• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권4호
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• pp.334-341
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• 2003

2001년 경북지역 콜레라 유행시 설사환자에서 V. cholerae O1 El Tor형 90주를 분리하였다. 분리균을 대상으로 ctxA, tcpA, hlyA gene에 대한 multiplex-PCR 시험에서는 분리균 모두에서 302, 223, 471 bps크기의 DNA 증폭산물 band를 확인하였다. ctxA 및 ctxB gene 부위의 유전자 염기서열 비교에서 분리균과 GenBank에 수록된 균간의 유형의 차이를 보였다. PFGE typing 실험에서는 분리균 모두에서 동일한 amplicon 단편을 나타내었다. 또한, 2002년 8월부터 10월까지 콜레라균 서식가능성 규명을 위해 경북 동해안 일대에서 plankton 시료채취 및 V. cholerae O1 및 V. cholerae O139의 rfb 및 CT gene 검출을 위한 multiplex-PCR 확인실험에서는 ctxA gene의 DNA band는 일부 검출되었으나, V. cholerae O1 및 V. cholerae O139는 분리되지 않았다. 험에서 ctxA gene DNA band는 검출되었으나, V. cholerae O1 및 V. cholerae O1는 분리되지 않았다.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제39권6호
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• pp.916-923
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• 2022

창원시의 3개 지점(남천, 창원천, 청운지)에서 물 시료를 채취하고, 채취한 시료로부터 genomic DNA를 분리하였다. 분리된 DNA와 class A extended-spectrum beta-lactamase(ESBL) 유전자 5가지(bla_OXA-1, bla_SHV, bla_TEM, bla_CTX-M-1, bla_CTX-M-9)를 target으로 하는 primers를 사용하여 quantitative PCR을 수행하였다. 시료를 채취한 지점별로 ESBL 유전자들의 수와 비율에서 확연한 차이가 있음을 알 수 있었다. 남천의 경우 DNA 30ng당 ESBL 유전자가 1.93×10⁶ copy나 존재하는 데에 반해 창원천의 경우에는 1.47×10⁵ copy 그리고 청운지에는 9.5×10³ copy 밖에 존재하지 않았다. 흐르는 하천인 남천과 창원천에서는 각 ESBL 유전자들의 비율에서 큰 차이가 없었다. 즉, 남천에서는 bla_OXA-1 유전자가 65.3%, bla_CTX-M-1 유전자가 33.6%를 차지하여서 이 두 유전자가 전체 ESBL 유전자의 99% 가까이를 차지하고 있었다. 창원천에서도 bla_OXA-1 유전자가 64.1%, bla_CTX-M-1 유전자가 19.1%를 차지하므로 이 두 유전자가 전체의 83% 이상을 차지하고 있었다. 하천과 다르게 폐쇄된 환경인 청운지 연못에서는 내성세균들의 총량 자체가 다른 두 하천에 비해서 월등하게 적었다. 또한 내성 세균의 비율도 달라서 bla_CTX-M-1 유전자가 전체의 87.5%, 그리고 bla_CTX-M-9 유전자가 9.8%를 차지하고 있었다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제23권3호
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• pp.37.1-37.8
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• 2022

Background: Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) causes colibacillosis, resulting in significant economic losses in the poultry industry. Objectives: In this study, the molecular characteristics of two extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing APEC isolates were compared with previously reported ESBL-producing E. coli isolates. Methods: The molecular characteristics of E. coli isolates and the genetic environments of the ESBL genes were investigated using whole genome sequencing. Results: The two ESBL-producing APEC were classified into the phylogenetic groups C and B1 and ST410 and ST162, respectively. Moreover, the ESBL genes of the two isolates were harbored in different Inc plasmids. The EC1809182 strain, harboring the bla_CTX-M-55 gene on the plasmid, exhibited extensive homology to IncFIB (98.4%) and IncFIC(FII) (95.8%). The EC1809191 strain, harboring the bla_CTX-M-1 gene, was homologous to IncI1-I (Gamma) (99.3%). All chromosomes carried the multidrug transporter, mdf(A) gene. Mobile genetic elements, adjacent to CTX-M genes, facilitated the dissemination of genes in the two isolates, analogous to other ESBL-producing E. coli isolates. Conclusions: This study clarifies the transmission dynamics of CTX-M genes and supports strengthened surveillance to prevent the transmission of the antimicrobial-resistant genes to humans via the food chain.

