• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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• pp.267-271
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• 2005

The goal of data mining is to extract new and useful knowledge from large scale datasets. As the amount of available data grows explosively, it became vitally important to develop faster data mining algorithms for various types of data. Recently, an interest in developing data mining algorithms that operate on graphs has been increased. Especially, mining frequent patterns from structured data such as graphs has been concerned by many research groups. A graph is a highly adaptable representation scheme that used in many domains including chemistry, bioinformatics and physics. For example, the chemical structure of a given substance can be modelled by an undirected labelled graph in which each node corresponds to an atom and each edge corresponds to a chemical bond between atoms. Internet can also be modelled as a directed graph in which each node corresponds to an web site and each edge corresponds to a hypertext link between web sites. Notably in bioinformatics area, various kinds of newly discovered data such as gene regulation networks or protein interaction networks could be modelled as graphs. There have been a number of attempts to find useful knowledge from these graph structured data. One of the most powerful analysis tool for graph structured data is frequent subgraph analysis. Recurring patterns in graph data can provide incomparable insights into that graph data. However, to find recurring subgraphs is extremely expensive in computational side. At the core of the problem, there are two computationally challenging problems. 1) Subgraph isomorphism and 2) Enumeration of subgraphs. Problems related to the former are subgraph isomorphism problem (Is graph A contains graph B?) and graph isomorphism problem(Are two graphs A and B the same or not?). Even these simplified versions of the subgraph mining problem are known to be NP-complete or Polymorphism-complete and no polynomial time algorithm has been existed so far. The later is also a difficult problem. We should generate all of 2$^n$ subgraphs if there is no constraint where n is the number of vertices of the input graph. In order to find frequent subgraphs from larger graph database, it is essential to give appropriate constraint to the subgraphs to find. Most of the current approaches are focus on the frequencies of a subgraph: the higher the frequency of a graph is, the more attentions should be given to that graph. Recently, several algorithms which use level by level approaches to find frequent subgraphs have been developed. Some of the recently emerging applications suggest that other constraints such as connectivity also could be useful in mining subgraphs : more strongly connected parts of a graph are more informative. If we restrict the set of subgraphs to mine to more strongly connected parts, its computational complexity could be decreased significantly. In this paper, we present an efficient algorithm to mine frequent subgraphs that are more strongly connected. Experimental study shows that the algorithm is scaling to larger graphs which have more than ten thousand vertices.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권5호
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• pp.419-427
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• 2018

This study aimed to develop a new multiplex real-time PCR detection method for 3 species of waterborne protozoan parasites (Cryptosporidium parvum, Giardia lamblia, and Cyclospora cayetanensis) identified as major causes of traveler's diarrhea. Three target genes were specifically and simultaneously detected by the TaqMan probe method for multiple parasitic infection cases, including Cryptosporidium oocyst wall protein for C. parvum, glutamate dehydrogenase for G. lamblia, and internal transcribed spacer 1 for C. cayetanensis. Gene product 21 for bacteriophage T4 was used as an internal control DNA target for monitoring human stool DNA amplification. TaqMan probes were prepared using 4 fluorescent dyes, $FAM^{TM}$, $HEX^{TM}$, $Cy5^{TM}$, and CAL Fluor $Red^{(R)}$ 610 on C. parvum, G. lamblia, C. cayetanensis, and bacteriophage T4, respectively. We developed a novel primer-probe set for each parasite, a primer-probe cocktail (a mixture of primers and probes for the parasites and the internal control) for multiplex real-time PCR analysis, and a protocol for this detection method. Multiplex real-time PCR with the primer-probe cocktail successfully and specifically detected the target genes of C. parvum, G. lamblia, and C. cayetanensis in the mixed spiked human stool sample. The limit of detection for our assay was $2{\times}10$ copies for C. parvum and for C. cayetanensis, while it was $2{\times}10^3$ copies for G. lamblia. We propose that the multiplex real-time PCR detection method developed here is a useful method for simultaneously diagnosing the most common causative protozoa in traveler's diarrhea.

