• 제목/요약/키워드: spectrometric assay

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A Novel Reciprocal Crosstalk between RNF168 and PARP1 to Regulate DNA Repair Processes

  • Kim, Jae Jin;Lee, Seo Yun;Kim, Soyeon;Chung, Jee Min;Kwon, Mira;Yoon, Jung Hyun;Park, Sangwook;Hwang, Yiseul;Park, Dongsun;Lee, Jong-Soo;Kang, Ho Chul
    • Molecules and Cells
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    • 제41권8호
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    • pp.799-807
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    • 2018
  • Emerging evidence has suggested that cellular crosstalk between RNF168 and poly(ADP-ribose) polymerase 1 (PARP1) contributes to the precise control of the DNA damage response (DDR). However, the direct and reciprocal functional link between them remains unclear. In this report, we identified that RNF168 ubiquitinates PARP1 via direct interaction and accelerates PARP1 degradation in the presence of poly (ADP-ribose) (PAR) chains, metabolites of activated PARP1. Through mass spectrometric analysis, we revealed that RNF168 ubiquitinated multiple lysine residues on PARP1 via K48-linked ubiquitin chain formation. Consistent with this, micro-irradiation-induced PARP1 accumulation at damaged chromatin was significantly increased by knockdown of endogenous RNF168. In addition, it was confirmed that abnormal changes of HR and HNEJ due to knockdown of RNF168 were restored by overexpression of WT RNF168 but not by reintroduction of mutants lacking E3 ligase activity or PAR binding ability. The comet assay also revealed that both PAR-binding and ubiquitin-conjugation activities are indispensable for the RNF168-mediated DNA repair process. Taken together, our results suggest that RNF168 acts as a counterpart of PARP1 in DDR and regulates the HR/NHEJ repair processes through the ubiquitination of PARP1.

Paenibacillus kribbensis AM49로 발효시킨 택사의 항산화 활성 및 NO 생성 효과 (Antioxidant activity and NO production of the Alisma orientale Juzep fermented by Paenibacillus kribbensis AM49)

  • 유동진;김창은;유수정;전문희;김수현
    • 대한본초학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.23-30
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    • 2021
  • Objectives : The purpose of this study was to investigate the antioxidant activities and nitric oxide (NO) production in RAW 264.7 macrophages in extract of Alisma orientale Juzep (EAOJ) and fermented extract (FAOJ) by Paenibacillus kribbensis AM49 (P. kribbensis AM49). Methods : The Alisma orientale Juzep was fermented with P. kribbensis AM49 at 37℃ for 72 hours. We measured total polyphenol and total flavonoid, DPPH radical scavenging activity, FRAP activity and reducing power by spectrometric assay in EAOJ and FAOJ at concentrations at 0.5, 1, 5, 10 mg/㎖. Positive control was used ascorbic acid. Furthermore, we examined effect of EAOJ and FAOJ on the cell viability and NO production in RAW 264.7 macrophages. Results : The total polyphenol and total flavonoids content of FAOJ were increased 9.16 mg/g, 2.59 mg/g to 12.58 mg/g, 3.45 mg/g. DPPH radical scavenging activity, FRAP activity and reducing power were dose dependently increased according to the treatment concentration (0.5, 1, 5, 10 mg/㎖) of EAOJ and FAOJ. In particular, DPPH radical scavenging activity, FRAP activity of FAOJ was significantly increased at 5, 10 mg/㎖. Reducing power of FAOJ at 10 mg/㎖ was similar to ascorbic acid at 0.1 mg/㎖. In addition, the cell viability and NO production in RAW 264.7 macrophages were significantly increased at the concentrations of 250, 500, 1000 ㎍/㎖. Conclusions : These results suggest that FAOJ by P. kribbensis AM49 has effects to antioxidant activity. In addition, the cell viability and NO production in RAW 264.7 macrophages were significantly increased.

