본 연구에서는 생물다양성 보전에 있어 보호지역의 중요성을 인식하고, 2004년 생물다양성협약 제7차 당사국회의에서 채택한 보호지역 실행프로그램의 이행상황을 진단하고 향후 개선방향을 모색하고자 하였다. 이를 위해 먼저 국내 보호지역 지정 및 관리 현황을 고찰하였으며, 보호지역 실행프로그램에서 제시하고 있는 9개 주제별로 목적과 활동내용을 국가적 맥락에서 검토하였다. 그리고 구체적인 이행사항 파악을 위해 우리나라 대표적 보호지역이라고 할 수 있는 국립공원의 관리 현황을 사례로 이행 진행사항을 비교 분석하였다. 먼저 국내 보호지역 지정 및 관리 현황을 고찰한 결과 우리나라는 1960년대 이후 보호지역을 지정하기 시작하였으며, 대략 14개 유형의 1,119개소로 층 면적은 개략적인 수치이지만 대략 $15,621km^2$에 이르는 것으로 나타났다. 보호지역 실행프로그램에서는 보호지역과 관련된 다양한 이행활동(4개 요소, 9개 주제, 16개 목적, 92개 활동)을 제시하고 있는데, 우리나라의 이행상황을 살펴본 결과 개별 보호지역의 계획 및 관리 분야, 보호지역에 대한 위협 방지와 완화, 보호지역 시스템 설정 분야는 상당부분 실행프로그램을 이행하였거나 진행 중인 것으로 나타났으며, 보호지역의 사회적 혜택 개선, 재정적 지속가능성, 관리표준과 관리효과성 평가 분야가 상대적으로 이행이 미흡한 것으로 나타났다. 특히 보호지역 실행프로그램의 이행활동을 시간제한 관점에서 보면 생물다양성과 생태계 보전을 위한 격차분석, 생태계 서비스의 가치에 대한 연구, 관리효과성 평가방법 및 기준개발 등이 시급한 것으로 판단된다. 본 연구 결과는 우리나라 보호지역의 지정 및 관리 현황에 대한 체계적 이해를 도울 수 있을 것이며, 향후 생물다양성협약 국가보고서와 보호지역 실행프로그램 이행보고서 작성을 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것이다. 향후 보호지역 실행프로그램의 생물다양성 손실률의 획기적 감소라는 목표를 달성하기 위해서는, 국가차원에서의 체계적인 접근과 보호지역 관련 유관기관들이 수립한 여러 계획들의 충실한 수행이 수반되어야 할 것이다.