• 한국작물학회지
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• 제38권6호
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• pp.489-494
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• 1993

6개 자식계통 옥수수에 의한 이면교배 조합들 (역교배 포함 30조합)에 대하여 찰옥수수의 식미를 좌우하는 과피두께에 관한 유전분석을 한 결과 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 자식계통 가운데서 옥수수 과피의 두께가 가장 얇았던 것은 제원계통이었다. 2. 교잡종 중에서 과피의 두께가 가장 얇았던 것은 제원을 화분친으로 하여 교배된 교잡종들이었다. 3. 자식계통 가운데 칠보와 당진 계통도 과피가 얇은 편이었는데 이들이 교배된 조합들 역시 과피두께가 않았다. 4. 과피두께가 가장 두터웠던 자식계통은 단양계통이었는데, 이를 양친으로 이용된 교배조합들이 비교적 과피두께가 두터웠다. 5. 옥수수립의 과피두께는 옥수수립의 부위에 따라 차이가 있어 옥수수의 배 부위의 과피가 않았고, 옥수수립의 측면에서는 큰 차이를 찾아 볼수 없었으나 다른 부위보다는 비교적 두꺼웠다. 6. 옥수수립의 상, 하 부위에 따른 과피 두께도 교잡종에 따라 차이가 있었으나 입의 하위부분보다 상위부위의 두께가 좀 더 않았다. 7. 옥수수입의 두께에 미치는 유전적 효과를 보면 일반조합능력의 효과에 의한 영향이 보다 켰고, 특정조합능력의 효과는 분산의 크기에 있어서 일반조합능력의 효과보다 적 었다. 8. 양친 계통의 일반조합능력 효과에 있어서도 제원계통의 효과와 단양계통에 의한 효과가 대조적으로 큰 차이가 있어서 계통효과(line of fects)가 켰음을 확인하였다. 9. 과피두께에 관여하는 유전인자의 효과는 비교적 단순하면서도 과피두께를 얇게 하는 유전인자 효과는 과피를 두껍게 하는 유전인자의 효과보다 우성적으로 작용하는 것으로 추정되었다.

• 만화애니메이션 연구
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• 통권40호
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• pp.423-442
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• 2015

스마트폰과 태블릿 PC까지 끊임없이 변화하고 있는 디지털 콘텐츠 환경 속에서 소셜 네트워크 서비스는 우리 생활 속에 깊이 자리 잡고 있다. 소셜 네트워크 서비스 어플리케이션은 다른 어플리케이션에 비해 다른 사람과의 공유 및 커뮤니케이션을 통한 네트워크를 구축한다는 점에서 개인적인 영역보다는 다른 사람과 함께 공유하는 영역이 많다. 이러한 소셜 네트워크 서비스의 다양성과 경쟁의 흐름은 사용자 경험을 파악하여 트렌드를 예상할 수 있으며, 사용자 만족도를 파악하여 더 나은 서비스의 발전을 기대할 수 있다. 본 연구는 SNS의 확대, 다양성 등의 변화가 있는 시점에서 앱스토어에 상위 링크된 페이스북과 인스타그램 두 어플리케이션을 분석하여 향후 효율적인 어플리케이션 개발 방향을 제시하고자 한다. 따라서 소셜 네트워크의 정보구조 설계자인 진스미스(GENE SMITH)가 제시한 소셜 소프트웨어의 7가지 요소를 기반으로 이론적 기초로 설정했으며, 이를 바탕으로 페이스북과 인스타그램의 기능적 요소를 분석하고 설문을 통한 장단점을 도출하여 연구를 진행했다. 인스타그램과 페이스북 동시 사용자를 대상으로 실증적 분석을 진행한 결과 커뮤니케이션, 신원, 그룹에 대한 만족도는 평등하게 나타났다. 또한 인스타그램은, 존재, 평판에 대해, 페이스북은 공유, 관계에 대해 각각 높은 만족도가 나타났다. 페이스북은 공유의 기능에서 사용 만족도가 가장 높았으나, 보기 싫은 광고 컨텐츠의 공유라는 기능에서 불편함이 나타났다. 이는 광고를 게재하지 않는 인스타그램과 비교 했을 때 향후 페이스북이 사용자 유지를 위해 보완해야 할 점이다. 또한, 인스타그램은 해시태그의 편리성으로 존재의 기능에서 사용도가 페이스북보다 월등히 높은데 비해 전체적인 만족도는 페이스북이 높다. 인스타그램의 만족도를 높이기 위해 페이스북의 가장 큰 장점인 소통, 공유의 기능적인 측면을 고려해 볼 필요가 있다.

