• 제목/요약/키워드: $BioM^{TM}$

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Structural Effects of the GXXXG Motif on the Oligomer Formation of Transmembrane Domain of Syndecan-4

  • Song, Jooyoung;Kim, Ji-Sun;Choi, Sung-Sub;Kim, Yongae
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제34권12호
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    • pp.3577-3585
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    • 2013
  • Syndecan-4 (heparan sulfate proteoglycan), biologically important in cell-to-cell interactions and tumor suppression, was studied through mutation of the GXXXG motif of its transmembrane domain (Syd4-TM), a motif which governs dimerization. The expression and purification of the mutant (mSyd4-TM) were optimized here to assess the function of the GXXXG motif in the dimerization of Syd4-TM. mSyd4-TM was obtained in M9 minimal media and its oligomerization was identified by SDS PAGE, Circular Dichroism (CD) spectroscopy, mass spectrometry and NMR spectroscopy. The mutant, unlike Syd4-TM, did not form dimers and was observed as monomers. The GXXXG motif of Syd-4TM was shown to be an important structural determinant of its dimerization.

Optimization of the experimental conditions for structural studies of the second transmembrane domain from human wild-type & mutant melanocortin-4 receptor

  • Gang, Ga-Ae;Choi, Sung-Sub;Park, Tae-Joon;Kim, Yong-Ae
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제14권2호
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    • pp.88-104
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    • 2010
  • Human melanocortin-4 receptor (hMC4R) has a critical role in part of energy homeostasis, and their heterozygous mutations related in genetic cause of severe human obesity. In order to study the structure and function of these membrane proteins, it is important to prepare the samples. However, the preparation of transmembrane peptide is seriously difficult and time-consuming. Overexpression and purification of membrane proteins was reported to be difficult due to their innate insoluble and toxic properties. Among the many difficulties, the most important is the difficulty in obtaining sufficient quantities of purified protein. Recently, we succeed to produce large amounts of the second transmembrane domain from the wild-type hMC4R (wt-TM2) and D90N mutant hMC4R (m-TM2) and proposed the structural difference of them in membrane-like environments. In this paper, we demonstrate the optimization procedures to express and purify wt-TM2 or m-TM2 peptides, and solution NMR studies in different detergents to get high-resolution spectra were also described.

바닐린과 갈변억제제 병용처리가 신선절단 사과의 품질유지와 미생물증식에 미치는 영향 (Combined Effects of Vanillin and Antibrowning Agent on Changes of Quality and Microorganisms in Fresh-Cut Apples)

  • 정헌식;;문광덕
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제15권3호
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    • pp.385-389
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    • 2008
  • 신선절단 사과 제조에 있어 갈변 및 연화 억제제인 $NaturalSeal^{TM}$처리에 고농도 vanillin의 첨가효과를 규명하기 위하여, 절단사과에 6% $NaturalSeal^{TM}$과 120 mM vanillin을 병용처리하고 플라스틱 필름으로 포장하여 $4^{\circ}C$에서 3주 동안 저장하면서 1주 간격으로 품질특성과 미생물 생육의 변화를 조사하였다. 신선절단 사과의 L값, 가용성 고형분 및 적정산도는 $NaturalSeal^{TM}$ 단독 처리구 보다 $NaturalSeal^{TM}$과 vanillin의 병용 처리구에서 감소가 촉진되었다. 총호기성미생물 및 효모와 곰팡이의 생육은 $NaturalSeal^{TM}$ 단독 처리구 보다 $NaturalSeal^{TM}$과 vanillin의 병용 처리구에서 억제되었다. 이로써 신선절단 사과에 $NaturalSeal^{TM}$ 처리 시 120 mM vanillin의 첨가는 항미생물 효과는 부여하지만 품질특성의 손실은 가져올 수 있는 것으로 확인되었다.

인산염계 기능성 단량체가 첨가된 수종의 자가 접착 레진시멘트와 지르코니아 세라믹 사이 열순환 전후 전단결합강도 비교 (Evaluation of shear-bond strength between different self-adhesive resin cements with phosphate monomer and zirconia ceramic before and after thermocycling)

