• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제19권10호
• /
• pp.1503-1507
• /
• 2006

Goats' milk adulteration with cows' milk is becoming a big problem. In the past, the urea-polyacrylamide gel electrophoresis assay with different motility of ${\alpha}S1$-casein has been applied for the identification of cows' milk adulteration. The detection sensitivity is 1.0%. The aim of this study was to develop a faster and more sensitive method to detect cows' milk which may be present in adulterated goats' milk and goats' milk powder. The published primer was targeted at highly conserved regions in bovine mitochondrial DNA (a 271 bp amplicon). This amplicon was cloned and sequenced to further confirm bovine specific sequence. The chelex-100 was used to separate bovine somatic cells from goats' milk or goats' milk powder samples. Random sampling of different brands of goats' milk powder and tablets from various regions of Taiwan showed the adulterated rate was 20 out of 80 (25%) in goats' milk powders and 12 out of 24 (50%) in goats' milk tablets. With this system, as low as 0.1% cows' milk or cows' milk powder in goat milk or goat milk powder could be identified. This chelex DNA isolation approach provides a fast, highly reproducible and sensitive method for detecting the adulteration of goats' milk products.

• 한국수산과학회지
• /
• 제53권4호
• /
• pp.566-571
• /
• 2020

To classify a presumed hybrid of imported grouper species acquired from the National Fishery Products Quality Management Service, maternal and paternal lines were identified based on partial sequencing of mitochondrial cytochrome c oxidase 1 (co1) and nuclear recombination activation gene 1 (rag1) genes. The matrilineal species was identified as Epinephleus moara by a partial (760 bp) co1 sequence. Ambiguous sequences with base pairs belonging to E. moara or E. lanceolatus were found in a total of 15 different base pairs in the partial 1,159 bp of the rag1 gene, and the patrilineal species was found to be E. lanceolatus. Therefore, all of the groupers examined in the study were identified to be hybrids of E. moara and E. lanceolatus. In addition, a fast and convenient method using random amplification of polymorphic DNA (RAPD) was established for hybrid discrimination. Hybrids between E. moara ♀ and E. lanceolatus ♂ were identified through specific bands of 387 bp and 433 bp in PRIMER 6.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제32권2호
• /
• pp.162-167
• /
• 2016

Pseudomonas syringae pv. actinidiae, the causal agent of canker in kiwifruit, can be divided into three biovars (biovars 1, 2, and 3). Strains belonging to biovar 1 produce phaseolotoxin and were isolated in Japan and Italy before 2008. Strains of biovar 2 produce coronatine instead of phaseolotoxin and have been isolated only in Korea. Strains belonging to biovar 3 produce neither phaseolotoxin nor coronatine and are responsible for the global outbreak of bacterial canker of kiwifruit in recent years. The biovar 3-specific primer set was developed in a previous work. In this study, two sets of PCR primers specific to strains of biovars 1 and 2, respectively, were developed based on random amplified polymorphic DNA analyses. Primers PsaJ-F and PsaJ-R produced a 481-bp region with genomic DNA of biovar 1 strains, whereas primers PsaK-F and PsaK-R amplified a 413-bp region present only in the genome of biovar 2 strains.

• 생명과학회지
• /
• 제11권1호
• /
• pp.8-18
• /
• 2001

The purpose of this study was to evaluate the genotypic characterization of Actinobacillus actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans) using arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR), to investigate the cytotoxicity of both clinical isolates and standard strains of A. actinomycetemcomitans for the human Jurkat T cells, and to measure the osteoclastogenic cytokines released by Jurkat cells infected with these bacterial strains. The random sequence primer 15 and 16 could distinguish different AP-PCR profiles between clinical isolates of A. actinomycetemcomitans. A. actinomycetemcomitans significantly suppressed Jurkat cell viability in time dependent fashion and the results of DNA fragmentation assay indicated that this bacterial species induced apoptosis in Jurkat cells undergoing apoptosis released the osteoclastogenic cytokine, IL-1$\beta$, IL-6, TNF-$\alpha$. These data support the hypothesis that induction of apoptosis is at least one essential step in A. actinomycetemcomitans induced local immunosuppressive pathway, and that A. actinomycetemcomitans can modulate the immunomodulatory cell population in the periodontal tissue by inducing T cell death through apoptosis, and that apoptosis of local resident T cells may play an active role in bone resorption by releasing osteoclastogenic cytokines, e.g. IL-1$\beta$, IL-6, TNF-$\alpha$.

