• Molecules and Cells
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• 제23권2호
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• pp.228-238
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• 2007

Since molecular structure of hnRNP is not available in foreseeable future, it is best to construct a working model for hnRNP structure. A geometric problem, assembly of $700{\pm}20$ nucleotides with 48 proteins, is visualized by a frame work in which all the proteins participate in primary binding, followed by secondary, tertiary and quaternary binding with neighboring proteins without additional import. Thus, 40S hnRNP contains crown-like secondary structure (48 stemloops) and appearance of 6 petal (octamers) rose-like architectures. The proteins are wrapped by RNA. Co-transcriptional folding for RNP fibril of FMR1 gene can produce 2,571 stem-loops with frequency of 1 stem-loop/15.3 nucleotides and 53 40S hnRNP beaded structure. By spliceosome driven reactions, there occurs removal of 16 separate lariated RNPs, joining 17 separate beaded exonic structures and anchoring EJC on each exon junction. Skipping exon 12 has 5'GU, 3'AG and very compact folding pattern with frequency of 1 stem-loop per 12 nucleotides in short exon length (63 nucleotides). 5' end of exon 12 contains SS (Splicing Silencer) element of UAGGU. In exons 10, 15 and 17 where both regular and alternative splice sites exist, SS (hnRNP A1 binding site) is observed at the regular splicing site. End products are mature FMR-1 mRNP, 4 species of Pri-microRNAs derived from introns 7,9,15 and 3'UTR of exon17, respectively. There may also be some other regulatory RNAs containing ALU/Line elements as well.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권2호
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• pp.87-92
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• 2017

첫 번째 에볼라 출혈열 발발은 1976년 콩고 민주 공화국과 수단에서 발생했으며, 이후 2014년서 아프리카에서 27,741건, 11,284건의 사망자가 발생했다. 발열은 Filoviridae 계열에 속하며 ssRNA 게놈을 가진 에볼라 바이러스에 의해 발생했다. 바이러스의 알려진 아형은 Bundibugyo ebolavirus, Reston ebolavirus, Sudan ebolavirus, Tai Forest ebolavirus 및 Zaire ebolavirus이다. 역사적으로 에볼라의 주요 발생 지역은 동부 및 중부 아프리카 열대 지방에서 발생했다. 서아프리카에서의 발발로 인해 전세계 사회에서 수많은 사망과 공포가 확산되었다. 효과적인 치료와 백신이 없는 상황에서 전염병을 관리하고 통제하는 가장 중요한 방법은 정확한 진단을 통해서이다. WHO(세계 보건기구)는 체외진단(IVD) 검사에서 에볼라의 선택과 사용에 관한 긴급 지침을 발표했다. RealStar Ebolavirus Screen RT-PCR 키트 1.0 (Altona), Liferiver-Ebola Virus (EBOV) 실시간 RT-PCR 키트, Xpert 에볼라 검사 및 ReEBOV 항원 검사를 통해 수많은 회사 및 연구 기관에서 진단을 받고 4가지 WHO 조달 승인 진단을 확인했다. 또한, 신속한 검사 키트 Rapid Diagnosis Test (RDT)와 같은 새로운 진단법이 현재 연구 중이다.

• 생명과학회지
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• 제29권3호
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• pp.279-286
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• 2019

본 연구는 말오줌나무 70% 에탄올 추출물의 항산화 효과와 미백 효과를 검증하였다. 말오줌나무 추출물의 전자공여능 측정실험은 $1,000{\mu}g/ml$에서 86.21%의 효과를 나타내었고, ABTS 소거능을 측정한 결과 $1,000{\mu}g/ml$ 농도에서 97.9%의 소거능을 보였다. Tyrosinase 저해활성 측정은 $1,000{\mu}g/ml$ 농도에서 37%의 효과를 보였다. 말오줌나무 추출물의 세포 생존율을 melanoma cell (B16F10)에서 확인하기 위해 MTT assay를 진행하였는데 세포 생존율을 측정한 결과, $100{\mu}g/ml$ 농도에서 90% 이상의 생존율을 보였다. 말오줌나무 추출물의 MITF, TRP-1, TRP-2 및 tyrosinase의 단백질 발현 효과를 25, 50, $100{\mu}g/ml$ 농도에서 측정하였으며 양성 대조군으로 ${\beta}-actin$을 사용하였다. 그 결과, MITF, TRP-1, TRP-2 및 tyrosinase의 각각 $100{\mu}g/ml$ 농도에서 34.5%, 45.6%, 58.4%, 79.6%의 단백질 발현 억제 효과를 보였다. MITF, TRP-1, TRP-2 및 tyrosinase의 mRNA발현을 RT-PCR로 25, 50, $100{\mu}g/ml$ 농도에서 측정하였고, 양성 대조군으로 GAPDH를 사용하였다. 그 결과, 말오줌나무 추출물의 $100{\mu}g/ml$ 농도에서 각각 85.4%, 67.5%, 85.2%, 67.1%의 mRNA 발현이 감소함을 확인 할 수 있었다. 따라서, 말오줌나무 추출물이 미백 소재로서의 가능성을 확인할 수 있었다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제3권3호
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• pp.219-226
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• 2003

