• 제목/요약/키워드: molecular processes

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컴퓨터 모니터에 제시된 표적의 탐색과 선택과정에 관한 연구 (A study on the search and selection processes of targets presented on the CRT display)

  • 이재식;신현정;도경수
    • 인지과학
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    • 제11권2호
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    • pp.37-51
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    • 2000
  • 컴퓨터 모니터에 제시되는 표적의 물리적 특성(표적의 크기, 표적까지의 거리, 표적의 방향, 주변자극들의 조밀도 등)이 입력도구에 따라서 표적의 탐색과 선택반응의 정확성과 반응시간에 미치는 영향을 밝히고자 하였다. 실험 1에서는 단순 표적이 현재의 커서위치로부터 방향과 거리를 달리하여 제시되었을 때 마우스를 이용한 포인팅 반응을 분석하였다. 그 결과, (1) 과대이동(overshooting)의 비율이 정확이동이나 과소이동(undershooting)보다 높았다. (2) 이러한 경향은 상하 혹은 좌우의 정방향보다는 사각방향으로 이동할 때 그리고 표적이 멀리 있을수록 증가하였다. (3) 과대/과소이동의 빈도는 사각에서 현저하였으나, 그 정도는 오히려 정방향에서 더 컸다. (4) 전체 수행과정을 계획, 이동, 조정, 반응수행단계로 구분할 때, 반응시간의 결정요인은 표적까기 마우스를 이동하는 단계였다. 실험 2에서는 실제 단어를 표적으로 사용하여 표적의 방향과 거리뿐만 아니라 표적의 크기와 방해자극들의 조밀도 수준을 체계적으로 변화시켰을 때, 키보드와 마우스에 의한 표적 선택시간을 분석하였다. 표적의 크기로는 한글 96의 글자크기 10, 12, 14를 사용하고, 자극들의 조밀도는 줄간격 100, 150 200%를 사용하였다. 그 결과, (1) 전반적으로는 키보드에 비해 마우스를 이용한 선택 반응시간이 짧았지만 커서를 상하 또는 좌우로만 이동하는 조건에서는 오히려 키보드의 반응시간이 더 짧았다. (3) 줄간격이 조밀하고(100%) 표적의 크기가 작을 때(10) 반응시간이 가장 길었다. (4) 키보드의 경우에는 줄간격 150% 조건에서 반응시간이 가장 짧은 반면, 마우스의 경우에는 줄간격이 커짐에 따라 반응시간이 증가하는 경향이 있었다. 마지막으로, 이 연구의 결과가 시사하는 입력도구의 특성과 표적의 물리적 특성간의 상호 관련성이 시스템의 설계에 어떻게 적용될 수 있는지 논의되었다.=-0.71435*)이었으나, 괴경중 총당 함량과는 정의 상관(r=0.78018*)을 보였다. 이러한 결과는 해충종합방제 프로그램을 확립하고 또한 새로운 내충성 품종의 육성에 기초자료가 될 것으로 생각된다.복현상에 대한 해석이 이루어져야 하겠다. 유의하게 높았으며, 남자노인보다는 여자노인이 식품섭취에 계절에 의한 영향을 더욱 더 많이 받는 것으로 나타났다. 또한 장수 노인들은 가공식품보다는 계절마다 제철에 생산 되는 자연 식품의 섭취비율이 높았다. 전반적으로 장수노인들은 소식의 경향을 보였으며 이 와 같은 소식습관과 신선한 식물성 식품들의 일상 섭취가 건강한 장수에 영향을 미쳤을 가 능성도 있을 것으로 사료된다.며, 지방 조직내 지방축적에 영향을 미친다는 것을 말해 준다.에서 하는 부모교육과 반상회의 홍보자료에 반상회의 홍보자료에 반드시환경친화적 음식소비행동에 관한 교육이 포함되어야 한다. 조리사의 경우 정기교육과정에 환경친화적 음식소비행동에 관한 홍보를 함께 함으로써 외식이나 단체급식에서 발행하는 음식물 쓰레기의 양을 줄 일 수 있을 것이다.m its genes controlling host specificity to its population sturctures and dynamics, have begun to provide new insights into the potential mechanisms underlying race variation. In this review we aim to provide an overview on (a) the molecular basis of host specificity of M. grisea, (b) the population structure and dynamics of rice pathogens, and (c) the nature and mechanisms of genetic changes underpinning virulence

