• Journal of Species Research
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• 제10권3호
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• pp.201-216
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• 2021

During an investigation of indigenous prokaryotic species in the Republic of Korea, a total of 38 bacterial strains belonging to the class Gammaproteobacteria were isolated from diverse environments. Samples were collected from soil, seawater, sand, sedimentary soil, rabbit feces, rat intestines, marine wetland, and tidal flats. The strains were identified to the species level using the high 16S rRNA gene sequences and showed high similarity (>98.7%) with the closest bacterial species and formed a robust clade in the neighbor-joining phylogenetic tree; it was determined that each strain belonged to independent, predefined bacteria species within the class Gammaproteobacteria. The 38 strains of Gammaproteobacteria analyzed in this study have not been reported in the Republic of Korea. Therefore, this study describes 20 genera of 13 families in 8 orders: Aeromonadales, Alteromonadales, Cellvibrionales, Enterobacterales, Lysobacterales, Oceanospirillales, Pseudomonadales, and Vibrionales. For each species, we describe Gram reaction, strain ID, isolation source, colony and cell morphology, cultural, physiological, and basic biochemical characteristics.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.275-283
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• 2012

해양 해면 Asteropus simplex를 제주도에서 채집하여 배양에 의한 RFLP와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의해 세균군집 구조를 조사하였다. 16S rDNA-RFLP 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 MA를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP 패턴으로부터 유래한 16S rDNA 염기서열 분석결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 5개의 문이 관찰되었다. 그 중 Gammaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, A. simplex의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rDNA를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 12개의 서로 다른 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rDNA 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 90% 이상의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Nitrospira, 7개의 문으로 나타났다. RFLP와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따른 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.

• 환경생물
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• 제29권3호
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• pp.144-153
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• 2011

제주도 한라산에 위치한 국내 최대규모의 고산습지인 숨은물벵뒤 습지의 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria강에 속하는 세균 종의 다양성을 조사하였고, 신분류군 후보 균주 19종을 확보하였다. 신종후보 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 분석하였을 때 표준균주와 98.7% 미만의 유사도를 보이는 균주들을 신종후보균주로 간주하였다. 총 19종의 세균이 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria 강에 속하는 신종후보 균주들로 발견되었다. Alphaproteobacteria 강에 속하는 균주들은 Sphingomonadaceae 과 Novosphingobium 속에 속하는 4종과 Rhizobiaceae 과 Rhizobium 속에 속하는 2종이 분리되었다. Gammaproteobacteria 강에 속하는 균주들은 Moraxellaceae 과 Acinetobacter 속에 속하는 2종, Pseudomonadaceae과 Pseudomonas 속에 속하는 3종, Enterobacteriaceae과의 Enterobacter 속에 속하는 1종, Erwinia 속의 2종, Leclercia 속의 1종, Rahnella 속의 1종, Serratia속의 1종, Yersinia 속의 2종이 분리되었다. 분리된 19개 후보신종에 대하여 배양학적 특징, 생리화학적 특징 및 지방산 분석 결과를 정리하였다.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.262-269
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• 2012

ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analysis) 방법을 이용하여 주황해변해면(Hymeniacidon sinapium)의 배양 가능한 공생세균 군집에 대하여 봄과 여름의 계절에 따른 차이를 분석하였다. 공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다. 분리된 균주의 16S rDNA를 증폭하고 제한효소 HaeIII와 MspI을 이용하여 제한효소 type을 구별하였다. 그 결과 봄 해면인 경우 23개, 여름인 경우 28개의 ARDRA type을 구별할 수 있었다. 각 type 별로 1-3개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다. 봄 해면으로부터 분리된 세균들은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, 4개의 문(phylum)에 속하였으며 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, 5개의 문에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄 해면에서 33.8%, 여름 해면에서 67.4%가 각각 관찰되어 두 계절에서 우점 하는 세균그룹으로 나타났으며 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Firmicutes와 Actinobacteria의 경우 봄 해면에서 각각30.2%, 8.3%로 관찰된 반면 여름해면에서는 6.9%, 0%로 관찰되어 여름철에 감소하는 세균 그룹이었다. Betaproteobacteria(4.7%)와 Bacteroidetes (4.7%)는 여름 해면에서만 관찰되었다. H. sinapium 해면에서 봄철에 비해 여름철에 더 다양한 세균그룹을 발견할 수 있었으며 동일한 해면 종일지라도 계절에 따라 공생세균 군집에 차이를 나타냄을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.49-58
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• 2016

