The molecular docking system needs a large amount of computation and requires super-computing power. Since the experiment requires a large amount of time, the experiment is conducted in the distributed environment or in the grid environment. Recently, researches on using parallel GPU of far higher performance than that of CPU in scientific computing have been very actively conducted. CUDA is an open technique by which a parallel GPU programming is made possible. This study proposes the molecular docking system using CUDA. It also proposes algorithm that parallels energy-minimizing-computation. To verify such experiments, this study conducted a comparative analysis on the time required for experimenting molecular docking in general CPU and the time and performance of the parallel GPU-based molecular docking which is proposed in this study.
Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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2021.06a
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pp.335-335
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2021
하천의 홍수터는 평상시 수면위로 노출되어 국민의 여가생활을 위한 공원, 주차장 등으로 활용되다 홍수기 수위가 상승하면 침수되는 하천공간이다. 홍수범람 면적 또는 홍수위 산정을 위한 수치모의 시, 홍수의 평면적인 변화를 분석하기 위해서는 1차원 모의결과와 지형정보를 연계하여 범람면적을 산정하거나 2차원 수치모형의 격자를 대상공간에 대하여 구축한 후 모의를 수행한다. 1차원 수치모형은 계산효율이 우수하고 지류의 합류에 의한 영향을 다수 반영하거나, 긴 구간의 하천단면 구축을 통하여 경계조건이 수치해석 결과에 미치는 영향을 최소화할 수 있는 장점이 있다. 그러나 지형의 영향으로 발생하는 국부적인 유속변화와 유향의 평면적인 분포에 의해 발생하는 범람면적의 변화를 반영하기 어렵다. 홍수범람을 고려하여 제작하는 홍수위험지도는 2차원 수치모형의 결과를 기반으로 한다. 2차원 수치모형은 하도의 만곡, 제방의 형상 등과 같은 지형에 의한 유속장의 변화, 흐름영역의 수축 및 확대에 의한 유속의 변화 등을 자세히 반영할 수 있는 장점이 있다. 반면에 수치격자 생성 및 계산결과 도출에 소요되는 시간이 길고 계산영역 설정의 한계로 인하여 경계조건이 흐름해석결과에 영향을 미칠 수 있는 문제점이 있다. 이와 같은 문제점을 해결하기 위하여 국내외적으로 1차원과 2차원 수치해석기법을 연계하여 하나의 모형으로 구축한 1-2차원 수치해석 모형이 개발 또는 적용되고 있다. 1-2차원 연계해석기법은 1차원 해석영역과 2차원 해석영역을 연계함에 있어서 흐름방향 연계와 횡방향 연계로 구분할 수 있다. 본 연구에서는 1차원과 2차원 수치해석을 연계하는 기법에 따라서 발생하는 수치모의결과를 비교하고 적용성을 검토하였다. 수리실험 관측결과가 있는 사례에 모형을 적용한 후, 한강지형에 수치모형을 적용하고 그 결과를 비교한다. 또한, 계산에 소요되는 시간을 비교하기 위하여 2차원 수치격자의 해상도를 다양하게 적용하여 수치실험을 수행한다. 분석결과를 기반으로 홍수위험지도 제작, 홍수위산정 및 홍수예보 등에 새로운 기술의 적용성을 검토한다.
