경성제국대학의 부속기관인 생약연구소는 현재 서울대학교 약학대학 천연물 과학연구소의 전신으로, 일제강점기 인삼연구를 중점적으로 수행하였던 종합연구기관이었다. 생약연구소는 경성제국대학 의학부 약리학 제2강좌의 교수 스기하라 노리유키의 주도로 설립되게 되는데, 스기하라는 약리학 제2강좌가 설치되었던 1926년부터 고려인삼 및 한약에 관한 연구를 집중적으로 진행하였다. 약리학 제2강좌에는 의학 및 약물학 전공인 스기하라 외에도 조교수로 약학을 전공한 카쿠 텐민, 강사로 농학 및 임학을 전공한 이시도야 츠토무가 있었으며, 이들을 중심으로 1939년 생약연구소 설립 이전까지 약 36명의 연구자가 활동하였다. 이 중에서는 약 14명의 조선인 연구자들이 있었는데, 이들은 대체로 경성의전, 경성치전, 경성약전 등 전문학교 출신들로 기본적인 의약학 지식을 갖추고 한의학, 본초학 등 독자적인 의약체계를 활용하는 조선의 한약재 연구에 임하였다. 1927년부터 민병기, 김하식 등이 활동을 시작하였으며, 1930년 이후 조선인 연구자는 증가하였다. 약리학 제2강좌는 조선의 약용식물 조사 및 한약재에 대한 약리학적 작용, 성분분석 등의 분야에서 다양한 연구결과를 발표하였으며, 또한 경성의전, 경성치전, 경성마약류중독자치료소, 지방도립의원 등의 기관들과 공동연구를 진행하기도 하였다. 한편 1935년, 국내 최대의 인삼 산지인 개성에서는 "약도개성" 계획이 수립되었다. 이는 전시용 약품의 연구 및 양산화, 인삼 산업개편을 통한 수익 창출을 목적으로, 민간단체, 개성부, 관동군, 경성제국대학 등이 참여한 대규모 프로젝트였다. 1936년에 경기도립 약용식물연구소, 1938년에 경성제국대학 부속 약초원 및 병참 제약공장이 설치되었으며, 1939년, 약용식물연구소와 약초원이 결합하여 경성제국대학 부속 생약연구소가 설립되었고 스기하라는 생약연구소 소장이 되었다. 생약연구소에서는 인삼에 관한 약리학적 연구에서 더욱 나아가, 선려삼 등 인삼을 이용한 제품개발 및 판매, 그리고 인삼재배 연구가 집중적으로 진행되었다. 또한, 1941년 제주도시험장을 설립하여, 제주도산 약재를 사용한 구충제 판시를 생산하기도 하였다. 1945년 일제의 항복과 광복으로 스기하라를 포함한 일본인 연구자들은 급히 귀국하였다. 이후 생약연구소는 서울대학교에 인계되어, 경성제국대학 의학부 출신 오진섭을 소장으로 우린근, 석주명 등의 학자들이 활동하며 한국 과학계의 선도적 역할을 하였다.