Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to survey genetic variability among 34 Botrytis cinerea isolates from nine different host plants in Korea. For RAPD analysis, 115 arbitrary decamer primers were initially screened for polymorphic major DNA bands with 11 representative B. cinerea isolates. Eleven primers that initially detected polymorphisms were tested a second time with additional 23 isolates of B. cinerea as well as one isolate of Botrytis squamosa as an outgroup. The RAPD analyses revealed that all isolates except one showed different molecular phenotypes. Dendrograms obtained from dissimilarity matrices using the unweighted paired group method of arithmetic means (UPGMA) showed the 36.4% to 90.0% similarity among all B. cinerea isolates. The B. squamosa isolate showed the least similarity to all B. cinerea isolates. The cluster analyses indicated no correlation among all the characteristics examined including molecular phenotypes, host and geographic origins, year of isolation, or pathogenicity. The RAPD data suggest that a high level of genetic variation exists among Korean populations of B. cinerea and it seems to be caused by heterokaryosis among preexisting molecular phenotypes.
Over decades of work, the probiotic research has grown rapidly with a number of new cultures, which is claimed a variety of benefit. However, many of the specific effects attributed to the ingestion of probiotics remain convoluted and scientifically unsubstantiated. Accordingly, the scientific community faces a greater challenge and must objectively seek cause and effect relationships for many potential and currently investigated probiotic species. Rational selection and design of probiotics remains an important challenge and will require a solid information about the physiology and genetics of candidate strains relevant to their intestinal roles, functional activities, and interaction of with other resident micro flora. As far as beneficial culture of lactic acid bacteria (LAB) is concerned, simple, cost-effective, and exact identification of candidate strains is of foremost importance among others. Until recently, the relatedness of bacterial isolates has been determined sorely by testing for one or several phenotyphic markers, using methods such as serotyping, phage-typing, biotyping, and so forth. However, there are problems in the use of many of these phenotype-based methods. In contrast, some of newer molecular typing methods involving the analysis of DNA offer many advantages over traditional techniques. These DNA-based methods have the greater discriminatory power than that of phenotypic procedures. This review focuses on the importance and the basis of molecular typing methods along with some considerations on de-sign and selection of probiotic culture for human consumption.
Cellular senescence is defined as a state of stable cell cycle exit in response to various stimuli, which include both cytotoxic stress and physiological cues. In addition to the core non-proliferative aspect, senescence is associated with diverse functionalities, which contribute to the role of senescence in a wide range of pathological and physiological processes. Such functionality is often mediated by the capability of senescent cells to communicate with their surroundings. Emerging evidence suggests that senescence is not a single entity, but a dynamic and heterogeneous collective phenotype. Understanding the diverse nature of senescence should provide insights into the complexity of tissue homeostasis and its disruption, such as in aging and tumorigenesis.
Glycolysis is responsible for the conversion of glucose into pyruvate and for supplying reducing power and several metabolites. Fructose-1,6-bisphosphate aldolase (AtFBA1), a central enzyme in the glycolysis pathway, was isolated by functional complementation of the salt-sensitive phenotype of a calcineurin (CaN)-deficient yeast mutant. Under high salinity conditions, aldolase activity and the concentration of NADH were compromised. However, expression of AtFBA1 maintained aldolase activity and the NADH level in yeast cells. AtFBA1 shares a high degree of sequence identity with known class I type aldolases, and its expression was negatively regulated by stress conditions including NaCl. The fusion protein GFP-AtFBA1 was localized in the cytosol of Arabidopsis protoplasts. The seed germination and root elongation of AtFBA1 knock-out plants exhibited sensitivity to ABA and salt stress. These results indicate that AtFBA1 expression and aldolase activity is important for stress tolerance in yeast and plants.