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Comparative genomic hybridization 기법을 이용한 인체 구강암의 유전자 변화에 대한 연구 (GENETIC ALTERATIONS OF HUMAN ORAL CANCERS USING COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION)

  • 이명렬;심광섭;이영수;우순섭;공구
    • Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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    • 제26권3호
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    • pp.245-253
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    • 2000
  • The development and progression of oral cancer is associated with an accumulation of multiple genetic alterations through the multistep processes. Comparative genomic hybridization(CGH), newly developed cytogenetic and molecular biologic technique, has been widely accepted as a useful method to allow the detection of genetic imbalance in solid tumors and the screening for chromosome sites frequently affected by gains or losses in DNA copy number. The authors examined 19 primary oral squamous cell carcinomas using CGH to identify altered chromosome regions that might contain novel oncogenes and tumor suppressor genes. Interrelationship between these genetic aberrations detected and major oncogenes and tumor suppressor genes previously recognized in carcinogenesis of oral cancers was studied. 1. Changes in DNA copy number were detected in 14 of 19 oral cancers (78.9%, mean: 5.58, range: $3{\sim}13$). High level amplification was present in 4 cases at 9p23, $12p21.1{\sim}q13.1$, 3q and $8q24{\sim}24.3$. Fourteen cases(78.9%, mean: 3.00, range: $1{\sim}8$) showed gains of DNA copy number and 12 cases(70.5%, mean: 2.58, range: $1{\sim}9$) revealed losses of DNA copy number. 2. The most common gains were detected on 3q(52.6%), 5p(21.0%), 8q(21.0%), 9p(21.0%), and 11q(21.0%). The losses of DNA copy number were frequently occurred at 9p(36.8%), 17q(36.8%), 13q(26.3%), 4p(21.0%) and 9p(21.0%). 3. The minimal common regions of gains were repeatedly observed at $3q24{\sim}26.7$, $3q27{\sim}29$, $1q22{\sim}31$, $5p12{\sim}13.3$, $8q23{\sim}24$, and 11q13.1-13.3. The minimal common regions of losses were detected at $9q11{\sim}21.3$, 17p31, $13q22{\sim}34$, and 14p16. 4. In comparison of CGH results with tumor stages, the lower stage group showed more frequent gain at 3q, 5q, 9p, and 14q, whereas gains at 1q($1q22{\sim}31$) and 11q($11q13.1{\sim}13.3$) were mainly detected in higher stage group. The loss at $13q22{\sim}34$ was exclusively detected in higher stage. The results indicate that the most frequent genetic alterations in the development of oral cancers were gains at $3q24{\sim}26.3$, $1q22{\sim}31$, and $5p12{\sim}13.3$ and losses at $9q11{\sim}21.3$, 17p31, and 13q. It is suggested that genetic alterations manifested as gains at $3q24{\sim}26.3$, $3q27{\sim}29$, $5p12{\sim}13.3$ and 5p are associated with the early progression of oral cancer. Gains at $1q22{\sim}31$ and $11q13.1{\sim}13.3$ and loss at 13q22-34 could be involved in the late progression of oral cancers.

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Genome-Wide Analysis of DNA Methylation before- and after Exercise in the Thoroughbred Horse with MeDIP-Seq