부유 세균의 군집과 구별되는 생물막내 세균 군집은 다양한 수생태계에서 중요한 생태학적 역할을 수행한다. 자연계에서 생물막이 생태학적으로 중요함에도 불구하고, 남극 해양 환경에서 생물막 형성 과정 동안의 세균 군집 구조와 그들의 변화에 대한 연구는 수행되지 않았다. 본 연구에서, 남극 해양 환경에서 생물막 형성 초기 단계에서의 세균 군집 구조 변화를 16S rRNA 유전자의 pyrosequencing을 통해 수행하였다. 생물막내 전반적인 세균 군집은 주변의 해수의 군집과 매우 달랐다. 전체 세균 군집의 78.8%에서 88.3%를 차지한 Gammaproteobacteria와 Bacteroidetes의 상대적 풍부도는 생물막의 형성에 따라 급격하게 변하였다. Gammaproteobacteria는 생물막 형성 진행에 따라 증가하다가 (4일째에 75.7%), 7일째에 46.1%로 감소하였다. 반면, Bacteroidetes는 초기에서 중기로 갈수록 감소하다가 다시 증가하는 양상을 보이며, Gammaproteobacteria와 반대의 변화 양상을 나타내었다. 생물막 형성의 초기 과정에 우점 하는 OTU (>1%)들의 변화 양상은 시기에 따라 뚜렷한 차이를 보였다. Gammaproteobacteria에 속하는 종의 경우, 4일째까지 증가한 반면, 첫째날 가장 우점 하였던 문인 Bacteroidetes에 속하는 종은 4일째까지 감소한 후, 다시 증가하는 양상을 보였다. 흥미롭게, Pseudoalteromonas prydzensis가 67.4%를 차지하며 우점 하였는데, 이는 생물막 형성에 이 종이 중요한 역할을 수행함을 시사하는 것으로 보인다.

• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.282-285
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• 2013

강원도 고성군 근해에서 수심 300 m와 500 m의 심층수에 서식하는 해양미생물 분포를 조사하였다. 심해미생물을 16S rRNA genes pyrosequencing 방법으로 분석한 결과 300 m 심층수 시료에서 얻은 19,474 reads에서 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria가 각각 57.41%와 38.85%의 분포 비율을 보였다. 심해 500 m의 시료에서 얻은 82,806 reads에서는 Gammaproteobacteria가 99.64%로 대부분을 차지하였다. 수심 300 m에서는 Rhodobacterales (57.31%)가 우점하였고, 수심 500 m에서는 Alteromonadales (45.65%)와 Oceanospirillales (34.61%)가 우점하였다. Operational Taxonomic Units와 diversity indexes (Shannon과 Simpson)를 기준으로 할 때 해양미생물의 다양성은 수심 500 m지역이 수심 300 m지역보다 더 높게 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.328-331
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• 2012

울릉도 연안의 심해(1500 m)에 서식하는 미생물의 다양성을 조사하였다. Ultramembrane filter를 사용하여 해양미생물을 여과한 다음 미생물군집 DNA를 정제하여 16S rDNA를 증폭하였다. Pyrosequencing 방법으로 염기서열을 분석한 결과 총 13,029 reads를 얻었으며, 이중에 54.1%가 uncultured bacteria, 23.4%가 alphaproteobacteria, 22.3%가 gammaproteobacteria이었고 flavobacteria, actinobacteria, epsilonproteobacteria 등이 0.2%이내에서 분포하고 있었다. 울릉도 지역의 해양심층수에서 배양이 가능한 것으로 알려진 미생물로서는 alphaproteobacteria의 Rhodobacteraceae과 (family), gammaproteobacteria의 Alteromonadaceae, Halomonadaceae, Piscirickettsiaceae과가 주로 분포하였다.

• Journal of Species Research
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• 제12권3호
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• pp.212-223
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• 2023

A total of 30 bacterial strains were identified in the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria in the study of prokaryotic species in Korea. These strains were isolated from a variety of environmental sources, including soil, tidal flat, mud, wetland, pine cone, seaweed, sea sediment, and brackish water. Phylogenetic analysis showed that isolates were identified based on high 16S rRNA gene sequence similarities (≥98.7%) with the predefined bacterial type species. In this study, we present data on previously unreported species from Korea, including 10 species from three families of one order in the class Betaproteobacteria and 20 species from 12 families of nine order in the class Gammaproteobacteria. Morphological, biochemical characteristics, isolation sources, and NIBR deposit numbers are provided in the description sections.

• Journal of Species Research
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• 제9권4호
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• pp.346-361
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• 2020

In the project of a comprehensive investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 39 bacterial strains phylogenetically belonging to the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria were isolated from various environmental sources such as soil, cultivated soil, sludge, seawater, marine sediment, algae, human, tree, moss, tidal flat, beach sand and lagoon. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that 39 strains showed the high sequence similarities (≥98.7%) to the closest type strains and formed robust phylogenetic clades with closely related species in the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria. In the present study, we report 14 species of 9 genera of four families of two orders in the class Betaproteobacteria and 25 species of 21 genera of 15 families of eight orders in the class Gammaproteobacteria, which have not been reported in Korea. Morphological, biochemical, and physiological characteristics, isolation sources, and NIBR deposit numbers are described in the species descriptions.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.398-406
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• 2015

제주도에서 채집한 해양 해면 Halichondria panicea의 공생세균 군집구조를 배양에 의한 ARDRA와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의하여 조사하였다. 16S rRNA gene-ARDRA 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 Marine agar를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 ARDRA type을 구분하였다. ARDRA type으로부터 유래한 16S rRNA gene 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 등 3문 4강이 관찰되었다. 그 중 Alphaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, H. panicea의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rRNA gene를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 14개의 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rRNA gene 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 100%의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteira, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Chloroflexi 등 6문 7강으로 나타났다. ARDRA와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따라 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.