• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제55권1호
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• pp.67-70
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• 2012

Plant MYB transcription factors regulate secondary metabolism, cellular morphogenesis, and plant hormone signaling pathway. MYB proteins in plants consist of two repeats of 50 amino acid residues, which are referred to as R2R3 and they interact with WD40 or basic helix loop helix (bHLH) proteins. Yeast two hybrid assay was determined whether rice MYB protein interacts with either OsTTG1, which contains a WD40 domain, or with OsGL3, which contains a bHLH domain. Among 30 OsMYB proteins, three interacted with OsTTG1 and five interacted with OsGL3. A series of MYB mutants were created to determine the MYB domain important for the interaction with OsTTG1 or OsGL3. By using the yeast two hybrid assay, we found that the R3 motif of OsMYB10 and the R2 motif of OsMYB16 were required for interaction with OsTTG1 and OsGL3 proteins, respectively.

• Journal of Veterinary Science
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• 제24권1호
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• pp.2.1-2.14
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• 2023

Background: Hypothermia is a crucial environmental factor that elevates the risk of cardiovascular disease, but the underlying effect is unclear. Objectives: This study examined the role of cold stress (CS) in cardiac injury and its underlying mechanisms. Methods: In this study, a chronic CS-induced myocardial injury model was used; mice were subjected to chronic CS (4℃) for three hours per day for three weeks. Results: CS could result in myocardial injury by inducing the levels of heat shock proteins 70 (HSP70), enhancing the generation of creatine phosphokinase-isoenzyme (CKMB) and malondialdehyde (MDA), increasing the contents of tumor necrosis factor-α (TNF-α), high mobility group box 1 (HMGB1) interleukin1b (IL-1β), IL-18, IL-6, and triggering the depletion of superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), and glutathione (GSH). Multiple signaling pathways were activated by cold exposure, including pyroptosis-associated NOD-like receptor 3 (NLRP3)-regulated caspase-1-dependent/Gasdermin D (GSDMD), inflammation-related toll-like receptor 4 (TLR4)/myeloid differentiation factor 88 (MyD88)-mediated nuclear factor kappa B (NF-κB), and mitogen-activated protein kinase (MAPK), as well as oxidative stressinvolved thioredoxin-1/thioredoxin-interacting protein (Txnip) signaling pathways, which play a pivotal role in myocardial injury resulting from hypothermia. Conclusions: These findings provide new insights into the increased risk of cardiovascular disease at extremely low temperatures.

• Genomics & Informatics
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• 제21권3호
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• pp.30.1-30.13
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• 2023

Ephs belong to the largest family of receptor tyrosine kinase and are highly conserved both sequentially and structurally. The structural organization of Eph is similar to other receptor tyrosine kinases; constituting the extracellular ligand binding domain, a fibronectin domain followed by intracellular juxtamembrane kinase, and SAM domain. Eph binds to respective ephrin ligand, through the ligand binding domain and forms a tetrameric complex to activate the kinase domain. Eph-ephrin regulates many downstream pathways that lead to physiological events such as cell migration, proliferation, and growth. Therefore, considering the importance of Eph-ephrin class of protein in tumorigenesis, 7,620 clinically reported missense mutations belonging to the class of variables of unknown significance were retrieved from cBioPortal and evaluated for pathogenicity. Thirty-two mutations predicted to be pathogenic using SIFT, Polyphen-2, PROVEAN, SNPs&GO, PMut, iSTABLE, and PremPS in-silico tools were found located either in critical functional regions or encompassing interactions at the binding interface of Eph-ephrin. However, seven were reported in nonsmall cell lung cancer (NSCLC). Considering the relevance of receptor tyrosine kinases and Eph in NSCLC, these seven mutations were assessed for change in the folding pattern using molecular dynamic simulation. Structural alterations, stability, flexibility, compactness, and solvent-exposed area was observed in EphA3 Trp790Cys, EphA7 Leu749Phe, EphB1 Gly685Cys, EphB4 Val748Ala, and Ephrin A2 Trp112Cys. Hence, it can be concluded that the evaluated mutations have potential to alter the folding pattern and thus can be further validated by in-vitro, structural and in-vivo studies for clinical management.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제12권3호
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• pp.289-296
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• 2008

