• Childhood Kidney Diseases
• /
• 제8권1호
• /
• pp.18-25
• /
• 2004

목 적 : 알포트 증후군은 감각신경성 난청을 동반하는 만성 진행성 유전성 신질환으로, 질환의 경과의 다양성으로 인하여 진행성의 예후인자에 특히 유전학적인 역할에 대한 관심이 커지고 있다. 본 연구에서는 만성 진행성 신질환에서 신부전으로의 진행에 관여하는 것으로 알려진 안지오텐신전환효소 유전자 다형성의 발현빈도 및 병의 진행경과와의 관계를 조사하고, 신부전으로의 진행을 억제하는 치료제로서 안지오텐신전환효소 억제제의 가능성을 알아보고자 하였다. 방 법 : 임상양상 및 신조직검사상 알포트 증후군으로 진단된 12명의 환아와 발병하지 않은 12명의 가족들에서 안지오텐신전환효소 다형성의 빈도를 비교하였다. 대상 환아를 신염의 발생 후 10세 이후까지 정상적인 신기능을 유지하고 있는 신기능 유지군과, 발병 후 10세 이전에 만성신부전으로 진행을 시작한(신기능 유지기간 5년 이하) 조기 신부전 진행군으로 구분하여 신기능 감소의 진행시기와 다형성과의 관계를 비교하였고, 발병이 없는 가족에서 다형성의 빈도 및 양상을 관찰하였다. 정상 대조군으로 고혈압, 신장 혹은 심장질환이 없고, 신질환의 가족력, 안지오텐신전환효소 억제제 혹은 다른 항고혈압제의 사용경력이 없는 소아환자 35명을 정상대조군으로 선정하였다. 결과 : 1) 발병연령은 신기능 유지군이 평균 $3.45{\pm}2.4$세였고, 조기 신부전 진행군이 평균 $4.4{\pm}1.2$세로 의미있는 차이가 없었으며, 남녀비는 각각 5:3, 2:1이었다. 2) 12례의 환아 중 4례(33%)는 10세 이전에 평균 8.9세 이전에 만성신부전으로 진행하여 발병에서부터 평균 4.5년 안에 신부전으로 빠를 진행을 보여주는 조기 신부전 진행군이었고, 8례(67%)는 10세 이후까지 이상 신기능이 유지되는 신기능 유지군으로 발병 이후 평균 10.6년(최소 8년, 최대 15년 이상) 이상 신기능을 유지하고 있었으며, 두 군간의 발병 당시 신기능 및 임상양상의 의미있는 차이는 없었다. 3) 알포트 환자의 안지오텐신전환효소 유전자형태는 II type이 3례(25.0%), ID type이 5례(41.7%). DD type이 4례(33.3%)로 정상대조군의 IItype 44.3%, ID type 40.9%, DD type 14.8%와 비교하여 DD type이 많은 경향을 보였으나 두 군사이의 의미 있는 차이는 없었다. 4) 조기 신부전 진행군 4례 중 3례(75%)에서 DD type을 보였고, 신기능 유지군 8례 중 1례(12.5%)에서 DD type을 보여 두 군간의 의미있는 차이를 보였다(p<0.05). 5) 신질환을 나타내지 않은 가족을 대상으로한 조사에서는 총 12례 중 II type 5례(41.7%), ID type 5례(41.7%), DD type 2례(16.6%)로 역시 정상대조군과 유의한 차이를 보이지 않았으며, 신기능 유지여부와 가족내의 DD발현 빈도는 의미있는 관계가 없었다. 결 론 : 소아 알포트 증후군에서 안지오텐신전환효소 유전자의 다형성의 빈도는 정상대조군에 비하여 의미있는 차이가 없었으나 조기에 신부전으로 진행한 환아에서의 DD genotype의 발현율이 의미있게 높게 나타나, 예후인자로서 가능성을 시사하였으며, 따라서 안지오텐신전환효소 억제제 치료가 신부전으로의 진행을 억제하는데 도움을 줄 수 있을 것으로 생각되었다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
• /
• 제36권6호
• /
• pp.498-505
• /
• 2011

