• 제목/요약/키워드: Genetic test

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Simple Statistical Tools to Detect Signals of Recent Polygenic Selection

  • Piffer, Davide
    • Interdisciplinary Bio Central
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    • 제6권1호
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    • pp.1.1-1.6
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    • 2014
  • A growing body of evidence shows that most psychological traits are polygenic, that is they involve the action of many genes with small effects. However, the study of selection has disproportionately been on one or a few genes and their associated sweep signals (rapid and large changes in frequency). If our goal is to study the evolution of psychological variables, such as intelligence, we need a model that explains the evolution of phenotypes governed by many common genetic variants. This study illustrates simple statistical tools to detect signals of recent polygenic selection: a) ANOVA can be used to reveal significant deviation from random distribution of allele frequencies across racial groups. b) Principal component analysis can be used as a tool for finding a factor that represents the strength of recent selection on a phenotype and the underlying genetic variation. c) Method of correlated vectors: the correlation between genetic frequencies and the average phenotypes of different populations is computed; then, the resulting correlation coefficients are correlated with the corresponding alleles' genome-wide significance. This provides a measure of how selection acted on genes with higher signal to noise ratio. Another related test is that alleles with large frequency differences between populations should have a higher genome-wide significance value than alleles with small frequency differences. This paper fruitfully employs these tools and shows that common genetic variants exhibit subtle frequency shifts and that these shifts predict phenotypic differences across populations.

배전계통에서 GA를 이용한 접속변경 순서 결정 방법 (Study of Connection Process in Distribution systems using Genetic Algorithm)

  • 오선;서정갑
    • 한국위성정보통신학회논문지
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    • 제6권1호
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    • pp.6-11
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    • 2011
  • 본 논문에서는 전기 배전시스템에서 부하단의 실시간 변화에 따른 배전시스템의 안정적인 운용을 가능하게 하기 위해서 유전자 알고리즘 방법을 사용한 방법에 대해서 연구하였다 배전시스템의 안정적인 운용은 각각의 배전 구역에서의 안정성을 향상시킨다는 중요한 장점을 가지고 있다 본 논문에서는 배전계통에서 가장 어려운 것으로 평가되는 접속절차에 대한 접근을 기반의 신뢰성 모델에 기초하여 수행하였다 유전자 알고리즘은 일반적인 생물계에서의 생존을 위한 진화의 과정을 구현한 것으로서 본 논문에서는 개의 노드와 개의 배전영역을 갖는 배전시스템을 대상으로 유전자 알고리즘을 적용한 배전시스템 최적화를 구현하였다.

Optimum Design of Sandwich Panel Using Hybrid Metaheuristics Approach

  • Kim, Yun-Young;Cho, Min-Cheol;Park, Je-Woong;Gotoh, Koji;Toyosada, Masahiro
    • 한국해양공학회지
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    • 제17권6호
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    • pp.38-46
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    • 2003
  • Aim of this article is to propose Micro-Genetic Simulated Annealing (${\mu}GSA$) as a hybrid metaheuristics approach to find the global optimum of nonlinear optimisation problems. This approach combines the features of modern metaheuristics such as micro-genetic algorithm (${\mu}GAs$) and simulated annealing (SA) with the general robustness of parallel exploration and asymptotic convergence, respectively. Therefore, ${\mu}GSA$ approach can help in avoiding the premature convergence and can search for better global solution, because of its wide spread applicability, global perspective and inherent parallelism. For the superior performance of the ${\mu}GSA$, the five well-know benchmark test functions that were tested and compared with the two global optimisation approaches: scatter search (SS) and hybrid scatter genetic tabu (HSGT) approach. A practical application to structural sandwich panel is also examined by optimism the weight function. From the simulation results, it has been concluded that the proposed ${\mu}GSA$ approach is an effective optimisation tool for soloing continuous nonlinear global optimisation problems in suitable computational time frame.

