주문진항에서 2002년부터 2005년까지 월별로 관측한 COD, 총질소(TN), 총인(TP) 항목의 정점별, 계절별 변화 양상을 분석하였다. 전반적으로 상층의 오염도가 하층에 비하여 높게 나타났으며, 상층과 하층의 COD 및 TN, TP 항목 농도차이는 주문진항 내부영역이 방파제 전면해역에 비하여 크게 나타났다. COD 농도는 변화 폭이 시기에 따라 다르지만 계절별 변동양상이 뚜렷하고, 암모니아성질소 및 TN 항목도 계절별 변동양상이 뚜렷하게 나타난다. 지점별, 월별 자료를 영역별, 연도별로 평균하여 해수교환시설 및 하수종말처리시설의 수질개선효과를 정량적으로 분석한 결과, COD 항목은 2003년도에는 미미한 변화를 보이고 있으며, 2004년, 2005년에는 모든 영역에서 $34{\sim}47%$ 정도 COD 농도저하가 계산되었다. 또한, TN 항목도 해수교환 시설에 의한 영향이 우세한 것으로 판단되었다. 해수교환 시설이 TN 농도저하에 미친 영향은 영역 1, 영역 2, 영역 3 순서로 각각 $60{\sim}70%,\;40{\sim}60%,\;40%$내외 정도로 산정되었다. 따라서, 해수교환시설이 COD 및 TN 농도저하, 즉 수질개선에 미치는 영향은 주문진항 내부영역으로 국한되지 않고, 주문진항 입구 및 방파제 전면해역으로 확장되고 있는 것으로 판단된다.