정향 및 목향과 백지를 혼합한 한약재 에탄올 추출물의 항산화 효능 (Anti-oxidant effect of ethanol extract from mixture including Caryophylli Flos, Aucklandiae Radix and Angelicae Dahuricae Radix)

  • 윤석나;김유진;김미려;유왕근
    • 대한본초학회지
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    • 제33권6호
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    • pp.1-8
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    • 2018
  • Objectives : Herbal medicinal mixture (JMB) are consisted of Caryophylli Flos, Aucklandiae Radix and Angelicae Dahuricae Radix. Each of herbal medicines has studied on anti-oxidant effect. So this study was conducted to investigate efficacy and potency of JMB on anti-oxidation. Methods : The JMB was extracted at room temperature by 80% ethanol. And total polyphenol contents, total flavonoid contents in JMB ethanol extract were determined by colorimetric method. Also, DPPH, ABTS free radical scavenging capacity and reducing power of JMB ethanol extract were measured at 100, 500, 1000, $5000{\mu}g/m{\ell}$ concentrations by spectrometric assay. Positive control was used BHA (butylated hydroxyanisole). Results : The total polyphenol contents and total flavonoid contents of the extract were 55.38 mg/TAEg, 513.72 mg/RUEg, respectively. Also, DPPH free radical scavenging capacity and reducing power of JMB ethanol extract in treated concentrations (100, 500, 1000, $5000{\mu}g/m{\ell}$) increased dose dependently. In particular, DPPH free radical scavenging capacity of JMB ethanol extract at 500, 1000, $5000{\mu}g/m{\ell}$ was similar to positive control (BHA) at high concentration (50, $100{\mu}g/m{\ell}$). ABTS free radical scavenging capacity of JMB ethanol extract at 500, 1000, 5000 ug/ml was similar to BHA at high concentration (50, $100{\mu}g/m{\ell}$). Also, reducing power was showed that JMB ethanol extract at $5000{\mu}g/m{\ell}$ was similar to BHA at high concentration (50, $100{\mu}g/m{\ell}$). Conclusions : These results suggest that JMB ethanol extract has effects to scavenge free radicals. Therefore, JMB has potential and applicable benefits for development of materials and products to have anti-oxidation functions.

Identification, Characterization, and Efficacy Evaluation of Bacillus velezensis for Shot-Hole Disease Biocontrol in Flowering Cherry

  • Han, Viet-Cuong;Yu, Nan Hee;Yoon, Hyeokjun;Ahn, Neung-Ho;Son, Youn Kyoung;Lee, Byoung-Hee;Kim, Jin-Cheol
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제38권2호
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    • pp.115-130
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    • 2022
  • Though information exists regarding the pathogenesis of the shot-hole disease (SH) in flowering cherry (FC), there has been a lack of research focusing on SH management. Therefore, here, we investigated the inhibitory activities of antagonistic bacteria against SH pathogens both in vitro and in vivo as well as their biochemical characteristics and bioactive compounds. Two biosurfactant-producing bacterial antagonists, identified as Bacillus velezensis strains JCK-1618 and JCK-1696, exhibited the best effects against the growth of both bacterial and fungal SH pathogens in vitro through their cell-free culture filtrates (CFCFs). These two strains also strongly inhibited the growth of the pathogens via the action of their antimicrobial diffusible compounds and antimicrobial volatile organic compounds (VOCs). Crude enzymes, solvent extracts, and biosurfactants of the two strains exhibited antimicrobial activities. Liquid chromatography/electrospray ionization time-of-flight mass spectrometric analysis of the partially purified active fractions revealed that the two antagonists produced three cyclic lipopeptides, including iturin A, fengycin A, and surfactin, and a polyketide, oxydifficidin. In a detached leaf assay, pre-treatment and co-treatment of FC leaves with the CFCFs led to a large reduction in the severity of the leaf spots caused by Epicoccum tobaicum and Bukholderia contaminans, respectively. In addition, the two antagonists produced indole-3-acetic acid, siderophore, and a series of hydrolytic enzymes, along with the formation of a substantial biofilm. To our knowledge, this is the first report of the antimicrobial activities of the diffusible compounds and VOCs of B. velezensis against the SH pathogens and their efficiency in the biocontrol of SH.

