• 한국균학회지
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• 제45권2호
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• pp.114-120
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• 2017

표고버섯은 주로 아시아 국가에서 재배되는 식용 버섯이다. 표고버섯은 최근 국내에서 신품종의 개발이 활발히 이루어지고 있으며, 국내외적으로 품종의 보호가 중요해짐에 따라 표고의 품종을 구분할 수 있는 효율적인 마커 개발이 요구되고 있다. 본 연구에서는 산마루1호와 천장3호를 구분할 수 있는 CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) 마커를 개발하였다. 이 연구에서 개발된 CAPS 마커는 단핵균주인 B17의 표준유전체 정보와 연구에 사용된 10개 균주의 resequencing 정보를 바탕으로 개발되었다. 산마루1호는 scaffold9번, 1630048의 염기서열 G가 T로 변한 SNP를 포함하여 PCR 후 제한효소 TspR I을, 천장3호는 scaffold13번, 920681의 염기서열 G가 A로 변한 single nucleotide polymorphism (SNP)를 포함하여 PCR 후, 제한효소 Xho I을 처리하였을 때 다른 균주들과 구분되었다. 따라서 이를 마커로 개발하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제55권4호
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• pp.291-297
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• 2023

위염과 위궤양은 위 점막에 염증이 생기고 상처가 생기는 것을 말한다. 과거 연구는 주로 환경적 요인이 위 질환의 주요 요인이라는 관점에서 이루어졌으나, 최근 유전자 연구의 발전으로 유전적 요인의 중요성이 강조되고 있다. SLC25A26은 활성산 소종의 축적과 관련이 있는 유전자이다. 산화 스트레스는 염증반응을 촉진하여 활성 산소를 증가시키고 세포 손상을 유발하기 때문에 이는 위 질환의 발생과 관련이 있을 것이라 추정된다. 본 연구에서는 SLC25A26과 위 질환과의 연관성을 분석하였다. 국내 위 질환 환자 1,369명과 건강한 대조군 7,471명을 대상으로 SLC25A26 내 다형성을 분석하였다. 그 결과 11개의 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) (genotype)과 13개의 SNP (imputation)가 통계적인 유의성(P<0.05)을 가지고 높은 위 질환과의 상대 위험도를 보였다. 그 중 SLC25A26의 rs13874가 위 질환과 높은 연관성을 보였다. 유전자형 기반 mRNA 발현 분석에 따르면 SLC25A26이 minor allele를 가지면 mRNA 발현이 증가하고 이는 산화 스트레스를 증가시킬 가능성이 있다. 결론적으로 SLC25A26 다형성은 위질환과 관련이 있어 우리나라 인구에서 위 질환 관리의 새로운 지침에 대한 근거를 제공할 수 있을 것이다.

• 동의생리병리학회지
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• 제22권4호
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• pp.993-999
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• 2008

Ischemic brain injury such as cerebral infarction is characterized by acute local inflammatory response mediated by cytokines. The mechanism of cytokines involved in cerebral infarction progression are uncompletely revealed yet. We investigated to find out the relationship between single nucleotide polymorphism (SNP) of interleukin 4 receptor(IL4R) and Oriental Medicine therapy efficacy in patients with cerebral infarction for 2 weeks. Oriental Korean Medicine therapies (herbal medicine and acupuncture) were applied daily and motor functions of patients were assessed using the modified cerebral vascular accident (MCVA) scores. Genotyping for IL4R polymorphism was done by pyrosequencing analysis. In IL4R genotypes and the frequency of alleles, there was no significant difference between cerebral infarction patients (n=124) and controls group (n=175). And there was also no significant difference among good and bad responders in cerebral infarction patients. In this study the IL4R genotype might not be the risk factor or a good predictive genetic marker for good and bad responders in cerebral infarction patients in Korean. Further studies including different cytokine genes will be necessary for the exact genetic markers.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제23권4호
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• pp.417-424
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• 2010

