• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.56-60
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• 2001

탄저균의 분자적 다양성 분석은 다양한 DNA표지의 부족으로 쉬운 일이 아니어서, 본 연구에서는 random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR을 이용하여 Bacillus 속으로부터 탄저균을 구별할 수 있는 새로운 DNA 표지를 개발하고자 하였다. RAPD-PCR을 이용한 분석은 다양한 Bacillus 종으로부터 탄저균을 동정할 수 있었으며, 아울러 Bacillus 종 사이에서 확실한 유전적인 변이를 확인할 수 있었다. 이러한 분석은 간단, 신속하고, 그리고 정확하게 탄저균을 진단하는데 활용할 수 있다고 본다.

• 한국식물병리학회지
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• 제13권1호
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• pp.5-12
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• 1997

Genetic diversity of forty-four strains of Xanthomonas campestris pv. vesicatoria from diverse geographic origins was investigated using random amplified polymorphic DNA (RAPD) of genomic DNA. One hundred and thirty-seven amplified fragments were produced by polymerase chain reaction with a set of 14 random primers, and the sizes of amplified DNA fragments ranged approximately from 0.3 to 3.2 kb. Cluster analysis of genetic similarity among the strains generated the dendrogram that clearly separated all strains from each other. The 44 strains of X. campestris pv. vesicatoria were classified into 4 major genomic DNA RAPD groups and 15 subgroups at the genetic similarity of 0.60 and 0.92, respectively. The strains from foreign countries formed discrete subgroups, but the United States strain 87-77 clustered closely with some of Korean strains together. Thirty-nine Korean strains were classified into 11 subgroups, and especially Masan strain Ms93-1 clustered distinctly far from the other Korean strains. RAPD polymorphism suggests strongly the occurrence of genetic differentiation of X. campestris pv. vesicatoria and the existence of genetically distinctive subgroups among the populations in Korea.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권1호
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• pp.41-46
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• 1996

본 실험은 이병 딸기의 조직에서 분리 동정된 시들음병균(Fusarium oxysporum f. sp. fragariae) 균주들의 유？거 변이를 random amplified polymorphic DNA(RAPD) marker들을 이용하여 조사하였다. 총 24개의 딸기 시들음병 균주들의 DNA를 주형으로 하여 16개의 random 10-mer primer들을 사용하여 증폭시킨 결과 총 231개의 marker들을 이용하여 유전적 변이를 조사해 본 결과 크게 RAPD I과 RAPD II의 2개 그룹으로 나눌 수 있었다. RAPD I그룹에 속하는 균주는 VCG A에 속하는 Y1, K1, K2, K3, K4, N2, N3, N4-1, N6-1, N6-2, N8, N9, N10, M1-2-1 균주, VCG B에 속하는 M4-1 균주 그리고 VCG C에 속하는 N1, Y2 균주들이었고, RAPD II그룹에는 VCG B에 속하는 M1-1, M2-2-1, M2-4-2, M3-2, M3-3-2 균주와 VCG D에 속하는 N1 1 균주가 속하였다. 이들 2그룹 간에는 31%의 유사성이 있었다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권2호
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• pp.67-72
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• 2003

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA 조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA pattern을 이용하여 리스테리아 모노사이토제네스를 분류할 수 있다. 리스테리아균들을 효과적으로 RAPD typing 할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 리스테리아 표준균주 13종을 대상으로 총 31가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 6가지 primer(primer 6, HLWL74, UBC155, UBC127, Lis5, Lis11)가 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 리스테리아의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다.

• 한국양식학회지
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• 제10권3호
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• pp.321-326
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• 1997

The random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique was used to anlayze six isolates of two species of Porphyra, P. yezoensis and P. tenera. Four 21-mer prrmers were combined randomly into six groups of double primers and screened for DNA amplification using nuclear and chloroplast tempate DNA. The RAPD patterns resulting from RnRc and CnCc primers provided evidence for both genetically homo-and heterogeneous populations of P. yezoensis and P. tenera. Similarity values obtained by RnRc primer analysis of nuclear DNA varied from 0.364 to 0.714 and those of chloroplast DNA were high, ranging from 0.727 to 1.000, except for P. yezoensis (Enoura).