• 생물환경조절학회지
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• 제14권1호
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• pp.29-37
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• 2005

본 연구는 온실에서의 제습장치 이용에 관한 기초자료를 제공할 목적으로 지하수를 냉매로 하는 열교환기 방식의 제습장치를 제작하여 제습성능을 시험하고, 포그냉방시스템을 설치한 온실에 적용하여 제습이 증발냉각효율의 향상에 미치는 영향을 분석하였으며, 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 제습기 성능실험 결과 지하수를 냉매로 이용할 경우 포그냉방시스템을 적용한 온실의 제습은 충분히 가능한 것으로 확인되었다. 냉방 온실의 기온을 $32^{\circ}C$로 설정할 때 냉매인 지하수의 온도가 $15^{\circ}C$에서 18, 21, $24^{\circ}C$로 높아지면 제습량은 각각 $17.7\%,\;35.4\%,\;52.8\%$ 감소하는 것으로 나타났다. 또한 지하수 유량을 $75\%,\;50\%$로 줄이면 제습량은 각각 $12.1\%,\; 30.5\%$ 감소하는 것으로 나타났다. 이러한 결과로 미루어 볼 때 지하수를 이용한 제습기의 설계에 있어서 이용 가능한 유량과 온도가 중요한 인자임을 알 수 있다. 포그냉방 온실에 제습기를 설치함으로서 뚜렷한 냉방효율 개선을 확인할 수 있었다. 환기율 0.7 회${\cdot}min^{-1}$정도의 자연환기 상태에서 포.1냉방 온실의 환기에 의한 제습율은 53.9%~74.4%였으며, 제습기를 가동할 경우 75.4~95.9까지 높아졌다. 제습기 설계유량과 $18^{\circ}C$의 지하수를 사용할 경우 0.36회 ${\cdot}min^{-1}$ 정도의 환기율에서도 포그시스템 작동으로 인하여 발생하는 분무량을 완전히 제거할 수 있는 것으로 분석되었다. 따라서 제습기를 이용하여 자연환기 온실에서의 포그 냉방 효율을 충분히 높힐 수 있을 것으로 판단되었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제16권4호
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• pp.221-229
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• 2016

Purpose: Dysregulated microRNAs (miRNAs) can contribute to cancer development by leading to abnormal proliferation of cells, apoptosis, and differentiation. Although several miRNAs that are related to gastric cancer have been identified, the reported results have been inconsistent. The aim of this study was to determine miRNA expression profiles and validate miRNAs up- and down-regulated in gastric cancer. Materials and Methods: We evaluated 34 primary gastric cancer tissues and paired adjacent nontumorous gastric tissues. Total RNA was extracted, and low-molecular-weight RNAs (<200 nucleotides) were isolated for further analysis. Two pairs of tissues were processed for GeneChip microarray analysis, and the identified up- and down-regulated miRNAs were validated by real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Results: In the set of differentially expressed miRNAs, 5 were overexpressed by more than 2 fold, and 5 were reduced by 2 fold or less in gastric cancer tissues compared with normal gastric tissues. Four of these miRNAs (miR-196b-5p, miR-375, miR-483-5p, and miR-486-5p) were then validated by qPCR, and the relative expression levels of 2 miRNAs (miR-196b-5p and miR-375) were significantly different between cancer and normal tissues. Conclusions: Our results revealed that the expression of miR-196b-5p and miR-375 significantly correlates with gastric cancer. These miRNAs could therefore serve as diagnostic biomarkers of gastric cancer.

• 식물병연구
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• 제19권3호
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• pp.188-195
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• 2013

본 연구는 국내 수집 및 아시아채소개발센터 보유 품종인 오이 22종을 이용하여 노균병에 대한 품종별 저항성 정도를 구명하고 우수 품종을 선발하고자 대만 타이난소재 아시아 채소연구 개발 센터에서 수행하였다. 수집 품종에 대한 노균병 병원균 접종은 모든 수집 품종의 생장 단계 중 유엽이 5-6엽 전개되는 유묘 초기에 병원균을 접종하여 검정하였다. 이때 노균병 발병에 최적 발병조건 유지를 위해 온도 조절이 가능한 항온기 내에서 처리 후 일정기간 유지하였다. 노균병균의 접종농도는 $1{\times}10^5$ spores/ml의 포자 현탁액을 오이 잎에 1회 분무 접종 후 잎에 발생한 병반수를 6, 9, 12, 15일 총 4회에 걸쳐 조사하였다. 그 결과 $15^{\circ}C$와 $25^{\circ}C$ 챔버에서는 병반 형성이 매우 낮았으나 $20^{\circ}C$ 처리에서는 처리 품종당 평균 병반수 20-30개(5엽 기준)를 나타내어 병반 형성이 비교적 높았다. 처리 품종별 병반수는 'C-19' 품종에서 0.90(10-20% 미만)로 다른 품종에 비하여 비교적 병반수가 낮아 노균병에 대한 가장 높은 저항성을 나타내었다. 기타 품종에서는 병반수가 다량 형성되어 노균병에 대한 저항성이 낮았으며 처리 후 경과일수가 길어질수록 더욱 증가되어 유의적인 차이는 나타나지 않았다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제34권4호
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• pp.363-373
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• 2007