연구목적: 본 연구는 원발성 치근단 치주염(primary apical periodontitis)을 갖는 치아에서 임상증상 유무에 따른 미생물 군집의 차이를 GS FLX Titanium pyrosequencing을 이용하여 species level까지 분석하였다. 연구 재료 및 방법: 원발성 치근단 치주염을 갖는 6개의 표본에서 pysequencing을 시행하였다. 중합효소 연쇄반응(PCR)에 의해 얻어진 small-subunit ribosomal RNA의 초가변 영역(hypervariable region)의 amplicon을 이용하여 GS FLX Titanium pyrosequencing 을 시행하였다. 결과: 평균적으로 무증상군 및 증상군에서 각각 10,639 및 45,455개의 16S rRNA sequence을 얻었으며 평균길이는 440bases였다. Ribosomal Database Project Classifier을 이용한 분석결과 142종의 genera 및 13종의 phylum 수준에서의 세균종을 검출하였다. 검출된 13개의 phyla 가운데 Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochetes, and Synergistetes 종이 상대적으로 호발하였으며, genus 수준에서는 Pyramidobacter, Streptococcus, Leptotrichia이 무증상의 근관의 50%를 차지하였으며, Neisseria, Propionibacterium, Tessaracoccus 균종은 증상이 있는 근관의 69%를 차지하였다. Operational taxonomic units (3%)로 나눈 결과 증상이 없는 치아에서 450개, 증상이 있는 치아에서 1,997개의 species가 발견되었다. 증상이 있는 치아에서 통계적으로 유의성 있게 많은 수의 세균이 검출되었다(p < 0.05). 결론: GS FLX Titanium Pyrosequencing 기법을 통해 원발성 감염근관에서 이전에 검출하지 못했던 다양한 근관내 분포세균을 검출할 수 있었다.

• 생명과학회지
• /
• 제30권9호
• /
• pp.813-818
• /
• 2020

고세균 유전체들 사이의 공통적 유전자를 파악하는 archaeal clusters of orthologous genes (arCOG) 알고리즘으로, 168 균주의 고세균들에 공통적인 보존적 유전자를 파악하고자 하였다. 보존된 ortholog의 수는 168, 167, 166 및 165 균주에서 각각 14, 10, 9 및 8개였다. 이들 41개의 arCOG 중에서 번역, 리보솜 구성 및 생합성에 관련된 arCOG가 13개로 가장 많았고 DNA의 복제와 재조합 및 수복에 관련된 arCOG가 10개로 다음으로 많았다. 168개의 고세균 균주들에 보존적인 14개의 arCOG들은 tRNA synthetase가 6개로 가장 많았다. 리보솜과 반응, tRNA 합성, DNA 복제, 전사와 관련한 arCOG가 각 2개씩으로 고세균에서 단백질 발현의 중요성을 알 수 있었다. 보존적 arCOG 구성원들의 distance value의 평균으로 3개 이상의 구성원을 가지는 강(class)과 목(order) 수준에서 유전체를 분석한 결과, Euryarchaeota 문의 Archaeoglobi 강과 Thermoplasmata 강이 각각 최저치와 최고치를 나타내었다. 본 연구는 기초과학 연구와 함께 항균제 개발 및 종양 제어 등에 필요한 자료를 제공할 수 있을 것이다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
• /
• 제34권5호
• /
• pp.430-441
• /
• 2009

본 연구는 사람 치수세포 및 치주인대세포의 차이를 알아보고자 배양한 각각의 세포를 CDNA microarray assay를 통하여 유전자의 발현정도의 차이를 비교하였다. 그 결과를 바탕으로 각각의 세포에서 2배 이상의 유전자 발현의 차이를 보이는 유전자중 특징적인 3가지 유전자를 선택하여 RT-PCR로 검증한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다; 1. Microarray assay 결과, 치주인대 세포에 비해 치수 세포에서 2배 이상 발현한 유전자 수는 총 51개가 나타났다. 2. RT-PCR의 결과, 치주인대세포에 비해 치수 세포에서 ITGA4, TGF-${\beta}2$ 등이 높게 나타났다. 3. Microarray assay결과, 치수 세포에서 비해 치주인대 세포에서 2배 이상 발현한 유전자 수는 총 19개가 나타났다. 4. RT-PCR의 결과, 치수 세포에 비해 치주인대세포에서 LUM, WISP1, MMP1 등이 높게 나타났다. 본 연구 결과로 치수세포에는 상아질 형성에 관여하는 특징적인 유전자가 치주인대세포에 비해 높게 발현되었으며, 치주인대세포에는 교원질 합성에 관여하는 특징적인 유전자가 치수세포에 비해 높게 발현되어, 치수세포와 치주인데 세포는 유전자 발현의 차이가 나타남을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
• /
• 제32권6호
• /
• pp.463-467
• /
• 2022