Background: Phage display is the most widely used technique among display methods to produce monoclonal antibody fragment with a specific binding activity. Having a large library for efficient antibody display/selection is quite laborious process to have more than $10^9$ members of transformants. To overcome these limitations, several in vitro selection approaches have been reported. Ribosome display that links phenotypes, proteins, directly to genotype, mRNA, is one of the in vitro display methods. Ribosome display can reach the size of scFv library up to $10^{14}$ molecules and it can be further diversified during PCR steps. To select the high affinity scFv from one pot library, we established ribosome display technique by modifying the previously reported eukaryotic translation system. Methods: To establish the antibody selection system by ribosome display, we used 3D8, anti-DNA antibody. A 3D8 scFv was synthesized in vitro by an in vitro transcription-translation system. The translated 3D8 scFv and the encoding 3D8 mRNA are connected to the ribosome. These scFv-ribosome-mRNA complexes were selected by binding to their specific antigens. The eluted mRNAs from the complexes are reverse transcribed and re-amplified by PCR. To apply this system, antibody library from immunized mouse with terminal protein (TP)-peptide of hepatitis B virus DNA polymerase TP domain was also used. This TP-peptide encompasses the 57~80 amino acid residues of TP. These mRNA/ribosome/scFv complexes by our system were panned three times against TP-peptide. The enrichment of antibody from library was determined by radioimmunoassay. Results: We specifically selected 3D8, anti-DNA antibody, against ssDNA as a model system. The selected 3D8 RNAs sequences from translation complexes were recovered by RT-PCR. By applying this model system, we enriched TP-peptide-specific scFv pools through three cycles of panning from immunized library. Conclusion: We show that our translating ribosome complexes are well maintained and we can enrich the TP-specific scFv pools. This system can be applied to select specific antibody from an antibody library.

• 미생물학회지
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• 제31권4호
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• pp.267-273
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• 1993

Escherichia coli 의 superoxide 라디칼 유도발현성 유전자의 탐색을 위하여 먼저 superoxide 라디칼에 의하여 발현이 유도되는 프로모터를 탐색하였다. 이를 위햐여, 프로모터 탐색벡터인 pJAC4 를 이용하여 E. coli MG1655 균주로부터 프로모터 library 를 구성하였다. Ampicillin 농도구 배정판법을 이용하여 프로모터 세기가 다른 클론들을 구별하여 프로모터 세기가 약한 것부터 중간정도까지 383개의 클론을 선별하였다. 이들 프로모터 클론들의 superoxide 라디칼 유도발현성을 paraquat 를 첨가한 ampicilin 농도구배평판에서 조사하였다. 이중 3개의 클론이 paraquat 에 의하여 유도됨을 확인하였고, 유도배율은 1.4-4배 정도이었다. 이들 프로모터의 염기서열을 결정한 결과 기종의 database 에 등록되어 있는 E. coli 염기서열들과는 다른 새로운 유전자임을 알았다. 이들 프로모터에 대하여 primer 연장법과 SS1 뉴클리아제 분석을 총하여 전사개시 자리를 결정하였고, paraquat 처리시 mRNA 의 양이 증가함을 관찰하였다. 특히 클론5의 경우는 두개의 전사개시 위치를 가지고 있으며, paraquat 처리시 상위 부분의 전사개시자리가 성택적으로 사용됨을 알 수 있었다. 프로모터 서열을 검색한 결과, RNA 중합효소($E\sigma^{70}$)에 의햐여 인지되는 -10과 -35부위를 가진 클론은 클론 5 뿐이었고, 나머지는 보존된 염기서열을 찾을 수 없었다. 이는 이들 프로모터들이 독특한 부류에 속하는 종류들로서, 새로운 전사조절인자를 요구할 가능성을 시사한다.