• 한국균학회지
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• 제25권3호통권82호
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• pp.219-225
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• 1997

한국의 7가지 대표적인 표고품종에 대하여 RAPD(Random Amplified Polymorpic DNA) 검정을 실시하여 품종간의 구분이 가능한 지를 시도하였다. 표고 품종간의 계통분류에 적합한 RAPD marker를 생성시키기 위하여 OPA-01에서 OPA-20까지 20개의 primer를 사용한 결과, 9가지의 primer는 품종식별에 유용한 RAPD pattern을 보였으나, 나머지 11가지의 primer는 품종 식별에 사용하기 어려운 것으로 나타났다. 9가지 primer중 7개 품종을 모두 구분할 수 있는 단일 primer는 없었지만, 9가지중 2개의 조합을 취하면 어떤 경우도 7개의 표고 품종을 구분지울 수 있음으로써 RAPD 검정법이 표고 계통의 분류에 매우 정밀한 방법임을 알 수 있다.

• 한국한의학연구원논문집
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• 제13권1호통권19호
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• pp.147-152
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• 2007

As a result to amplifying 12 samples of 'Sok-dan' through an random amplified polymorphic DNA (RAPD) method using eighteen DEC and URP primers, distinct band forms enabling discrimination of Phlomus umbrosa and Dipsacus asperoides were observable in the UBC 320 primer, UBC 367 primer, UBC 385 primer, UBC 414 primer, UBC 423 primer, URP 3 primer, URP 5 primer and URP 9 primer. The polymorph result amplified with a random primer was evaluated through Gelcompar II, showing a result dividable into two groups. The divided groups were the dried sample group of Dipsacus asperoides and the group of Phlomis umbrosa. In order to recognize the distinction between Dipsaci Radix types, the genetic variation of 'Sok-dan' produced domestically and imported was evaluated through RAPD, and the potential to distinguish these in forms of dried medicine was identified, presenting a method to authentification of Phlomis umbrosa and Dispacus asperoides.

• 대한의생명과학회지
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• 제9권4호
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• pp.183-187
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• 2003

Pseudomonas aerugionsa is a commonly isolated nosocomial pathogen. DNA fingerprinting of P. aerugionsa is examined by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). In this study, P. aeruginosa were isolated from environmental and clinical specimens and the molecular typing of the microorganisms was investigated by RAPD. Thirty strains of P. aeruginosa were selected from the strains isolated formerly and submitted for type identification to the University Hospital. 15 strains of P. aeruginosa were received from Chungnam University Hospital and 14 strains from Gyeongsang University Hospital. DNA of P. aeruginosa was extracted by Qiagen genomic DNA kit. PCR mixtures were set up and incubated, Reactions mixtures were made to be optimal for P. aeruginosa. RAPD typing analysis was carried out by the multivariate statistical program (MVSP) V3.0. RAPD type I was the most common pattern and included 23 strains. Most of strains from Gyeongsang University Hospital belonged to RAPD type lb and 15 strains from Chungnam University Hospital to RAPD type I or II. RAPD typing of P. aeruginosa isolated from the environmental and clinical specimens was very simple and reproducible.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권4호
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• pp.224-228
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• 2003

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA band유형을 이용하여 살모넬라를 분류할 수 있다. 살모넬라를 효과적으로 RAPD typing할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 살모넬라 표준군주 16종을 대상으로 총 20가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 primer A, OPG04, OPG10, OPL-03을 16가지 균 모두를 다른 유형으로 분리하였고 primer OPB-17, OPB-6, OPG08, OPL-02는 15가지 유형으로 분리하였다. 이들은 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장창 살모넬라의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육 공장의 오염원 구명을 위한 연구를 수행 중이다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제18권1호
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• pp.35-42
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• 1998

Eleven Italian ryegrass cultivars were examined for their genetic polymorphisms and phylogenetic relationships using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. In RAPD analysis of 34 random primers, 96 of total 162 bands obtained from 16 primers were polymorphic and sizes of polymorphic band ranged between 0.5 and 1.5kb. Number of bands amplified per primer was varied from 3 to 16 and average number was 14.8. Phylogenetic relationship among cultivars based on the RAPD analysis was examined using UPGMA computer program. In pairwise genetic similarity test of 11 Italian ryegrass cultivars, Grazer and Orlando showed highest coefficient of genetic similarity as 0.740, whereas Marshall and Orlando was lowest as 0.438. Eleven Italian ryegrass cultivars were grouped into 3 major clusters and genetic distance of clusters ranged between 0.567 and 0.646, indicating low level of genetic variation.