  • Gim, Jeong-An;Hong, Chang Pyo;Kim, Dae-Soo;Moon, Jae-Woo;Choi, Yuri;Eo, Jungwoo;Kwon, Yun-Jeong;Lee, Ja-Rang;Jung, Yi-Deun;Bae, Jin-Han;Choi, Bong-Hwan;Ko, Junsu;Song, Sanghoon;Ahn, Kung;Ha, Hong-Seok;Yang, Young Mok;Lee, Hak-Kyo;Park, Kyung-Do;Do, Kyoung-Tag;Han, Kyudong;Yi, Joo Mi;Cha, Hee-Jae;Ayarpadikannan, Selvam;Cho, Byung-Wook;Bhak, Jong;Kim, Heui-Soo
    • Molecules and Cells
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    • 제38권3호
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    • pp.210-220
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    • 2015
  • Athletic performance is an important criteria used for the selection of superior horses. However, little is known about exercise-related epigenetic processes in the horse. DNA methylation is a key mechanism for regulating gene expression in response to environmental changes. We carried out comparative genomic analysis of genome-wide DNA methylation profiles in the blood samples of two different thoroughbred horses before and after exercise by methylated-DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-Seq). Differentially methylated regions (DMRs) in the pre-and post-exercise blood samples of superior and inferior horses were identified. Exercise altered the methylation patterns. After 30 min of exercise, 596 genes were hypomethy-lated and 715 genes were hypermethylated in the superior horse, whereas in the inferior horse, 868 genes were hypomethylated and 794 genes were hypermethylated. These genes were analyzed based on gene ontology (GO) annotations and the exercise-related pathway patterns in the two horses were compared. After exercise, gene regions related to cell division and adhesion were hypermethylated in the superior horse, whereas regions related to cell signaling and transport were hypermethylated in the inferior horse. Analysis of the distribution of methylated CpG islands confirmed the hypomethylation in the gene-body methylation regions after exercise. The methylation patterns of transposable elements also changed after exercise. Long interspersed nuclear elements (LINEs) showed abundance of DMRs. Collectively, our results serve as a basis to study exercise-based reprogramming of epigenetic traits.

퇴적물내의 산소와 물 수송에 관한 습지 식물의 역할 (Role of Wetland Plants as Oxygen and Water Pump into Benthic Sediments)

  • 최정현;박석순
    • 생태와환경
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    • 제37권4호통권109호
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    • pp.436-447
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    • 2004
  • 습지를 규정하는 주요한 특징의 하나인 습지식물은 장기간의 침수로 인해 혐기성 상태로 존재하는 습지 퇴적물에서 생존을 위한 특별한 적응방법을 발달시켰다. 식물체내에 넓게 분포하고 있는 다공성의 세포는 공기중의 산소를 뿌리로 운반하기 위한 통로로 작용하며, 농도차이에 의한 확산과 압력차이에 의한 대류에 의하여 산소가 운반되어진다. 이러한 식물체 내에서의 산소이동은 식물이 혐기성 퇴적물 속으로 뿌리를 내리고 생존하게 하는 주요한 기작이 된다. 뿌리로 이동되어진 산소는 혐기성 퇴적물로 확산되어져서 뿌리주변의 퇴적물은 산화상태로 변화시키고, 뿌리의 호흡, 미생물의 호흡, 미생물에 의한 유기물 분해반응을 촉진시키게 된다. 또한 습지식물은 생장에 필요한 수분을 뿌리로 흡수하며, 이는 지표수와 퇴적물내 공극수가 뿌리주변으로 이동하게 되는 추진력이 된다. 습지 퇴적물은 식물의 사체에서 기인하는 유기물에 의해 수리학적 전도도가 작아서 퇴적물내 물의 움직임이 미미하나, 식물에 의한 물의 흡수는 퇴적물내 물의 움직임을 촉진시키게 된다. 이러한 식물의 특별한 적응기작은 해부학적, 형태학적, 생리학적으로 많은 연구가 수행되어져 왔으나, 이러한 적응기작들에 퇴적물내 생지화학적 반응에 미치는 영향에 대한 연구는 미비한 수준에 머물러있다. 퇴적물내 생지화학적 반응들은 수체에서 유입된 미량 오염물질의 이동 및 변형과정에 영향을 미치게 되므로 식물의 작용에 의한 생지화학적 반응의 변화들은 미량 오염물질의 거동에 영향을 미치게 되며 나아가 수자원과 수질 생태계에 영향을 초래하게 된다. 따라서 식물의 존재와 성장에 따른 퇴적물내 생지화학적 반응의 변화는 생태학적 환경에서 습지의 중요성을 인식하는데 필요한 연구과제라 사료된다. 난이도, 변별도 등에서 유사하므로 당분간 계속 사용하여도 될 것이다. 따른 변화(變化)는 볼 수 없었다. ATP 첨가(添加)로서는 0.30mM의 농도(濃度)에서 0.15 mM의 농도(濃度)에 비(比)하여 Young 율(率)이 낮았다. 3) 외경동맥(外經動脈)의 종절편(縱切片)의 Young 율(率)은 생리적식염수(生理的食鹽水)에 둔 군(群)에서는 15분(分), 45분(分) 및 75분(分)에서 각각(各各) 2.12, 2.48 및 $2.46{\times}10^7 dyne/cm^2$으로서 실험초기(實驗初期)에 비(比)하여 후기(後期)에서 Young 율(率)이 약간(若干) 높은 경향(傾向)을 나타내었고, 이러한 경향(傾向)은 ATP의 첨가(添加)로서도 비슷하였다.수량(收量)과 자실체형성(子實體形成) 소요일(所要日)의 관점(觀點)에서 보면 C/N율(率) 30.46이 어느정도 적당(適當)한 것 같다. 4. Thiamine $50{\mu}g%,\;KH_2PO_4$ 0.2%, $MgSO_4{\cdot}7H_2O$$0.02{\sim}0.03%$일때 균사(菌絲)와 자실체(子實體) 생육(生育)이 우수(優秀)하였으며 미량원소(微量元素)로서는 $FeSO_4{\cdot}7H_2O$,\;ZnSO_4{\cdot}7H_2O$$MnSO_4{\cdot}5H_2O$가 공존(共存)하면 생육촉진(生育促進)의 상승효과(相乘效果)가 인정되었으나 3이원소(元素)중 Mn이 결핍(缺乏)하면 균사(菌絲)와 자실체(子實體)의 생육(生育)이 다소 저하되었다. 이들 염류(鹽類)의 최적농도(最適濃度)는 각각 0.02mg%이었다. 5.

