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Isolation and Characterization of a Novel Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase, AtCK, from Arabidopsis

  • Jeong, Jae Cheol;Shin, Dongjin;Lee, Jiyoung;Kang, Chang Ho;Baek, Dongwon;Cho, Moo Je;Kim, Min Chul;Yun, Dae-Jin
    • Molecules and Cells
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    • 제24권2호
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    • pp.276-282
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    • 2007
  • Protein phosphorylation is one of the major mechanisms by which eukaryotic cells transduce extracellular signals into intracellular responses. Calcium/calmodulin ($Ca^{2+}/CaM$)-dependent protein phosphorylation has been implicated in various cellular processes, yet little is known about $Ca^{2+}/CaM$-dependent protein kinases (CaMKs) in plants. From an Arabidopsis expression library screen using a horseradish peroxidase-conjugated soybean calmodulin isoform (SCaM-1) as a probe, we isolated a full-length cDNA clone that encodes AtCK (Arabidopsis thaliana calcium/calmodulin-dependent protein kinase). The predicted structure of AtCK contains a serine/threonine protein kinase catalytic domain followed by a putative calmodulin-binding domain and a putative $Ca^{2+}$-binding domain. Recombinant AtCK was expressed in E. coli and bound to calmodulin in a $Ca^{2+}$-dependent manner. The ability of CaM to bind to AtCK was confirmed by gel mobility shift and competition assays. AtCK exhibited its highest levels of autophosphorylation in the presence of 3 mM $Mn^{2+}$. The phosphorylation of myelin basic protein (MBP) by AtCK was enhanced when AtCK was under the control of calcium-bound CaM, as previously observed for other $Ca^{2+}/CaM$-dependent protein kinases. In contrast to maize and tobacco CCaMKs (calcium and $Ca^{2+}/CaM$-dependent protein kinase), increasing the concentration of calmodulin to more than $3{\mu}M$ suppressed the phosphorylation activity of AtCK. Taken together our results indicate that AtCK is a novel Arabidopsis $Ca^{2+}/CaM$-dependent protein kinase which is presumably involved in CaM-mediated signaling.

8학년 학생들의 탐구 보고서에 나타난 과학방법의 특징 (Characteristics of Scientific Method for the 8th Grade Students‘ Inquiry Reports)

  • 신미영;최승언
    • 한국지구과학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.341-351
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    • 2008
  • 본 연구의 목적은 8학년 학생들의 탐구보고서에 제시되어 있는 과학방법의 특징을 조사하려는 것이다. 문헌 연구로부터 과학의 본성을 고려하여 '과학방법과 정보출처 분석'이라는 분석들을 개발하였으며, 이를 사용하여 학생들의 '방법설계', '데이터분석', 정보출처'를 분석하였다. 그리고 분석 결과를 질문수준과 비교하여 '과학방법'이 질문수준의 영향을 받는지 조사하였다. 또한, 학생들이 탐구 활동을 하면서 '과학방법'을 설계할 때 겪는 어려움을 알기 위해 실시한 설문지의 응답을 분석하였다. 결과는 첫째, '방법설계'는 자문과 활동이 있으며, 활동은 실험, 상관연구, 관찰을 말한다. 그 중에서 학생들은 '자문'으로 설계하는 경우가 많았다. 활동을 설계한 경우, 대부분의 학생들은 '실험'을 설계하였다. 둘째, '데이터분석'은 요약, 표, 도표, 그래프 등이 있으며, 학생들은 '요약' 형태로 그들의 데이터를 분석하는 경우가 많았다. 그리고 '요약'은 '단순요약'과 '관계진술'로 구분되었다. 셋째, '정보출처'는 컴퓨터, 도서관, 전문가 상담이 있으며, 대부분의 학생은 정보를 '컴퓨터'에서 구하였다. 넷째, 학생들의 '방법설계'와 '요약'은 질문수준의 영향을 받는 것으로 나타났다. 다섯째. 일부 학생들은 정보가 부족하거나 부정확할 뿐 아니라 정보에 제시된 전문 용어가 어려워 '방법설계'가 어렵다고 하였다.