  • 이지훈;김민경;이정진;안승근;박주미;서재민
    • 대한치과보철학회지
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    • 제53권4호
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    • pp.318-324
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    • 2015
  • 목적: 본 연구에서는 서로 다른 인산염계 기능성 단량체가 첨가된 5종의 자가 접착 레진시멘트와 지르코니아 사이의 열순환 전후 전단결합강도를 비교 평가하고자 하였다. 재료 및 방법: Airborne particle abrasion ($50{\mu}m$ $Al_2O_3$)을 시행한 디스크 모양의 Y-TZP 지르코니아 블록을 총 100개 준비하였다. 그리고 composite resin cylinder ($Filtek^{TM}$ Z250, 3M ESPE, St. Paul, MN, USA) 100개를 준비하였다. 서로 다른 인산염계 기능성 단량체가 첨가된 5종의 이중 중합형 자가 접착 레진시멘트 즉, Permacem 2.0 (DMG, Hamburg, Germany), $Clearfil^{TM}$ SA Luting (Kuraray Medical, Tokyo, Japan), $Multilink^{(R)}$ Speed (Ivoclar Vivadent, Schaan, Liechtenstein), $RelyX^{TM}$ U200 Automix (3M ESPE, Neuss, Germany), G-Cem $LinkAce^{TM}$ (GC Corporation, Tokyo, Japan)를 이용하여 지르코니아 블록과 composite resin cylinder를 접착하고 1군당 20개의 시편을 갖는 5개의 군을 만들었다. 시편을 $37^{\circ}C$ 의 증류수에 24시간 동안 보관한 후 각 군의 시편 절반(n=10)은 곧 바로 그리고 나머지 절반(n=10)은 5000회 열순환(5 - $55^{\circ}C$) 후에 전단결합강도를 측정하였다. 파절면은 FE-SEM을 이용하여 관찰하였다. 통계분석은 레진시멘트 종류 및 열순환 유무에 따른 전단결합강도의 비교를 위해 Two/One-way ANOVA를 시행하고 Tukey HSD post-hoc test를 이용하여 사후 검정하였으며, 열순환 전후의 비교를 위해 paired t-test를 이용하였다($\alpha$=.05). 결과: 열순환 전과 후 모두 $Multilink^{(R)}$ Speed 군은 나머지 4종류의 시멘트 군 보다 큰 전단결합강도를 나타내었다. G-Cem $LinkAce^{TM}$ 군은 열순환 전과 비교하여 열순환 후에 유의하게 낮은 전단결합강도를 나타내었지만, 다른 4종류 군은 열순환 전후 유의한 차이가 없었다. 결론: 인산염계 단량체를 포함한 대부분의 이중 중합형 자가 접착 레진시멘트는 지르코니아와 높은 전단결합강도를 보이고 열순환에 의해 유의한 영향을 받지 않아 지르코니아 보철물의 접착에 유용할 것이라고 사료된다.

포공영의 열수 및 에탄올 추출물의 기능적 생리활성 (Functional Biological Activity of Hot Water and Ethanol Extracts from Taraxaci Herba)

  • 임애경;김정옥;정미정;정희경;홍주헌;김대익
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제37권10호
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    • pp.1231-1237
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    • 2008
  • 포공영의 총 페놀함량에서는 열수 추출물 7.80$\pm$0.97 mg/g, 에탄올 추출물 9.12$\pm$0.51 mg/g으로 나타났다. 플라보노이드함량은 열수 추출물 54.20$\pm$1.95 mg/g, 에탄올 추출물 79.43$\pm$4.44 mg/g으로 항산화 활성에 관련된 페놀 및 플라보노이드 화합물들이 에탄올 추출물에 많이 존재함을 확인할 수 있었다. 전자공여능에 있어서도 포공영 에탄올 추출물이 열수 추출물 $IC_{50}$값에 비해 3배 정도의 뛰어난 활성을 보였다. 아질산염 소거능은 모든 pH 조건하에서 에탄올 추출물이 열수 추출물보다 높은 아질산염 소거능을 나타내었으며, pH가 증가할수록 감소하였다. SOD 유사활성을 측정한 결과 열수 추출물에서는 18.34$\sim$37.26 $\mu$g/mL, 에탄올 추출물에서는 16.60$\sim$49.03 $\mu$g/mL의 범위로 분석되었으며, 농도에 따른 유의적 증가현상을 나타내었다. Tyrosinase 및 elastase 저해활성은 모든 추출물에서 대조구에 비해 다소 약한 활성을 나타내었다. 포공영 추출물은 뛰어난 항산화 활성을 나타나 기능성 식품 및 화장품 소재로 개발 가능성이 높을 것으로 사료된다.