유통되는 코코아함유 가공품의 항산화능과 폴리페놀 함량에 관한 연구 (Comparative Study on Antioxidant Capacities and Polyphenolic Contents of Commercially Available Cocoa-containing Products)

  • 이은순;금진영;황영옥;두옥주;조한빈;김정헌;채영주
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제41권10호
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    • pp.1356-1362
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    • 2012
  • 코코아가공품이나 초콜릿은 영양적으로 고에너지 식품이며 간식이나 후식으로 과다하게 섭취할 경우 비만이나 다른 부작용이 있음에도 불구하고, 건강에 유익하다는 인식이 점차 확산되고 있다. 그럼에도 불구하고 코코아가공품이나 초콜릿의 건강에 유익성은 코코아가공품, 초콜릿의 코코아로 부터 얻어지는 폴리페놀류와 그 항산화능에 있다. 이 연구에서는 코코아자체의 폴리페놀류와 그 항산화능보다는 실제로 사람들이 날마다 먹는 제품에서의 폴리페놀류와 그 항산화능과 연관성을 연구하고자 하였다. 그러나 수많은 폴리페놀류가 존재하고, plant-derived product의 폴리페놀류의 정량과 항산화능의 분석에 관한 표준화된 방법이 아직 확립되지 않아 연구에 어려움이 있으며, 더구나 이 연구에서는 코코아함량에 대한 정확한 정보를 제공하는 제품이 많지 않았다. 그러므로 이 연구 결과의 약간의 불확실한 결론은 당연한 것으로 보인다. 코코아 추출물에서 총 폴리페놀과 총 플라보노이드 함량이 가장 높은 군은 코코아함량이 가장 높은 것으로 추정하는 다크초콜릿이었다. 코코아 추출물의 epicatechin은 정량적으로 catechin보다 높았으며, 다크초콜릿에서 그 함량이 가장 높았고, 다크초콜릿에서만 epicatechin gallate, caffeic acid, quercetin 등이 소량 검출되었다. 항산화능은 밀크초콜릿과 다크초콜릿이 코코아믹스와 초코시럽과는 유의하게 높았고, 밀크초코릿과 다크초콜릿의 비슷한 항산화능을 보였으며, 이 결과는 더 정밀하고 확실한 항산화능 실험법의 확립의 필요성을 보여준다. 이 연구의 결과는 코코아로 만들어지는 초콜릿이 항산화능이 있음을 암시하며, 건강과의 관련 있음의 가능성을 나타내었다.

물 시료 중 휘발성 및 반휘발성 유기물질들의 빠른 분석법 및 정수처리 단계별 모니터링 (Rapid Analytical Method of Volatile- and Semivolatile Organic Compounds in Water and their Monitoring in Water Treatment Plants)

  • 신호상;안혜실
    • 분석과학
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    • 제17권3호
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    • pp.240-250
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    • 2004
  • 가스크로마토그래프-질량분석기를 사용한 물 시료 중 15종류의 휘발성 및 반휘발성 유기물질들의 고감도 및 빠른 분석법이 확립되었다. 물 시료는 200 mL를 분액깔대기에 넣고 pH 6.5에서 n-pentane 1 mL를 사용하여 추출하였다. Fluorobenzene과 1,2-dichlorobenzene-d4을 내부표준물질들로 사용하였고 혼합용액은 진탕기에서 5분간 추출하여 더 이상의 농축이나 정제과정 없이 GC-MS (selected ion monitoring)로 정량분석 하였다. 피크모양은 매우 좋았고, 작은 편차로서 75% 이상의 양호한 회수율을 보였고 검출한계는 0.5-10 ng/L의 분포를 보였다. 개발된 분석법으로 GC-MS 1대당 1일 40개의 시료 분석이 가능하고 매우 간단하여 숙련되지 않은 사람들도 쉽게 사용할 수 있어 각 정수장 등 현장에서 사용하기에 적합하다. 개발된 방법을 사용하여 한국의 한 호수와 3개 정수장의 원수 및 처리수에서 휘발성 및 반 휘발성 유기물질들을 모니터링 하였다. 한국의 한 호수와 3개의 정수장에서 시료를 채취하여 정량 분석한 결과 benzene, toluene, xylene, isopropylbenzene, 1,3,5-trimethylbenzene, 1,2,4-trimethylbenzene, naphthalene과 2,4,6-trichlorophenol은 각각 0.4, 1.9, 1.3, 0.2, 1.8, 13.0, 1.7 그리고 $1.1{\mu}g/L$까지 검출되었으나 chlorobenzene, trichloroethylene, tetrachloroethylene, ethylbenzene, n-butylbenzene과 dibromochloropropane의 농도는 같은 기간 동안에 검출한계 이내의 값을 보였다. 이 화합물들의 정수처리과정에서의 제거효율을 조사한 결과 대부분은 정수처리과정에서 제거되는 것으로 조사되었다.

