• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제29권8호
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• pp.1266-1272
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• 2019

A bacterial strain, labeled $UR11^T$, was isolated from green alga Ulva pertusa collected from Jeju Island, Korea. $UR11^T$ was identified as a gram-negative, rod-shaped, motile by gliding and aerobic bacterial strain with yellow colonies on R2A plates. The strain $UR11^T$ grew over at a temperature range of $10^{\circ}C$ to $30^{\circ}C$ (optimally at $25^{\circ}C$), a pH range of 6.0-11 (optimally at pH 7.0) and a Nacl range of 0.5-5% Nacl (w/v). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain $UR11^T$ was a member of the genus Flavobacterium. Strain $UR11^T$ shared close similarity with F. jejuensis $EC11^T$ (98.0%) F. jumunjinense $HME7102^T$ (96.1%), F. haoranii $LQY-7^T$ (95.3%), F. dongtanense $LW30^T$ (95.1%), and F. ahnfeltiae 10Alg $130^T$(94.9%). The major fatty acids (>5%) were $iso-C_{15:0}$ (33.9%), $iso-C_{15:1}$ G (12.4%), $iso-C_{17:0}$ 3-OH (9.0%), $isoC_{16:0}$ (7.0%) and $iso-C_{15:0}$ 3-OH (6.3%). The major polar lipids were phosphatidylethanolamine, seven unknown aminolipids, two unknown aminopolarlipids and two unknown lipids. DNA-DNA hybridization value was 58% at strain $UR11^T$ with F. jejuensis $EC11^T$. Based on phenotypic, chemotaxonomic and phylogenetic evidence, strain $UR11^T$ represents a novel species of the genus Flavobacterium, for which the name Flavobacterium jocheonensis sp. nov. is proposed. The type strain is Flavobacterium jocheonensis is $UR11^T$ (=KCTC $52377^T$ =JCM $31512^T$).

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.90.1-90
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• 2003

Colonization of Pseudomonas chlororaphis O6, a nonpathogenic rhizobacterium, on the roots induced systemic resistance in cucumber plants against tai-get leaf spot, a foliar disease caused by Corynespora cassiicola. A cDNA library was constructed using mRNA extracted from the cucumber leaves 12 h after inoculation with C. cassiicola, which roots had been previously treated with O6. To identify the genes involved in the O6-mediated induced systemic resistance (ISR), we employed a subtractive hybridization method using mRNAs extracted from C cassiicola-inoculated cucumber leaves with and without previous O6 treatment on the plant roots. Differential screening of the cDNA library led to the isolation of 5 distinct genesencoding a GTP-binding protein, a putative senescence-associated protein, a galactinol synthase, a hypersensitive-induced reaction protein, and a putative aquaporin. Expressions of these genes are not induced by O6 colonization alone. Before challenge inoculation, no increase in the gene transcriptions could be detected in previously O6-treated and untreated plants but, upon subsequent inoculation with the pathogenic fungus, transcription levels in O6-treated plants rose significantly faster and stronger than in untreated plants. Therefore, the O6-mediated ISR may be associated with an enhanced capacity for the rapid and effective activation of cellular defense responses which becomes apparent only after challenge inoculation on the distal, untreated plant parts, as suggested by Conrath et al. (2002). This work was supported by a grant R11-2001-092-02006-0 from the Korea Science and Engineering Foundation through the Agricultural Plant Stress Research Center at Chonnam National University.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권6호
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• pp.753-759
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• 2023

The genus Paenibacillus contains a variety of biologically active compounds that have potential applications in a range of fields, including medicine, agriculture, and livestock, playing an important role in the health and economy of society. Our study focused on the bacterium SS4^T (KCTC 43402^T = GDMCC 1.3498^T), which was characterized using a polyphasic taxonomic approach. This strain was analyzed using antiSMASH, BAGEL4, and PRISM to predict the secondary metabolites. Lassopeptide clusters were found using all three analysis methods, with the possibility of secretion. Additionally, PRISM found three biosynthetic gene clusters (BGC) and predicted the structure of the product. Genome analysis indicated that glucoamylase is present in SS4^T. 16S rRNA sequence analysis showed that strain SS4^T most closely resembled Paenibacillus marchantiophytorum DSM 29850^T (98.22%), Paenibacillus nebraskensis JJ-59^T (98.19%), and Paenibacillus aceris KCTC 13870^T (98.08%). Analysis of the 16S rRNA gene sequences and Type Strain Genome Server (TYGS) analysis revealed that SS4^T belongs to the genus Paenibacillus based on the results of the phylogenetic analysis. As a result of the matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF/MS) results, SS4^T was determined to belong to the genus Paenibacillus. Comparing P. marchantiophytorum DSM 29850^T with average nucleotide identity (ANI 78.97%) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH 23%) revealed values that were all less than the threshold for bacterial species differentiation. The results of this study suggest that strain SS4^T can be classified as a Paenibacillus andongensis species and is a novel member of the genus Paenibacillus.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권11호
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• pp.1428-1436
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• 2023