유사어 벡터 확장을 통한 XML태그의 유사성 검사 (Similarity checking between XML tags through expanding synonym vector)

  • 이정원;이혜수;이기호
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제29권9호
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    • pp.676-683
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    • 2002
  • XML(extensible Markup Language)문서가 웹 문서의 표준으로 자리 매김 할 수 있는 가장 큰 성공요인은 사용자가 문서 타입을 기술할 수 있는 유연성(flexibility)이다. 그러나 XML의 유연성으로 야기되는 문제점은 동일한 의미를 표현하기 위해 XML문서 작성자마다 서로 다른 태그명과 구조를 사용한다는 점이다. 즉 서로 다른 태그 집합, 요소(element), 속성(attribute)에 대한 서로 다른 이름 또는 다른 문서 구조로 인해 다른 태그로 표현된 문서는 서로 다른 부류의 문서로 간주되기 쉽다. 따라서 본 논문은 XML태그에 내재된 의미 정보(semantic information)와 구조 정보(structured information)를 추출하여 의미적으로 최대한 유사한 동의어로 확장하고, XML문서의 확장된 태그간의 의미적 유사도를 비교 분석할 수 있는 개념 기반의 태그 패턴 매처(Tag Pattern Matcher)를 설계 구현하였다. 두 XML문서의 태그간의 의미적 유사도에 가중치를 부여하여 기존의 비구조적인(semi-structured) 문서를 위한 벡터 스페이스 모델(vector space model)을 확장함으로써 두 XML문서가 유사한지를 파악할 수 있다.

ORYZA2000 모델에 기반한 격자형 벼 생육 모의 지원 시스템 개발 (Development of a Gridded Simulation Support System for Rice Growth Based on the ORYZA2000 Model)

  • 현신우;유병현;박진유;김광수
    • 한국농림기상학회지
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    • 제19권4호
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    • pp.270-279
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    • 2017
  • 최적의 재배관리나 식량생산 관력 정책 수립의 위해 지역적인 작물 생산성 모의 정보들이 사용 될 수 있다. 국내 주요 작물인 벼의 생산성 예측을 위해 ORYZA2000 모델이 널리 사용되어 왔지만, 지역 규모에서 생산성을 예측하기 위한 격자별 작물 모델 구동 체계는 보고되어 있지 않다. 본 연구에서는 격자형식의 입력자료를 사용하여 작물 모델을 구동하고 공간적인 생산성 예측자료를 생산할 수 있는 시스템을 개발하였다. 이를 위해 입출력 처리 모듈과 격자별 모델 구동 모듈을 개발하였으며, 각각의 모듈은 C++와 R을 이용하여 구현되었다. 사례 연구를 위해 남한의 논 지역을 대상으로 2000년대에 대한 생산성을 모의하였다. 1km 및 12.5km 해상도의 격자형 기상자료로부터 13000여개의 기상입력자료가 생성되었다. 관행적인 재배관리 설정을 사용하여 격자별로 구동을 하였으며, 출력자료는 다시 netCDF 형태의 격자형 자료로 취합하였다. 모의된 벼 생산성의 공간적 분포는 실제 분포와 비슷한 경향을 보였으나, 실제 생산성과는 차이가 있었다. 이러한 차이는 이앙시기, 품종 등의 재배관리의 차이 또는 기상자료의 불확실성에 의해 생기게 된다. 본 연구에서 개발된 격자별 모델 구동 시스템을 통해 다른 작물 모델을 이용한 격자별 모의가 가능할 것이다.

전자저널 빅딜 계약의 연구 동향과 대안 탐색 (Seeking Alternative Models and Research Trends for Big Deals in the Electronic Journal Consortium)

