우리나라 대학부설연구소는 적어도 양적인 면에서는 괄목할만한 성장을 하였다. 그러나 연구소가 운영되는 양상을 내부적으로 살펴보면 상당한 문제점을 내포하고 있다. 즉, 연구소의 난립화, 윳겅정책의 미흡, 재정 취약, 활동 미약, 평자체제의 미비, 전임연구원의 부족, 연구소장에 대한 동기부텨 미흡 등이 지적된다. 이러한 문제를 극복하여 연구소가 경쟁력을 갖추고 활성화하기 위해서는 다음과 같은 방안이 강구되어야 한다. 첫째, 평가제도를 도입하여 차별적 지원과 통합의 기준으로 삼는다. 둘째, 연구소를 주제와 지역적 관점 등에서 특성화하고 기능적 관점에서 개성화시킨다. 셋째, 목적과 기능이 중복되거나 성과가 미미한 연구소는 평가결과에 따라 통합한다. 넷째, 정부와 대학 당국의 재정 지원 강화와 관리 감독 기능을 강화한다. 다섯째, 개별 연구소들의 지구적 노력이 반드시 뒤따라야 한다.