The three Gram-negative, catalase- and oxidase-positive bacterial strains RS43^T, HBC28, and HBC61^T, were isolated from fresh water and subjected to a polyphasic study. Comparison of 16S rRNA gene sequence initially indicated that strains RS43^T, HBC28, and HBC61^T were closely related to species of genus Curvibacter and shared the highest sequence similarity of 98.14%, 98.21%, and 98.76%, respectively, with Curvibacter gracilis 7-1^T. Phylogenetic analysis based on genome sequences placed all strains within the genus Curvibacter. The average nucleotide identity (ANI) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) values between the three strains and related type strains supported their recognition as two novel genospecies in the genus Curvibacter. Comparative genomic analysis revealed that the genus possessed an open pangenome. Based on KEGG BlastKOALA analyses, Curvibacter species have the potential to metabolize benzoate, phenylacetate, catechol, and salicylate, indicating their potential use in the elimination of these compounds from the water systems. The results of polyphasic characterization indicated that strain RS43^T and HBC61^T represent two novel species, for which the name Curvibacter microcysteis sp. nov. (type strain RS43^T =KCTC 92793^T=LMG 32714^T) and Curvibacter cyanobacteriorum sp. nov. (type strain HBC61^T =KCTC 92794^T=LMG 32713^T) are proposed.

• 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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• 한국수정란이식학회 2007년도 춘계학술세미나 및 워크숍
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• pp.39-50
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• 2007

본 연구에서는 소의 체외 수정란에 대해 Y 염색체 특이 DNA 표지를 이용하여 FISH 기법으로서 수정란의 성감별을 수행하고 이를 이식하여 산전 성감별 개체 생산을 시도하였다. 본 연구에 이용된 Y-염색체 특이 DNA probe는 bovine male specific DNA로 알려진 btDYZ-1의 385bp 단편으로 제작하였고, Dig-PCR 방법으로 labeling하였다. 수정란의 성감별은 IVF로서 생산된 $8\;cell{\sim}blastocyst$ 단계의 수정란을 공시하고 이들로부터 단일할구를 생검하여 분석하였다. 생검 방법은 투명대를 laser로 drilling하고 $1{\sim}2$개의 할구를 squeezing하여 분리하였으며 demi-embryo는 1일간 재 배양하여 배반포기 단계에서 이식하였다. 우선, 본 probe의 신뢰성을 검정하기 위하여 생검된 할구는 FISH 기법으로 Y 염색체 존재 여부를 판단하고, 이의 demi-embryo는 재 배양하여 중기상을 유도하여 핵형분석한 후 비교 검토한 바 97.6%의 일치율을 나타내었다. 한편, 수정란에서 성감별을 위한 FISH의 적용 여부를 검토하고자 총 3937개의 공시란 중 3657개(93%)가 분석이 가능하였고, 이들 중 45.8%가 Y 염색체 특이적 접합 발현 양상이 나타났다. 본 결과를 토대로 경남 진주 인근 지역 농장의 15두의 소를 대상으로 성 감별 수정란을 이식한 결과, 7두가 임신한 것으로 확인되었고 이들 중 5마리가 출산하였다. 뿐만 아니라 출산된 송아지들은 모두 예견된 성과 100% 일치하는 것으로 나타났다. 따라서 본 연구에서 적용한 FISH 기법은 수정란의 성감별에 효율성이 높고 매우 높은 정확성을 나타냄에 따라 실질적으로 성감별 수정란의 대량생산이 가능할 것으로 사료되며, 농가차원에서 산업적 실용화가 될 수 있을 것으로 기대한다.twork descrition)를 통해 교통분석후의 제반 교통특성(교통량, 교통량/용량 비(比), 속도 등)을 교통망상에 표시할 수 있음으로서 의사결정에 보다 많은 도움을 줄 수 있을 것이다. 비트율의 증가와 화질 열화는 각각 최대 1.32%와 최대 0.11dB로 무시할 수 있을 정도로 작음을 확인 하였다.을 알 수 있었다. 현지관측에 비해 막대한 비용과 시간을 절약할 수 있는 위성영상해석방법을 이용한 방법은 해양수질파악이 가능할 것으로 판단되며, GIS를 이용하여 다양하고 복잡한 자료를 데이터베이스화함으로써 가시화하고, 이를 기초로 공간분석을 실시함으로써 환경요소별 공간분포에 대한 파악을 통해 수치모형실험을 이용한 각종 환경영향의 평가 및 예측을 위한 기초자료로 이용이 가능할 것으로 사료된다.염총량관리 기본계획 시 구축된 모형 매개변수를 바탕으로 분석을 수행하였다. 일차오차분석을 이용하여 수리매개변수와 수질매개변수의 수질항목별 상대적 기여도를 파악해 본 결과, 수리매개변수는 DO, BOD, 유기질소, 유기인 모든 항목에 일정 정도의 상대적 기여도를 가지고 있는 것을 알 수 있었다. 이로부터 수질 모형의 적용 시 수리 매개변수 또한 수질 매개변수의 추정 시와 같이 보다 세심한 주의를 기울여 추정할 필요가 있을 것으로 판단된다.변화와 기흉 발생과의 인과관계를 확인하고 좀 더 구체화하기 위한 연구가 필요할 것이다.게 이루어질 수 있을 것으로 기대된다.는 초과수익률이 상승하지만, 이후로는 감소하므로, 반전거래전략을 활용하는 경우 주식투자기간은 24개월이하의 중단기가 적합함을 발견하였다. 이상의 행태적 측면과 투자성과측면의 실증결과를 통하여 한국주식시장에 있어서 시장수익률을 평균적으로 초과할 수 있는 거래전략은 존재하므로 이러한 전략을 개발 및 활용할 수 있으며, 특히, 한국주식시장에 적합한 거래전략은 반전거래전략이고, 이 전략의 유용성은 투자자가 설정한 투자기간보다 더욱

