At an early stage of genomic investigations, a small sample of microarrays is used in gene expression experiments to identify small subsets of candidate genes for a further accurate investigation. Unlike the statistical analysis methods for a large sample of microarrays, an appropriate statistical method for identifying small subsets is a randomization test that provides exact P values. These exact P values from a randomization test for a small sample of microarrays are discrete. The possible existence of differentially expressed genes in the sample of a full set of genes can be tested for the null hypothesis of a uniform distribution. Subsets of smaller P values are of prime interest for a further accurate investigation and identifying these outlier cells from a multinomial distribution of P values is possible by M test of Fuchs et al. (1980). Above all, the genome-wide gene expressions in microarrays are correlated, but the majority of statistical analysis methods in the microarray analysis are based on an independence assumption of genes and ignore the possibly correlated expression levels. We investigated with simulation studies the effect that correlated gene expression levels could have on the randomization test results and M test results, and found that the effects are often not ignorable.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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v.14
no.8
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pp.3748-3759
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2013
The purpose of this study was to examine the classification accuracies of ML, MAP, and EAP methods under DINA model. For this purpose, this study examined the classification accuracies of the classification methods under the various conditions: the number of attributes, the ability distribution of examinees, and test length. To accomplish this purpose, this study used a simulation method. For the simulation study, data was simulated under the various simulation conditions including the number of attributes (K= 5, 7), the ability distribution of examinees (high, middle, low), and test length (J= 15, 30, 45). Additionally, the percent of agreements between true skill patterns(true ${\alpha}$) and skill patterns estimated by the ML, MAP, and EAP methods were calculated. The summary of the main results of this study is as follows: First, When the number of attributes was 5 and 7, the EAP method showed relatively higher average in the percent of exact agreement than the ML and MAP methods. Second, under the same conditions, as the number of attributes increased, the average percent of exact agreement decreased in ML, MAP, and EAP methods. Third, when the prior distribution of examinees ability was different from low to high under the conditions of the same test length, the EAP method showed relatively higher average in the percent of exact agreement than those of the ML and MAP methods. Fourth, the average percent of exact agreement increased in all methods, ML, MAP, and EAP when the test length increased from 15 to 30 and 45 under the conditions of the same the ability distribution of examinees.
The exact transmission coefficients at the interface between a uniaxial anisotropic medium and an isotropic medium at? oblique incidence are derived by applying the extended Jones matrix method. When the birefringence of the uniaxial anisotropic medium is small ($|n_e-n_o|\;{\ll}\;n_o,\;n_e$), the exact transmission coefficients are compared with those by the conventional extended Jones matrix method by Yeh et al. They showed an excellent agreement with each other. In addition, using the exact transmission coefficients, we calculated the polarization characteristics of a light through a uniaxial medium to an incident light with arbitrary polarization state at? oblique incidence. We compared the transmittances of an unpolarized light through a pair of crossed o-type polarizers by two different methods and calculated the transmittance as the variation of the optical constants of the polarizers to evaluate of the extinction ratio. The polarization analysis method using the exact transmission coefficients can be applied to polarization characteristics of a light through a uniaxial medium with large birefringence as well as to liquid crystals and to optical anisotropic material.
This paper presents the theoretical developments of an exact finite strip for the buckling and initial post-buckling analyses of isotropic flat plates. The so-called exact finite strip is assumed to be simply supported out-of-plane at the loaded ends. The strip is developed based on the concept that it is effectively a plate. The present method, which is designated by the name Full-analytical Finite Strip Method in this paper, provides an efficient and extremely accurate buckling solution. In the development process, the Von-Karman's equilibrium equation is solved exactly to obtain the buckling loads and the corresponding form of out-of-plane buckling deflection modes. The investigation of thin flat plate buckling behavior is then extended to an initial post-buckling study with the assumption that the deflected form immediately after the buckling is the same as that obtained for the buckling. It is noted that in the present method, only one of the calculated out-of-plane buckling deflection modes, corresponding to the lowest buckling load, i.e., the first mode is used for the initial post-buckling study. Thus, the postbuckling study is effectively a single-term analysis, which is attempted by utilizing the so-called semi-energy method. In this method, the Von-Karman's compatibility equation governing the behavior of isotropic flat plates is used together with a consideration of the total strain energy of the plate. Through the solution of the compatibility equation, the in-plane displacement functions which are themselves related to the Airy stress function are developed in terms of the unknown coefficient in the assumed out-of-plane deflection function. These in-plane and out-of-plane deflected functions are then substituted in the total strain energy expressions and the theorem of minimum total potential energy is applied to solve for the unknown coefficient. The developed method is subsequently applied to analyze the initial postbuckling behavior of some representative thin flat plates for which the results are also obtained through the application of a semi-analytical finite strip method. Through the comparison of the results and the appropriate discussion, the knowledge of the level of capability of the developed method is significantly promoted.