효율적이며 반복성 있는 고추의 소포자배양 시스템을 확립하기 위해 꽃봉오리로부터 소포자의 수확 시 나출 방법이 소포자 활력에 미치는 영향을 조사하는 동시에 모 식물 생육 시의 광도, 치상배지의 조성, 및 배양 광 조건이 배의 발생 및 발달에 미치는 영향을 조사하였다. 광도가 10,000 lux 와 5,500 lux로 각기 다른 곳에서 모식물이 생육된 경우 활력 있는 소포자의 비율은 큰 차이가 없었으며, 소포자 배의 발생이나 발달은 저광도인 5,500 lux에서 생육된 경우에 다소 높아 모 식물 생육 시의 광도가 소포자배의 발생에 미치는 영향이 크지 않은 것으로 나타났다. 그러나 5,500 lux에서 생육된 식물에서는 꽃봉오리의 수가 적어 배양에 필요한 소포자를 준비하기가 매우 어려웠다. 활력 있는 소포자의 비율은 체나 막자사발을 이용한 maceration 방법에 비해 blender를 이용하는 경우 13배 이상 높았다. 배의 발생 및 발달에 가장 좋았던 배지는 사용한 배지 중 MN배지였으며, 배양 광 조건은 암 상태에서 배양한 4주 후에 다시 광 상태로 옮겨 1주 배양하는 것이었다. 이상에서와 같은 결과들은 고추에서 형질전환이나 돌연변이 연구에 이용될 수 있을 정도로 많은 배를 생산할 수 있는 소포자 배양 시스템을 확립하는데 중요한 기초 자료가 될 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권3호
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• pp.272-280
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• 2016

국화는 관상용, 약용으로 활용되는 주요한 화훼 작물중의 하나이다. 국화의 육종 프로그램은 다양한 품종의 개발에 기여하였으나, 다른 주요한 식량, 채소작물에서 보여졌듯이 전통적인 표현형 기반의 품종선발에서 분자표지를 활용한 선발로 진일보할 필요가 있다. 이러한 분자육종은 유전학, 분자생물학, 최근에는 유전체 연구로 규명된 형질연관 분자표지에 의존한다. 그러나 자가불화합성, 자식약세, 이질육배체, 이형접합성, 거대한 유전체와 같은 국화의 생식적, 유전적, 유전체의 특성으로 인하여 이러한 연구는 심각하게 지연되고 있다. 그럼에도 불구하고 유전연구를 통하여 국화의 유전자지도가 구축되었고 꽃, 잎, 식물구조와 같은 국화의 주요한 형질과 연관된 분자표지가 규명되었다. 염기서열 분석기술이 발달됨에 따라 국화의 전사체가 해독되어 국화의 표준유전자 목록이 구축되고 발달단계에 따라 혹은 생물적 비생물적 환경에서 특이적으로 발현되는 유전자도 규명되었다. 또한 2배체인 야생의 국화속 식물의 유전체 해독 프로젝트가 시작되었다. 이러한 대량의 염기서열 정보는 국화의 분자육종을 위한 근원적인 자원으로 활용될 수 있을 것이다. 이 총설에서는 국화의 분자유전학, 유전체 연구의 현황을 요약하고 향후 전망을 논의한다.

• 대한두경부종양학회지
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• 제33권1호
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• pp.21-29
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• 2017

Methylation of CpG islands in the promoter region of genes acts as a significant mechanism of epigenetic gene silencing in head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). DNA methylation markers are particularly advantageous because DNA methylation is an early event in tumorigenesis, and the epigenetic modification, 5-methylcytosine, is a stable mark. In the present study, we assessed the genome-wide preliminary screening and were to identify novel methylation biomarker candidate in HNSCC. Genome-wide methylation analysis was performed on 10 HNSCC tumors using the Methylated DNA Isolation Assay (MeDIA) CpG island microarray. Validation was done using immunohistochemistry using tissue microarray of 135 independent HNSCC tumors. In addition, in vitro proliferation, migration/invasion assays, RT-PCR and immunoblotting were performed to elucidate molecular regulating mechanisms. Our preliminary validation using CpG microarray data set, immunohisto-chemistry for HNSCC tumor tissues and in vitro functional assays revealed that methylation of the Homeobox B5 (HOXB5) and H6 Family Homeobox 2 (HMX2) could be possible novel methylation biomarkers in HNSCC.