  • 김상준;김정환
    • 정보관리연구
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    • 제42권1호
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    • pp.85-111
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    • 2011
  • 본 연구의 목적은 빅딜 계약이 큰 비중을 차지하면서 전자저널 컨소시엄 유지를 위한 예산 확보가 학술도서관의 최대 이슈로 자리 잡은 상황에서 빅딜 계약의 대안을 탐색하는 것이다. 이를 위해 빅딜 계약의 현황, 장단점, 문제점에 대한 대응을 토대로 빅딜 계약을 대체하는 다양한 모델을 조사하였다. 문헌연구를 통해 빅딜 계약의 대안을 OA 기반, 이용량 기반, 컨소시엄 개선 기반, 출판사 주도, 기타 등으로 살펴본 후 KESLI를 위해 단기적으로 Cost division 형식이지만 중장기적으로 보다 강화된 컨소시엄을 기반으로 Single(bloc) payment 형식이나 National licene 형식을 지향하는 '컨소시엄 비용 재배분 모델'을 대안으로 제시하였다. '컨소시엄 비용 재배분 모델'은 최근 1년분의 각종 데이터를 기초로 PDF와 HTML 다운은 3배의 가중치를 부여하되 나머지 14개 요소는 각 요소별 0.5점부터 5점까지로 총 100점 만점으로 합산해 자관 총점의 순위에 따라 국가 단위로 협상된 KESLI 총액을 10, 20, 30 등급으로 확정해 최종 협상된 금액에 맞게 다시 배분하여 구독액을 결정하는 방식이다.

고정(藁精) 혼합비율에 따른 한지의 물성 비교 (A Quality Comparison of Traditional Korean Papers: Mixtures of Bast-Fiber with Straw pulp(Rice straw paper) in Different Composition Ratio)

  • 정선영
    • 펄프종이기술
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    • 제39권1호
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    • pp.48-55
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    • 2007
  • The aim of this article is to review the general property of the famous traditional Korean paper, "rice straw paper"(Bast-Fiber mixed with straw pulp), and to compare the paper qualities varying with the composition ratio of straw pulp, in order to revive the traditional paper in modem Korea. The experiment was carried out by making first the two different mixture papers, i. e., one is the paper of 50% bast fiber mixed with 50% straw pulp, and the other is the paper of 75% bast fiber with 25% oats straw pulp, and finally the 100% bast fiber paper was made for the purpose of comparison. The qualitative properties of these three kinds of paper with the different mixing ratio of the straw pulp were evaluated, and the findings of the experiment can be summarized as follow: 1. As to the quality aspects of the paper strength like tensile strength, breaking length, elongation, and tear strength, the test proved the 100% bast fiber paper as best, and the 50% mixed paper as the next good one. 2. In aspect of the printing adaptability such as density, opacity, brightness, whiteness, lab colors, air permeability, and roughness, the 50% mixed paper proved to be the best, due to the short cells in the straw pulp. 3. As to the air permeability, the larger ratio of straw pulp was found to be the lesser, and 75% bast fiber with 25% straw pulp mixture paper and the 100% bast fiber one were found 1/5 degree efficient. 4. In terms of the water absorption degree, 100% bast fiber paper was the fastest, but in case of mixture paper, 50% mixed one was a little faster up to the point of 1cm, while the two kinds of mixed ones appear to be almost similar to each other beyond the point. 5. The straw pulp mixed paper, especially the 50% mixed one was evaluated as the highest by the calligraphers who had experienced using the papers in terms of movement and feeling of the caligraphy and painting. In addition, although the 25% mixed paper is judged to be good for book printing because of the strength, the 50% mixed paper can be thought to be more desirable for painting and calligraphy. In conclusion, we will be able to make the quality paper with durability, by mixing the straw pulp with the bast fiber in proper ratio, following the tradition of Korean paper making.