• 농업생명과학연구
• /
• 제45권5호
• /
• pp.1-8
• /
• 2011

In this study, 160 tea tree (Camellia sinensis L.) lines were classified by caffeine content using colorimetric methods. Among them, caffeine-rich lines (HR-78, HR-137, HR-82 and HR-123) and poor lines (HP-85, HP-88, HP-19, and HP-131) were selected. To know the difference in morphological and genetic characters between caffeine-rich and poor lines, we used leaf/shoot growth and RAPD methods. Cluster pattern of morphological characters (leaf width, leaf length, leaf area and shoot length) showed that shoot length was longer in caffein-rich lines than in -poor lines. In genetic analysis, amplified DNA bands having various sizes were detected in RAPD analysis where 30 random primers were used. However, the discriminated primer set that distinguish caffein-rich tree line from -poor lines was not found. These results can be used as the basic data to determine the morphological and genetic differences among caffein-rich and -poor lines.

• 한국약용작물학회지
• /
• 제14권3호
• /
• pp.125-129
• /
• 2006

형태학적으로 구분이 어려운 황정과 위유의 범위를 구분하기 위해 황정에 속하는 층층갈고리둥굴레, 다화황정, 진황정 등 3종과 위유에 속하는 8종의 둥굴레 동속 식물 등 11종 23 개체 시료로 RAMP분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 황정그룹과 위유그룹은 NTSYS를 통한 유연관계 분석에서 55%의 유연관계를 나타냈으며, 층층갈고리둥굴레와 층층둥굴레는 81.75%로 분석에 사용된 둥글레 동속 식물 중 가장 높은 유연관계를 나타냈다. 2. 둥굴레 동속식물에 해당하는 층층둥글레는 황정의 약재인 층층갈고리둥굴레와 외부형태학적으로, 그리고 다형성패턴결과가 매우 유사하므로 황정의 약재에 속하는 것으로 사료된다. 3. 진황정은 위유와 외부형태적으로 유사하며, 유연관계분석에서도 위유의 그룹에 속하므로 위유의 약재에 대한 구분을 새롭게 할 필요성이 있다.

• 생명과학회지
• /
• 제24권7호
• /
• pp.707-712
• /
• 2014

RAPD마크를 이용한 한국 내 괭이밥속(Oxalis L.) 식물의 유전적 다양성과 표현형 관계를 평가하였다. 10개의 시발체로 125개의 밴드를 얻었으며 시발체당 12.5개였다. 이들 밴드 중 121개(96.8%)는 다형성을 나타내었으며 단지 4개만 단형성을 나타내었다. 6개 분류군에서 RAPD 표현형의 평균은 3.6개(선괭이밥, 괭이밥)에서 4.8개(붉은괭이밥)였다. 종간 변이에서 선괭이밥과 자주괭이밥이 가장 낮은 변이를 나타내었으며(28.8%), 붉은괭이밥이 가장 높은 변이를 나타내었다(38.4%). 분류군 내 대립유전자좌위는 평균 32.7%였다. 종 간 전체 유전적 다양도와 종내 유전적 다양도는 각각 0.362와 0.122였다. 종간 분화에 근거한 전체 변이의 몫($G_{ST}$)은 0.663이였다. 이는 전체 변이의 66.3%는 종간에 있음을 나타낸다. NJ tree에서 선괭이밥과 붉은괭이밥의 분지군은 높은 지지도를 가지며 괭이밥과 자매군을 형성하였다. 염색체의 수와 RAPD의 표현형적 관계와 일치하지 않았다.