살진균제인 캡탄 처리 후 갈색거저리의 해독효소 유전자 발현 (Gene Expression of Detoxification Enzymes in Tenebrio molitor after Fungicide Captan Exposure)

  • 장호암;백형선;김보배;알리 모하마디 코줄 마리암;패트나익 바랫 부산;조용훈;한연수
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제61권1호
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    • pp.155-163
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    • 2022
  • 최근 살진균제는 세계 식량 안보에 없어서는 안될 필수 요소이며, 그 사용량은 증가하고 있다. 살진균제는 직접적 또는 간접적으로 곤충에 영향을 미쳐 유전자 및 분자 수준의 변화를 일으킨다. 곤충은 다양한 해독 매커니즘을 통해 살진균제를 포함한 농약으로부터 유발되는 활성산소(ROS) 독성을 제거한다. 본 연구는 살진균제 캡탄의 비치명적 투여량(0.2, 2, and 20 ㎍/µL)을 주입 후 갈색거저리의 유충에서 해독효소의 mRNA 발현량을 분석했다. 갈색거저리의 전사체 분석을 통해 해독 매커니즘 관련 유전자인 퍼옥시다제(POX), 카탈라제(CAT), 슈퍼옥사이드 디스뮤타제(SOD) 및 글루타티온-S-트랜스퍼라제(GST)를 발굴하였다. 처리 24시간 후 TmPOX5 mRNA가 유의하게 증가한 것으로 나타났다. 처리 3 시간 후 TmSOD4의 mRNA가 유사하게 증가하였다. 또한 2 ㎍/µL 처리 24시간 후 TmCAT2의 mRNA 가 유의하게 증가하였다. 캡탄 노출 후 TmGST1 및 TmGST3의 mRNA 발현량도 증가하였다. 결론적으로, TmPOX5 및 TmSOD4 유전자는 갈색거저리에서 캡탄 노출에 대한 바이오마커 또는 생체이물 센서로 작용할 수 있음을 시사한다.

호로파와 야관문 복합추출물이 과산화수소로 산화적 스트레스가 가해진 TM3 세포의 테스토스테론 합성에 미치는 영향 (Effects of the mixture of fenugreek seeds and Lespedeza cuneata extracts on testosterone synthesis in TM3 cells oxidative stressed with H2O2)

  • 이경수;이은경;서윤희;최수영
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제59권4호
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    • pp.305-311
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    • 2016
  • 본 연구는 야관문과 호로파 복합추출물인 YHM이 과산화수소($H_2O_2$)로 산화적스트레스를 가한 TM3 세포의 테스토스테론 발현에 미치는 영향을 확인하고자 수행되었다. 세포독성 시험을 수행하여 YHM의 경우 $40{\mu}g/mL$을 최고 농도로 중농도 $20{\mu}g/mL$, 저농도 $10{\mu}g/mL$ 처리군을 설정하였고, TM3 세포에 산화적 스트레스를 주기 위해서는, serum free 배지에 $50{\mu}M$의 과산화수소를 4시간 동안 처리하였다. 산화적 스트레스가 가해진 TM3 세포에 YHM 시료를 처리하여 세포 생존률에 미치는 영향을 평가하였을 때 모든 농도 처리군에서 세포증식이나 독성이 없었다. 테스토스테론은 과산화수소를 처리하였을 때 감소하였다가 YHM 시료를 처리하였을 때 control 수준으로 회복되거나, control 보다 더 증가하였다. 또한 시료에 의한 테스토스테론 양의 증가원인을 확인하기 위하여, 테스토스테론 합성 및 분해에 관여하는 효소들의 발현량을 ELISA와 Real-time PCR을 통해 알아보았다. 테스토스테론 합성에 관여하는 $3{\beta}$-HSD4와 17,20-desmorase는 과산화수소 처리 시 감소하였다가, YHM을 처리하였을 때는 control 수준으로 회복하였다. 테스토스테론을 estradiol 및 dihydrotestosterone로 변환시키는 aromatase와 $5{\alpha}$-reductase2는 과산화수소를 처리하였을 때 증가하였다가 YHM 시료를 처리하면 control 수준이나 그 이하로 감소하였다. 이 결과들로 보았을 때 YHM 시료는 TM3 세포의 증식에는 영향을 미치지 못 하지만, 산화적 스트레스에 의해 감소된 테스토스테론 합성 효소의 발현을 증가시키고, 반대로 증가되는 테스토스테론 분해 효소의 발현은 감소시켜, 결국 산화적 스트레스에 의해 저하된 테스토스테론의 양을 회복시키거나 증가시키는 효과가 있는 것으로 판단된다.

