Lee, Dong Hyeon;Lee, Sun Keun;Lee, Sang Yong;Lee, Jong Kyu
Mycobiology
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제41권2호
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pp.86-93
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2013
Sequence characterized amplified region (SCAR) markers are one of the most effective and accurate tools for microbial identification. In this study, we applied SCAR markers for the rapid and accurate detection of Phytophthora katsurae, the casual agent of chestnut ink disease in Korea. In this study, we developed seven SCAR markers specific to P. katsurae using random amplified polymorphic DNA (RAPD), and assessed the potential of the SCAR markers to serve as tools for identifying P. katsurae. Seven primer pairs (SOPC 1F/SOPC 1R, SOPC 1-1F/SOPC 1-1R, SOPC 3F/SOPC 3R, SOPC 4F/SOPC 4R, SOPC 4F/SOPC 4-1R, SOPD 9F/SOPD 9R, and SOPD 10F/SOPD 10R) from a sequence derived from RAPD fragments were designed for the analysis of the SCAR markers. To evaluate the specificity and sensitivity of the SCAR markers, the genomic DNA of P. katsurae was serially diluted 10-fold to final concentrations from 1 mg/mL to 1 pg/mL. The limit of detection using the SCAR markers ranged from $100{\mu}g/mL$ to 100 ng/mL. To identify the limit for detecting P. katsurae zoospores, each suspension of zoospores was serially diluted 10-fold to final concentrations from $10{\times}10^5$ to $10{\times}10^1$ zoospores/mL, and then extracted. The limit of detection by SCAR markers was approximately $10{\times}10^1$ zoospores/mL. PCR detection with SCAR markers was specific for P. katsurae, and did not produce any P. katsurae-specific PCR amplicons from 16 other Phytophthora species used as controls. This study shows that SCAR markers are a useful tool for the rapid and effective detection of P. katsurae.
In this paper, we describe photonic sensor interface in SOPC(System on a programmable chip) platform. This platform uses device that has ARM922T processor and APEX FPGA area on a chip. We use two development kits. The one is embedded kit that using Intel's Xscale device, the another is SOPC kit that using Altera's Excalibur device. We implement some device logic that DMAC, ADCC, etc. and application.
NG-SDH 시스템은 광케이블 통하여 연결된 네트워크이다. 네트워크 동기제어기는 광전송시스템에서 데이터 동기에서 필수적이다. 본 논문에서 SOPC(system on a programmable chip) 설계 기술을 활용하여 네트워크 동기제어기를 설계한다. 설계를 위해 Altera사의 FPGA를 활용하고, FPGA안에는 32Bit CPU, DPRAM(dual port ram), 디지털 입출력포트, 송신 및 수신 프레이머, 위상차 검출기 등이 포함되어있다. 설계된 네트워크 동기제어기는 ITU-T G. 813에서 권고하는 동기기준(일시적인 응답에서의 MTIE, 원더 특성시 MTIE 및 TDEV, Holdover시 MTIE)을 만족함을 확인할 수 있다.
In this paper, we describe photonic sensor interface and driver program based on SOPC(System on a programmable chip) platform. This platform uses device that has ARM922T processor and APEX FPGA area on a chip. As for driver program development, three different methods are tried such as simple firmware, real-time OS based program and embedded Linux based program, and results are compared for SoC implementation.
Recently, a variety of intelligent robots are developed for the personal purpose beyond the industrial application. These intelligent robots have ranges of sensors, actuators, and control algorithms to their application. In this paper we propose a reconfigurable robot controller, $SR^2$c (The SOPC-based Reconfigurable Robot Controller), based on SOPC (System on a Programmable Chip), that can be reconfigurable easily by software. The proposed robot controller contains not only a processing module but also robot-specific IP's. To show a feasibility of the proposed robot controller, a small entertainment robot, Wizard-4 is implemented with a single chip controller as proposed in this paper.
This paper deals with the design of real-time embedded system using RTOS (real-time operating system) and SOPC (system on a programmable chip). It is, in general, known that RTOS has the problem of time delay caused by the multiple tasks and task management approach. Since the increase in time delay in real-time embedded system makes the overall system have the poor performance or the critical behavior of instability and unreliability, the method employed RTOS and SOPC is proposed to attack the above problems. The proposed system is implemented on the RC-motor controller and is verified by real experiment.
