• 대한의생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.390-397
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• 2018

For the specific detection of human Parvovirus B19 (HuPaV-B19), we designed ten specific PCR primers from 3,800~4,500 nucleotides of HuPaV-B19 complete genome (NC_000883.2). Seventeen candidate PCR primer sets for specific detecting HuPaV-B19 were constructed. In specific reaction of HuPaV-B19, seventeen PCR primer sets showed specific band, however five PCR primer sets were selected basis of band intensity, amplicon size and location. In non-specific reaction with seven reference viruses, four PCR primer sets showed non-specific band, however one PCR primer set is not. Detection sensitivity of final selective PCR primer set was $100fg/{\mu}L$ for 112 minute, and PCR amplicon is 539 base pairs (bp). In addition, nested PCR primer set was developed, for detection HuPaV-B19 from a low concentration of contaminated samples. Selection of nested PCR primer set was basis of sensitivity and groundwater sample tests. Detection sensitivity of final selective PCR and nested PCR primer sets for the detection of HuPaV-B19 were $100fg/{\mu}L$ and $100ag/{\mu}L$ basis of HuPaV-B19 plasmid, it was able to rapid and highly sensitive detection of HuPaV-B19 than previous reports. We expect developed PCR primer set in this study will used for detection of HuPaV-B19 in various samples.

• Applied Biological Chemistry
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• 제41권1호
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• pp.42-46
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• 1998

본 연구는 polymerase chain reaction (PCR)와 Southern hybridization을 이용하여 서로 붙어있는 나무가 한 나무인지 두 나무인지 규명하였다. 공시된 수종은 구지뽕나무와 무궁화이다. 구지뽕나무는 경상북도 성주군 금수면 봉두리 안새출 금수식당 앞에 있는 나무로 두 사람이 서로 안고 있는 형상인데, 한 나무의 두 가지인지 가까이 자란 두 나무가 붙었는지를 구별하기 어려운 나무였다. 다섯 종류의 PCR primer $(17{\sim}24-mers)$ 중 355 primer의 경우 한가지의 잎 DNA에서만 PCR 산물이 검출되어 이것을 방사선표지한 후 genomic Southern hybridization을 행하였던 바 이 probe와 결합하는 DNA 단편이 동일한 위치에서 검출되었으나 정도는 다르게 나타났다. 아울러 OPERON 10-mer kits A에 있는 20종류의 primer를 이용하여 PCR을 행한 결과 OPA01 primer (CAGGCCCTTC)에 의한 PCR 생성물은 동일한 위치의 band 뿐만 아니라 추가로 4개가 한가지의 잎 DNA에서 더 나타났다. 따라서 구지뽕나무는 두 나무가 연결되어 한 나무를 이루는 것으로 짐작된다. 또한 무궁화는 경상남도 합천군 청덕면 두곡리 청덕초등학교 내에 있는데 수령 50년 이상으로 멀리서 보면 한 나무의 형상을 하고 있으나, 가까이 다가가서 줄기의 아래부분을 보면 세 줄기가 붙어있는 형상을 하고 있다. 따라서 이 무궁화 역시 한 나무의 세 가지인지 세나무가 가까이 자라 붙었는지 PCR과 Southern hybridization 방법을 이용하여 규명하려 하였다. Southern hybridization 결과에 의하면 구지뽕나무의 분석에 사용한 probe와 결합하는 DNA 단편은 검출되지 많았으며, 35S primer에 의한 PCR 생성물은 동일하였으나 OPA04와 OPA13 primer의 경우 약간의 상이성을 보였다. 이러한 결과에 따라 무궁화는 한 나무의 세 가지인 듯하나 추가적인 연구가 필요하다고 판단된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.897-902
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• 2004

이전에 연구된 한우육과 Holstein 및 Black angus육 감별법의 신속성, 편리성, 경제성 등의 단점을 보완하기 위해 소의 MC1R gene의 SNP를 이용한 새로운 감별법을 시도하였다. 본 연구에서는 소의 MC1R gene 중 594번째 염기인 Guanine이 한우에서는 결실된 점을 이용하여 한우의 sequence를 바탕으로 3 쪽에 2mers의 tail을 달아 한우에게는 상보적이나 다른 종에서는 상보적이지 않은 3 -tailed primers를 제작하였다. 이 primer들을 이용해서 한우에서만 MC1R 중 571번째 염기서열부터 919번째 염기서열까지의 343bp의 단편이 증폭되도록 하였다. 그 결과, Holstein, Black angus에서는 모두 band가 관찰되지 않았으나 한우에서는 343bp의 band가 확인되었다. 따라서 본 연구에서 사용한 3 -tailed primer를 이용하면 보다 정확하고 재현성 있으며 신속하고 편리하며 경제적인 한우육의 감별이 될 것으로 판단된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권6호
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• pp.561-566
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• 2020