• 농업과학연구
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• 제41권4호
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• pp.335-339
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• 2014

Cowpea chlorotic mottle virus (CCMV)는 Group IV positive sense single strand RNA virus, Bromoviridae과, Bromovirus속으로 분류하는 식물병원성 바이러스로, 강낭콩(Phaseolus vulgaris), 나비완두(Clitoria ternatea), 담배(Nicotiana tabaccum), 대두(Glycine max), 동부(Vigna unguiculata, Vigna siensis) 및 땅콩(Arachis hypogaea)이 국내로 수입될 경우, 검사를 수행하는 관리급 검역바이러스이다. 본 연구에서는, RT-PCR, nested PCR 및 유전자-삽입 양성대조구를 개발하여, CCMV를 현장에서 신속, 정확하게 진단할 수 있는 정밀검정 시스템을 구현하였다. 본 연구에서 개발한 방법은 지속적으로 현장에서 활용되어 식물검역에 기여할 것이라고 기대된다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제39권4호
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• pp.105-115
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• 2015

Toll-like receptor 7 (TLR7) is critical for the triggering of innate immune response by recognizing the conserved molecular patterns of single-stranded RNA (ssRNA) viruses and mediated antigenic adaptive immunity. To understand how TLR7 distinguish pathogen-derived molecular patterns from the host self, it is essential to be able to identify TLR7 receptor interaction interfaces, such as active sites or R848-agonist binding sites. The functional interfaces of TLR7 can serve as targets for structure-based drug design in studying the TLR7 receptor's structure-function relationship. In contrast to mammalian TLR7, chicken TLR7 (chTLR7) is unknown for its important biological function. Therefore, it has been targeted to mediate contrasting evolutionary patterns of positive selection into non-synonymous SNPs across eleven species using TLR7 conservation patterns (evolutionary conserved and class-specific trace residues), where protein sequence differences to the TLR7 receptors of interest record mutation that have passed positive section across the species. In this study, we characterized the Lys609 residue on chTLR7-ECD homodimer interfaces to reflect the current tendency of evolving positive selection to be transfer into a stabilization direction of the R848-agonist/chTLR7-ECDs complex under the phylogenetically variable position across species and we suggest a potential indicator for contrasting evolutionary patterns of both the species TLR-ECDs.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.351-353
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• 2017

토마토 뿌리에서 분리한 Chryseobacterium sp. T16E-39 균주는 식물생육촉진과 역병, 시들음병에 대한 억제효과가 있었다. 이 균주의 유전체 염기서열은 4,873,888 염기쌍이었으며 G + C 함량은 35.22%이었다. 이 유전체는 4,289개 단백질 유전자, 15개 rRNA 유전자, 71개 tRNA 유전자를 포함하였다. T16E-39 균주의 유전체에서 인산가용화, 식물호르몬 조절, 항산화 활성, 키틴 분해, 제9형 분비시스템에 관여하는 유전자를 확인하였으며, 이들 유전자는 식물의 생육을 촉진하고 병발생을 억제하는 기작과 관련되어 있을 것으로 판단된다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2006년도 가을 학술발표논문집 Vol.33 No.2 (D)
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• pp.24-29
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• 2006