산술 연산자 기반 유전자 프로그래밍을 이용한 암 분류 규칙 발견 (Rule Discovery for Cancer Classification using Genetic Programming based on Arithmetic Operators)

  • 홍진혁;조성배
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제31권8호
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    • pp.999-1009
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    • 2004
  • 최근 생물정보 기술이 암 진단의 새로운 방법으로 관심을 모으고 있다. 다양한 기계학습 기법이 적용되어 우수한 결과를 얻고 있지만 의학 분야에서는 정확률이 높은 분류기뿐만 아니라 획득된 분류규칙을 사람이 분석하고 이해할 수 있어야 한다. 생물정보 기술에서 많이 이용되는 유전자 발현 데이터는 데이타 내에 수천 내지 수만의 변수가 존재하며, 직접 이들 사이의 복잡한 관계를 표현하고 이해하는 것은 매우 어렵다. 본 논문에서는 이러한 어려움을 극복하기 위해 유전자 발현 데이타에서 분류에 유용한 특징들을 추출하고 산술 연산자 기반 유전자 프로그래밍으로 암 분류규칙을 생성하는 방법을 제안한다. 림프종 유전자 발현 데이타에 대하여 실험하여 96.6%의 인식률을 얻었으며, 획득된 분류 규칙을 분석하여 다양한 지식을 발견할 수 있었다.

종묘방류 해역에서 채집 된 참전복의 microsatellte marker에 의한 유전 다양성 및 집단 구조 (Genetic Variability and Population Structure of Pacific Abalone Haliotis discus hannai Sampled from Stocked Areas Using Microsatellite DNA Markers)

  • 정달상;박철지;전창영
    • 한국수산과학회지
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    • 제41권6호
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    • pp.466-470
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    • 2008
  • Microsatellite DNA markers were used to investigate the genetic diversity and population structure of Pacific abalone Haliotis discus hannai collected from six locations (Uljin, Ulsan, Daechon, Taean, Wando, and Yosu) where hatchery-produced abalone have been released intensively. There was no distinguishable difference in the observed and expected heterozygosities between the six populations and a cultured population. However, there was a difference in the number of alleles per locus: 12.8 for the cultured population and 13.8 to 15.8 for the six populations. The proportion of stocked abalone ranged from 41.1 to 92.7% for wild-caught populations with a decreasing tendency of alleles per locus for an increasing proportion of stocked abalone. A departure from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) assessed using the Markov chain procedure (P<0.05) was observed in the six populations and cultured population at loci Hdh145 and Hdh5l2. The pairwise Fst test (P<0.05) showed a significant difference between the Uljin and Ulsan populations and four remaining populations (Wando, Daechon, Yosu, and the cultured population), among which the Wando population differed less than the other three populations (Daechon, Yosu, and the cultured population).

분산 유전자 알고리즘을 이용한 컬러 이미지의 영역분할 (Region Segmentation of a Color Image using a Distributed Genetic Algorithm)

  • 조찬윤;김상균
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제3권5호
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    • pp.470-478
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    • 2000
  • 컬러 영상들은 응용 분야별로 독특한 특성을 가지고 있다. 따라서 실용적인 영상 분할 시스템을 구축하기 위해서는 특정 영상에 독립적인 방법을 개발할 필요가 있다. 본 논문에서는 분산 유전자 알고리즘을 이용한 컬러 유방암조직 영상의 분할 방법을 제안한다. 컬러 유방암조직영상에서 양성 세포핵과 음성 세포핵을 분할하기 위해서, 컬러 정보를 효과적으로 반영하는 개선된 평가함수 및 유전연산 기반의 분산 유전자 알고리즘을 이용한다. 또한 성능 향상을 위하여 영상에서의 대표색을 추출하여 초기치로 활용한다. 유효성을 입증하기 위한 실험에서 안정된 분할 결과를 보였으며 이는 제안한 방법이 제한된 컬러를 가진 제한된 개체를 분할할 때 실용화 할 수 있음을 제시한다.

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최신 비침습적 산전 유전 검사(NIPT)의 임상 적용과 간호학적 의미 (Reviewing Articles Related to Recent Advances in Non-invasive Prenatal Testing and Nursing Implications)