• 농업생명과학연구
• /
• 제43권6호
• /
• pp.35-43
• /
• 2009

본 연구에서는 서로 다른 지역에서 재배된 장뇌삼 8품종과 밭에서 재배된 재배인삼 등 총 9개체에 대해 장뇌삼 품종들 간의 유연관계를 분석하였다. RAPD분석에 사용한 random primer는 총 40종류(OPA 1~20, OPB 1~20)였으며, 이 중 34개가 각기 다른 지역에서 재배된 품종간의 집단을 형성하여 9개 품종간 유연관계를 밝히는데 유용하였다. 유연관계를 분석한 결과, 홍천과 재배인삼, 의성과 금산, 진안과 풍기와 강화, 상주와 안동 4개의 그룹으로 구분되었으며 이는 다시 2개의 그룹 "홍천-재배인삼-의성-금산", "풍기-강화-상주-안동"으로 구분 되었다. 9개 지역에서 수집한 품종간의 유사도 값은 최저 0.30, 최고 0.53으로 나타났다. RAPD방법은 사용법이 간단하고 소요시간이 적게 소요될 뿐만 아니라 적은 양의 DNA시료로도 분석이 가능한 검정법으로 형태적인 차이가 구별되지 않는 장뇌삼 품종 간의 유전적 유연관계를 밝히는 데 유용한 방법임을 알 수 있었다. 그러나 품종별 계통유연관계를 보다 정확히 분석하기 위해서 AFLP 또는 Molecular Maker를 이용하거나 계통분류에 널리 이용되는 핵, 엽록체 DNA의 유전자 염기서열 비교와 같은 정밀한 분자계통학적 연구가 수행되어져야 할 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
• /
• 제20권12호
• /
• pp.1764-1771
• /
• 2010

홍화(Carthamus tinctorius L.)는 세계 여러 나라에 분포하고 있는 초본류이다. 이 종은 경제적으로 중요한데 홍화는 약용, 적색소, 노랑 색소로 이용된다. RAPD 기법으로 홍화의 26 집단 간 유연관계와 유전적 다양성을 조사하였다. 모든 집단에서 123개 밴드를 얻었으며 시발체(primer) 당 평균 9.5개 밴드를 나타내었다. 홍화의 유전적 다양도는 집단 내에 대부분 귀속되며 높은 집단 간 분화를 나타내었다. OPC18-01 밴드는 시리아 그룹에 특이 밴드였으며 다른 나라 집단에서는 발견되지 않았다. 이런 7개 특이 마크(SCAR)를 발견하였다. 비록 홍화의 분석한 개체 수가 적고 각 나라의 대표성을 의미하지 않지만 본 연구 결과 지중해의 지역(모로코, 시리아, 터키)이 인도를 제외한 다른 지역보다 변이가 높았다. 단순히 RAPD만으로 단정하기 어렵지만 홍화의 기원 센터의 후보군으로 지중해 연안으로 추정된다. 인도 역시 홍화의 2차 센터의 후보군이다. RAPD 마커는 홍화의 자연 집단을 분류하는데 효과적이었다.

• 한국균학회지
• /
• 제30권2호
• /
• pp.78-85
• /
• 2002

저장배에서 분리한 15그룹 3종을 KCTC, KCCM, 충남대에서 분양받은 16균주를 대상으로 상호 유연관계를 분석하고자 배양적 특성을 관찰하고 RAPD 검정에 의한 진단 가능성을 검토하였다. 병원균의 배양특성을 조사한 결과 배지상 생육형태, 색, 속도 등에 있어서 균주간 차이를 보였으며 배양적 특성과 RAPD에 의한 유연관계 분석 결과를 비교 분석하기 위하여 배에서 분리한 15개 균주와 16개 표준 균주의 종간 다형성을 관찰하였다. RAPD을 이용하여 유전적 다양성을 분석하기 위하여 5개의 URP primer를 이용하여 genomic DNA를 증폭시킨 결과 $0.1{\sim}2.0kb$ 크기의 총 744개 band들이 증폭되었다. cluster 분석결과 전체 유사도는 47.7%로 31 균주들은 4개의 genomic DNA RAPD 집단으로 분류되었다. 배에서 분리한 P. expansum 균주간에는 87.4% 이상의 상동성을 보였고, P. solitum 균주간에는 97.5%, P. crustosum 균주 간에는 95.1% 이상의 상동성을 보였다. 배에서 분리된 동일한 종내에서는 배양적 특성에 의한 동정결과와 RAPD에 의한 분석결과와 일치하였다.