링크로 서로 연결된다. 하이퍼텍스트의 경우, 노드는 텍스트 혹은 그래픽 정보를 소장하고 있다. 멀티미디어에서는 여러 유형의 미디어(음성, 애니메이션, 텍스트, 그래픽, 비디오)가 결합된다. 하이퍼미디어는 하이퍼텍스트와 멀티미디어의 확장으로 볼 수 있다. 하이퍼미디어에서는 시스템에서 정보를 조직(組織)함에 있어서 노드와 링크를 사용하는 하이퍼텍스트의 개념(槪念)에 기초하고 있으며, 이런 경우 노드는 위의 멀티미디어 정의에서 언급된 여러 데이터 유형(類型)으로 구성된다. '노드와 링크' 개념은 하이퍼미디어 시스템에서 정보(情報)를 조직(組織)하는데 사용된다. 하이퍼미디어 시스템 계발의 새로운 접근방법은 지식기반(知識基盤) 접근(接近)이다. Joel Peing-Ling Loo는 지식기반 접근이 이러한 종류의 기술을 다루는 데 가장 효과적(效果的)이라고 제안하였다. 의미기반(意味基盤) 하이퍼미디어 모형(模型)이 정보책임, 유지와 검색을 표현하는데 있어서의 제한점(制限點)에 대한 해결책으로서 개발되었다. 정보의 지식기반(知識基盤) 표현은 전통적인 데이터 구조의 사용을 포함한다. 이러한 데이터 구조는 전문가(專門家) 시스템에서 사용되는 프레임(객체(客體)), 슬롯, 계승이론을 사용한다. 이러한 객체들이 데이터베이스에 포함되기 때문에 관계가 여러 객체 사이에서 개발되었으며, 또한 관계는 프레임이 속하는 어트리뷰트에 의하여 프레임 사이에서 존재(存在)할 수 있다.

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