Lee, Ji-Young;Lee, Seyeon;Kim, Yungil;Park, Sang Ho;Choi, Kyeongdal;Lee, Ji-Kwang;Kim, Woo-Seok
Proceedings of the KIEE Conference
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2015.07a
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pp.1120-1121
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2015
대용량 SMES(Superconducting Magnetic Energy Storage)를 제작하기 위해서는 높은 자장특성을 가고 있는 2세대 HTS(High-Temperature Superconductor) 선재를 사용하는 것이 효율적이다. SMES의 에너지밀도를 높이기 위해서는 선재에 많은 전류를 흘려야 하는데, 수직자기장이 커지면 임계전류가 작아지는 2세대 HTS 선재의 특성상 토로이드형태의 SMES가 유리하다. SMES를 설계하기 전에 선재의 사용량을 줄이고 체적을 줄이기 위해서 정확한 설계와 평가가 필요하다. 유한요소법을 사용한 상용프로그램을 이용하여 쉽게 해석할 수 있으나 토로이드 형태의 SMES는 대칭성의 문제로 3차원 해석을 해야만 한다. 그러나 2차원 해석에 비해 여러 가지 제약조건이 따르며 해석 시간이 많이 소요된다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위해 분석적이고 통계적으로 고온 초전도 코일에서 작용하는 최대 수직자장을 결정하는데 이해하기 쉽고 효율적으로 계산하는 방법을 제시했다. 본 논문에서는 싱글펜케이크코일의 크기에 따른 최대 자장값을 계산하였고 싱글펜케이크코일이 토로이드형태로 배치된 토로이드 모델에서 주변코일이 싱글펜케이크코일의 미드포인트에 미치는 자장값을 계산하여 두 계산값을 합하는 방식으로 최대 자기장을 계산하였다. 이 방법은 현저한 시간단축과 효율적인 설계를 할 수 있는 새로운 계산 방법으로 기존 FEM을 사용해 걸리는 시간에 비해 1/1000정도의 시간단축을 할 수 있었다.
In order to protect the environment from waste disposal activities, the prediction of the flux and flow paths of the contaminants from underground facilities should be assessed as accurately as possible. Especially, the prediction of the pathways and travel times of the nuclides from high level radioactive wastes in a deep repository to biosphere is one of the primary tasks for assessing the ultimate safety and performance of the repository. Since the contaminants are mainly transported with groundwater along the discontinuities developed within rock mass, the characteristics of groundwater flow through discontinuities is important for the prediction of contaminant fates as well as safety assessment of a repository. In this study, the actual fracture network could be effectively generated based on in situ data by separating geometric parameter and hydraulic parameter. The calculated anisotropic hydraulic conductivity was applied to a 3D porous medium model to calculate the path flow and travel time of the large studied area with the consideration of the complex topology in the area. Using the model, the pathways and travel times for groundwater were analyzed. From this study, it was concluded that the suggested techniques and procedures for predicting the pathways and travel times of groundwater from underground facilities to biosphere is acceptable and those can be applied to the safety assessment of a repository for radioactive wastes.
Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea SP
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v.41
no.3
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pp.129-137
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2004
This paper presents a signature verification method that uses Gabor filter in computing similarity between signatures. In computing similarity to compare two on-line signatures, the temporal relationship between two signatures should be computed in advance. However, conventional point matching method using DP(dynamic programming) matching consumes much computation. In this paper, we propose a fast method for computing the temporal relationship between two on-line signatures by using the phase output of Gabor Inter applied on the on-line signature signals. Two similarity measures are defined in the method: Temporal Similarity and Temporally Arranged Feature Profile Similarity. With the proposed method, Ive could compare signatures 30 times faster than conventional method using DP matching.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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v.19
no.11
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pp.497-505
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2018
In a situation where the amount of bulky waste needs to be quantified, a three-dimensional model of the wastes can be constructed using drones. This study constructed a drone-based 3D model with a range of flight parameters and a GCPs survey, analyzed the relationship between the accuracy and time required, and derived a suitable drone application technique to estimate the amount of waste in a short time. Images of waste were photographed using the drone and auto-matching was performed to produce a model using 3D coordinates. The accuracy of the 3D model was evaluated by RMSE calculations. An analysis of the time required and the characteristics of the top 15 models with high accuracy showed that the time required for Model 1, which had the highest accuracy with an RMSE of 0.08, was 954.87 min. The RMSE of the 10th 3D model, which required the shortest time (98.27 min), was 0.15, which is not significantly different from that of the model with the highest accuracy. The most efficient flight parameters were a high overlapping ratio at a flight altitude of 150 m (60-70% overlap and 30-40% sidelap) and the minimum number of GCPs required for image matching was 10.