Malformations of cortical development (MCD) cover a broad spectrum of developmental disorders which cause the various clinical manifestations including epilepsy, developmental delay, and intellectual disability. MCD have been clinically classified based on the disruption of developmental processes such as proliferation, migration, and organization. Molecular genetic studies of MCD have improved our understanding of these disorders at a molecular level beyond the clinical classification. These recent advances are resulted from the development of massive parallel sequencing technology, also known as next-generation sequencing (NGS), which has allowed researchers to uncover novel molecular genetic pathways associated with inherited or de novo mutations. Although an increasing number of disease-related genes or genetic variations have been identified, genotype-phenotype correlation is hampered when the biological or pathological functions of identified genetic variations are not fully understood. To elucidate the causality of genetic variations, in vivo disease models that reflect these variations are required. In the current review, we review the use of NGS technology to identify genes involved in MCD, and discuss how the functions of these identified genes can be validated through in vivo disease modeling.
Kim, Kwangmin;Castro, Ernes John T.;Shim, Hongjin;Advincula, John Vincent G.;Kim, Young-Wan
Annals of Coloproctology
/
제34권6호
/
pp.280-285
/
2018
For many years, developmental and physiological differences have been known to exist between anatomic segments of the colorectum. Because of different outcomes, prognoses, and clinical responses to chemotherapy, the distinction between right colon cancer (RCC) and left colon cancer (LCC) has gained attention. Furthermore, variations in the molecular features and gut microbiota between right and LCCs have recently been a hot research topic. CpG island methylator phenotype-high, microsatellite instability-high colorectal cancers are more likely to occur on the right side whereas tumors with chromosomal instability have been detected in approximately 75% of LCC patients and 30% of RCC patients. The mutation rates of oncogenes and tumor suppressor genes also differ between RCC and LCC patients. Biofilm is more abundant in RCC patients than LLC patients, as are Prevotella, Selenomonas, and Peptostreptococcus. Conversely, Fusobacterium, Escherichia/Shigella, and Leptotrichia are more abundant in LCC patients compared to RCC patients. Distinctive characteristics are apparent in terms of molecular features and gut microbiota between right and LCC. However, how or to what extent these differences influence diverging oncologic outcomes remains unclear. Further clinical and translational studies are needed to elucidate the causative relationship between primary tumor location and prognosis.
Se Jin Oh;Jaeyoon Lee;Yukang Kim;Kwon-Ho Song;Eunho Cho;Minsung Kim;Heejae Jung;Tae Woo Kim
IMMUNE NETWORK
/
제20권1호
/
pp.7.1-7.11
/
2020
Cancer immunotherapy, in the form of vaccination, adoptive cellular transfer, or immune checkpoint inhibitors, has emerged as a promising practice within the field of oncology. However, despite the developing field's potential to revolutionize cancer treatment, the presence of immunotherapeutic-resistant tumor cells in many patients present a challenge and limitation to these immunotherapies. These cells not only indicate immunotherapeutic resistance, but also show multi-modal resistance to conventional therapies, abnormal metabolism, stemness, and metastasis. How can immunotherapeutic-resistant tumor cells render multi-malignant phenotypes? We reasoned that the immune-refractory phenotype could be associated with multi-malignant phenotypes and that these phenotypes are linked together by a factor that acts as the master regulator. In this review, we discussed the role of the embryonic transcription factor NANOG as a crucial master regulator we named "common factor" in multi-malignant phenotypes and presented strategies to overcome multi-malignancy in immunotherapeutic-resistant cancer by restraining the NANOG-mediated multi-malignant signaling axis. Strategies that blunt the NANOG axis could improve the clinical management of therapy-refractory cancer.
Eslami, Ali;Meshgi, Behnam;Jalousian, Fatemeh;Rahmani, Shima;Salari, Mohammad Ali
Parasites, Hosts and Diseases
/
제54권1호
/
pp.55-60
/
2016
The aim of the present study is to determine the characteristics of genotype and phenotype of Echinococcus granulosus derived from wild sheep and to compare them with the strains of E. granulosus sensu stricto (sheep-dog) and E. granulosus camel strain (camel-dog) in Iran. In Khojir National Park, near Tehran, Iran, a fertile hydatid cyst was recently found in the liver of a dead wild sheep (Ovis orientalis). The number of protoscolices (n=6,000) proved enough for an experimental infection in a dog. The characteristics of large and small hooks of metacestode were statistically determined as the sensu stricto strain but not the camel strain (P=0.5). To determine E. granulosus genotype, 20 adult worms of this type were collected from the infected dog. The second internal transcribed spacer (ITS2) of the nuclear ribosomal DNA (rDNA) and cytochrome c oxidase 1 subunit (COX1) of the mitochondrial DNA were amplified from individual adult worm by PCR. Subsequently, the PCR product was sequenced by Sanger method. The lengths of ITS2 and COX1 sequences were 378 and 857 bp, respectively, for all the sequenced samples. The amplified DNA sequences from both ribosomal and mitochondrial genes were highly similar (99% and 98%, respectively) to that of the ovine strain in the GenBank database. The results of the present study indicate that the morpho-molecular features and characteristics of E. granulosus in the Iranian wild sheep are the same as those of the sheep-dog E. granulosus sensu stricto strain.
