• 한국가축번식학회지
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• 제23권4호
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• pp.303-311
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• 1999

본 연구는 정자세포로부터 분리된 genome 내 DNA를 PCR 기법으로 증폭시킨 후 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석을 통해 무지개송어의 품종 내 유전적 특성과 변이성을 해석하고 품종의 특이 유전적 표지를 개발하기 위해서 수행되었다. 20 종류의 primer를 사용하여 RAPD 양상을 검색한 후 다형현상의 출현빈도와 band 수에 기초하여 이들 중 6개의 primer를 선정하여 이용하였다. 그 중에 4개의 primer는 17개의 RAPD marker를 나타내었고, 그중 primer 당 8개인 48개 (28%)의 band 가 다형성을 보여주었다. 6개의 primer 중 4개는 개체들 사이에 다형성을 나타내는 band를 나타내었다. Bandsharing 의 경우 연어와 비교될 만큼 무지개송어는 3개의 특이적인 DNA marker를 가지고 있었다 (2.3. 2.0 및 1.3kb). 같은 무작위 primer를 이용해서 나타난 개별적인 band는 단일 primer 가 무지개송어의 정자핵 DNA의 경우 적어도 3개의 독립적인 genome 내 다형성을 탐지해 낼 수 있다는 것을 제시하고 있다. 이러한 primer에 의해서 나타난 RAPD 다형성은 개체식별을 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있는 가능성을 제시하였으며, RAPD-PCR은 많은 어종에서 다형현상을 밝혀내는 기술이라 할 수 있다. 본 연구는 RAPD marker가 풍부하고 재현성이 있으며 RAPD 다형성을 지닌 marker를 사용하여 이러한 중요한 양식대상어종에서 미래의 gene mapping과 MAS 를 위한 기초를 제공해 줄 수 있다. RAPD 다형성은 어류의 품종 분화를 위한 유전적 표지로서 유용한 것으로 결론지을 수 있을 것이다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제25권2호
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• pp.93-100
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• 2009

In Malaysia, Labisia pumila Benth & Hook f, popularly known as 'Kacip Fatimah' has been used traditionally to treat various elements of the woman's health in Malay community. The objective of this study was to develop randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) based DNA markers for the identification of L. pumila and to distinguish its three varieties from each other. Total DNA from nine accessions of L. pumila was extracted by CTAB method and polymerase chain reactions (PCR) were carried out to amplify the segments of DNA using different primers to develop DNA barcode using RAPD technique. To find out variety-specific DNA marker/s, twenty different 10-mer primer sequences with annealing temperature from 36-$40^{\circ}C$ were evaluated in triplicate. Out of 20 random primers, two primers (OPA-1 and OPA-2/A10) were selected which produced reliable RAPD band patterns. To have DNA based handle, two RAPD amplification products were cloned and sequenced to determine the identity of the DNA. RAPD analysis using two random primers generated 72 discrete bands ranging in size 200 bp-3,000 bp. Fifty nine of these were polymorphic loci (82%) and thirteen were non-polymorphic loci (18%). A total of 32 bands polymorphic loci (72%) were amplified with primer OPA-1 and analyzed by cluster analysis and UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic) to present a dendogram depicting the degree of genetic relationship among nine accessions of L. pumila. Our results shows the reasonable genetic diversity among the L. pumila varieties and within varieties; and two RAPD marker sequences obtained could be used to identify L. pumila at species level.

• 한국잡초학회지
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• 제18권1호
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• pp.76-83
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• 1998

피속 잡초 수집종 33종을 대상으로 RAPD marker를 이용하여 피 수집종 간의 유전적변이를 알아보고, 수집종들을 판별할 수 있는 DNA marker를 선발하기 위하여 본 실험을 수행한 결과를 요약하면 다음과 같다. Operon사에서 제작된 74개의 10-mer RAPD primer 가운데에서 명확한 다형성을 보이는 6개 primer를 선발하였다. 이들 primer로 PCR에서 증폭된 밴드는 31개이었으며 이 가운데 다형성을 나타내는 band는 26개(83.9%)로 나타났다. 피 수집종 간의 유연 관계를 분석한 결과 공시된 피 수집종은 크게 3그룹으로 분류할 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.699-704
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• 2003

