최근의 환경정책은 직접규제 방식에서 경제적 유인방식으로 전환되고 있으며, 우리나라를 비롯한 OECD 국가들은 경제적 유인수단 중의 하나로 부담금제도를 두고 있다. 국내에서 자연환경을 훼손하는 행위에 대해 부과하는 부담금은 다양하다. 이 중 자연환경 훼손에 관한 부담금은 다수의 행정부처의 소관 법률에 의하여 규정되고, 부담금들의 부과목적 또는 소관부처에 따라 특색을 지니고 있기 때문에 부담금 상호간에 부과금액과 산정방식, 감면규정 등의 차이로 인한 형평성 문제가 발생할 수 있다. 생태계보전협력금은 자연환경 훼손에 부과하는 가장 주요한 부담금이며, 훼손된 자연환경의 복원 및 개선 보전에 있어 중요한 역할을 담당한다. 그러나 동 부담금은 부과금액의 상한선을 두고 있고, 단위면적당 부과금액의 산정에 있어서 훼손된 자연환경의 실질적 가치를 제대로 반영하지 못하고 있다. 이에 반해 산지전용에 대한 부담금인 대체산림자원조성비는 부과금액의 산정에 있어서 보전가치에 따라 차등부과 되고 단위면적당 부과금액에 있어서도 산림의 가치가 반영되고는 있으나, 광범위한 감면규정이 존재함으로써 자연환경의 실질적 보전효과는 낮은 것으로 여겨진다. 특히 동일 또는 유사한 자연환경의 훼손에 대해 부과하는 부담금의 산정에 있어서 부담금간에 상당한 차이가 발생하는 점은 현행 부담금제도에 있어서 가장 큰 문제 중의 하나이다. 본 연구에서 도출된 부담금의 형평성 제고방안은 다음과 같다. 먼저 부과대상을 명확히 하고, 부담금 산정의 적정성을 제고하여야 한다. 이를 위해 부담금 산정 시 훼손되는 자연환경이 가지는 본래의 가치를 반영하도록 하며 생태계보전협력금의 경우에는 그 상한액을 폐지할 필요가 있다. 또한 부과절차를 정비하고 감면규정 등을 개선함과 동시에 부담금 운용에 있어서 투명성을 기하여야 한다. 더불어 부담금의 예외규정을 축소하고 특별회계 및 기금으로 징수된 부담금은 그 부과목적에 맞게 운용되어야 한다. 결론적으로 자연환경 훼손에 관한 부담금은 그 부과목적이 적절하고, 부과금액이 타당하여야 하며 부과절차 및 운용에 있어 투명성과 효율성을 제고하여야 한다.