BPES($\underline{B}$lepharophimosis/$\underline{P}$tosis/$\underline{E}$picanthus inversus $\underline{S}$yndrome)는 FOXL2 유전자의 돌연변이에 의해 유발되는 상염색체 우성질환이다. 눈꺼풀이 갈라지거나 쳐지고 넓은 미간이 나타나는 특징이 있으며, 여성의 조기 난소 부전증(premature ovarian failure, POF)을 일으켜 불임을 유발한다. FOXL2는 forkhead family에 속하는 전사인자로서 FOXL2가 결여된 난소에서는 granulosa cell의 분화가 진행되지 않아 난포 성숙과정의 멈춤과 난자의 폐쇄증을 유발한다. FOXL2를 bait로 하여 rat의 난소 cDNA 라이브러리의 yeast two-hybrid screening을 시행하여 FOXL2 단백질과 상호작용을 하는 small ubiquitin-related modifier(SUMO)-conjugating E2 효소인 UBE2I 단백질을 찾았다. UBC9이라고도 알려진 UBE2I 단백질은 SUMO 변형 과정을 위한 필수적인 단백질이다. Sumoylation은 수 많은 전사인자의 전사능력의 조절을 포함하여 다양한 신호전달체계에 관여하는 번역 후 변형 과정이다. 본 연구에서 인간세포인 293T 내에서 면역침전반응 실험을 통해 FOXL2와 UBE2I의 단백질-단백질간의 상호작용을 확인하고, FOXL2의 돌연변이형을 제작하여 yeast two-hybrid system을 이용해 UBE2I와 결합에 필요한 FOXL2의 부분을 규명하였다. 따라서, FOX2에 상호작용하는 UBE2I의 규명은 sumoylation에 의한 FOXL2의 새로운 조절 메커니즘을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제28권4호
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• pp.408-414
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• 2018

Actein은 널리 알려진 승마 추출물의 주요 생리 활성 효능 성분이다. 본 연구에서는 acetylcholine 수용체의 활성을 억제하는 것으로 활용된 AchBP 단백질 길항제(antagonist) tubocurarine과 승마 추출물의 효능 성분 actein 및 actein 유도체(27-deoxyactin, (26S)-actein, (26R)-actein)들의 AchBP 단백질 B와 C domain 활성 부위에 대한 친화도 분석 실험을 컴퓨터 분자결합 분석 방법을 통해 비교하였다. AchBP 단백질 B와 C domain의 3차원 구조정보는 PDB database (PDB ID: 2XYT)를 활용하였다. In silico 결합 분석을 수행하기 위해 PyRx, Autodock Vina, Discovery Studio Version 4.5, and NX-QuickPharm 프로그램을 각 분석 조건에 따라 활용하였다. AchBP 단백질 B와 C domain 활성 부위에 대한 actein의 최대 결합친화도는 -10.50 kcal/mol으로 나왔으며 이는 -9.80 kcal/mol으로 분석된 tubocurarine의 결합 친화도 보다 훨씬 더 높고 효율적인 것으로 분석되었다. Tubocurarine에 비하여 결합친화도 값이 높게 분석된actein, 27-deoxyactein, (26R)-actein 유도체 성분들과 상호작용 하는 AchBP 단백질 활성 부위의 아미노산들 가운데 tryptophan 84와 tyrosine 147이 높은 결합친화도를 형성하는데 매우 중요한 역할을 하는 아미노산으로 예상이 되었다. Tubocurarine의 AchBP 단백질 활성 부위에 대한 X,Y,Z Grid 값은 X=38.300689, Y=112.053467, Z=51.991022으로 나왔으나 actein과 actein 유도체들은 대부분 X=26.4, Y=127.3, Z=43.7 값 주변에 centroid grid를 형성하였다. 즉, tubocurarine이 결합하는 부위와는 다른 부위에 결합하여 AchBP의 활성에 영향을 주는 것으로 사료되었다. 이상의 연구 결과들을 분석해 볼 때, 아세틸콜린 수용체 길항제 tubocurarine보다 승마 추출물 생리 활성 물질인 actein과 그 유도체들이 보다 더 효율적인 아세틸콜린 수용체 길항제로 작용할 수 있음을 확인하였다. 결론적으로 승마 추출물 또는 actein 성분은 피부 주름 개선 효능을 지닌 보톡스를 대체하거나 또는 주름 개선용 화장품 신물질 연구 개발 분야에 효율적으로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제27권6호
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• pp.673-679
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• 2017

미세소관을 따라 이동하는 모터단백질들은 세포내 물질수송에 필수적인 역할을 한다. Kinesin 1은 세포내에서 미세소관을 따라 움직이는 모터단백질로서 다양한 소포, mRNA, 그리고 단백질의 세포내 수송에 관여한다. Kinesin 1은 2개의 장쇄단위체(KHCs, 또는 KIF5s)와 2개의 경쇄단위체(KLCs)로 구성되어 있다. KIF5s는 N-말단에 모터도메인을 가지고 있고 C-말단의 운반체 결합도메인을 통해 다양한 운반체와 결합한다. 본 연구에서 KIF5B와 결합하는 단백질을 분리하기 위하여 효모 two-hybrid 탐색을 수행한 결과 미세소관의 plus end 결합단백질인 cytoplasmic linker protein 170 (CLIP-170)을 분리하였다. CLIP-170의 coiled-coil 도메인은 KIF5B의 운반체 결합도메인과 결합하였다. 또한 CLIP-170은 KIF5A와 KIF5C와도 결합하였다. 그리고 glutathione S-transferase (GST) pull-down을 통해 KIF5s와 CLIP-170이 단백질수준에서 결합함을 확인하였다. 생쥐 뇌파쇄액을 KIF5B 항체로 면역침강한 결과 CLIP-170이 같이 침강함을 확인하였다. 이러한 결과들은 kinesin 1이 세포내에서 CLIP-170을 운반함을 시사한다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제53권3호
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• pp.249-256
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• 2021

