• 한국균학회지
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• 제25권3호통권82호
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• pp.176-190
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• 1997

Isozyme PAGE에 의한 isozyme polymorphism 및 random amplified polymorphic DNA(RAPD) pattern의 비교를 통하여 한국에서 수집된 63개의 표고 버섯(Lentinus edodes)품종의 유연관계를 조사하여 보았다. NTSYS PC program을 통하여 비교에 사용되어진 3가지 isozyme 즉 esterase, peroxidase, acid phophatase 등은 각각 10, 7, 3개의 isozyme polymorphism type으로 나뉘어질 수 있었고, 이러한 3개의 isozyme type들은 group-average method를 이용하여 최종적으로 6개의 집단으로 구분되어질 수 있었다. 또한 RAPD를 통한 표고 품종간 유연관계 비교는 사용되어진 총 20개의 random primer 들중 3개의 primer(OPA 03, OPA 18, OPA 19)가 품종간 polymorphism을 보였고 사용되어진 전체 random primer의 PCR product들의 집단 분석을 통해 최종적으로 5개의 집단으로 구분할 수 있었다. 사용되어진 두 가지 방법 즉, isozyme polymorphism및 RAPD pattern에 의해 구분되어진 63개 표고 버섯 품종의 subgroup level에서의 절대적인 유사성은 관찰할 수 없었다. Yii-Mattila(1996) 등에 의하면 품종간 비교시 isozyme analyses에서와는 달리 RAPD analyses에서는 많은 수의 strain-specific band들이 얻어질 수 있고 이것이 두 방법간의 유사성을 관찰하지 못하게 하는 원인이라고 보고하였다.

• 대한두경부종양학회:학술대회논문집
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• 대한두경부종양학회 1992년도 제9차 학술대회 연제순서 및 초록집
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• pp.138.2-139
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• 1992

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제39권4호
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• pp.313-318
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• 2001

The identification , characterization and quantification of Plasmodium sp. genetic polymorphism are becoming increasingly important in the vaccine development. We investigated polymorphism of Plasmodium vivax GAM-1 (PvGAM-1) gene in 30 Korean isolates. The polymorphic region of the PvGAM-1 gene, corresponding to nt 3792-4029, was amplified using polymerase chain reaction (PCR) followed by sequencing. All of the P. viuax Korean isolates were one type of GAM-1 gene, which were identical to that of the Belem strain. It is suggested that PvGAM-1 could not be used as a genetic marker for identifying or classifying P. vivax Korean isolates. It revealed that the polymorphic pattern as acquired basically by duplication and modification or deletion event of a 33 bp-motif fragment ended by poly guanine (G) and that there were at least three complete and one partial 33 Up-motif sequences within the polymorphic region in the longest cases such as those of South Korean and Belem isolates. In addition, we clustered P. vivax isolates with parsimonious criteria on the basis of PvGAM- 1 polymorphic patterns (insertion/deletion patterns) .

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제7권1호
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• pp.27-35
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• 2005

Eighty-five different cultivars of Brassica rapa, B. juncea, B. nap us, B. carinata, B. oleracea and hexaploid Brassica collected from Bangladesh, Japan, China and Denmark were analyzed by SDS-PAGE for seed and leaf protein variations, using esterase, acid phosphatase and peroxidase isozyme analysis. Ten polymorphic bands were identified from seed protein however no identifiable polymorphic band was found in the leaf protein. Polymorphic markers clearly distinguished the different Brassica species as well as yellow sarson (YS) and brown seeded (BS) cultivars of B. rapa. The $F_1$ cross between YS and brown seeded cultivars showed the existance of all poly-morphic bands of the respective parents. The Bangla-deshi and Japanese cultivars of B. rapa differed in the amount of seed protein. In the case of isozyme analysis, esterase showed the highest number of polymorphic bands (13) followed by acid phosphatase (9) and peroxidase (5). These polymorphic markers were very effec-tive for classification of all the species studied in this experiment. In parentage tests using isozymes, the hybridity of intra-and-interspecific crosses of almost all the seedlings could be identified from their respective cross combinations. Esterase polymorphism showed a clear differentiation between YS and BS types of B. rapa. In addition, two esterase polymorphic markers were iden ified to differentiate some cultivars of B. juncea. Segregation patterns in these two esterase bands showed a simple Mendelian monohybrid ratio of 3:1 in $F_2$, 1:1 in test cross and 1:0 in back cross progenies. No polymorphic band was identified to distinguish different cultivars of the same species by acid phosphatase or peroxidase. Polymerase Chain Reaction (PCR) was carried out with seed coat color specific marker of B. juncea. The yellow seeded cultivars produced a strong band at 0.5 kb and weak band 1.2 kb. In the addition of these two specific bands, Japanese yellow-seeded cultivars expressed two more weak bands at 1.0 kb and 1.1 kb. Where the brown seeded cultivars generated a single strong band at 1.1 kb. In segregating population, the yellow seed coat color marker segregated at a ratio 15 (brown) : 1 (yellow), indicating the digenic inheritance pattern of the trait.