참돔은 등쪽에 푸른 반점이 흩어져 있고, 홍민어는 꼬리 쪽에 검은 점이 있어 원물 형태는 쉽게 구분할 수 있다. 그러나 횟감이나 필렛으로 이용 시 참돔과 홍민어를 구분하기 어려워, 참돔의 종 특이 primer를 개발 및 검증하고 모니터링을 통해 참돔의 위변조 사례를 조사하고자 하였다. 시료에서 gDNA를 추출하여 PCR을 진행하였으며 참돔 primer의 product size는 468 bp, 홍민어 primer의 product size는 181 bp으로 설계하였다. Multiplex PCR 결과 참돔과 홍민어에 대한 종 특이적 증폭이 확인되었다. 또한, 참돔과 홍민어 PCR 민감도 실험 결과 참돔 primer는 1 ng, 홍민어 primer는 0.1 ng 까지 밴드가 확인되었다. 모니터링 결과 참돔으로 구매한 시료 19건 모두 참돔으로 판정되었다. 따라서 본 연구에서 제작된 참돔과 홍민어 종에 대한 종 특이적 primer는 횟감 등 수산물에도 적용할 수 있어 현재 유통 및 판매되고 있는 참돔 및 홍민어 판별에 적합성을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.117-124
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• 2005

Rotifer와 병든 넙치 자어로부터 분리된 2개의 균주는 표현형적인 특성 확인 결과 Vibrio ichthyoenteri로 확인이 되었다. V. ichthyoenteri를 검출하기 위래 고감도 PCR 방법 개발을 하기 위래 V. ichthyoenteri 16S-23S rRNA intergenic spacer region(ISR)을 분석하였고, V. ichthyoenteri중 특이적 primer를 개발하였다. V. ichthyoenteri 의 ISR를 분석한 결과 1개의 다형성 ISR type서열을 포함하고 있었다. ISR서열은 길이는 348bp이며 tRNA gene을 가지고 있지 않았다. 이 서열을 가지고 이미 알려진 다른 Vibrio 종의 ISR 서열과 mutiple alignment를 수행한 결과 여러 영역에서 높은 가변성을 나타내어 가변 부위를 표적으로 하여 V. ichthyoenteri를 검출하기 위한 종 특이적 primer를 제작하였다. 제작된 primer의 특이성을 확인하기 위해 Vibrio 표준균주 19종의 genomic DNA와 분리균주 18 group에 genomic DNA 그리고 V. ichthyoenteri와 가장 유사한 서열을 가지고 있다고 알려진 Vibrio 종의 genomic DNA를 가지고 시험하였다. 그 결과 본 연구에서 제작된 종 특이적 primer를가지고 PCR 반응을 하면 V. ichthyoenteri를 검출 할 수가 있다.

• Mycobiology
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• 제30권4호
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• pp.202-207
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• 2002

This study was carried out to develop specific primers for PCR detection of Phellinus linteus. Diverse genomes of 15 Phellinus spp. including five Phellinus linteus isolates were fingerprinted by Primer Universal rice primer(URP)1F. The URP-PCR pattern differentiated P. linteus isolates from other phellinus spp. A polymorphic band(2.8 kb), which is unique for P. linteus isolates, was isolated and sequenced. Twenty four-oligonucleotide primer pairs were designed based on information of DNA sequence. The primer set(PLSPF2/PLSPR1) amplified single band(2.2 kb) of expected size with genomic DNA from seven Phellinus linteus, but not with that of other Phellinus species tested. The primers could be used identically in both DNA samples from mycelium and fruit bodies. This specific primers could offer a useful tool for detecting and identifying P. linteus rapidly.