• 미생물학회지
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• 제35권3호
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• pp.205-210
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• 1999

Vibrio cholerae 는 사람에게 설사를 일으키는 병원성 세규닝며 본 연구에 이용된 V.cholerae KNIH002 는 국내의 설사질환 환자로부터 분리하였다. 콜레라 독소 검출용 프라이머를 이용하여 PCR 로 증폭한 산물을 탐침자로 이용하여 Southern hybridization을 실시한 결과 PstI 및 BglII로 이중절단된 4.5-kb 절편내에서 ctx 유전자가 존재함을 확인하였다. 따라서 염색체 DNA를 PstI 및 BglII로 절단 후 V. cholerae KNIH002 의 유전자 mini-libraries를 제조하였다. 그리고 동일 탐침자를 이용하여 colony hybridization을 실시한 결과 제조된 유전자 mini-libraries 로부터 신호를 나타내는 한 개의 클론을 선발하였다. 선발된 클로닝 지니는 플라스미드를 pCTX75 라 명명하였으며, 이 클론은 CHO 세포에 대한 세포 독력이 나타남을 확인하였다. 염기서열을 결정한 결과 클로닝된 플라스미드에는 ace 와 zot 유전자들은 각각 ATG 개시코돈과 TGA 종결코돈을 포함하여 291 bp와 1,200 bp 로 구성되어져 있었다. ace 유전자의 염기서열은 V.cholerae E7946 EI Tor Ogawa strain 이 것과 100% 일치하였다. 그러나 zot 유전자의 염기서열 및 아미노산 서열은 V. cholerae 395 Classical Ogawa strain 의 것과 각각 99% 및 98.8% 의 상동성을 보였다. 특히, V.cholerae 395 Classicale Ogawa strain 의 Zot 폴리펩타이드에서 100번, 272번, 281번째 alanine 은 V.cholerae KNIH002에서 모두 valine 으로 치환되어져 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제34권4호
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• pp.342-351
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• 2006

병원내 항생제 다제 내성을 일으키는 CTX-M형 ESBL을 생성하는 E. coli와 Klebsielia pneumoniae의 생성현황을 조사하고 이들 균주로 인한 감염증치료와 역학적 조사연구에 도움이 되고자 효소의 유전형을 규명하였다. 2005년 7월-12월에 부산에 소재하고 있는 2개의 종합병원에서 분리된 E. coli와 K. pneumoniae 각각 153주, 52주를 수집하였다. 그 중에서 ESBL을 생성 하는 균주를 검출하기 위해 Double disk synergy test를 시행하여서 E. coli 23주와 K. pneumoniae 13주를 분리하였다. 균주의 동정은 Vitek system GNI card(bioMerieux Vitek Inc., Hazelwood, Mo., U.S.A.)로 확인하였고, 항생제감수성시험은 disk diffusion method 와 agar dilution method를 사용하였다. 분리된 균주들의 내성을 일으키는 ESBL유전형을 규명하기 위하여 Isoelectric focusing(IEF), polymerase chain reaction test, DNA sequencing을 시행하였다. A병원의 13주와 B병원의 10주로 총 23주의 E. coli(15.0%)와 A병원의 7주와 B병원의 6주로 K. pneumoniae 13주(25.0%)가 double disk synergy test 양성으로 ESBL 생성균주로 판정하였다. ESBL 생성 36균주를 대상으로 bla$_{TEM}$, bla$_{SHV}$, bla$_{CTX-M}$ 유전자 검출을 위한 PCR을 시행한 결과 bla$_{TEM}$ 유전자는 13주(36.1%), bla$_{SHV}$ 유전자는 13주(36.1%), bla$_{CTX-M}$ 유전자는 32주(88.9%)가 양성반응을 보여서 bla$_{CTX-M}$ 유전자를 가진 균주가 가장 많이 나타났다. 그리고, bla$_{TME}$, bla$_{SHV}$ 두 가지 유전자를 가지고 있는 균주는 1주(2.8%)만 나타났고 bla$_{TEM}$, bla$_{CTX-M}$두 가지 유전자를 가지고 있는 균주는 9주(25.0%), bla$_{SHV}$, bla$_{CTX-M}$ 두 가지 유전자를 가지고 있는 균주가 10주(27.8%)로 나타나 bla$_{CTX-M}$을 포함하는 복합유전자가 많이 증가함을 알 수 있었다. 또한 CTX-M형 ESBL을 생성하는 E. coli와 K. pneumoniae에 대한 cefutaxime의 MIC는 256 $\mu$g/m1 이상으로 ceftazidime의 16-256 $\mu$g/mL 이상보다 높은 분포를 보였다. 즉, CTX-M형 ESBL 유전자를 지닌 균주에 대한 cefotaxim의 MIC는 ceftazidime의 MIC에 비해서 상대적으로 높은 양상을 보였다. 이러한 결과는 국내의 대학병원 뿐 만 아니라 일반종합병원에서도 CTX-M형 ESBL 생성 E. coli와 K. pneumoniae가 존재하며 확산 중임을 시사한다. 앞으로 CTX-M형 ESBL의 만연과 변종 CTX-M형 ESBL의 출연을 감시하기 위한 정기적인 연구와 조사가 필요한 것으로 생각한다.