발생중인 흰쥐 간에서의 Metallothionein 발현에 관한 면역세포화학적 연구 (Immunocytochemistry of Metallothionein Expression in Developing Rat Liver)

  • 오승한;안영모;신길상;김완종
    • Applied Microscopy
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    • 제34권3호
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    • pp.171-178
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    • 2004
  • 메탈로사이오닌 (metallothionein: MT)은 시스테인(cysteine)이 다수 포함되어 있고, 저분자량인 단백질로서 중금속이온이나 다양한 세포 독성 인자에 의해 유도되며, 최근 발암과정 (carcinogenesis)이나 혹은 세포분화와 연관하여 활발하게 연구가 이루어지고 있다. 본 연구는 흰쥐를 수정시킨 후 발생과정 또는 출생 후 성장과정 단계에서 태아와 신생 흰쥐의 간 조직 및 세포내 MT의 분포 양상을 조사하고자 하였다. 흰쥐 간 조직내 MT의 분포는 면역조직화학적 방법을 적용하여 광학현미경으로 관찰하였고, 세포내 미세구조적 위치 (localization)는 금 입자 표지를 이용한 면역세포화학적 방법을 이용하여 투과전자현미경으로 관찰하였다. MT는 발생 13일이 경과한 흰쥐 태아의 간에서 처음으로 관찰되기 시작하여, 출생 당일의 신생 흰쥐에서 가장 높게 관찰되었다. 면역 조직화학 및 세포화학적 방법으로 관찰한 결과, MT 염색성은 발생 후기에서 출생후 10일째까지 비교적 높게 나타났다. MT에 대한 양성반응은 난형 세포 (oval cell)들과 간 실질세포 (liver parenchymal cell)들에서 뚜렷하게 존재하였다. 발생과정과 신생 흰쥐의 간 조직에서는 핵과 세포질 양쪽에서 공통적으로 양성 반응을 보였으나, 생후 30일 이후부터 성체에 이르는 시기까지는 세포질에 한정되어 있는 양상을 보였다. 금 입자 표지법에 의한 MT의 세포질내 분포를 보면, 발생 중인 흰쥐 간 세포에서는 핵과 세포질내에 고르게 산재되어 있었다. 즉, 핵내 염색질, 인, 조면소포체 및 cytosol에서도 MT에 대한 면역 금 입자들이 관찰되었으나, 미토콘드리아와 지질 소포 등에서는 거의 관찰되지 않았다. 상기의 결과들은 발생중 혹은 성장중인 흰쥐의 간에서 MT가 점차 증가하는 것으로 요약될 수 있는 것으로서, 이는 MT가 세포들의 증식과 분화에 금속 이온의 저장과 방출 혹은 전사인자 (transcription factor)로서 작용할 수 있음을 암시하는 것으로 판단된다.