Bacillus subtilis를 이용한 대두 발효식품의 혈전용해능

  • 정영기
    • 한국생명과학회:학술대회논문집
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    • 한국생명과학회 2001년도 제32회 학술심포지움
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    • pp.67-86
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    • 2001
  • A strain producing strongly fibrinolytic enzyme was isolated from soil and was identified to be Bacillus subtilis by biochemical and physiological characterization. The optimal culture conditions for the production of fibrinolytic enzyme was determined to be 1.0% tryptone, 1.5% soluble starch, 0.5% Peptone, 0.5% NaCl, $(NH_{4})_{3}PO_4.3H_{2}O, and MgSO_{4}.7H_{2}O.$ Initial pH and temperature were pH 8.0 and $30^{\circ}C$ , respectively, The highest enzyme production was observed at 30 hours of cultivation at $30^{\circ}C$ The fibrinolytic enzyme was purified to homogeneity by DEAE Sephadex A-50 ion exchange column chromatography, 70% ammonium sulfate precipitation, Sephadex G-200 and G-75 gel filtration column chromatography. The molecular weight of the purified enzyme was 28,000 as determined by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis. A gene encoding the fibrinolytic enzyme was cloned into a plasmid vector pBluescript, transforming E.coli XL-1 Blue. The clone was able to degrade fibrin, This indicated that the gene could encode a fibrinolytic enzyme. The nucleotide sequence of the 2.7 kb insert was determined in both direction. One open reading frame composed of 1023 nucleotides was found to be a potential protein coding region. There was the putative Shine-Dalgano sequence and TATA box upstream of the open reading frame. The homology search data in the genome database showed that both the 2.7 kb insert and 1 kb open reading frame carried no significance in the nucleotide sequence of known fibrinolytic enzyme from Bacillus serovars. The recombinant cell harboring the novel gene involved in fibrinolysis was subjected to protein purification. The molecular mass of the purified fibrinolytic enzyme was determined to be 31864 Dalton, which was highly in accordance with the molecular mass(33 kDa) of the fibrinolytic gene deduced from the insert. The fibrinolytic enzyme was Purified 50.5 folds to homogeneity in overall yield of 10.7% by DEAE Sephadex A-50 ion exchange, 85% ammonium sulfate precipitation, Sephadex G-50, Superdex 75 HR FPLC gel filtration. In conclusion, a novel fibrinolytic gene from Bacillus subtilis was identified and characterized by cloning a genomic library of Bacillus subtilis into pBleuscript. For the soybean fermented by this strain, it is found that there increased assistant protein about 20% compared to the soybean not fermented and increased about 30% according to amino acid analysis and, in particular, essential amino acid increased about 40%. When keeping this fermented soybean powder at room temperature for about 70days, it showed very high stability maintaining almost perfect activity and, therefore, it gave us great suggestion its possibility of development as a new functional food.

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알레르기성 비염에 대한 한약 및 양약 국소비강외용제의 효과 비교 : 체계적 문헌 고찰 (Comparison of the Effects of Topical Nasal Application on Allergic Rhinitis between Korean and Western Medicine : A Systematic Review of Randomized Controlled Trials)

  • 조효림;오세희;김선혜;성원석;홍승욱;김은정
    • 한방안이비인후피부과학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.62-89
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    • 2019
  • Objectives : The purpose of this study is to evaluate the effectiveness and safety of topical nasal application of Herbal medicine compared with Western medicine in the treatment of Allergic Rhinitis(AR). Methods : Electronic databases including Cochrane library, PubMed, EMBASE, CNKI, KMBASE, KISS, NDSL, OASIS, KISS and KJTK(Korean Traditional Knowledge Portal) were searched by the keywords such as 'allergic rhinitis', 'nasal sprays', 'herbal medicine', 'plant extracts', and 'external application'. The quality of each RCTs was assessed by Cochrane Collaboration of 'Risk of bias(RoB) Tool'. Results : 19 RCTs were finally selected from 1419 references screened. 19 RCTs were compared with the effects of topical nasal application of Herbal medicine and Western medicine. Based on the symptom scores from 13 RCTs, topical nasal application of herbal medicine generally has a better effect on relief of AR. The two treatments have similar effects on improving the level of specific factors like IgE, IgG, IL-13, $uLTD_4$ in blood and urine. 8 RCTs showed adverse effects(AEs) in both groups and severe AEs were not reported. Conclusions : This study shows that topical nasal application of herbal medicine can improve symptoms and related factors of allergic rhinitis. Well-designed RCT studies with low risk of bias should be conducted to confirm these findings.