본 논문은 SOPC 기반 NIOS II 임베디드 프로세서와 C2H를 이용하여 무인 자동 객체 추적 시스템을 구현하였다. 단일PTZ 카메라를 이용한 디지털/아날로그 신호의 입출력, 이미지 프로세싱, 시리얼 통신 그리고 네트워크 통신의 제어를 C2H에 의한 IP 구성과 SOPC 기반 NIOS II 임베디드 프로세서에서 각각의 IP를 효과적으로 제어함으로써 다양한 모니터링 정보를 네트워크로 제공할 수 있는 시스템을 설계, 구현 하였다. SOPC 기반 NIOS II 임베디드 프로세서의 유연성과 고급 알고리듬의 복잡성을 소프트웨어 프로그래밍 언어의 C와 하드웨어 프로그래밍 언어로 유동적으로 컴파일하여 IP화 할 수 있는 특성을 적용함으로서 실시간적으로 무인 객체 추적할 수 있는 시스템의 성능을 향상 시킬 수 있었다.
Phytophthora katsurae는 밤나무 잉크병의 원인이 되는 병원성 균류이다. P. katsurae를 검출하기 위하여 2개의 duplex PCR primer set을 제작하였다(SOPC 1F/1R+KatI 3F/5R, SOPC 1-1F/1-1R+KatI 3F/5R). SOPC 1F/1R과 SOPC 1-1F/1-1R primer pair는 sequence characteristic amplification regions(SCAR)를 이용하여 제작하였고, KatI 3F/5R primer pair는 internal transcribed spacer(ITS) 부위로부터 제작하였다. 추출한 genomic DNA를 1 mg/ml에서 1 ng/ml까지 10배씩 순차적으로 희석하여 균사량에 따른 Duplex PCR의 민감도를 확인한 결과, 2개의 primer set은 각각 1 ${\mu}g/ml$와 100 ng/ml까지 검출이 가능하였다. 유주포자를 $1{\times}10^6$부터 $1{\times}10^2$ cells/ml까지 10배씩 순차적으로 희석하고 genomic DNA를 추출하여 P. katsurae의 유주포자량에 의한 검출 한계를 확인한 결과, 2개의 primer set 모두 $1{\times}10^5$ cells/ml까지 검출할 수 있었다. 각각의 primer set은 PCR 검출을 실시하였을 때 P. katsurae 균주에서만 PCR 산물이 증폭된 반면에, Phytophthora 16종에서는 P. katsurae에 특이적인 PCR 증폭산물이 생성되지 않았다. 따라서, 2개의 primer set을 이용한 Duplex PCR은 P. katsurae의 신속하고 효과적인 검출에 유용하게 활용될 수 있을 것이다.
This paper presents implementation of the lifting based DWT processor interface which the process of JPEG2000. The proposed architecture uses Excalibur device produced Altera. This study describes CIS(CMOS Image Sensor), DMA(Direct Memory Access) and DWT control logic
본 논문에서는 SOPC 기반 NIOSII 임베디드 프로세서와 C2H 컴파일러를 적용하여 영상 감시 시스템을 구현하였다. 카메라의 영상 신호 출력, 영상처리, 시리얼 통신 및 네트워크 통신의 제어를 위해 C2H 컴파일러에 의한 IP를 구성하였고, SOPC 및 NIOS II 임베디드 프로세서에 기반한 각각의 IP를 효과적으로 제어할 수 있도록 구현하였다. 그리고, 보다 빠르고 환경에 강인한 이동 물체 검출을 위한 방법으로 배경영상을 갱신하는 알고리듬을 적응 가우시안 혼합 모델(AGMM)을 제안하였다. 그 결과 주간 및 야간에서도 이동 물체를 잘 검출할 수 있었다. 실험을 통해 제안된 AGMM 알고리듬이 적응 임계치법(ATM)과 가우시안 혼합모델(GMM)보다 이동하는 보행자 및 차량의 검출에서 우수함을 확인하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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