• 대한전자공학회:학술대회논문집
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• 대한전자공학회 2003년도 하계종합학술대회 논문집 Ⅲ
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• pp.1507-1510
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• 2003

We propose UPGMA(Unweighted Pair Group Method using Average distance) as hierarchical clustering to detect abrupt shot changes using multiple features such as pixel-by-pixel difference, global and local histogram difference. Conventional $\kappa$-means algorithm which is a method of the partitional clustering, has to select an efficient initial cluster center adaptively UPGMA that we propose, does not need initial cluster center because of agglomerative algorithm that it starts from each sample for clusters. And UPGMA results in stable performance. Experiment results show that the proposed algorithm works not only well but also stably.

• 한국환경생태학회지
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• 제22권4호
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• pp.420-426
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• 2008

본 연구는 무심천의 상류부터 하류까지 총 9개 지점을 선정하여 수서곤충의 EPT-group을 이용하여 EPT-비율, EPT 풍부도, EPT 종수와 개체수를 지점별로 비교분석하였고 수서곤충의 종 조성에 따른 UPGMA분석으로 조사지점간의 유사도를 비교하였으며 수서곤충의 섭식기능군은 하천차수에 의해 비교분석하였다. 조사결과에 의하면 무심천의 수서곤충은 총 8목 36과 71종으로 조사되었고 EPT 비율과 EPT 풍부도는 지점 3에서 각각 0.72, 3.89로 다른 지점에 비해 다소 높게 나타났으며 이와 반대로 지점 9에서는 0.03, 0.09로 비교적 낮게 나타났다. 또한 EPT 종수 및 개체수는 지점 9에서 가장 낮게 나타났다. UPGMA분석 결과 무심천의 각 지점은 A1(st. 1, 7, 8), A2(st. 2, 3, 4, 5, 6), B(st. 9)로 3개의 그룹으로 나뉘었으며 섭식기능군은 지점별 차이는 나타나지 않았지만 상.중류역에서는 써는무리와 긁어먹는 무리가 다른 지점에 비해 다소 높게 나타난 반면 하류에서는 걸러먹는무리와 줍는무리가 우세한 것으로 확인되었다. 본 연구 의하면 조사지점에 따라 수서곤충의 EPT-richness, EPT-ratio, EPT 수 뿐만 아니라 섭식기능군의 조성에도 영향을 주는 것으로 나타났다.

• 식물분류학회지
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• 제37권3호
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• pp.225-237
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• 2007

한국산 노린재나무과의 종간 및 지역별 개체군 집단간의 유연관계를 객관적으로 분석하고자 자생지와 식물원에서 채집된 4분류군 23집단을 대상으로 RAPD 연구를 수행하였다. PCR과정을 통하여 증폭된 RAPD 절편들은 150bp에서 1,900bp 사이의 구간에서 주로 관찰되었으며 총 11개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 92개의 유전적 표식밴드를 확인할 수 있었고 Nei-Li의 유전적 거리지수를 이용하여 분석하였다. 또한 이러한 자료에 근거하여 종간에 대한 UPGMA 유집분석 실시하였다. RAPD 분석결과를 기초로 UPGMA방법에 의한 유집분석을 수행한 결과 한국산 노린재나무과의 낙엽성 분류군과 상록성 본류군의 뚜렷한 유집군을 형성하였다. 또한 낙엽성 분류군에서 지역별 개체군 간의 유연관계보다 종간 유연관계가 밀접한 것으로 조사되었으며 섬노린재 개체군들은 독립적인 유집군을 형성하였고 노린재나무와 검노린재는 각기 다른 유집군을 형성하였다. 본 연구에서 사용한 RAPD 분석방법은 한국산 노린재나무과의 종간 유연관계을 파악하기 위한 매우 유용한 것으로 나타났다.

• 식물분류학회지
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• 제34권3호
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• pp.205-220
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• 2004

한국산 광의의 붉나무속(Rhus) 6분류군간의 한계를 검토하기 위하여 28집단에 대한 67개의 외부형태학적 형질을 기초로 주성분분석과 군집분석의 수리분류학적 연구를 실시하였다. 47개의 정량형질을 기초로 한 주성분분석 결과에서는, 주성분 1, 2, 3이 전체분산값의 77.9%(주성분1 35.2%, 주성분2 22.5%, 주성분3 20.2%), 또한 20개의 정성형질을 기초로 한 분석결과에서는, 주성분 1, 2, 3은 전체분산에 대해 90.7%(주성분1 37.7%, 주성분2 33.0%. 주성분3 20.0%)를 설명 할 수 있는 것으로 나타났다. 주성분적재값을 기초로 하여 공간배열을 실시한 결과, 조사된 분류군들은 종집단 간에 뚜렷한 한계를 보이며 유집되었다. 또한, 단순유집계수에 의한 군집분석을 수행하여 UPGMA 표현도를 작성한 결과, 각각의 분류군 사이에는 뚜렷한 한계를 보였다. 군집분석 결과, 한국산 광의의 붉나무속 식물의 분류에는 정성적 형질이 유용한 것으로 나타났으며, 수리분류학적 연구는 한국산 광의의 붉나무속 6분류군의 분류학적 한계설정에 매우 유용한 것으로 나타났다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제3권3호
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• pp.190-195
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• 2014