The purpose of this study was to detect significant SNPs for carcass quality traits using DNA chips of high SNP density in Hanwoo populations. Carcass data of two hundred and eighty nine steers sired by 30 Korean proven sires were collected from two regions; the Hanwoo Improvement Center of National Agricultural Cooperative Federation in Seosan, Chungnam province and the commercial farms in Gyeongbuk province. The steers in Seosan were born between spring and fall of 2006 and those in Gyeonbuk between falls of 2004 and 2005. The former steers were slaughtered at approximately 24 months, while the latter steers were fed six months longer before slaughter. Among the 55,074 SNPs in the Illumina bovine 50K chip, a total of 32,756 available SNPs were selected for whole genome association study. After adjusting for the effects of sire, region and slaughter age, phenotypes were regressed on each SNP using a simple linear regression model. For the significance threshold, 0.1% point-wise p value from F distribution was used for each SNP test. Among the significant SNPs for a trait, the best set of SNP markers were selected using a stepwise regression procedure, and inclusion and exclusion of each SNP out of the model was determined at the p<0.001 level. A total of 118 SNPs were detected; 15, 20, 22, 28, 20, and 13 SNPs for final weight before slaughter, carcass weight, backfat thickness, weight index, longissimus dorsi muscle area, and marbling score, respectively. Among the significant SNPs, the best set of 44 SNPs was determined by stepwise regression procedures with 7, 9, 6, 9, 7, and 6 SNPs for the respective traits. Each set of SNPs per trait explained 20-40% of phenotypic variance. The number of detected SNPs per trait was not great in whole genome association tests, suggesting additional phenotype and genotype data are required to get more power to detect the trait-related SNPs with high accuracy for estimation of the SNP effect. These SNP markers could be applied to commercial Hanwoo populations via marker-assisted selection to verify the SNP effects and to improve genetic potentials in successive generations of the Hanwoo populations.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권6호
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• pp.719-728
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• 2007

CSRP3, APOBEC2, CAV1, CAV2 및 CAV3 유전자들은 포유동물에서 도체와 육질 형질에 중요한 역할을 하는 것으로 보고되고 있다. 따라서, 이 유전자들의 단일염기다형(Single nucleotide poly- morphism; SNP)을 8개의 다른 소의 품종에서 확인한 결과 coding region에서 caveolin family 유전자에서 9개의 SNP, CSRP3유전자에서 1개의 SNP 및 APOBEC2 유전자에서 3개의 SNP가 존재함을 확인하였다. 이 coding region의 SNP들은 PCR-RFLP 방법에 의해 재확인하였으며 이들 유전자의 intronic region에서도 9개의 SNP가 존재함을 확인할 수 있었다. 8개의 다른 품종 소에 각 유전자들의 SNP들을 이용하여 유전자 빈도를 확인한 결과 CAV2, CAV3, CSRP3 및 APOBEC2 유전자의 SNP 중에서 5개가 품종간에서 유의적으로 차이가 있음을 확인할 수 있었다. 이 SNP들은 차후 검증작업을 통하여 육질관련 형질 마커로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Plant Breeding and Biotechnology
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• 제6권4호
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• pp.434-443
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• 2018

Genotyping-by-sequencing (GBS) has been used as a viable single nucleotide polymorphism (SNP) validation method that provides reduced representation sequencing by using restriction endonucleases. Although GBS makes it possible to perform marker discovery and genotyping simultaneously with reasonable costs and a simple molecular biology workflow, the standard TASSEL-GBS pipeline was designed for homozygous groups, and genotyping of heterozygous groups is more complicated. To addresses this problem, we developed a GBS pipeline for heterozygous groups that called KNU-GBS pipeline, specifically for apple (Malus domestica). Using KNU-GBS pipeline, we constructed a genetic linkage map consisting of 1,053 SNP markers distributed over 17 linkage groups encompassing a total of 1350.1 cM. The novel GBS pipeline for heterozygous groups will be useful for marker-assisted breeding programs, and diverse heterozygous genome analyses.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2010년도 추계학술발표대회
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• pp.1392-1394
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• 2010

단일염기다형성 유전형 자료에 대한 유전자형을 얻어내는 기술(genotyping)이 발달함에 따라 분석해야 하는 SNP의 개수가 수십만 개로 증가하였다. 따라서 기존의 연관성 분석(association study)연구 방법을 그대로 적용시키기는 어렵다. 본 논문에서는 상호정보량(mutual information)과 Multifactor dimensionality reduction을 이용하여 대용량의 SNP 유전형자료를 분석하는 방법을 제안하였고, 이 방법을 toluene diisocyanate-induced asthma에 대해 실험해본 결과 높은 판별력을 보이는 모델을 찾을 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권11호
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• pp.1691-1699
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• 2018