Microarray Analysis of Long Non-coding RNA Expression Profile Associated with 5-Fluorouracil-Based Chemoradiation Resistance in Colorectal Cancer Cells

  • Xiong, Wei;Jiang, Yong-Xin;Ai, Yi-Qin;Liu, Shan;Wu, Xing-Rao;Cui, Jian-Guo;Qin, Ji-Yong;Liu, Yan;Xia, Yao-Xiong;Ju, Yun-He;He, Wen-Jie;Wang, Yong;Li, Yun-Fen;Hou, Yu;Wang, Li;Li, Wen-Hui
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권8호
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    • pp.3395-3402
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    • 2015
  • Background: Preoperative 5-fluorouracil (5-FU)-based chemoradiotherapy is a standard treatment for locally advanced colorectal cancer (CRC). However, CRC cells often develop chemoradiation resistance (CRR). Recent studies have shown that long non-coding RNA (lncRNA) plays critical roles in a myriad of biological processes and human diseases, as well as chemotherapy resistance. Since the roles of lncRNAs in 5-FU-based CRR in human CRC cells remain unknown, they were investigated in this study. Materials and Methods: A 5-FU-based concurrent CRR cell model was established using human CRC cell line HCT116. Microarray expression profiling of lncRNAs and mRNAs was undertaken in parental HCT116 and 5-FU-based CRR cell lines. Results: In total, 2,662 differentially expressed lncRNAs and 2,398 mRNAs were identified in 5-FU-based CRR HCT116 cells when compared with those in parental HCT116. Moreover, 6 lncRNAs and 6 mRNAs found to be differentially expressed were validated by quantitative real time PCR (qRT-PCR). Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis for the differentially expressed mRNAs indicated involvement of many, such as Jak-STAT, PI3K-Akt and NF-kappa B signaling pathways. To better understand the molecular basis of 5-FU-based CRR in CRC cells, correlated expression networks were constructed based on 8 intergenic lncRNAs and their nearby coding genes. Conclusions: Changes in lncRNA expression are involved in 5-FU-based CRR in CRC cells. These findings may provide novel insight for the prognosis and prediction of response to therapy in CRC patients.

랏트의 기관내 Fe 노출후 Fe 이동에 대한 연구 (The Mechanism of Iron Transport after Intratracheal Instillation of Iron in Rats)