호박씨유의 지방산 성분 분석 및 Human Umbilical Vein Endothelial Cell에 미치는 영향 연구 (Analysis of Fatty Acid Composition and Effects of Pumpkin Seed Oil on Human Umbilical Vein Endothelial Cells)

  • 김경곤;강윤환;김대중;김태우;이정일;최면
    • 동아시아식생활학회지
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    • 제24권3호
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    • pp.351-358
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    • 2014
  • 본 연구에서는 호박씨유의 성분 특성과 기능성의 기초 자료 확보를 위해 수행되었다 그 결과, 호박씨유는 알려진 바와 같이 linoleic acid(44.7%), oleic acid(25.3%), palmitic acid(17.4%), stearic acid(7.9%)가 분석되었으며, 미량의 arachidonic acid(0.4%) 또한 함유하고 있었다. 세포 독성 실험을 통해 0.2 mg/mL 농도까지 독성이 관찰되지 않았고, 그 이상의 농도에서도 호박씨유보다는 용매에 의한 독성이 관찰되었다. 지방 성분 분석을 통해 구성 성분 및 함유량이 확인된 호박씨유를 이용하여 혈관 보호 및 질병 예방에 대한 잠재적 기능성을 연구하기 위해 nitric oxide 분비량 측정, 대표적인 세포 부착 단백질인 ICAM-1 및 VCAM-1의 발현과 cell proliferation 측정한 결과, 호박씨유는 TNF-${\alpha}$에 의해 감소된 nitric oxide를 유의하게 증가시켰다. 또한 ICAM-1과 VCAM-1의 발현을 확인한 결과, ICAM-1은 유의한 수준으로 감소되었고, 반면 VCAM-1은 감소하는 경향은 보였으나, 통계적인 유의성은 관찰되지 않았다. 호박씨유의 HUVEC proliferation 억제 효과는 TNF-${\alpha}$ 100 ng/mL 처리군(113%)과 비교하여 PSO 0.01 mg/mL, 0.05 mg/mL 및 0.1 mg/mL를 처리 군에서 100.7%, 100.8%, 90.3%의 억제 효과가 관찰되어 무처리 control군과 유사한 수준을 유지하는 것으로 관찰되었다. 위의 연구 결과를 종합해 보면, 호박씨유는 불포화지방산이 다량 함유된 우수한 식물성 유지이며, 기능적으로 혈관 보호 및 질병 예방에 잠재적으로 우수한 활성이 있음을 확인할 수 있었다. 따라서 본 연구 결과를 기초 자료로 하여 효과적인 기능성 식품 및 소재의 개발이 가능할 것으로 판단된다.

LC-MS/MS를 이용한 인체 혈장에서 Ginsenoside Rb1의 분석법 검증 (Validation of the LC-MS/MS Method for Ginsenoside Rb1 Analysis in Human Plasma)

  • 한송희;김윤정;전지영;황민호;임용진;이선영;채수완;김민걸
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제41권12호
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    • pp.1753-1757
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    • 2012
  • LC-MS/MS를 사용함으로써 인체 혈장에서 ginsenoside Rb1의 분석법을 개발하고 검증하였다. 유속 0.9 mL/min에 이동상 0.1% formic acid가 첨가된 water와 methanol을 사용하여 기울기 용리 조건으로 설정하였으며 사용한 분석 칼럼은 C 18($4.6mm{\times}150mm$, particle size 5 ${\mu}m$)을 사용하여 분리하였다. MRM(multiple reaction monitoring) 방법의 전기 분무 이온화 이온 분석기로 모니터링 하여 분석하였다. 인체 혈장 샘플은 액체-액체 추출방법에 의해 acetone과 water가 섞인 용액으로 추출하였다. 이 분석의 검량선 범위는 10~500 ng/mL이며 상관계수는 0.9995를 나타냈다. 일내, 일간의 정밀성 농도범위는 상관계수 5.8% 그리고 정확성은 96.0~104.6%로 나타났다. 이 LC-MS/MS를 이용한 인체 혈장의 ginsenoside Rb1의 연구가 약동학 연구에 적용할 수 있을 거라 생각한다.