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제24권3호
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• pp.335-340
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• 1997

Fluorescence in situ hybridization (FISH) techniques allow the enumeration of chromosome abnormalities and from a great potential for many clinical applications. In order to produce quantitative and reproducible results, expensive tools such as a cooled CCD camera and a computer software are required. We have developed a Chromosome Image Processing System (Chips) using FISH that allows the detection and mapping of the genetic aberrations. The aim of our study, therefore, is to evaluate the capabilities of our original system using a black-and-white video camera. As a model system, three repetitive DNA probes (D18Z1, DXZ1, and DYZ3) were hybridized to variety different clinical samples such as human metaphase spreads and interphase nuclei obtained from uncultured peripheral blood lymphocytes, uncultured amniocytes, and germ cells. The visualization of the FISH signals was performed using our system for image acquisition and pseudocoloring. FISH images were obtained by combining images from each of probes and DAPI counterstain captured separately. Using our original system, the aberrations of single or multiple chromosomes in a single hybridization experiment using chromosomes and interphase nuclei from a variety of cell types, including lymphocytes, amniocytes, sperm, and biopsied blastomeres, were enabled to evaluate. There were no differences in the image quality in accordance with FISH method, fluorochrome types, or different clinical samples. Always bright signals were detected using our system. Our system also yielded constant results. Our Chips would permit a level of performance of FISH analysis on metaphase chromosomes and interphase nuclei with unparalleled capabilities. Thus, it would be useful for clinical purposes.

• 생명과학회지
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• 제19권4호
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• pp.449-456
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• 2009

신경아세포종은 미분화된 신경외배엽 세포로부터 유래한 신경능세포에 의해 형성된 소아기에 보는 가장 많이 발생하는 악성 종양 중 하나이다. 신경아세포종인 Neuro-2a 세포는 신경세포의 분화, 세포사 억제 효능, 세포독성 검정 등에 활용되고 있다. Neuro-2a 역시 다른 신경아세종과 같이 염색체 변이를 가지고 있지만, 이에 대해 고밀도의 게놈수준에서 염색체 변이에 대해 보고된 바가 없다. 본 연구에서는 고집적 마이크로어레이(최소 43,000 개의 코딩, non-코딩 유전자 서열이 집적된 마이크로어레이)기반의 비교유전체보합법을 활용하여, 고해상도의 Neuro-2a 유전체 이상을 분석하였다. 마이크로 어레이 데이터는 Hidden Markov Model을 활용하여, 유전체 변이를 double loss, single loss, normal, single gain 그리고 amplification으로 나누어 분석하였다. Neuro2a는 MYCN 유전자의 증폭은 관찰되지 않았고, GDNF, BDNF, NENF등의 neurotrophic factor 가운데 NENF의 gain 현상이 관찰 되었다. 염색체의 이상은 4,8,10,11,15번에서 발견되었으며, 염색체 3,17,18,19에서는 전부 20개 미만의 염색체 이상이 발견되었다. 염색체 이상이 연속적으로 일어난 부위 중 gain으로서 가장 긴 부분은 Chr8:8,427,841-35,162,415의 약 26.7 Mb이며, single loss로서 가장 긴 곳은 Chr4:73,265,785-88,374,165의 약 15.1 Mb였다. 염색체의 위치는 UCSC 데이터베이스 (UCSC mm8, NCBI Build 36)에 근거하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권1호
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• pp.225-229
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• 2012