Jeong, Ji Young;Son, Younghae;Kim, Bo-Young;Eo, Seong-Kug;Rhim, Byung-Yong;Kim, Koanhoi
The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
/
제19권6호
/
pp.549-555
/
2015
We attempted to investigate molecular mechanisms underlying phenotypic change of vascular smooth muscle cells (VSMCs) by determining signaling molecules involved in chemokine production. Treatment of human aortic smooth muscle cells (HAoSMCs) with thrombin resulted not only in elevated transcription of the (C-C motif) ligand 11 (CCL11) gene but also in enhanced secretion of CCL11 protein. Co-treatment of HAoSMCs with GF109230X, an inhibitor of protein kinase C, or GW5074, an inhibitor of Raf-1 kinase, caused inhibition of ERK1/2 phosphorylation and significantly attenuated expression of CCL11 at transcriptional and protein levels induced by thrombin. Both Akt phosphorylation and CCL11 expression induced by thrombin were attenuated in the presence of pertussis toxin (PTX), an inhibitor of Gi protein-coupled receptor, or LY294002, a PI3K inhibitor. In addition, thrombin-induced production of CCL11 was significantly attenuated by pharmacological inhibition of Akt or MEK which phosphorylates ERK1/2. These results indicate that thrombin is likely to promote expression of CCL11 via PKC/Raf-1/ERK1/2 and PTX-sensitive protease-activated receptors /PI3K/Akt pathways in HAoSMCs. We propose that multiple signaling pathways are involved in change of VSMCs to a secretory phenotype.
Kobet, Robert A.;Pan, Xiaoping;Zhang, Baohong;Pak, Stephen C.;Asch, Adam S.;Lee, Myon-Hee
Biomolecules & Therapeutics
/
제22권5호
/
pp.371-383
/
2014
The nematode Caenorhabditis elegans (C. elegans) offers a unique opportunity for biological and basic medical researches due to its genetic tractability and well-defined developmental lineage. It also provides an exceptional model for genetic, molecular, and cellular analysis of human disease-related genes. Recently, C. elegans has been used as an ideal model for the identification and functional analysis of drugs (or small-molecules) in vivo. In this review, we describe conserved oncogenic signaling pathways (Wnt, Notch, and Ras) and their potential roles in the development of cancer stem cells. During C. elegans germline development, these signaling pathways regulate multiple cellular processes such as germline stem cell niche specification, germline stem cell maintenance, and germ cell fate specification. Therefore, the aberrant regulations of these signaling pathways can cause either loss of germline stem cells or overproliferation of a specific cell type, resulting in sterility. This sterility phenotype allows us to identify drugs that can modulate the oncogenic signaling pathways directly or indirectly through a high-throughput screening. Current in vivo or in vitro screening methods are largely focused on the specific core signaling components. However, this phenotype-based screening will identify drugs that possibly target upstream or downstream of core signaling pathways as well as exclude toxic effects. Although phenotype-based drug screening is ideal, the identification of drug targets is a major challenge. We here introduce a new technique, called Drug Affinity Responsive Target Stability (DARTS). This innovative method is able to identify the target of the identified drug. Importantly, signaling pathways and their regulators in C. elegans are highly conserved in most vertebrates, including humans. Therefore, C. elegans will provide a great opportunity to identify therapeutic drugs and their targets, as well as to understand mechanisms underlying the formation of cancer.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.