• 한국응용곤충학회지
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• 제54권2호
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• pp.91-97
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• 2015

담배가루이(Bemisia tabaci)는 외래해충으로 바이러스벡터로 작용하여, 토마토의 토마토황하잎말림병바이러스(TYLCV)를 비롯한 약 100여종의 바이러스를 매개하는 중요한 해충이다. 본 연구에서는 VIGS vector를 이용하여 담배가루이 방제를 위한 target 유전자들을 선발하기 위해 gateway system을 이용한 담배가루이 cDNA library 제작을 시도하였다. 첫 번째 방법으로 oligo d(T) primer를 사용하였을 때, 평균 약 1 kb의 insert와 $1.4{\times}10^4cfu$의 titer를 확인하였다. 그러나 insert size가 너무 커서 적절하지 않았다. 두 번째 방법으로 attB-N25 random primer를 이용하고, sonication을 6초 실시하여 다시 진행하였다. 그러나 확인되는 insert size는 다소 컸고, 몇몇은 insert가 너무 작아서 밴드가 확인 되지않았으며, $1.04{\times}10^54cfu$의 titer를 확인할 수 있었다. 세 번째 방법으로는 oligo d(T) primer를 이용하였고, sonication을 2초 실시하였다. 그 결과 300 bp~600 bp size의 insert가 확인되었으나, electro transformation을 사용한 첫번째, 두번째 방법에 비해 heat shock transformation을 사용하여 titer가 $5.2{\times}10^24cfu$로 매우 낮은 것을 확인 할 수 있었다. 결과적으로 cDNA library를 만들 때 먼저 random primer를 사용하여 First strand를 합성하여 poly A를 제거하고, 다음으로 sonication을 1초 실시하여 300~700 bp정도의 적절한 size의 insert를 생성하고, 마지막으로 electro-transformation을 실시하여 transformation 효율을 높인다면 VIGS vector에 적합한 cDNA library를 만들 수 있을 것으로 사료 된다.

• 분석과학
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• 제23권3호
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• pp.322-329
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• 2010

총기사고에서 용의자 식별의 기초자료로 활용하기 위하여 3가지 유형의 한국형 총기인 K1A 기관단총, K2 소총, K5 권총의 뇌관화약잔사(Primer GSR)를 SEM-EDX로 분석하였다. 실내사격장에서 각 1발씩 3회 사격하여 얻은 뇌관화약잔사의 형태, 크기, 입자수 그리고 성분분석을 통한 각 입자의 원소 함량비율을 확인하였다. 뇌관화약잔사 입자는 대부분 Ba>>Pb>Sb의 함량비율을 갖고 있었지만 특정 형태의 입자에서는 Sb>Pb>Ba 혹은 Pb>Sb>Ba 등 Ba원소보다 Sb원소의 함량이 많게 나타난 입자가 발견되었다. 원소 성분비율이 차이가 나는 각 입자들을 통계처리 한 결과 사용된 탄의 종류에 따라 5.56 mm 탄을 사용한 K1A, K2 소총에서보다 9 mm 탄을 사용하는 K5권총에서 Sb원소가 Ba원소보다 함량비율이 큰 입자의 수가 3~8배 많은 것으로 확인되어 소총과 권총을 구분할 수 있었다. 또한 입자의 크기와 입자의 수에서도 역시 구분이 가능함을 확인할 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제44권2호
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• pp.103-107
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• 2016

본 연구는 국내 주요 식물검역관리 대상 Phytophthora pinifolia를 대상으로 신속하고 정확한 병원균 종동정 및 검출을 위해 Ypt1 유전자 염기서열을 활용하여 제작된 종 특이적 분석용 분자마커와 다양한 PCR 기법을 활용하여 병원균들에 대한 다양한 검출기술의 표준화 및 최적 검출 시스템 구축을 통하여 실제 검역검역 현장에서 활용 가능한 병원균 존재여부의 신속, 정확한 판별기법을 개발하고자 수행하였다. Ypt1 영역의 염기서열을 기초로 선발된 종 특이적 primer는 1~10 pg의 검출민감도를 가지며 193 bp의 종 특이적 PCR 증폭산물을 형성시켰다. 또한 선발된 종 특이적 primer의 종 특이성을 확인하기 위하여 국내 식물검역대상에 포함된 Phytophthora속 종들과 주요 식물병원균들을 대상으로 conventional PCR과 real-time PCR을 수행한 결과 목표로 한 P. pinifolia DNA에서만 특이적 PCR 증폭산물을 확인할 수 있었다. 선발된 종 특이적 primer에 대한 PCR의 검출 민감도를 확인했을 때 conventional PCR의 검출민감도는 1~10 pg이었다.

• 한국버섯학회지
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• 제11권3호
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• pp.171-176
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• 2013

큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30 ug/ml의 농도로 bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNA band의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할 specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를 확인할 수 있었다.