CRT를 이용한 하이래딕스 RSA 모듈로 멱승 처리기의 구현 (Implementation of High-radix Modular Exponentiator for RSA using CRT)

  • 이석용;김성두;정용진
    • 정보보호학회논문지
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    • 제10권4호
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    • pp.81-93
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    • 2000
  • 본 논문에서는 RSA 암호 시스템의 핵심 연산인 모듈로 멱승의 처리속도를 향상시키기 위한 방법으로 하이래딕스 (High-Radix) 연산 방식과 CRT(Chinese Remainder Theorem)를 적용한 새로운 하드웨어 구조를 제안한다. 모듈로 멱승의 기본 연산인 모듈로 곱셈은 16진 연산 방법을 사용하여 PE(Processing Element)의 개수를 1/4고 줄임으로써, 기존의 이 진 연산 방식에 비해 클럭 수차 파이프라이닝 플립플롭의 지연시간을 1/4로 줄였다. 복호화시에는 합성수인 계수 N 의 인수, p, q를 알고 있는 점을 이용하여 속도를 향상시키는 일반적인 방법인 CRT 알고리즘을 적용하였다. 즉, s비트 의 키에 대해, s/2비트 모듈로 곱셈기 두 개를 병렬로 동시 수행함으로써 처리 속도를 CRT를 사용하지 않을 때보다 4 배정도 향상시켰다. 암호화의 경우는 두 개의 s/2비트 모듈로 곱셈기를 직렬로 연결하여 s/비트에 대한 연산이 가능하도록 하였으며 공개키는 E는 17비트까지의 지수를 허용하여 빠른 속도를 유지하였다. 모듈로 곱셈은 몽고메리 알고리즘을 변형하여 사용하였으며, 그 내부 계산 구조를 보여주는 데이터 종속 그래프(Dependence Graph)를 수평으로 매핑하여 1차원 선형 어레이 구조로 구성하였다. 그 결과 삼성 0.5um CMOS 스탠다드 셀 라이브러리를 근거로 산출한 때, 1024 비트 RSA 연산에 대해서 160Mhz의 클럭 주파수로 암호화 시에 15Mbps, 복호화 시에 1.22Mbs의 성능을 가질 것으로 예측되며, 이러한 성능은 지금가지 발표된 국내의의 어느 논문보다도 빠른 RSA 처리 시간이다.

한국 환경오염 취약지역 주민 건강영향조사 문헌고찰(1997~2021) (Literature Review on Health Effect Surveys of Residents in Environmentally Contaminated Areas in South Korea from 1997 to 2021)

  • 최경화;김수정;장현아;한다희;권호장;조용민
    • 한국환경보건학회지
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    • 제49권3호
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    • pp.134-148
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    • 2023
  • Background: The conducting of health effect surveys (HESs) in environmentally contaminated vulnerable areas (ECVAs) by the central and local governments has been increasing apace with the increase in demand for HESs since the Environmental Health Act was enacted in South Korea in 2008. Objectives: This study aimed to review the HESs of residents in ECVAs conducted in South Korea. Methods: An analysis was performed on 125 reports obtained from the Environment Digital Library, PRISM, and local government websites after selecting from 803 projects obtained as ECVAs from the Korea ON-Line E-Procurement System (1997~2021), National Institute Environment Research (2000~2021), and Korea Environmental Industry and Technology Institute (2009~2021). The reports were classified by background (residents' demand, HES, and more), research design (cross-sectional study, cohort, ecological study, and panel), pollution source (abandoned metal mine (AMM), industrial complex (IC), and more), and assessment method of exposure and health effects. The survey area was converted into administrative district codes for geographical mapping. Results: There were 37, 34, 18, and 10 cases associated with AMM, IC, waste incinerators, and coal-fired power plants, respectively. Most of the studies conducted were cross-sectional studies and ecological studies. The proportion of epidemiological investigations by residents' demand showed an increase from 0.0% to 8.9% for the central government while decreasing from 16.7% to 14.3% for local governments after 2008 compared to before 2008. HESs increased at both the central and local government levels since 2014. For the evaluation method, 365 environmental hazards, 319 health outcomes, and 302 biological markers were investigated, with the most commonly investigated items being metals, cancer, and blood metals. Conclusions: HESs of residents in ECVAs in South Korea have been continuously developed both quantitatively and qualitatively. Future improvements are expected, and systematic review and classification of the HESs is warranted.