Journal of the Computational Structural Engineering Institute of Korea
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v.31
no.4
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pp.183-190
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2018
This paper presents optimization of the main spar of Human-Powered Aircraft (HPA) wing. Mass minimization was attempted, while considering large torsional deformation of the beam. Sequential Quadratic Programming (SQP) method was adopted as a relevant tool to conduct structural optimization algorithm. An inner diameter and ply thicknesses of the main spar were selected as the design variables. The objective function includes factors such as mass minimization, constant tip bending displacement, and constant tip twist of the beam. For estimation of bending and torsional deformation, the geometrically exact beam model, which is appropriate for large deflection, was adopted. Properties of the cross sectional area which the geometrically exact beam model requires were obtained by Variational Asymptotic Beam Sectional Analysis (VABS), which is a cross sectional analysis program. As a result, maintaining tip bending displacement and tip twist within 1.45%, optimal design that accomplished 7.88% of the mass reduction was acquired. By the stress and strain recovery, structural integrity of the optimal design and validity of the present optimization procedure were authenticated.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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v.20
no.6
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pp.410-420
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2019
The purpose of this study is to investigate the effect of abdominal massage, on abdominal bloating and the recovery of bowel movement after sleep colonoscopy. The study design is the time difference before and after the non-equality control. The subjects were 22 patients each in experimental group and control group who recieved sleep colonoscopy at the G hospital in C city, The data collection period was from June 1, 2018 to August 25, 2018, and the control group's data were first collected with time difference from the collection of experimental group's data to prevent the spread of the experiment. Data were analyzed using IBM SPSS 24.0 and tested by independent sample t-test, $x^2-test$ and Fisher's exact probability test to verify the homogeneity of general characteristics of the subjects. Shapiro-Wilk was used to verify the normality of the abdominal circumference changes in the experimental and control groups. Mann-Whitney U test was used to verify the pre-homogeneity of the abdominal circumference of the subjects. The experimental results were verified by Fisher's exact probability test, Friedman test and Mann-Whitney U test. These results suggest that the abdominal massage can be used as a nursing intervention after sleep colonoscopy by reducing the gas discharge time($x^2=19.75$, p<.001) and abdominal bloating($x^2=29.93$, p<.001).
Chang Su Kim;Dong Woo Park;Tae Yoon Kim;Young-Jun Lee;Ji Young Lee
Journal of the Korean Society of Radiology
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v.81
no.5
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pp.1184-1193
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2020
Purpose This study was performed to evaluate the relationship between callosal microbleeds and anoxic brain injury. Materials and Methods Twenty-seven patients with anoxic brain injuries were analyzed and retrospectively compared to the control group of patients without a history of anoxic brain injury using Fisher's exact test regarding comorbidities and cerebral microbleeds. The patient group was subdivided according to the presence of callosal microbleeds. Fisher's exact test was used to compare the presence of typical MRI findings of anoxic brain injury, use of cardiopulmonary resuscitation, and prognosis. The Mann-Whitney U test was used to compare the interval between the occurrence of anoxic brain injury to MRI acquisition. Results The prevalence of cerebral microbleeds in the patient group was 29.6%, which was significantly higher than that in the control group at 3.7% (p = 0.012). All cerebral microbleeds in the patient group were in the corpus callosum. Compared with the callosal microbleed-absent group, the callosal microbleed-present group showed a tendency of good prognosis (6/8 vs. 11/19), fewer typical MRI findings of anoxic brain injury (2/8 vs. 10/19), and more cardiopulmonary resuscitation (6/8 vs. 12/19), although these differences did not reach statistical significance (p = 0.35, p = 0.19, and p = 0.45, respectively). Conclusion Callosal microbleeds may be an adjunctive MRI marker for anoxic brain injury.
Journal of the Computational Structural Engineering Institute of Korea
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v.37
no.5
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pp.345-352
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2024
In this paper, a multipatch isogeometric analysis method is developed for a multi-connected NURB patch model and applied to geometrically exact shell element analysis. When connecting different NURBS patches, isogeometric analysis may become inaccurate due to the density of control point meshes and discontinuity between patches. To solve this problem, Nitsche's method is applied to the isogeometric analysis method to ensure the compatibility of the displacement and traction between two patches by using a potential function defined as the product of the displacement difference and traction of the two patches. The final derived governing equation is formed as a symmetric stiffness matrix from this potential function. Since the added system matrices from the compatibility boundary conditions are calculated as a boundary integral between patches, the computational cost does not increase significantly. For the positive definiteness of the system equation, appropriate stability parameters are calculated through generalized eigenvalue analysis, and the stability parameters and solution accuracy are analyzed according to the density of the integration meshes between the two patches. This multipatch isogeometric analysis method is applied to geometrically exact shell elements considering first-order shear deformation, and it is confirmed that by using Nitsche's method in this shell analysis with multiple connected patches results in improved stress continuity as well as displacement continuity between patches.
In the curved geometries, from the solution of the classical Riemann problem in the plane, the asymptotic solutions of the compressible Euler equation are presented. The explicit formulae are derived for the third order approximation of the generalized Riemann problem form the conventional setting of a planar shock-interface interaction.
In this paper, X, X$_{1}$, X$_{2}$, .. will denote any sequence of pairwise independent random variables with common distribution, and b$_{1}$, b$_{2}$.. will denote any sequence of constants. Using Chung [2, Theorem 4.2.5] and the same idea as in Chow and Robbins [1, Lemma 1 and 2] we have the following lemma.
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