본 논문에서는 광대역 통신 방송 융합 서비스 제공을 고려한 WDM 메트로 링 망을 위한 매체 접근 제어(Medium Access Control; MAC) 프로토콜의 성능을 분석한다. 현재 인터넷은 통신 방송 융합 망으로 진화하고 있으며 다양한 트래픽 특성을 갖는 서비스가 액세스 망에서 메트로 망으로 유입되고 있다. 그러나 기존 메트로 망의 MAC 프로토콜은 이러한 망 환경 변화를 고려하지 않고 단순하고 동일한 트래픽만을 고려하여 성능을 분석하였다. 따라서 본 논문에서는 메트로 링에 연결된 액세스 노드의 입력 트래픽을 Self-Similar와 Poisson 트래픽으로 분류하여 기존 MAC 프로토콜의 성능을 분석하고 평가한다. 메트로 링 망에 연결된 액세스 노드는 이 두 종류의 트래픽 중에서 하나를 망에 유입하며 채널을 공유하는 노드 수에 따라서 다양한 트래픽 환경이 고려된다. WDM 메트로 링망의 기본 MAC 프로토콜은 CSMA/CA(Carrier Sense Multiple Access with Collision Avoidance)이며, 패킷을 빈 슬롯에 전송하고 송신지에서 패킷을 제거하는 SS (Source-Stripping) 기반으로 운용된다. 본 논문에서는 SS 방식으로 생성된 빈 슬롯을 바로 패킷 전송에 이용하는 방식과 그렇지 않은 방식을 각각 1-Persistent와 non-Persistent로 분류하고 MAC 프로토콜을 분석하여 기존 방식의 장 단점을 비교한다. 또한 전송 공정성과 처리율을 같이 고려하여 적용할 수 있는 확률 기반 p-Persistent MAC 프로토콜도 분석하였으며 시뮬레이션을 통하여 각 프로토콜을 노드 처리율, 전송 지연, 패킷 손실률, 전송 공정성 관점에서 비교하고 평가한다.y 수행을 여러 서버로 분산처리하게 함으로써 성능에 대한 신뢰성을 향상 시킬 수 있는 Load Balancing System을 제안한다.할 때 가장 효과적인 라우팅 프로토콜이라고 할 수 있다.iRNA 상의 의존관계를 분석할 수 있었다.수안보 등 지역에서 나타난다 이러한 이상대 주변에는 대개 온천이 발달되어 있었거나 새로 개발되어 있는 곳이다. 온천에 이용하고 있는 시추공의 자료는 배제하였으나 온천이응으로 직접적으로 영향을 받지 않은 시추공의 자료는 사용하였다 이러한 온천 주변 지역이라 하더라도 실제는 온천의 pumping 으로 인한 대류현상으로 주변 일대의 온도를 올려놓았기 때문에 비교적 높은 지열류량 값을 보인다. 한편 한반도 남동부 일대는 이번 추가된 자료에 의해 새로운 지열류량 분포 변화가 나타났다 강원 북부 오색온천지역 부근에서 높은 지열류량 분포를 보이며 또한 우리나라 대단층 중의 하나인 양산단층과 같은 방향으로 발달한 밀양단층, 모량단층, 동래단층 등 주변부로 NNE-SSW 방향의 지열류량 이상대가 발달한다. 이것으로 볼 때 지열류량은 지질구조와 무관하지 않음을 파악할 수 있다. 특히 이러한 단층대 주변은 지열수의 순환이 깊은 심도까지 가능하므로 이러한 대류현상으로 지표부근까지 높은 지온 전달이 되어 나타나는 것으로 판단된다.의 안정된 방사성표지효율을 보였다. $^{99m}Tc$-transferrin을 이용한 감염영상을 성공적으로 얻을 수 있었으며, $^{67}Ga$-citrate 영상과 비교하여 더 빠른 시간 안에 우수한 영상을 얻을 수 있었다. 그러므로 $^{99m}Tc$-transierrin이 감염 병소의 영상진단에 사용될 수 있을 것으로 기대된

• IMMUNE NETWORK
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• 제20권5호
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• pp.41.1-41.11
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• 2020

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV2) is a positive-sense single-stranded RNA (+ssRNA) that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19). The viral genome encodes twelve genes for viral replication and infection. The third open reading frame is the spike (S) gene that encodes for the spike glycoprotein interacting with specific cell surface receptor - angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) - on the host cell membrane. Most recent studies identified a single point mutation in S gene. A single point mutation in S gene leading to an amino acid substitution at codon 614 from an aspartic acid 614 into glycine (D614G) resulted in greater infectivity compared to the wild type SARS-CoV2. We were interested in investigating the mutation region of S gene of SARS-CoV2 from Korean COVID-19 patients. New mutation sites were found in the critical receptor binding domain (RBD) of S gene, which is adjacent to the aforementioned D614G mutation residue. This specific sequence data demonstrated the active progression of SARS-CoV2 by mutations in the RBD of S gene. The sequence information of new mutations is critical to the development of recombinant SARS-CoV2 spike antigens, which may be required to improve and advance the strategy against a wide range of possible SARS-CoV2 mutations.