리스테리아를 보다 효과적으로 typing할 수 있는 방법을 찾기 위해 표준균주 13종을 대상으로 하여 RAPD, ERIC (Enterobacterial repetitive intergenic consensus) fingerprinting, ribotyping-PCR의 분리력을 비교해 보았다. DG107 (primer 6) 또는 DG122 (Lis 11) primer를 이용한 RAPD의 경우 11가지의 유형으로 분류되는 반면, ERIC fingerprinting은 9가지, ribotyping-PCR은 7가지씩의 유형을 보였다. 그러나 2가지 primer를 이용하여 각각 행한 RAPD 결과를 종합하거나, DG122를 이용한 RAPD와 ribotyping-PCR의 결과를 종합할 경우 13가지의 유형으로 모두 분리할 수 있었다.

• 산업식품공학
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• 제21권2호
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• pp.174-179
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• 2017

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

• Animal cells and systems
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• 제5권4호
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• pp.333-339
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• 2001

Common carp (Cyprinus carpio) and its aquaculture breed Israeli carp samples were obtained from two separate aquaculture facilities under the similar raising conditions during two years in the Kunsan National University, Korea. Genomic DNA was isolated from the common carp and Israeli carp for identification of genetic characteristics and genomic polymorphisms by polymerase chain reaction amplification of DNA using arbitrary primers. The arbitrary primer No.21 (ACTTCGCCAC) yielded the highest number of fragments with the average of 15.0 among the primers used in Israeli carp. A tota1 of 294 polymorphic products in common carp and 336 in Israeli carp were observed by random primers. The average number of polymorphic products generated by random RAPD primer No. 2 (GTAGAC-CCGT) showed 8.0 in Israeli carp. On average, each random RAPD primer produced 5.4 amplified polymorphic products in common carp and 6.2 in Israeli carp. An average genetic similarity (BS value) was 0.44$\pm$0.05 within the common carp and 0.32$\pm$0.04 within the Israeli carp. The degree of similarity frequency (BS) between two carps was 0.67 as generated by the primer No. 19 (GACGGATCAG). The average level of bandsharing was 0.57$\pm$0.03 between the two carps. Accordingly, the two carp populations were genetically a little distant. The electrophoretic analysis of PCR-RAPD products showed middle levels of variation between the two carp populations. This result implies that the genetic diversity among intra-population may be higher when compared with that between the two carps. The RAPD polymorphism generated by these random primers might be used as a genetic marker for populations or lines identification in important aquacultural carp.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권4호
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• pp.475-481
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• 2006

The genetic polymorphism and relationships of Muscovy, Cherry Valley Meat ducks, Partridge ducks and their crossbreds $F_1$ and $F_2$, respectively, were studied using a random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. The results showed that RAPD markers were effective for the analysis of genetic relationships among ducks. Amplification with 20-primers gave 760 reproducible amplified fragments. The percentage of polymorphic marker band was 74.70%, which indicates that the RAPD technique had higher efficiency of polymorphism detection and sensitivity in studying the genetic variations among ducks and showed that the genetic polymorphism was abundant between two species of duck populations. The average index of genetic distance in hybrid $F_2$ was 0.2341 and higher than that of its parents, which indicates that the genetic diversity was improved by crossbreeding with Muscovy.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제33권4호
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• pp.341-348
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• 1995

