• 식물병연구
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• 제22권3호
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• pp.178-183
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• 2016

SYMMV는 콩에서 빈번하게 발생하는 바이러스이며, 이 바이러스의 발생률은 계속해서 증가하고 있다. 본 연구에서는 콩에 발생하는 SYMMV를 신속하게 검출하기 위해서 RT-LAMP를 적용하였다. RT-LAMP 방법은 등온에서 단시간에 유전자 증폭이 가능하고, 전기영동 없이도 형광물질을 이용해 바이러스를 검출할 수 있는 이점이 있다. 프라이머는 SYMMV coat protein gene의 염기서열을 기반으로 4개의 프라이머를 설계하였다. 실험결과 SYMMV RT-LAMP는 $65^{\circ}C$에서 50분간 증폭시켰을 때 최적의 효율을 보였다. 또한, RT-LAMP와 RT-PCR과의 민감도를 비교한 결과 RT-LAMP 방법이 10-100배 정도 더 우수한 민감도를 가지는 것으로 밝혀졌다. 본 실험 결과를 토대로 기존의 진단법과 비교하여 높은 민감도와 짧은 소요시간에 이점이 있는 RT-LAMP는 SYMMV의 현장 및 연구실에서의 진단에 적용될 수 있을 것이라 생각된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제57권4호
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• pp.393-399
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• 2018

고리매개등온증폭법(LAMP)으로 흰등멸구를 특이적으로 구별해낼 수 있는 프라이머 세트(WBPH-65)가 핵내 ITS2영역의 전체염기서열(KC417469.1)을 바탕으로 설계 제작되었다. WBPH-65는 총 6개의 프라이머, F3 (18 bp), B3 (18 bp), FIP (43 bp), BIP (40 bp), LF (21 bp), LB (25 bp)로 구성되는데, 전체 합한 길이가 165 bp이다. WBPH-65를 흰등멸구, 벼멸구 및 애멸구의 게놈 DNA와 $65^{\circ}C$에서 60분간 고리매개등온증폭 반응시켰을 때, 흰등멸구 시료에서만 증폭 산물들이 관찰되었다. $65^{\circ}C$에서 WBPH-65와 흰등멸구 게놈 DNA의 양과 반응시간을 달리하여 형광반응을 관찰하였을 때 40분 반응에서는 10과 100 ng DNA에서, 60분 반응에서는 0.01, 0.1, 1, 10, 100 ng DNA에서 발광여부가 명확히 구별되었다. 그러나 20분과 30분 반응에서는 준비된 모든 DNA 양에서 발광여부 구별이 어려웠다. 한편, WBPH-65에서 LF와 BF 프라이머를 뺀 경우 60분 반응에서는 벼멸구, 애멸구 뿐만 아니라 흰등멸구의 게놈 DNA에서도 발광되지 않았다. 본 연구 결과로부터 WBPH-65가 60분 이내 반응에서 흰등멸구를 특이적으로 구별하기 위해서는 6개의 프라이머가 모두 필요하며 최소한 벼멸구와 애멸구를 구별해낼 수 있음을 확인하였다.

• 분석과학
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• 제22권6호
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• pp.498-503
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• 2009

폐암은 전 세계적으로 높은 사망률 때문에 죽음에 이르게 되는 암이다. 폐암은 소세포암과 비소 세포암 두 종류로 나누어 지는데 비소세포암 환자에게서 EGFR 돌연변이가 발견되었고 이 EGFR 돌연변이는 방사선치료와 EGFR tyrosin kinase의 저해제인 gefitinib과 erlotinib의 반응에도 연관되어진다. 이와 같이 EGFR 돌연변이의 검출은 효과적인 치료방법을 제시해 줄 수 있을 것이다. 본 연구에서는 간단하고 값이 싸며, 반응시간이 더 빠르게 유전자 다형성을 검출 할 수 있는 칩-기반 등온증폭반응을 수행하였다. 그 결과, 이 등온증폭 방법은 빠른 증폭 시간과 높은 민감성, 특이성을 가지고 있었으며 현증 검증에서 EGFR 돌연변이를 빠르고 정확하게 진단할 수 있는 유용한 방법이 될 것이다.