Background: Males have a higher prevalence of hepatocellular carcinoma (HCC) than females in general, but the reasons for the sex disparity are still obscure. DNA copy number alteration (CNA) is a major feature of solid tumors including HCC, but whether CNA plays a role in sex-related differences in HCC development has never been evaluated. Methods: High-resolution array comparative genomic hybridization (CGH) was used to examine 17 female and 46 male HCC patients with chronic hepatitis B virus (HBV) infection in Shanghai, China. Two-tailed Fisher's exact or ${\chi}^2$ tests was used to compare CNAs between females and males. Results: The overall frequencies and patterns of CNAs in female and male cases were similar. However, female HCC tumors presented more copy number gains compared to those in males on 1q21.3-q22 (76.5% vs. 37.0%, P = 0.009), 11q11 (35.3% vs. 0.0%, P = 0.0002) and 19q13.31-q13.32 (23.5% vs. 0.0%, P = 0.004), and loss on 16p11.2 (35.3% vs. 6.5%, P = 0.009). Relative to females, male cases had greater copy number loss on 11q11 (63.0% vs. 17.6%, P = 0.002). Further analyses showed that 11q11 gain correlated with 19q13.31-q13.32 gain (P = 0.042), 11q11 loss (P = 0.011) and 16p11.2 loss (P = 0.033), while 1q21.3-q22 gain correlated with 19q13.31-q13.32 gain (P = 0.046). Conclusions: These findings suggest that CNAs may play a role in sex-related differences in HBVassociated HCC development.

• 미생물학회지
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• 제40권2호
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• pp.121-126
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• 2004

4-chlorobiphenyl (4CB)의 분해균주인 Pseudomonas sp. strain DJ-12의 16S rDNA의 염기서열을 분석한 결과 Comamonas sp. strain DJ-12로 재분류 되었다. Pseudomonas sp. strain DJ-12로부터 4CB의 분해결과 생성되는 2,3-dihydroxybiphenyl을 계속 분해하는데 관여하는 pcbC1Dl 유전자를 이미 보고된 바 있다. 이번 연구에서는 Comamonas sp. strain DJ-12로부터 4CB 분해에 관여하는 pcbABC2D2 유전자를 클로닝하여 염기서열을 분석하였다. PcbAB 및 pcbCD 유전자들의 염기서열은 48, 65％, 추정 아미노산 서열은 33, 42％의 낮은 유사도를 보였다. 본 연구에서 얻어진 pcbC2D2 유전자는 이미 보고만 pcbCIDl 유전자와 염기의 개수와 서열의 유사도가 서로 다름을 보여 주었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 두 가지 pcbCD유전자들은 Southern hybridization 결과에서도 유사성을 보이지 않았으며, 서로 다른 위치에 존재함을 보여주었다. 그러나 2,3-dihydroxybiphenyl의 분해 특성은 동일하였다. 이와 같은 결과는 Comamonas sp. strain DJ-12 균주가 2조의 pcbCD 유전자를 가지고 있다는 것을 의미하는 것이다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제33권4호
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• pp.253-263
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• 2006

목 적: 본 연구에서는 EST Clustering 방법을 이용하여 이전의 연구에서 발굴한 B357 EST의 염기서열을 포함하는 유전자를 동정하고, 이 유전자의 발현을 생쥐의 난소와 정소를 포함한 여러 가지 조직들에서 살펴보고자 하였다. 연구방법: EST Clustering으로 얻어진 전체 염기서열을 5-day-ovary-specific gene-1 (5DOS1)이라고 명명하여 GenBank에 등록하였으며 (AY751521), northern blotting, real-time RT-PCR, in situ hybridization, western blotting, immunohistochemistry 등의 방법을 이용하여 생쥐 난소와 고환의 발달단계에 따라 그 발현양상을 관찰하였다. 결 과: 5DOS1의 전사체는 성장한 정소, 뇌, 근육에서 높게 발현하였으며, 난소의 경우에서는 원시난포시기부터 모든 난자에서 발현하였으며 특히 생후 5일째 높게 발현하였고 그 이후로는 점차 감소하였다. 반면 정소의 경우는 발달과 함께 계속 증가하였으며, 정모세포를 제외한 모든 발달단계별 정자에서 발현함을 관찰하였다. 결 론: 본 연구결과는 5DOS1에 대한 발견과 동정에 대한 첫 보고로써, 유전자 및 단백질이 생쥐의 난소 및 정소의 생식세포에서 발현하는 것을 관찰하였다. 앞으로 생식세포 발생 및 분화에 관련된 5DOS1의 기능에 대한 심층 연구가 더 필요하다고 사료된다.