천식은 만성 염증성 기도 폐쇄 질환이다. 질병 발생 요인은 다양하며 특히, 유전적 요인과 환경적 요인이 천식 발병에 영향을 미치는 것으로 추정된다. MAPK (mitogen-activated protein kinase)경로는 Th1/Th2의 균형을 조절하며, 천식 발생에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 MAPK 경로를 조절하는 NDFIP2 유전자와 천식 발병과의 상관관계를 분석하였다. 193건의 천식 환자와 3,228건의 정상 대조군의 유전형 데이터를 사용하였다. 그 결과 NDFIP2 안에 있는 4개의 SNP이 천식과 유의한 상관관계와 높은 상대적 위험도를 보였다. 특히 NDFIP2의 rs2783122는 천식과 통계적으로 가장 유의한 연관성을 나타냈다(P-value=9.76×10^-6, OR=1.67, 95% CI=1.33~2.10). NDFIP2 유전자에 대한 SNP imputation 결과 16개의 SNP가 추가 발견되었으며, 모두 유의한 상관 관계와 높은 상대적 위험도를 나타냈다. 유전자형 기반 mRNA 발현 분석을 통해 rs1408049가 minor allele을 가질 경우 유전자 발현이 증가됨을 알 수 있었다. 증가된 NDFIP2 발현은 MAPK 경로를 활성화시켜 천식 발병에 영향을 미칠 수 있다. 결론적으로 NDFIP2의 다형성은 천식 발병과 관련이 있으며, 이는 한국 인구의 천식 관리에 대한 새로운 지침을 제공할 수 있다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제21권6호
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• pp.707-711
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• 1998

The (Na,K)ATPase is responsible for generating the ionic gradients and membrane potentials by the exchange of intracellular $Na^+$ for $K^+$. It has been recentl y shown that (Na,K)ATPase is involved in the exocytic pathway of basic fibroblast growth factor (bFGF), although it is not known that bFGF is secreted to the outside of cell through direct interaction with (Na,K) ATPase. To understand the role for (Na,K)ATPase in the secretary pathway of bFGF, we have sought to identify the cytoplasmic domains of the alpha1 isoform of (Na,K)ATPase interacting with bFGF by yeast two-hybrid system. We have also investigated the interaction between the alpha2 isoform of (Na,K)ATPase and bFGF to find out whether the interaction is isoform-specific. We found that none of the cytoplasmic domains of (Na,K)ATPase isoforms interacted with bFGF. The result suggests that the interaction between bFGF and (Na,K)ATPase might be indirect, thus requiring other proteins which are involved in the formation of protein complexes for the interaction, although we cannot exclude the possibility that the interaction requires the element of the whole alpha subunit structure that was not present in the isolated alpha subunit cytoplasmic domains.

• Molecules and Cells
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• 제24권3호
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• pp.372-377
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• 2007

The orphan nuclear receptor, SF-1, plays a pivotal role in the development and differentiation of the endocrine and reproductive systems, and also regulates the transcription of a host of genes, including those encoding several steroidogenic enzymes and gonadotropins. We found that a previously unidentified repressor, EID-1, is an SF-1-interacting protein that inhibits the transactivation of SF-1. A transient transfection assay revealed that EID-1 inhibits SF-1, but not LRH-1, $ERR{\gamma}$, or mCAR. Using the yeast two hybrid and GST pull-down assays, we determined that EID-1 interacted strongly with SF-1. In addition, it colocalized with SF-1 in mammalian cells and interacted specifically with the AF-2 domain of SF-1, competing with SRC-1 to inhibit SF-1 transactivation. EID-1 is expressed in the mouse testis, and its expression decreases during testis development. The results of the present study suggest that EID-1 can act as a repressor, regulating the function of SF-1.

• BMB Reports
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• 제42권11호
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• pp.764-768
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• 2009

The tandem ubiquitin-interacting motif (UIM) domain located at the N-terminus of Receptor Associated Protein 80 (RAP80) plays a crucial role in ionizing radiation (IR)-induced DNA damage response. RAP80 translocates to sites of IR-induced DNA damage through interaction of its UIM domain with ubiquitinated H2A and Lys63-linked polyubiquitin chains. The exact mechanism, however, through which RAP80 associates with Lys63-linked polyubiquitin chains is not clear. Here, we show by in vitro GST-pull down assays that modifying the linker region between the tandem ubiquitin binding domains of RAP80 changes the binding affinity for Lys63-linked polyubiquitin chains and affects translocation to sites of DNA breaks. Based on these findings, we suggest that the length of the linker region between the tandem ubiquitin binding domains of RAP80 may be a key factor in the binding of RAP80 with Lys63-linked polyubiquitin chains as well as in the translocation of RAP80 to DNA break sites.