• 한국동물위생학회지
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• 제34권4호
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• pp.333-339
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• 2011

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) was developed to detect Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and non-tuberculous mycobacterium (NTM) genomic DNA in blood samples of Korea native cattle. A set of four primers, two outer and two inner, were designed from M. bovis and M. avium genomic DNA targeting the IS6110 and 16S rRNA gene, respectively. Based on 85 Intradermal Tuberculin Test (ITT) positive blood sample and using conventional PCR and LAMP, the agreement quotient (kappa), which measures agreement beyond chance were 0.93 (conventional PCR) and 0.97 (LAMP), respectively. The detection limit of the LAMP method was $2.0{\times}10^2$ copy/ml M. bovis and M. avium cells, compared to $2.0{\times}10^3$ copy/ml M. bovis and M. avium cells for conventional PCR. These results suggest that the LAMP is a powerful tool for rapid, sensitive, and practical detection of MTC and NTM in blood samples of Korea native cattle.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권4호
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• pp.493-496
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• 2016

Peach rosette mosaic virus (PRMV)는 1933년 복숭아에서 처음 보고되었으며, 복숭아, 자두, 블루베리, 민들레, 벚나무 등에 감염되는 식물바이러스이다. PRMV는 한국에서 보고된 적이 없으나, 식물검역에서 관리병(control viruses)으로 지정되어 있다. 이번 연구에서는 PRMV를 더욱 신속하고 특이적으로 진단하기 위하여 Loop-mediated isothermal amplification 분석법을 적용한 진단법을 개발하였다. LAMP 방법은 기존의 PCR 방법(RT-PCR 및 nested PCR)과 같은 검출 강도를 가지고 있다. 또한 LAMP 반응을 확인하기 위해 PRMV cDNA을 outer primer sets (Product size 264 bp)로 PCR 한 뒤, Pvu II (CAG/CTG) 제한효소를 처리하였다. 제한효소 처리 결과 2개의 digestion fragments (207 + 57 bp)가 확인되었다. PRMV의 LAMP 진단 방법은 관련 식물로부터 더욱 신속한 모니터링이 가능할 것으로 기대된다.

• 한국동물위생학회지
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• 제38권2호
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• pp.107-116
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• 2015

In this study, we developed a rapid, sensitive and specific reverse-transcriptase loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for detection of swine influenza viruse (SIV) including major subtypes of swine influenza viruses H1N1, H1N2 and H3N2, and a novel subtype of influenza A virus that accidentally infected in pig population. The RT-LAMP was completed in 40 min at $58^{\circ}C$ and the sensitivity of the RT-LAMP ($1copy/{\mu}L$) was 10-fold higher than conventional reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) ($10copy/{\mu}L$) and the same to real time RT-PCR ($1copy/{\mu}L$). Also, the result of the RT-LAMP can be confirmed without any detection system. Therefore, the RT-LAMP could be a alternative diagnostic method for SIV detection in national SIV monitoring system and clinical diagnostic laboratory in the future.

• 한국응용곤충학회지
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• 제56권4호
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• pp.377-385
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• 2017