• 생명과학회지
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• 제16권1호
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• pp.88-94
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• 2006

본 연구에서 넙치와 조기의 원산지를 판별하기 위한 도구로 RAPD PCR 방법의 가능성을 확인하였다. 넙치는 한국의 주문진 자연산, 통영 양식산, 거제 양식산 그리고 북한 자연산을 실험에 사용하였다. 조기는 한국산과 중국산을 사용하였다. 넙치의 RAPD 패턴에서는 뚜렷하고 일관성이 있는 진단용 띠들을 쉽게 찾을 수 있었다. 조기의 경우에는 유전적인 이질성으로 인하여 각 개체의 RAPD 패턴에서는 일관성이 있는 진단용 띠를 찾기 어려웠지만 각 원산지별로 얻은 RAPD 패턴에서는 가능성이 있는 진단용 띠들을 찾을 수 있었다.

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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• pp.34-34
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• 2003

한국산 선발계통 및 일본산 양식계통과 이들 두 계통간 잡종 참돔 집단의 유전적 특성을 분석하기 위하여, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker를 탐색하였다. 10개의 염기로 이루어진 200개의 random primer 분석을 통하여 polymorphic pattern을 나타내는 23개의 random primer를 선발하였으며, 각 primer의 재현성을 확인하였다. 이들 중 OPA-11 primer는 크기가 각각 600 bp, 650 bp 및 750 bp 인 3개의 DNA 단편에 의하여 4개의 genotype을 나타냈으며, 각 genotype의 빈도는 집단간차이를 보였고, 한국산 선발계통 집단에서는 4개의 genotype이 모두 발견되는 반면, 일본산 양식계통 및 일본산 양식계통을 포함한 교배집단에서는 특정 genotype만 발견되었다. OPA-11 primer 유래의 polymorphic DNA 단편을 cloning하고 염기서열을 결정하였으며, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) primer를 제작하고 분석하였다. 본 연구는 참돔집단의 유전적 특성 파악 및 집단 구별에 RAPD marker를 활용하였으며, 참돔 육종시 형질 및 기능관련 DNA marker 탐색에 적용하기 위하여, 이후의 연구에서는 SCAR과 RFLP 분석에 RAPD marker를 이용하여 100% 정확도를 갖는 RFLP maker를 찾고, MAS (Marker-Assisted Selection)에 적용하고자 한다.

• 대한의생명과학회지
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• 제9권4호
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• pp.183-187
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• 2003

Pseudomonas aerugionsa is a commonly isolated nosocomial pathogen. DNA fingerprinting of P. aerugionsa is examined by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). In this study, P. aeruginosa were isolated from environmental and clinical specimens and the molecular typing of the microorganisms was investigated by RAPD. Thirty strains of P. aeruginosa were selected from the strains isolated formerly and submitted for type identification to the University Hospital. 15 strains of P. aeruginosa were received from Chungnam University Hospital and 14 strains from Gyeongsang University Hospital. DNA of P. aeruginosa was extracted by Qiagen genomic DNA kit. PCR mixtures were set up and incubated, Reactions mixtures were made to be optimal for P. aeruginosa. RAPD typing analysis was carried out by the multivariate statistical program (MVSP) V3.0. RAPD type I was the most common pattern and included 23 strains. Most of strains from Gyeongsang University Hospital belonged to RAPD type lb and 15 strains from Chungnam University Hospital to RAPD type I or II. RAPD typing of P. aeruginosa isolated from the environmental and clinical specimens was very simple and reproducible.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권2호
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• pp.67-72
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• 2003

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA 조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA pattern을 이용하여 리스테리아 모노사이토제네스를 분류할 수 있다. 리스테리아균들을 효과적으로 RAPD typing 할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 리스테리아 표준균주 13종을 대상으로 총 31가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 6가지 primer(primer 6, HLWL74, UBC155, UBC127, Lis5, Lis11)가 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 리스테리아의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제37권3호
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• pp.149-154
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• 2005

대학병원의 임상검체에서 extended-spectrum-${\beta}$-lactamase (ESBL)생성 Klebsiella pneumoniae 51균주를 분리하였다. ESBL생성 K. pneumoniae 51균주는 광범위한 항생제에 내성을 보였고 대부분의 균주는 amikacin, gentamycin과 ciprofloxacin항생제에 내성을 나타내었다. 대학병원에서 분리한 51균주를 randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)로 분석한 결과 충남대학병원 21균주와 충북대학병원에서 분리한 10균주는 Ia 와 Ib에 속하였고 경상대학 병원에서 분리한 20균주는 IIa, IIb에 속하였다. ESBL 생성 K. pneumoniae 51균주는 RAPD 분석으로 4가지의 유전형으로 구분 할 수 있었고 유전적으로 다양하였다. 이상의 결과로 RAPD 분석은 유전형분석에 빠르고 단순하고 경제적인 방법임을 알 수 있었다.

• Mycobiology
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• 제30권4호
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• pp.202-207
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• 2002

This study was carried out to develop specific primers for PCR detection of Phellinus linteus. Diverse genomes of 15 Phellinus spp. including five Phellinus linteus isolates were fingerprinted by Primer Universal rice primer(URP)1F. The URP-PCR pattern differentiated P. linteus isolates from other phellinus spp. A polymorphic band(2.8 kb), which is unique for P. linteus isolates, was isolated and sequenced. Twenty four-oligonucleotide primer pairs were designed based on information of DNA sequence. The primer set(PLSPF2/PLSPR1) amplified single band(2.2 kb) of expected size with genomic DNA from seven Phellinus linteus, but not with that of other Phellinus species tested. The primers could be used identically in both DNA samples from mycelium and fruit bodies. This specific primers could offer a useful tool for detecting and identifying P. linteus rapidly.