본 연구에서는 IPO시점을 전후하여 기업의 혁신 활동과 성과의 변화에 대한 분석을 목적으로 연구개발 투자 비중이 높은 의료 및 의약 분야의 코스닥 IPO 상장 기업을 대상으로 7개의 투입, 산출 모형에 대한 효율성 분석과 비교를 실시하였다. 의약분야 기업의 IPO 전후 3년간의 혁신활동 효율성을 측정하고 차이를 분석하기 위해 DEA모형을 적용하였다. 본 논문의 주요한 결과는 첫째, 의약분야의 IPO 기업의 창업에서 IPO까지 평균 12.86년이 소요되었고, 혁신활동은 평균적으로 IPO 이전보다 더욱 활발해져 연구개발 투자액이 증가되었다. 출원특허의 수는 IPO 이전 3년 동안 8.43개에서 IPO 이후 3년 동안에는 상장기업 평균 16.67로 급증하였으며 기업의 기술 영역도 전후 3년 동안 상장기업 평균 11개에서 22개 기술분야로 크게 확대되는 모습을 보였으나, 재무적 측면에서 성장 추이와 수익성은 IPO 이전보다 낮아졌다. 둘째, 연구개발 투자와 특허출원 활동에 대한 재무적인 성과는 IPO 이후 효율성이 모두 약화되었으며, 최종적인 성과에 이르기까지 투자와 활동을 분리하여 연구개발투자에 따른 특허 출원 성과, 특허 출원 활동에 따른 재무적인 성과에 대한 효율성 역시 IPO 이전보다 모두 낮아진 것으로 분석되었다. 셋째, 특허활동에 따른 재무성과에 대한 효율성은 연구개발 투자에 따른 특허 출원 성과, 연구개발투자와 특허활동에 따른 재무성과에 대한 효율성에 비해 낮았고, 특히, IPO 이후 특허활동에 따른 재무성과의 비효율성은 규모의 비효율성으로 인해 발생되었음이 분석되었다. 마지막으로, 본 연구에서 IPO 이후 전체적인 효율성 하락은 IPO를 퉁한 연구개발투자 확대가 시장의 재무적 성과로 이어지지 못하였고, IPO 이후 전체적인 비효율성은 연구개발투자를 통한 혁신의 결과 도출 단계보다는 혁신활동의 결과물이 시장의 성과를 이끌어 내는 데 나타나는 비효율성으로 인한 것으로 분석되었다.