원핵생물 1,309종(species)에 보존적인 유전자(ortholog)를 파악하기 위해 1,309종을 대상으로 COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins) 기법을 적용하였으며, 그 결과 ribosome protein S11 (COG0100)을 확인하였다. 1,308, 1,307, 1,306 및 1,305종에서 보존된 ortholog의 수는 각각 2, 5, 5 및 6개였다. 1,303종 이상에서 보존된 유전자는 29개였고, 이들은 23개의 리보솜 단백질, 3개의 tRNA 합성효소, 2개의 번역 인자 및 1개의 RNA 중합효소 소단위체 유전자였다. 대부분이 단백질 합성과 연관되어 원핵생물에서 단백질 발현이 중요한 것으로 판단되었다. 29개의 COG 중에서 ribosome protein S12 (COG0048)가 보존성이 가장 높았다. 29개의 보존된 COG는 대개 하나의 원핵생물에 하나의 단백질이 분포하였다. COG0090은 보존성이 가장 낮았으며 phylogenetic distance value의 표준편차도 가장 컸다. COG0090은 리보솜의 구성원 기능 외에 복제와 전사의 조절자 역할을 하기에, 각 원핵생물이 다양한 환경에서 생존하기 위해 변이가 큰 것으로 추론되었다. 이 연구는 기초 과학과 종양 조절 및 항균제 개발에 필요한 데이터를 제공할 수 있을 것이다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제18권9호
• /
• pp.1237-1241
• /
• 2005

Mannose-P-dolichol utilization defect 1 (MPDU1) gene is required for utilization of the mannose donor MPD in synthesis of both lipid-linked oligosaccharides (LLOs) and glycosylphosphatidylinositols (GPI) which are important for functions such as protein folding and membrane anchoring. The full length cDNA of the porcine MPDU1 was determined by in silico cloning and rapid amplification of cDNA ends (RACE). The deduced amino acid showed 91% identity to the corresponding human sequence with five predicted transmembrane regions. RT-PCR was performed to detect its expression pattern in five tissues and results showed that it is expressed ubiquitously among the tissues checked. A single nucleotide substitution resulting in the amino acid change (137 Tyr-137 His) was detected within exon 5. Allele frequencies in six pig breeds showed distinctive differences between those Chinese indigenous pigs breeds and European pigs. Using the pig/rodent somatic cell hybrid panel (SCHP), we mapped the porcine MPDU1 gene to SSC12, which is consistent with the comparative mapping result as conservative syntenic groups presented between human chromosome 17 and pig chromosome 12.

• Journal of Life Science
• /
• 제9권2호
• /
• pp.9-14
• /
• 1999

Pseudomonas iodinum IFO 3558 adenosine deaminase(ADA) gene was cloned by the polymerase chain reaction and deduced the amino acid sequence of the enzyme. DNA sequence homology of Pseudomonas iodinum IFO 3558 ADA gene was compared to those of E. coli, human and mouse ADA genes. Unambiguous sequence from both strands of pM21 was obtained for the region believed to encode ADA. The sequence included a 804-nucleotide open reading frame, bounded on one end by sense primer and on the other end by two antisense primer. This open reading frame encodes a protein of 268 amino acids having a molecular weight of 29,448. The deduced amino acid sequence shows considerable similarity to those of E. coli, mouse and human ADA. Pseudomonas iodinum IFO 3558 nucleotide sequence shows 98.5% homology with that of the E. coli ADA sequence and 51.7% homology with that of the mouse ADA sequence and 52.5% homology with that of the human ADA sequence. The ADA protein sequence of Pseudomonas iodinum IFO 3558 shows 96.9% homology with that of the E. coli and 40.7% homology with that of the mouse and 41.8% homology with that of the human. The distance between two of the conserved elements, TVHAGE and SL(1)NTDDP has veen exactly conserved at 76 amino acids for all four ADAs. Two of the four conserved sequence elements shared among the four ADAs are also present in the yeast, rat, human (M), and Human(L) AMP deaminase. The SLSTDDP sequence differs only in the conservative substitution of a serine for an asparagine. A conserved cysteine with conserved spacing between these two regions is also found. Thus, sequence analysis of four ADAs and four AMP deaminases revealed the presence of a highly conserved sequence motif, SLN(S)TDDP, a conserved dipeptide, HA, and a conserved cysteine residue.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제14권2호
• /
• pp.1147-1150
• /
• 2013