The Journal of Korean Institute of Communications and Information Sciences
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v.25
no.12A
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pp.1843-1851
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2000
ITU-R 권고안을 토대로 미래 IMT-2000 무선망에서의 소요 서비스 채널수 및 지상계 주파수 요구량을 분석한다. IMT-2000 가입자가 요구하는 서비스를 크게 회선과 패킷교환 서비스로 분류하고 옥내, 보행자 및 차량용의 가입자 이용 환경을 고려한다. 본 논문에서는 2010년경 각종 IMT-2000 서비스에 대한 시장성과 무선 전송 기술의 파라미터 값을 이용하여 가입자의 기준 트래픽과 셀내 발생 트래픽을 계산하고 필요한 무선 채널수 및 소요 주파수를 산출한다. 또한, ITU-R에서 권고한 기준 트래픽을 바탕으로 서로 다른 가입자 수와 트래픽 분포 및 이용 환경에서 필요한 무선 채널수와 소요 주파수를 산출하며, 채널수와 주파수 요구량에 대한 패킷 서비스 지연시간의 민감도를 분석한다.
Kim, Dong-Hyun;Kim, Chang-Wook;Park, Sung-Won;Choi, Myung-Jun;Seo, Heung-Seog;Park, Sang-Bong
Proceedings of the KIEE Conference
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2007.07a
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pp.925-926
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2007
전자계 및 열/유동 해석 프로그램을 활용한 수치해석적 방법으로 변압기 외함의 자계손실과 온도상승을 계산하는 경우, 많은 시간이 소요되기 때문에, 설계 또는 고객 요구시 신속한 대응이 어렵다. 따라서 3차원 간이 계산법을 정립하여 신속 정확한 해석적 방법으로 접근할 필요가 있었다, 본 연구에서는 권선의 누설자속에 의해 발생하는 변압기 외함의 자계손실을 계산하고 이에 따른 온도상승을 추정하고자 하였다. 또한, 실제 변압기의 온도상승 시험을 통해 온도상승 계산 결과의 정확성을 검증하고자 하였다.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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v.21
no.2
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pp.167-174
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2020
The purpose of this study was to investigate the kinematic comparison between successful and failed trials of Lopez vault techniques in male gymnastics. The subject, an Olympic gold medalist, was YHS (age: 27 years, height: 1.6 m, and mass: 53 kg) and fourteen high speed motion capturing cameras were used for data collection. The 26 reflective sensors were attached on major anatomical positions and 15 segment-body model was used to calculate the kinematic variables. According to results, the contact duration of the spring-board for successful trial(ST) was longer and that of failed trial(FT) and the range of motion of knee joint for ST was greater than that of FT. The movement times during pre-flight between ST and FT were same, but the movement time of horse contact period for ST was shorter than that of FT. The ST showed a longer movement time during post-flight and the longer horizontal distance than those of FT. Conclusively, YHS needs to approach the horse with a higher position of the body and higher incidence angle, as well as make faster twist angular velocity in an attempt to achieve ST.
Asia-Pacific Journal of Business Venturing and Entrepreneurship
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v.10
no.6
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pp.253-260
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2015
In this study, using the FDS as the fire simulation and evacuation simulations of the Pathfinder, set the main control room of the building to the fire point fire safety assessment studies were carried out. At first the quantitative result such as distribution of visibility as time passing, distribution of temperature, distribution of CO density produced results using fire-simulation and evacuation-simulation was carried out based on the result that produced the final safety evaluation result as being calculated of evacuation time. As the risk increased with the distribution of visibility at the result of fire-simulation, evacuation-simulation was carried out using the result. Finally the result was made 127.9 sec that everyone could evacuate. The numerical results are analyzed in case of the places in the building required safe egress time for safety a as the analysis to be no more than available safe egress time was analyzed to be secured. The results of this safety evaluation represent that more smooth evacuation safety performance can be secured by linking the event of fire firefighting equipment as a result of simulating the worst conditions.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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