Development and validation of an LC-MS/MS method for determination of compound K in human plasma and clinical application

  • Kim, Jung Soo;Kim, Yunjeong;Han, Song-Hee;Jeon, Ji-Young;Hwang, Minho;Im, Yong-Jin;Kim, Jung Hyun;Lee, Sun Young;Chae, Soo-Wan;Kim, Min-Gul
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제37권1호
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    • pp.135-141
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    • 2013
  • A rapid, sensitive and selective analytical method was developed and validated for the determination of compound K, a major intestinal bacterial metabolite of ginsenosides in human plasma. Liquid-liquid extraction was used for sample preparation and analysis, followed by liquid chromatography tandem spectrometric analysis and an electrospray-ionization interface. Compound K was analyzed on a Phenomenex Luna C18 column ($100{\times}2.00$ mm, 3 ${\mu}m$) with the mobile phase run isocratically with 10 mM ammonium acetate-methanol-acetonitrile (5:47.5:47.5, v/v/v) at a flow rate of 0.5 mL/min. The method was validated for accuracy (relative error <12.63%), precision (coefficient of variation <9.14%), linearity, and recovery. The assay was linear over the entire range of calibration standards i.e., a concentration range of 1 ng/mL to 1,000 ng/mL ($r^2$ >0.9968). The recoveries of compound K after liquid-liquid extraction at 1, 2, 400, and 800 ng/mL were $106.00{\pm}0.08%$, $103.50{\pm}0.19%$, $111.45{\pm}5.21%$, and $89.62{\pm}34.46%$ for intra-day and $85.40{\pm}0.08%$, $94.50{\pm}0.09%$, $112.50{\pm}5.21%$, and $95.87{\pm}34.46%$ for inter-day, respectively. The lower limit of quantification of the analytical method of compound K was 1 ng/mL in human plasma. The developed method was successfully applied to a pharmacokinetic study of compound K after oral administration in ten of healthy human subjects.

산거울 추출물의 Elastase 활성 저해 및 Matrix Metalloproteinase-1 발현 억제 효과 (Inhibitory Effects of Carex humilis Extract on Elastase Activity and Matrix Metalloproteinase-1 Expression)

  • 박선희;이강혁;한창성;김기호;김영희
    • 대한화장품학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.129-136
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    • 2010
  • 본 연구에서는 산거울 추출물의 항주름 활성을 연구하기 위하여 항산화, 엘라스타제 활성 억제, Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) mRNA 발현 및 단백질의 생성 억제 관련 실험을 진행하였다. 산거울의 뿌리부분을 95 % 에탄올로 추출하고 유기 용매로 분획하여 각 추출물 분획물에 대한 항산화 활성과 엘라스타제 억제 효능을 측정한 결과, EtOAc 분획이 각각 SC50=4.89 ${\mu}g/mL$, IC50=23.5 ${\mu}g/mL$ 로 가장 우수한 결과를 나타내었다. 따라서 활성이 가장 좋은 EtOAc 분획물로 부터 실리카겔 컬럼 크로마토그래피를 이용하여 활성물질을 분리하고, 분리된 물질이 ${\alpha}$-viniferin임을 분광학적 분석결과로 확인하였다. RT-PCR을 이용한 MMP-1 mRNA 발현능 평가에서 EtOAc 분획물과 ${\alpha}$-viniferin은 각각 50 ~ 60 % (10 ~ 100 ${\mu}g/mL$), 약 60 ~ 75 % (0.5 ~ 2 ${\mu}g/mL$)의 저해효과를 나타내었으며, Western-blot을 이용한 MMP-1 단백질 생성을 평가한 결과에서 역시 EtOAc 분획물과 ${\alpha}$-viniferin은 같은 농도에서 각각 50 ~ 65 %와 55 ~ 65 % 저해 효과를 나타내었다. 결론적으로, ${\alpha}$-viniferin을 함유한 산거울의 EtOAc 분획층의 주름 개선용 기능성 화장품 개발을 위한 소재로 개발 가능성을 확인하였다.