Background: Cancer diagnostic biomarkers have a wide range of applications that include early detection of oral precancerous lesions and oral squamous cell carcinomas, and assessing the metastatic status of lesions. The interferon stimulated ISG15 gene encodes an ubiquitin-like protein, which conjugates to stabilize activation status of associated proteins. Hence a deregulated expression of ISG15 may promote carcinogenesis. Indeed overexpression of ISG15 has been observed in several cancers and hence it has been proposed as a strong candidate cancer diagnostic biomarker. Given the emerging relationship between malignant transformation and ISG15, we sought to examine the expression pattern of this gene in tumor biopsies of oral squamous cell carcinoma (OSCC) tissues collected from Indian patients. Materials and Methods: Total RNA isolated from thirty oral squamous cell carcinoma tissue biopsy samples were subjected to semi-quantitative RT-PCR with ISG15 specific primers to elucidate the expression level. Results: Of the thirty oral squamous cell carcinomas that were analyzed, ISG15 expression was found in twenty four samples (80%). Twelve samples expressed low level of ISG15, six of them expressed moderately, while the rest of them expressed very high level of ISG15. Conclusions: To the best of our knowledge, the results show for the first time an overexpression of ISG15 in up to 80% of oral squamous cell carcinoma tissues collected from Indian patients. Hence ISG15 may be explored for the possibility of use as a high confidence diagnostic biomarker in oral cancers.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• nspc3호
• /
• pp.139-146
• /
• 1992

중합효소연쇄반응(PCR)을 이용한 클로닝 기법과 Taq 염기서열분석법을 사용하여 갑각류에 속하는 뿔물맞이게(Pugettia quadridens)(십각 목, 범배 아목, 게 하목)에 대한 18S 리보솜 RNA 유전자의 1차염기서열을 밝혔다. 본 종의 18S 리보솜 RNA 유전자는 십각류에 속하는 또 다른 종인 두드러기어리게(Oedignathus inermis)보다 46개가 짧은 1837개의 염기로 이루어져 있었다. 염기가 삽입되거나 결실된 부분을 고려하지 않았을때에 두 종간에 염기서열 유사도는 90.8%이었다. 염기서열이 가장 보존적인 부위는 1137-1206(70개) 분위로 이 부위에서는 두 종이 완전히 동일한 염기서열을 보이고 있었고, 변이가 연속적으로 가장 큰 부위는 46-55 부위였고 399-407 부위가 그 다음으로 많은 연속적 변이를 가지고 있었다. 18S 리보솜 RNA 유전자의 1차구조에 있어서 염기서열의 변이는 이 유전자 전체를 통해 고르게 분포하지 않았다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
• /
• 제43권1호
• /
• pp.5-11
• /
• 2000

Three cDNA clones encoding rice calmodulin (CaM) isoforms (OsCaM-1, OsCaM-2, and OsCaM-3) were isolated from a rice cDNA library constructed from suspension-cultured rice cells treated with fungal elicitor. The coding regions of OsCaM-1 and O.sCaM-2 were 89% homologous at DNA Ievel, whereas the 5' and 3' untranslated regions were highly divergent. The polypeptides encoded by OsCaM-1 and OsCaM-2 was identical except two conservative substitution at position 8 and 75. The coding region of OsCaM-3 was consist of a typical conserved CaM domain and an additional C-terminal extension. The amino acid sequence of conserved CaM domain of OsCaM-3 shared only 86% identity with that OsCaM-1. The OsCaM-3 cDNA is belongs to a novel group of calmodulin gene due to its C-terminal extension of 38 amino acids, a large number of which are positively charged. The extension also contains a C-terminal CaaX-box prenylation site (CVlL). Genomic Southern analysis revealed at least six copies of CaM or CaM-related genes, suggesting that calmodulin may be represented by a small multigene family in the rice geneme. Expression of OsCaM gene was examined through Northern blot analysis. Transcript level of OsCaM-3 was increased by treatment with a fungal elicitor, whereas the OsCaM-1 and OsCaM-2 genes did not respond to the fungal elicitor. The expression of OsCaM-3 gene was remarkable inhibited in the rice cells treated with cyclosporine A, calcinurin inhibitor.