Objective: In Korea, there are three main cattle breeds, which are distinguished by coat color: Brown Hanwoo (BH), Brindle Hanwoo (BRH), and Jeju Black (JB). In this study, we sought to compare the genetic diversity and divergence among there Korean cattle breeds using a BovineHD chip genotyping array. Methods: Sample data were collected from 168 cattle in three populations of BH (48 cattle), BRH (96 cattle), and JB (24 cattle). The single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping was performed using the Illumina BovineHD SNP 777K Bead chip. Results: Heterozygosity, used as a measure of within-breed genetic diversity, was higher in BH (0.293) and BRH (0.296) than in JB (0.266). Linkage disequilibrium decay was more rapid in BH and BRH than in JB, reaching an average $r^2$ value of 0.2 before 26 kb in BH and BRH, whereas the corresponding value was reached before 32 kb in JB. Intra-population, interpopulation, and Fst analyses were used to identify candidate signatures of positive selection in the genome of a domestic Korean cattle population and 48, 11, and 11 loci were detected in the genomic region of the BRH breed, respectively. A Neighbor-Joining phylogenetic tree showed two main groups: a group comprising BH and BRH on one side and a group containing JB on the other. The runs of homozygosity analysis between Korean breeds indicated that the BRH and JB breeds have high inbreeding within breeds compared with BH. An analysis of differentiation based on a high-density SNP chip showed differences between Korean cattle breeds and the closeness of breeds corresponding to the geographic regions where they are evolving. Conclusion: Our results indicate that although the Korean cattle breeds have common features, they also show reliable breed diversity.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권4호
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• pp.283-288
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• 2009

본 연구는 비육돈 268두를 대상으로 13번 염색체 중 POU1F1 intron 3영역의 유전자 Single Nucleotide Polymorphism(SNP)은 Msp I 제한효소에 의해서 구분된다. 직접 제작한 Primer로 POU1F1 유전자 중 intron 3영역을 증폭할 수 있도록 제작하였고, 823bp의 증폭산물을 기대할 수 있었다. 그 SNP 유전자형을 3개 군으로 분류하여 빈도 추정과 함께 육질관련 형질과의 연관성을 분석한 결과는 다음과 같다. POU1F1 SNP의 DD 유전자형은 84.33%로 가장 높은 출현율을 보인 반면에 CC 유전자형은 0.75%로 매우 낮게 나타났다. 대립유전자 D 빈도는 0.918로 매우 높게 출현하였으나, C 빈도는 0.082로 매우 낮게 출현하였다. Hardy-Weinberg 법칙에 따른 적합도 검정에서는 유의성 없이(p>0.05) 유전적 평형을 이루고 있는 집단임을 알 수 있었다. CD와 DD 유전자형 집단에서 등지방두께, 도체중, Hunter a 및 b값, 그리고 pH에서는 모두 유의한 차이를 보이지 않았으나, Hunter $L^*$값은 CD(37.26) 보다 DD(40.15) 유전자형 개체군에서 짙게 나타났고(p<0.05), 육색도판에 의한 육색은 DD(3.91) 보다 CD(5.09) 유전자형 개체에서 짙게 나타났다((p<0.001). 따라서 이러한 POU1F1 유전자의 SNP 유전자형은 돼지의 성장이나 도체관련 형질과의 연관성을 더욱 깊이 있게 탐색하여 명확한 구명으로 우량 돈육 생산을 위한 DNA marker로 활용되어야 할 것으로 사료된다.

• Plant Breeding and Biotechnology
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• 제6권4호
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• pp.391-403
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• 2018

Genome resequencing by next-generation sequencing technology can reveal numerous single nucleotide polymorphisms (SNPs) within a closely-related cultivar group, which would enable the development of sufficient SNP markers for mapping and the identification of useful genes present in the cultivar group. We analyzed genome sequence data from 13 Korean japonica rice varieties and discovered 740,566 SNPs. The SNPs were distributed at 100-kbp intervals throughout the rice genome, although the SNP density was uneven among the chromosomes. Of the 740,566 SNPs, 1,014 SNP sites were selected on the basis of polymorphism information content (PIC) value higher than 0.4 per 200-kbp interval, and 506 of these SNPs were converted to Kompetitive Allele-Specific PCR (KASP) markers. The 506 KASP markers were tested for genotyping with the 13 sequenced Korean japonica rice varieties, and polymorphisms were detected in 400 KASP markers (79.1%) which would be suitable for genetic analysis and molecular breeding. Additionally, a genetic map comprising 205 KASP markers was successfully constructed with 188 $F_2$ progenies derived from a cross between the varieties, Junam and Nampyeong. In a phylogenetic analysis with 81 KASP markers, 13 Korean japonica varieties showed close genetic relationships and were divided into three groups. More KASP markers are being developed and these markers will be utilized in gene mapping, quantitative trait locus (QTL) analysis, marker-assisted selection and other strategies relevant to crop improvement.