Rapid Screening of Salmonella spp. Using PBM BioSignTM Salmonella Test and Evaluation of the PBMS Test

  • Lim, J.Y.;Kwon, N.H.;Kim, J.M.;Jung, W.K.;Park, K.T.;Hong, S.K.;Park, Y.H.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제17권12호
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    • pp.1746-1750
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    • 2004
  • The PBM ${BioSign}^{TM}$ Salmonella (PBMS) test kit based on an mmunochromatographic method was evaluated for the screening of Salmonella spp. in pure cultures, and 80, 15, and 10 artificially and naturally contaminated, and negative controlled food samples, respectively. The PBMS test involves presumptive qualitative procedures, detecting the presence of Salmonella spp. in foods within 26 h total testing period and allowing the user to release negative products 70 h earlier than the conventional methods. The PBMS test using Buffered Peptone Water and Rappaport-Vassiliadis broth was evaluated for 10 different food types for various Salmonella spp. It showed detection limits of 1 to 25 colony forming units (CFU)/25 g. No cross-reaction was observed, particularly to other gramnegative bacteria. These results indicate the PBMS test is a rapid and inexpensive procedure for the screening of Salmonella spp. present at low concentrations (1 to 25 CFU/25 g) in foods.

M Protein from Dengue virus oligomerizes to pentameric channel protein: in silico analysis study

  • Ayesha Zeba;Kanagaraj Sekar;Anjali Ganjiwale
    • Genomics & Informatics
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    • 제21권3호
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    • pp.41.1-41.11
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    • 2023
  • The Dengue virus M protein is a 75 amino acid polypeptide with two helical transmembranes (TM). The TM domain oligomerizes to form an ion channel, facilitating viral release from the host cells. The M protein has a critical role in the virus entry and life cycle, making it a potent drug target. The oligomerization of the monomeric protein was studied using ab initio modeling and molecular dynamics simulation in an implicit membrane environment. The representative structures obtained showed pentamer as the most stable oligomeric state, resembling an ion channel. Glutamic acid, threonine, serine, tryptophan, alanine, isoleucine form the pore-lining residues of the pentameric channel, conferring an overall negative charge to the channel with approximate length of 51.9 Å. Residue interaction analysis for M protein shows that Ala94, Leu95, Ser112, Glu124, and Phe155 are the central hub residues representing the physicochemical interactions between domains. The virtual screening with 165 different ion channel inhibitors from the ion channel library shows monovalent ion channel blockers, namely lumacaftor, glipizide, gliquidone, glisoxepide, and azelnidipine to be the inhibitors with high docking scores. Understanding the three-dimensional structure of M protein will help design therapeutics and vaccines for Dengue infection.

Quercetin Inhibits the 5-Hydroxytryptamine Type 3 Receptor-mediated Ion Current by Interacting with Pre-Transmembrane Domain I

  • Lee, Byung-Hwan;Jung, Sang-Min;Lee, Jun-Ho;Kim, Jong-Hoon;Yoon, In-Soo;Lee, Joon-Hee;Choi, Sun-Hye;Lee, Sang-Mok;Chang, Choon-Gon;Kim, Hyung-Chun;Han, YeSun;Paik, Hyun-Dong;Kim, Yangmee;Nah, Seung-Yeol
    • Molecules and Cells
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    • 제20권1호
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    • pp.69-73
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    • 2005
  • The flavonoid, quercetin, is a low molecular weight substance found in apple, tomato and other fruit. Besides its antioxidative effect, quercetin, like other flavonoids, has a wide range of neuropharmacological actions including analgesia, and motility, sleep, anticonvulsant, sedative and anxiolytic effects. In the present study, we investigated its effect on mouse 5-hydroxytryptamine type 3 ($5-HT_{3A}$) receptor channel activity, which is involved in pain transmission, analgesia, vomiting, and mood disorders. The $5-HT_{3A}$ receptor was expressed in Xenopus oocytes, and the current was measured with the two-electrode voltage clamp technique. In oocytes injected with $5-HT_{3A}$ receptor cRNA, quercetin inhibited the 5-HT-induced inward peak current ($I_{5-HT}$) with an $IC_{50}$ of $64.7{\pm}2.2{\mu}M$. Inhibition was competitive and voltage-independent. Point mutations of pre-transmembrane domain 1 (pre-TM1) such as R222T and R222A, but not R222D, R222E and R222K, abolished inhibition, indicating that quercetin interacts with the pre-TM1 of the $5-HT_{3A}$ receptor.