Echinochloa (L.) P. Beauv. includes some of the noxious weeds, causing a serious yield loss when they are dominant in the fields. Identification of the Echinochloa is very difficult because many interspecific and intraspecific forms of the species are found. However, it is important to identify the species exactly and to know the genetic diversity of the species for effective weed management. This study was conducted to identify and summarize the Echinochloa species by comparing the genetic variation and relationship among Korean Echinochloa species using SSR. The genetic diversity of 107 individuals, including seven species were assessed using five SSR markers. UPGMA dendrogram generated two clades (I and II) and clade II divided again into two subclades (II-1 and II-2) whereas the model based genetic structure proposed four subpopulations. The two subpopulations were corresponded to clades I and II-1 and the other two were arranged to clade II-2 of the UPGMA dendrogram. We have concluded that E. colona and E. glabrescens might have not distributed in Korea. The biological varieties, praticola and echinata, of E. crus-galli should be treated as E. crus-galli. Korean Echinochloa should be summarized with four species, i.e., E. oryzicola, E. crus-galli, E. esculenta, and E. oryzoides.

• 한국산림과학회지
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• 제103권2호
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• pp.182-188
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• 2014

ISSR 표지를 이용하여 전나무 6개 집단의 유전다양성과 유전구조를 분석하였다. 6개 ISSR primer로 유전다양성을 추정한 결과, 집단별 다형성 유전자좌의 비율은 평균 85.6%, 이형접합도 기대치($H_e$)는 0.288로 나타났다. AMOVA 결과, 전체 유전변이에서 5.6%는 집단간, 94.4%는 집단내 개체간 차이에 기인하는 것으로 나타났다. 베이즈 추론에 근거한 유전분화는 ${\theta}^{II}$와 $G_{ST}$가 각각 0.045, 0.038로, 근연교배 정도는 0.509로 추정되었다. Mental 검증에서 집단간 지리적 거리가 멀수록 유전적으로 상이한 것으로 판명되었다(r = 0.74, P < 0.05). UPGMA 방법과 PCA 결과에 따라서 남원, 청도, 문경 집단을 한 군집으로, 인제, 홍천, 평창 집단을 다른 군집으로 나눌 수 있었다. 베이즈 군집분석에서는 유전변이 분포에 따라서 남원, 문경 집단이 한 군집으로 인제, 홍천, 평창, 청도 집단이 다른 한 군집으로 묶여서 2개의 상위 군집으로 나뉘었다. 빈도주의 분석에 따른 '군집'을 반영한 AMOVA 결과에서 전체 유전변이의 3.9%를 군집의 영향으로 설명할 수 있었으며, 전나무 집단의 지리적 분포는 베이즈 분석보다는 UPGMA 방법에 의한 구분과 일치하는 것으로 나타났다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제4권2호
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• pp.67-70
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• 2002

The RAPD data were used to assess genetic similarity among f grape cultivars. Of the 100 random primers tested on genomic DNA, 10 primers could be selected for Benetic analysis, and the selected primers generated a total of 115 distinct amplification fragments. A similarity matrix was constructed on the basis of the presence or absence of bands. The 7 grape cultivars analyzed with UPGMA were clustered into two groups of A and B. The similarity coefficient value of cultivars was high. The mean similarity index for all pairwise comparisons was 0.851, and ranged from 0.714 ('Rosaki' and 'Black Olympia') to 0.988 ('Kyoho' and 'Daebong'). After due consideration of differences in cultural and morphological characteristics of these two theoretically identical cultivars, it could be deduced that 'Daebong' is a bud sport of 'Kyoho' cultivar.

• Plant Resources
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• 제5권1호
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• pp.86-94
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• 2002

This study characterized the genetic variations of 13 populations of Asplenium antiquum and its relative species using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. A total 88 scorable RAPD bands were generated by the 12 random oligo primers and were analyzed by Nei and Li's genetic distance. High genetic variability was detected between A. antiquum and A. nidus, with the range from 0.568 to 0.682. And slightly low genetic variations showed within the populations of same species. Seven populations of A. antiquum showed slight differences (0.000-0.216), and five populations of A. nidus showed similar low genetic variations (0.114 to 0.171). Two individuals from Sup-seom Island which are growing in might be the regenerated one from abroad. A. antiquum were clustered as two groups (Group I, Group II) by UPGMA phenogram. And five populations of A. nidus were clustered as two groups correlated with geographical distribution. The RAPD data was very useful to define the genetic variations and to discuss the phylogenetic relationships among A. antiquum and the related species..

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2005년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.36-39
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• 2005

• 식물분류학회지
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• 제37권2호
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• pp.143-153
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• 2007

한국산 때죽나무과 식물 2속 2분류군(때죽나무, 쪽동백나무, 좀쪽동백나무, 나래쪽동백)에 대한 속간, 종간 및 종내 지역별 개체군간의 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석을 수행하였다. 반응을 보인 15개의 random primer에서 238개의 유전자 표지밴드가 나타났으며, 이를 근거로 UPGMA Phenogram을 작성하였다. 4종의 개체군들은 3개의 유집군으로 묶이는 결과를 보였다. 첫 번째 유집군은 때죽나무 개체군, 두 번째 유집군은 쪽동백나무 개체군-좀쪽나무 개체군이 묶였고, 세 번째 유집군은 나래쪽동백 개체군으로 유집되었다. 취급된 분류군들 중 두 번째 유집군에 속하는 쪽동백나무-좀쪽동백나무가 가장 밀접한 유연관계를 갖는 것으로 밝혀졌다. 따라서 RAPD 분석으로 속과 종을 분류할 수 있었다.