  • 권민;최병선;박언섭;정남현;박성조;임영;박정덕
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제37권4호
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    • pp.329-336
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    • 2004
  • Objectives : Iron (Fe) is an essential element in biological processes; however excessive Fe is harmful to human health. Some air pollutants contain a high level of Fe, and the human lung could therefore be over-exposed to Fe through inhaled air pollutants. This study was performed to investigate the role of metal transporters (divalent metal transporter 1, DMT1, and metal transporter protein 1, MTP1) in the lung under the environments of Fe deficiency in the body and Fe over-exposure in the lung. Methods : Rats were fed Fe deficient (FeD, 2-6 mg Fe/kg) or Fe supplemented (FeS, 120 mg Fe/kg) diet for 4 weeks, followed by a single intratracheal instillation of ferrous sulfate at low (10 mg/kg) or high (20 mg/kg) dose. Fe concentration was analyzed in the serum, lung and liver, and histopathological findings were observed in the lung at 24 hours after Fe administration. The level of DMT1 and MTP1 expression in the lung was analyzed by RT-PCR. Also, the effect of Fe deficiency in the body was evaluated on the level of Fe concentration and metal transporters compared to FeS-diet fed rats at the end of 4-week FeD or FeS diet. Results : The 4-week FeD diet in rats induced an Fe deficiency anemia with decreased serum total Fe, increased unsaturated Fe binding capacity and hypochromic microcytic red blood cells. The concentration of Fe in the lung and liver was lower in the FeD-diet fed rats than in the FeS-diet fed rats. The level of metal transporters mRNA expression was higher in the FeD-diet fed rats than in the FeS-diet. The concentration of Fe in the lung was increased in a dose-dependent pattern after intratracheal instillation of Fe into the rats, while the level of Fe in the serum and liver was not increased in the low-dose Fe administered rats. Therefore, DMT1 and MTP1 mRNA was highly expressed in both FeD-diet and FeS-diet fed rats, after intratracheal instillation of Fe. Conclusions : DMT1 and MTP1 mRNA were more highly expressed in FeD-diet fed rats than in FeS-diet fed rats. The over-exposure of Fe intratracheally induced high expression of metal transporters and increased Fe deposition in the lung in both FeD-diet and FeS-diet fed rats, but did not increase the Fe level of the serum and liver in low-dose Fe administered rats. These results suggest that the role of metal transporters in the lung might be different in a part from the duodenum under the environment of over-exposure to Fe.

방출단층촬영 시스템을 위한 GPU 기반 반복적 기댓값 최대화 재구성 알고리즘 연구 (A Study on GPU-based Iterative ML-EM Reconstruction Algorithm for Emission Computed Tomographic Imaging Systems)

  • 하우석;김수미;박민재;이동수;이재성
    • Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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    • 제43권5호
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    • pp.459-467
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    • 2009
  • 목적: ML-EM (The maximum likelihood-expectation maximization) 기법은 방출과 검출 과정에 대한 통계학적 모델에 기반한 재구성 알고리즘이다. ML-EM은 결과 영상의 정확성과 유용성에 있어 많은 이점이 있는 반면 반복적인 계산과 방대한 작업량 때문에 CPU(central processing unit)로 처리할 때 상당한 연산시간이 소요되었다. 본 연구에서는 GPU(graphic processing unit)의 병렬 처리 기술을 ML-EM 알고리즘에 적용하여 영상을 재구성하였다. 대상 및 방법: 엔비디아사(社)의 CUDA 기술을 이용하여 ML-EM 알고리즘의 투사 및 역투사 과정을 병렬화 전략을 구상하였으며 Geforce 9800 GTX+ 그래픽 카드를 이용하여 병렬화 연산을 수행하여 기존의 단일 CPU기반 연산법과 비교하였다. 각 반복횟수마다 투사 및 역투사 과정에 걸리는 총 지연 시간과 퍼센트 오차(percent error)를 측정하였다. 총 지연 시간에는 RAM과 GPU 메모리 간의 데이터 전송 지연 시간도 포함하였다. 결과: 모든 반복횟수에 대해 CPU 기반 ML-EM 알고리즘보다 GPU 기반 알고리즘이 더 빠른 성능을 나타내는 것을 확인하였다. 단일 CPU 및 GPU 기반 ML-EM의 32번 반복연산에 있어 각각 3.83초와 0.26초가 걸렸으며 GPU의 병렬연산의 경우 15배 정도의 개선된 성능을 보였다. 반복횟수가 1024까지 증가하였을 경우, CPU와 GPU 기반 알고리즘은 각각 18분과 8초의 연산시간이 걸렸다. GPU 기반 알고리즘이 약 135배 빠른 처리속도를 보였는데 이는 단일 CPU 계산이 특정 반복횟수 이후 나타나는 시간 지연에 따른 것이다. 결과적으로, GPU 기반 계산이 더 작은 편차와 빠른 속도를 보였다. 결론: ML-EM 알고리즘에 기초한 GPU기반 병렬 계산이 처리 속도와 안정성을 더 증진시킴을 확인하였으며 이를 활용해 다른 영상 재구성 알고리즘에도 적용시킬 수 있을 것으로 기대한다.