  • 전명희;신계영;허명행;최경숙
    • 한국간호교육학회지
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    • 제19권4호
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    • pp.675-683
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    • 2013
  • Purpose: Nineteen articles were analyzed to gather opinions and nursing implications about NIPT recently launched. Methods: Nineteen articles were selected from EBSCO (eBook business collection), Google Scholar, and two Korean academic d-bases with key words 'prenatal screening testing', 'prenatal genetic diagnostic testing', NIPT or 'cell free DNA (cfDNA)'. Authors developed a framework for analyzing the 19 articles including opinions and suggestions for future implications. Results: Eleven articles written by the first author affiliated with medicine or genetics, viewed NIPT as promising because of safety, accuracy, early detectability and cost effectiveness. Articles written by journalists or authors affiliated with history and ethics were concerned with the possible risk of ELSI (ethical, legal, social issues), erratic interpretation of test results, and lack of genetic counseling service. Conclusion: With consideration of Korean clinical, and legal circumstances, not only pregnant women and families but also health professionals must prepare for clinical NIPT implications including updating prenatal genetic testing, counseling services, protecting ELSI and amulticultural team approach.

임상간호사의 낙태 태도, 산전기형아 검사 관련 지식도 및 정보요구도 (Clinical Nurses' Attitudes towards Termination of Pregnancy, Knowledge of, and Information Needs for, Prenatal Genetic Screening and Diagnosis)

  • 신계영;전명희;김혜경
    • 근관절건강학회지
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    • 제26권3호
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    • pp.184-194
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    • 2019
  • Purpose: There has been a considerable increase in the number of women giving birth at advanced age. The genetic screening of such women is highly desirable. Clinical nurses, however, are not adequately trained to assist such clients. This study aims at identifying the educational needs of nurses in order for them to provide better care and treatment for such women. Methods: 206 South Korean clinical nurses participated in this study. Study variables were measured by nurses' attitudes toward terminating pregnancy (ATP), knowledge of prenatal genetic screening and diagnosis (K-PGSD), and information needs for prenatal genetic screening and diagnosis (I-PGSD). The statistical analysis included T-test, analysis of variance and Pearson's Correlation Coefficient. Results: Mean scores were 34.57±5.73 for ATP, 16.44±3.04 for K-PGSD, and 78.81±10.95 for I-PGSD. The findings demonstrate that nurses have high information needs (I-PGSD) to take better care of women who have positive results from their amniocentesis tests. Conclusion: Information needs among clinical nurses are not currently being met. Education for nurses must include training in counseling to encourage patients' autonomous decision-making regarding their pregnancies.

유전 알고리즘을 이용한 Max-Plus 기반의 뉴럴 네트워크 최적화 (Optimization of Max-Plus based Neural Networks using Genetic Algorithms)

  • 한창욱
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제14권1호
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    • pp.57-61
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    • 2013
  • 본 논문에서는 하이브리드 유전 알고리즘을 이용한 morphological 뉴럴 네트워크 (MNN)의 최적화 방법을 제안하였다. MNN은 max-plus 연산을 기반으로 하고 있으므로 경사 학습법에 의한 파라미터 학습이 매우 어렵다. 이러한 문제를 해결하기 위해 하이브리드 유전 알고리즘을 이용하여 MNN의 파라미터들을 학습하였다. 제안된 방법의 유용성을 보이기 위해 SIDBA(standard image database) 표준영상에서 추출된 테스트 영상을 이용한 영상 압축/복원 실험을 수행하였고, 그 결과 제안된 방법에 의한 복원 영상이 합-곱 연산에 기반한 기존의 뉴럴 네트워크에 의한 복원영상보다 우수함을 알 수 있었다.

적응 분할법에 기반한 유전 알고리즘 및 그 응용에 관한 연구 (A Study on Adaptive Partitioning-based Genetic Algorithms and Its Applications)

  • 한창욱
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제13권4호
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    • pp.207-210
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    • 2012
  • 유전 알고리즘은 확률에 기반한 매우 효과적인 최적화 기법이지만 지역해로의 조기수렴과 전역해로의 수렴 속도가 느리다는 단점이 있다. 본 논문에서는 이러한 단점을 보완하기 위해 적응 분할법에 기반한 유전 알고리즘을 제안하였다. 유전 알고리즘이 전역해를 효과적으로 찾도록 하는 적응 분할법은 최적화의 복잡도를 줄이기 위해 탐색공간을 적응적으로 분할한다. 이러한 적응 분할법은 탐색공간의 복잡도가 증가할수록 더 효과적이다. 제안된 방법을 테스트 함수의 최적화 및 도립진자 제어를 위한 퍼지 제어기 설계 최적화에 적용하여 그 유효성을 보였다.