가시아메바 속(Accnthamoeba spp.)의 DNA 염기 구성 정보와 관계없이 임의의 10개의 엽기로 구성된 프라이머를 사용하여 random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction(RAPD-PCR)에 의해 게놈 상의 DNA를 무작위로 증폭하여 확인된 표지자로써 한국 분리주 및 외국 분리주와 기존의 알려진 4개 가시아메바 종간의 유전적 근연관계 분석을 통해서 4개 한국 분리주의 분류상의 성상을 규명하였다. 본 연구에서 A. culbertsoni, A. hokchetti, A. triangularis, A. pokphrwc와 한국 분리주인 YM-2 YM-3, YM-4 YM-5 그리고 외국 분리주인 HOV의 게놈 DNA는 18 종류의 프라이머에 의하여 다양한 양상의 증폭산물을 보였으며 그 중 9개 프라이머는 한국 분리쿠간에도 특이성을 보이는 RAPD 표지자를 제공하였다. 총 18개의 프라이머에 대한 증폭 산물을 대상으로 각 시료의 유사도를 조사한 결과, A. culbertsoni는 A. hakhetti, A. triangularis, A. polyphuga와 유사도가 각각 0.300, 0.308, 0.313이었고, A hqkchetti와 A. triangularis간의 유사도는 0.838이었다. 한국 분리주 YM-2, -3, -4 간의 평균 유사도는 0.959이었고, YM-2, -3, -4 와 A. hotchetti, A. triangularis 간의 평균 유사도는 0.832이었다. 한국 분리주 YM-5는 YM-2, -3 -4 간의 비교에서 평균 0.237의 유사도를 보인 반면, A. culbersoni와 유사도 0.857을 보여, 다른 한국 분리주보다 A. culbertsoni와 유전적으로 유사함을 알 수 있었다. UPGMA법에 의한 유전적 근 연관계 분석 결과 phonogram 강에 두개의 분지군이 존재하는데, A. hakchetti, A. triangularis 및 3개 한국 분리주(YM-2, -3 -4)가 하나의 분지군을, A. cuzburtsoni, A. polyphaga HOV주, 및 YM-5가 따른 분지군을 형성하는 것으로 나타났다 게놈 DNA 상의 변이에 근거하여 볼 때, YM-5 주늘 유전적으로 A. culbertsoni와 거의 유사한 분리주이며 한국 분리주는 최소 2종 이상의 가시아메바로 분류할 수 있다고 사료된다.

• 한국가축번식학회지
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• 제25권4호
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• pp.359-369
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• 2001

황해와 남해산이 각각 50마리씩 총100마리의 조피볼락 (Sebastes schlegeli)의 DNA를 혈액으로부터 추출하여 30개의 무작위 primer를 사용한 RAPD(random amplified polymorphic DNAs)-PCR (polymerase chain reaction) 방법으로 분석하였다 genomic DNA의 독특한 특징들이 그 어종군의 특징을 알아내기 위해서 사용되었다. 30개의 primer 중에서 7개의 primer로 부터 증폭된 전체 산물 (307) 중에서 약 67.4%인 207개의 다형성의 산물 (polymorphic products)이 나타났고, 1개의 primer당 약 2.7개의 다양성의 산물 (polymorphic bands)이 확인되었다. 황해산의 경우 bandsharing analysis를 통해서 볼 때 0.22로부터 0.63까지의 bandsharing value가 확인되었고, 이러한 수치는 0.39$\pm$0.02의 평균값을 나타내었다. 황해산과 남해산 2개체군의 RAPD-PCR산물의 전기영동적 분석을 통해서 볼 때 황해산 조피볼락의 개체들 사이에서 변이가 약간 높게 나타났지만 매우 유사한 특징을 나타내었다. 그러나 일부 개체에서 적은 수이지만 polymorphic bands가 확인되었다. 더 많은 개체군과 다른 연구방법을 통한 연구가 있어야 되겠지만, 이러한 결과는 RAPD 방법을 통하여 2 지역산 조피볼락의 유전적 차이를 어느 정도 확인할 수 있는 가능성을 제시해 주고 있다.

• 한국자원식물학회지
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• 제16권1호
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• pp.55-60
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• 2003

암$.$수 개체 사이에 상이한 성염색체 조성을 지니는 자웅 이주 식물인 수영 (Rumex acetsa L.)에서 120개 의 10-mer random primer를 이용하여 RAPD 분석을 수행하였다. 적용한 primer들 중 24개의 primer 에서 34개의 암$.$수 특이 밴드가 관찰되었다 암 개체 특이 밴드는 16개였으며, 수 개체 특이 밴드는 18개로 나타났다. 특히 OPC-10 primer로부터 얻은 1,440 bp인 DNA 단편은 수 개체 특이적으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 성 특이적인 RAPD 마커들은 식물에서 성 결정 메커니즘 구명의 기본 자료로 활용될 수 있을 것이다.