• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권3호
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• pp.243-263
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• 2017

벼 품종의 DNA profiling을 위하여 SSR 마커를 활용하여 한국 벼의 품종판별 기술 확립을 위하여 국내에서 육성된 벼 243개 품종에 대하여 최종 선발된 7개의 SSR 마커(RM21, RM257, HsSSR01-52, RM333, RM580, RM1306, RM157)를 이용하여 판별하였다. 판별용으로 이용된 SSR 마커 7개의 총 대립인자 수는 130개였으며, 대립인자 수의 범위는 10 ~ 32개이었고, 평균 대립인자 수는 18.57이었다. PIC 값은 0.679 (HsSSR01-52) ~ 0.895 (RM333)의 범위이었으며, 평균 PIC 값은 0.774이었다. SSR 마커 7개의 조합으로 6단계의 판별을 통해 총 243개 품종 중 243개 모든 품종의 구별이 가능하였다. 이와 같은 결과, 본 연구에 이용된 SSR 7개 마커는 한국 벼 품종의 판별과 순도유지에 매우 효율적으로 이용할 수 있을 것으로 여겨진다.

• Molecules and Cells
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• 제19권3호
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• pp.428-435
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• 2005

This study was carried out to assess the potential of SSR markers for variety identification by comparing SSR markers and morphological traits in tests of distinctiveness, uniformity, and stability (DUS) of pepper (Capsicum annuum L.) varieties. Twenty-seven SSR markers were polymorphic in 66 pepper varieties, revealing a total of 89 alleles. Average polymorphism information content (PIC) value was 0.529, ranging from 0.03 to 0.877. Cluster analysis of the band patterns separated the varieties into three groups corresponding to varietal types. Morphological trait-based clustering showed some degree of similarity to dendrogram topologies based on the SSR index. However, no significance correlation was found between the SSR and morphological data. SSR markers could be used to complement a DUS test of a candidate variety and to select complimentary varieties by pre-screening existing varieties in the context of protecting new varieties of pepper.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제15권3호
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• pp.219-224
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• 2015

현재 에너지 절감에 대한 사회적 요구가 높다. 이번 기회에 IGBT 딤머시스템이 기존 SSR,SCR 딤머시스템과 비교하여 얼마만큼의 효율성을 갖는 것에 대한 목적을 가지고 연구를 하였다. 방법은 2가지로 첫째는 디머시스템의 조광시 출력에 따른 정현파 변형의 비교실험으로 전력손실이 얼마나 나타나는지에 대하여 오슬로스코프로 비교 측정 실험을 진행하였고, 둘째는 조광시 장비가 갖는 소리에 대한 데시벨 크기를 측정하여 장비 배치에 대한 소음에 대하여 데시벨 측정기로 실험을 진행하였다. 결과는 전력손실에 따른 효율성과 공간에 따른 소음이 많은 SSR, SCR 딤머보다 IGBT 딤머가 효율적이라는 것을 확인 하였다.

• 한국육종학회지
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• 제43권5호
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• pp.405-412
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• 2011

옥수수에서 자식계통들에 대한 유전적 다양성 및 계통유연관계 정보는 1대잡종 품종개발을 위한 교배조합 선발에 유용한 전략을 제공한다. 본 연구는 86개의 튀김 옥수수 자식계통들에 대한 유전적 다양성 및 계통유연관계를 밝히기 위하여 옥수수 전체 게놈을 대표할 수 있도록 50개의 SSR primer를 선발하여 분석에 이용하였다. 그 결과 50개의 SSR primer들은 86개의 튀김 옥수수 자식계통들에서 총 256개의 대립단편을 나타내었으며, SSR loci당 평균 5.1개가 증폭되었다. 각 SSR primer들에서 증폭된 대립단편의 수는 최소 2개에서 최대 16개의 범위로 나타났고, 유전적 다양성 값은 0.210에서 0.831 범위로 나타나 평균 0.579 값을 나타내었다. 계통유연관계 분석에서 86개의 튀김 옥수수 자식계통들은 유전적 유사성 35.8% 수준에서 크게 3개의 Group으로 구분되었는데, Group I은 40계통을, Group II는 39계통을, 그리고 Group III은 7계통을 각각 포함하였다. 본 연구에서 분석에 이용한 SSR 마커들은 우리나라에서 육성한 86개의 튀김 옥수수 자식계통들에 대한 유전적 다양성 및 계통유연관계를 평가하는데 효율적이었음을 나타내었다.