토양 과습 조건하에서 수수 잎의 단백질 양상 (Proteome Characterization of Sorghum (Sorghum bicolor L.) at Vegetative Stage under Waterlogging Stress)

  • 윤민헌;정해룡;유장환;;권수정;김주호;전현정;정기열;조성우;우선희
    • 한국자원식물학회지
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    • 제31권2호
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    • pp.124-135
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    • 2018
  • 밭작물 중의 하나인 수수의 재배기간 중 장기간 지속되는 토양의 과습 상태는 수수의 생장 저하를 야기하는 요소로서 작용한다. 수수 잎을 이용한 수수의 3엽기, 5엽기 과습 처리시의 단백질을 동정한 결과 74개의 단백질들을 동정하였다. LTQ-FI-ICR MS로 분석한 결과 carbohydrate metabolic process, metabolic process, cellular metabolic compound salvage와 관련된 단백질들이 약50% 정도를 차지하며, 과습 스트레스를 받을 때 영향을 미치는 것으로 보였다. Carbohydrate metabolic process와 관련된 malate dehydrogenase 단백질과 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 단백질은 과습 스트레스를 받았을 경우 3엽기와 5엽기 모두 단백질 발현양이 증가하였다. 이러한 단백질들은 과습 스트레스에 대한 antistress 기능을 하는 단백질로 알려져 있는데, 과습 스트레스에 반응하여 해당 단백질들의 발현양이 증가한 것으로 사료된다. 광합성과 관련된 oxygen-evolving enhancer protein 1 단백질은 대조구에서 보다 처리구에서 발현양이 다소 증가한 것을 볼 수 있었다. 또한, 3엽기에 비해서 5엽기에서 발현양이 증가한 것을 확인할 수 있었다. Response to oxidative stress와 관련된 probable phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 단백질과 superoxide dismutase 단백질 모두5엽기 처리구에서 가장 많은 발현량을 보였다. 이는 과습 스트레스에 의한 활성산소 발생이 5엽기 처리구에서 가장 많았고, 이에 따라 항산화방어기작을 하는 단백질의 발현이 증가한 것으로 여겨졌다.

북극 동물플랑크톤 Calanus glacialis TCTP (Translationally Controlled Tumor Protein)가 산화적 스트레스 상태에서 E. coli 세포의 저항성에 미치는 효과 (The Effect of Translationally Controlled Tumor Protein (TCTP) of the Arctic Copepod Calanus glacialis on Protecting Escherichia coli Cells against Oxidative Stress)

  • 박유경;이창은;이형석;고혜연;김소진;이성구;김정은;임정한;홍주미;김려옥;한세종;김일찬
    • 생명과학회지
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    • 제30권11호
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    • pp.931-938
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    • 2020
  • TCTP는 다양한 진핵생물에서 풍부하게 존재하는 단백질 중에 하나이며, 암, 세포 증식, 유전자 조절 등과 관련된 세포의 생리학적 기작에서 중요한 역할을 담당하는 것으로 알려져 왔다. 더구나, TCTP는 dithiothreitol (DTT)나 hydrogen peroxide (H2O2)에 의해 유도되는 산화적 스트레스에 대한 저항성에 관여하는 중요한 단백질로 주목 받아 왔다. 한편, 극지역 서식 생물들은 강한 자외선에 의해 발생한 활성산소를 조절하기 위한 다양한 항산화 방어체계를 가지고 있다. 본 연구에서는 북극 동물플랑크톤 Calanus glacialis에서 분리된 TCTP가 산화적 스트레스 하에서 E. coli 세포의 저항성에 미치는 효과를 관찰하였다. C. glacialis에서 분리된 TCTP 유전자(ORF 522 bp) 서열을 분석하였고, 약 23 kDa의 재조합 단백질을 제작하였다. 관찰 결과, TCTP 재조합 단백질이 E. coli 세포에서 과발현 되었을 때, 세포들은 H2O2에 의해 유도된 산화적 스트레스에 대한 저항성이 증가하는 것을 확인하였다. 본 관찰을 통해, 북극 C. glacialis TCTP 단백질의 항산화 조절자로서의 역할에 대한 가능성을 처음으로 제시하였다.