멸구과(Delphacidae) 8종의 internal transcribed spacer 2 (ITS2) DNA 염기서열로 종간 차이 추정값을 비교하고 분자계통수를 추론하였다. ITS2 DNA 염기서열 길이는 종(species)마다 550 bp (흰등멸구)에서 699 bp (겨풀멸구)까지 차이를 보였다. 같은 Nilaparvata 속의 겨풀멸구와 벼멸구붙이 사이의 염기서열 차이 추정값($d{\pm}S.E.$)은 $0.001{\pm}0.001$로 가장 낮았으며, 사슴멸구와 일본멸구 사이는 $0.579{\pm}0.021$로 가장 높았다. 벼멸구와 다른 멸구류들과의 종간 염기서열 차이 추정값은 $0.056{\pm}0.008$ (겨풀멸구)에서부터 $0.548{\pm}0.021$ (일본멸구)로 구분되었다. 반면, Neighbor-joining 방법으로 추론된 분자계통수에서는 겨풀멸구와 벼멸구붙이를 제외하고 나머지 멸구류들은 독립된 다른 그룹으로 분지되었다. 벼멸구의 ITS2 염기서열을 참고하여 벼멸구 특이 고리매개등온증폭(loop-mediated isothermal amplification, LAMP) 프라이머 4 세트(BPH-38, BPH-38-1, BPH-207 및 BPH-92)를 제작하였다. 이들 각각을 벼멸구, 흰등멸구 및 애멸구의 게놈 DNA와 $65^{\circ}C$에서 60분간 반응시켰을 때, 벼멸구 시료에서만 증폭 산물들이 관찰되었다. BPH-92 LAMP 프라이머 세트로 $65^{\circ}C$에서 벼멸구 DNA의 양(0.1 ng, 1 ng, 10 ng, 100 ng)과 반응시간(20분, 30분, 40분, 60분)을 달리하여 형광반응을 관찰하였을 때, 20분과 30분 반응에서는 100 ng 까지에서도 발광여부 구별이 어려웠다. 그러나 40분 반응에서는 10 ng 이상에서, 60분 반응에서는 0.1 ng 이상에서 발광여부가 명확히 구별되었다.

• 미생물학회지
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• 제47권2호
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• pp.103-109
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• 2011

Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (PCC)는 세균성 무름병균으로 주로 감자, 양배추 등의 식물에서 질병을 일으킨다. 본 연구에서는 현장에서 신속하게 진단하기 위해 loop-mediated isothermal amplification법을 이용하여 1시간 내에 등온에서 검출 가능한 진단법을 개발하였으며, 이를 PCC-LAMP법이라 명명하였다. PCC의 lytic murein transglycolase 유전자를 특이적으로 증폭시키는 4개의 프라이머를 제작하였으며 최적 온도가 $61^{\circ}C$임을 확인하고 최적 조건을 확립하였다. 최적 조건을 바탕으로 4개의 프라이머가 $1{\times}10^3$ copies까지 검출하는 민감성을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 개발된 PCC-LAMP법은 특이성 검사를 통해 PCC만이 특이적으로 검출됨을 확인하였으며, 이는 실제 시료에서도 적용 가능함을 확인하였다. PCC-LAMP법을 통하여 PCC를 신속하고 정확하게 검출함으로써 현장에서 유용하게 적용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제41권9호
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• pp.1326-1330
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• 2012

본 연구는 loop-mediated isothermal amplification(LAMP)을 이용하여 Clostridium difficile을 검출하고자 하였다. LAMP 수행을 위하여 선택적인 타깃 유전자로 C. difficile의 16S ribosomal RNA를 타깃으로 하여 primer set를 구성하였다. 5개의 primer set(BIP, FIP, B3, F3, LF, PF)를 이용하여 TcdA와 TcdB toxin이 모두 양성인 균주, TcdA와 TcdB toxin이 모두 음성인 균주와 식품 분리균주를 효과적으로 검출할 수 있었다. LAMP는 80분 이내의 시간이 필요하며 thermocycler와 같은 장비를 필요로 하지 않고 또한 결과를 직접 눈으로 확인할 수 있기 때문에 식품 생산 현장에서 활용될 수 있을 것이라고 생각되었다.

• 한국동물위생학회지
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• 제36권2호
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• pp.79-86
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• 2013

Mycobacterium (M.) bovis, a member of the M. tuberculosis complex (MTC), is a re-emerging, zoonotic agent of bovine tuberculosis whose prevalence probably depends on variations in direct exposure to cattle and ingestion of raw milk. Accurate species differentiation of M. bovis and M. tuberculosis is needed to distinguish between human and zoonotic tuberculosis. This study successfully developed a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for rapid detection and differentiation of M. bovis and M. tuberculosis, however showed negative reactions in eight non-tuberculous mycobacteria (NTM) samples and ten other bacterial species. Sensitivity of this assay for detection of genomic M. bovis DNA was 10 $fg/{\mu}l$. And this assay successfully detected M. bovis in bovine clinical specimens. In conclusion, the LAMP assay is a simple and powerful tool for rapid detection of M. bovis in both pure bacterial culture and in clinical samples.