• 한국산림과학회지
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• 제90권2호
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• pp.169-175
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• 2001

6개지역에 식재된 은행나무 182개체의 잎으로부터 DNA를 추출하여 I-SSR과 RAPD 표지자를 분석하였다. 15개 I-SSR primer를 사용하여 PCR을 수행해서 227개의 증폭산물 변이체를 확인하였고, 5개 RAPD primer를 사용하여 67개의 증폭산물 변이체를 확인했다. 6개 집단에 있어서 집단내의 유전적 다양성 정도는 유사한 것으로 나타났다(Shannon's Index, I-SSR : 0.35~0.40; 평균 0.38, RAPD : 0.31~0.38; 평균 0.35, 통합 : 0.35~0.40; 평균 0.37). 3개의 자료(I-SSR 표지자, RAPD 표지자 및 통합 자료)로부터 평가된 유전적 다양성 정도의 등급은 상호간에 일치하지 않았다. 유전적 다양성의 대부분이 집단내 개체간에 존재하는 것으로 나타났으며(I-SSR : 94.31%, RAPD : 93.62%, 통합 : 93.57%), 결과로써 집단간 분화정도는 상당히 낮게 나타났다. 수나무와 암나무 그룹간의 유전적 분화정도는 매우 낮았으며(I-SSR : 0.03, RAPD : 0.091, 통합 : 0.043), 수나무와 암나무들 동시에 채집한 3개 지역만을 대상을 분석했을 경우에는 약간의 변동이 있었다(I-SSR : 0.038, RAPD : 0.084, 통합 : 0.047). UPGMA법을 이용해서 분석한 집단간의 유전적 유연관계는 지리적 거리와 일치하지 않았는데, 이는 몇몇 지역들이 종자 공급원을 공유하고 있기 때문일 것으로 추정된다. I-SSR과 RAPD data를 성별로 재편성해서 유집분석을 수행한 결과, 모든 수나무 집단들과 암나무 집단들이 각각 별개의 성별 분지군을 형성하는 양상을 보였으나, 2개의 data를 통합해서 유집 분석을 수행했을 경우에는 성에 따른 명백한 분지군이 형성되지 않았다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2019년도 추계학술대회
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• pp.43-43
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• 2019

The collection, evaluation and conservation of crop germplasm have been treated as one of the basics to breeding program. An understanding of genetic relationships among germplasm resources is vital for future breeding process like yield, quality, and resistance. In the present study, EST-SSR markers were employed to assess the polymorphism and genetic diversity of 192 accessions of Proso millet preserved in the National Agrobiodiversity Center of RDA. We evaluated the efficiency of EST-SSR markers developed for proso millet species. A total of 98 alleles were detected with an average allele number of 4.5 per locus among 192 proso millet millet accessions using 22 EST-SSR markers. The averaged values of gene diversity ($H_E$) and polymorphism information content (PIC) for each EST-SSR marker were 0.362 and 0.404 within populations, respectively. Our results showed the moderate level of the molecular diversity among the proso millet accessions from diverse countries. A phylogenetic tree revealed three major groups of accessions that did not correspond with geographical distribution patterns with a few exceptions. The less correlation between the clusters and their geographic location might be considered due to their type difference. Our study provided a better understanding of genetic relationships among various germplasm collections, and it could contribute to more efficient utilization of valuable genetic resources. The EST-SSR markers developed here will serve as a valuable resource for genetic studies, like linkage mapping, diversity analysis, quantitative trait locus/association mapping, and molecular breeding.

• 한국육종학회지
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• 제40권2호
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• pp.119-127
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• 2008

A total of 41 microsatellite markers were used with 29 genotypes to examine the relationship between SSR polymorphisms and N-use efficiency related traits with a goal to identify the putative QTLs related to these traits. These primers yielded a total of 183 alleles (average 4.46 alleles per primer), and polymorphism information content (PIC) values of the SSRs ranged from 0.119 to 0.805 with mean value of 0.425. Correlation coefficients were obtained among the four N-use efficiency traits in the 34 accessions and significant positive correlations of relative ratios between grain yield and harvest index (r=0.3404) and total dry matter (r=0.7976), while N uptake showed a moderate level of correlation with the ratios of the grain yield and total dry matter, respectively. 36.5% (15/41) SSR markers were monomorphic among the 25 japonica accessions out of the 29 accessions. Association between SSR genotypes and phenotypic performances from the total (29) or japonica (25) accessions was tested based on a single point analysis. Three putative QTL regions were detected for the ratio of grain yield. These include the chromosomal region containing the RM283 locus on chromosome 1 and RM25 on chromosome 8 (all and japonica accessions) and the region with the SSR marker, RM206 on chromosome 11 (the japonica accessions). For the total dry matter ratio, two chromosomal regions were identified as the putative QTL region. One is the region with the SSR marker, RM162 on chromosome 6 (all and japonica accessions) and the other was the one with the SSR marker RM25 on chromosome 8 (the japonica accessions). Among these markers, RM25 showed associations with both traits.

• 한국산림과학회지
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• 제104권4호
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• pp.578-587
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• 2015

교배양식 유전모수를 확인하기 위하여 nuclear SSR (nSSR) 표지와 chloroplast SSR (cpSSR) 표지를 이용하여 2006년과 2007년에 안면도 소나무 채종원(77년 조성)에서 생산된 종자를 대상으로 타가교배율과 화분오염율, 근친교배율을 확인하였다. cpSSR 유전형에 근거한 타가교배율은 2006년에 94.9~100%(평균 98.9%)이며, 2007년에는 91.2~100%(평균 97.7%)이다. nSSR 유전자형에 근거한 타가교배율은 2006년에 90.3~100%(평균 95.9%), 2007년에 81.6~100%(평균 95.3%)의 타가교배율이 산출되었다. 두 표지를 동시에 비교하여 확인한 결과 2006년 생산종자의 평균 누적 타가교배율 100%, 2007년 생산종자의 평균 누적 타가교배율은 98.9%로 추정되었다. 근친교배율($t_m-t_s$: biparental inbreeding)은 2006년에 -0.006과 2007년에 0.007으로 추정되었다. 평균 화분오염율은 2006년에 평균 48.9%, 2007년에 평균 42.4%이며, 종자의 cpSSR 유전형을 근거로 확인한 화분친 기여율(기여화분친 수)은 2006년에 0.458(평균 16.2개), 2007년에 0.512(평균 14.8개)로 확인되었다. 결론적으로, 2006년, 2007년 안면도 소나무 채종원(77년 조성) 내 클론간 높은 타가교배율이 확인됨으로써 채종원산 종자의 유전적 품질은 자가교배로 인한 근교약세가 원인이 되는 불량형질이 발생할 가능성이 낮을 것으로 기대된다. 안면도 소나무 채종원(77년 조성) 내 교배양식 연간 분석을 통해서 확인된 결과가 향후 진전세대 채종원 조성 및 관리에 유용한 정보를 제공할 것으로 기대된다.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.113-117
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• 1997

Simple sequence repeats (SSR)는 진핵생물체에 널리 산재되어 있으며, 큰 다형현상을 나타내고, polymerase chain reaction (PCR)으로 쉽게 분석된다. 이 연구의 목적은 서로 다른 Chlamydomonas reinhardtii계통간의 다형현상과 Chlamydomonas의 SSR 좌위에서의 유전양상을 결정하는데 있었다. C. reinhardtii의 genomic DNA library를 만들어 $^{32}$P로 라벨링한 (AC)$_{11}$ probe를 이용하여 (CA/GT)n 반복서열을 가지는 clone을 선택하기위해 screen하였다. 선택된 clone을 sequencing하여 (CA/GT)n sequence에 인접한 PCR primer set를 제조하였다. PCR은 여러 C. reinhardtii 계통의 SSR 좌위를 증폭하기 위하여 사용하였다. 그 좌위는 및몇 C. reinhardtii 계통에서 다형현상을 보였다. 그러나 그 좌위에서 C. reinhardtii의 6계통중 4계통만 DNA가 PCR 증폭을 하였고 2계통은 증폭을 하지 않았다. C. reinhardtii와 C. smithii의 교배로 생긴 4배체에서 2:2의 분리비를 보여주었는데, 이는 단순한 멘델의 유전양상을 나타낸다. 이러한 결과로 미루어 SSR 다형현상은 Chlamydomonas의 개체 식별, 개체군 연구, 연쇄 분석, 그리고 유전자 지도 작성을 하는데 유용할 것이다.다.

• 한국항행학회논문지
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• 제26권6호
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• pp.418-426
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• 2022

반송파 기반 위성항법 보강시스템은 GNSS(global navigation satellite system) 측정치 오차를 보상하는 방식에 따라 OSR(observation space representation)과 SSR(state space representation)으로 구분된다. 대표적인 OSR 기반 보강시스템인 N-RTK(network real time kinematics)는 약 100 km 수준의 서비스 영역 내에서 cm급 측위 정확도를 확보할 수 있는 시스템이지만, 일반적으로 사용자-인프라 간 양방향 통신 방식에 의해 서비스가 구현된다. 이러한 특징으로 인해 N-RTK를 활용한 위성 기반 cm급 전국토 정밀 측위 서비스 구축은 현실적으로 많은 제약이 따른다. 반면, SSR 보강시스템은 서비스 영역 내 모든 사용자에게 동일한 보정정보를 제공하기 때문에 단방향 서비스에 적합하고, 각 보정정보의 전송주기를 유동적으로 조절할 수 있으므로 위성 기반 광역 정밀 보정정보 방송 서비스에 적합하다. 이러한 장점으로 인해 위성항법시스템을 보유한 각국은 SSR 보정정보 기반의 PPP(precise point positioning)/PPP-RTK 정밀 측위 서비스 구축에 박차를 가하고 있다. 이에 본 논문에서는 위성 기반 SSR 보정정보 방송 서비스들의 구성 및 특징, 측위 성능 분석을 통해 PPP/PPP-RTK 서비스 동향과 정밀 측위 현황을 파악하고자 한다.