• 생명과학회지
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• 제23권5호
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• pp.703-709
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• 2013

본 연구에서는 ESBL을 생성하는 Escherichia coli의 Extended-spectrum ${\beta}$-lactamase (ESBL) 유전자와 퀴놀론 내성결정부위(qnr)의 유전자형과 항생제 내성 양상을 규명하고자 하였다. 임상검체에서 분리 된 E. coli 274개 균주를 대상으로 double-disk synergy test 검사를 실시하여 42개의 ESBL 생성 균주를 분리하였다. 검체별로는 소변에서 28균주가 분리되었으며, 객담에서 6균주, 농에서 3균주, 상처에서 2균주, 혈액에서 2균주 그리고 조직에서 1균주가 분리되었다. 이 균주들을 대상으로 ESBL 유전자와 퀴놀론 내성 유전자를 PCR을 이용하여 검색하였다. 35개의 균주가 1개 혹은 2개의 ESBL 유전자를 보유하고 있었다. ESBL 유전자의 분포는 CTX-M-1이 가장 많았으며, CTX-M-9과 TEM 유전자 순이었다. SHV, CTX-M-2와 CTX-M-8는 검출되지 않았다. qnr 유전자는 10개 균주에서 검출되었으며 유전형별로는 qnrB4, qnrB1, qnrS 1 순이었다. 2가지 이상의 ESBL 유전자를 동시에 보유한 균주와 ESBL과 qnr 유전자를 동시에 보유한 균주가 검출되었다. ESBL 유전자 보유균주는 cefotaxmie (80.0%), levofloxacin (82.9%)과 ampicillin (100%)에 고도내성을 보였다. qnr 유전자 보유 균주의 cefotaxmie, levofloxacin과 ampicillin에 대한 내성율은 각각 70%, 70%, 100%였다. ESBL 유전자들간의 그리고 qnr 유전자와의 동시 보유가 항생제 내성에 미치는 상승효과는 없었다. qnr 유전자 보유와 퀴놀론에 대한 내성 사이의 상관관계도 없었다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2000년도 International Meeting 2000
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• pp.58-65
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• 2000

Diarrheal diseases are a major cause of both illness and death in developing countries and are caused by rotavirus, Shigella spp., Salmonella spp., enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC), and Vibrio spp. In this study, for the development of vaccine against diarrheal diseases caused by Shigella sonei, Salmonella typhimurium, E. coli O157, and Vibrio cholerae, cloning and nucleotide sequence analysis of genes and characteristics of their gene products in E. coli were performed. For construction of attenuated strain of S. sonnei KNIH104 and Salmonella typhimurium KNIH100, the aroA genes were cloned, respectively. The recombinant plasmid $_pJP{\Delta}A45$ containing aroA deleted region and suicide vector $(_pJP5603)$ was constructed. The aroA gene deleted mutants were constructed using this recombinant plasmid. For cloning gene encoding antigenic region of E. coli O157 KNIH317, the O-antigen synthesis gene cluster and sit gene was cloned. The E. coli XL1-Blue cells harboring this recombinant plasmid showed cytotoxicity in Vero cells. The ctx gene was cloned for tile purpose of antigenic region against V. cholerae KNIH002. Sequence analysis confirmed that the virulence gene cassette was consisted of ace, zot, ctxA and ctxB genes.

• 대한미생물학회지
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• 제34권6호
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• pp.513-518
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• 1999

A total of 113 Vibrio sp. strains were examined for plasmid content which were subjected to digestion with restriction enzymes. About the 55% Vibrio spp. have the plasmid more than one. Most of these plasmid various derivatives ranged from $2.4\;kb{\sim}23\;kb$, especially two strains of V. mimicus and one strain of V. furnissii carried one high-molecular weight plasmid (molecular weight ranging between $70\;kb{\sim}100\;kb$). Results of restriction analysis for plasmid of this three strains were by no means the rule. For detection of tdh and ctx gene, the virulence factor involved in the pathogenesis, we carried out the TDH and CT assay, PCR amplification, and hybridization. A total 11 strains were produced TDH, involved in 9 strains of V. parahaemolyticus and 1 strain of V. alginolyticus from clinical isolates and 1 strains of V. mimicus from environmental isolates. In the experiments of tdh gene detection, in all, 3 strains of V. parahaemolyticus from clinical isolates and 2 strains from environmental isolates could be successfully amplified in 400 bp by PCR. The PCR results were consistent with DNA hybridization tests. In the experiments of CT assay, in all, 3 strains of V. cholerae from clinical isolate and 1 strain of V. cholerae from environmental isolates were observed CT-producing. These CT-producing strains amplified in 302 bp by PCR for the detection of ctx gene. All CT-producing strains hybridized with digoxigenin-labeled DNA probe, while CT-negative strains did not hybridize. Also hybridization tests results for detection of ctx gene consistent with PCR.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권12호
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• pp.2224-2227
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• 2016

Shigella sonnei harboring $bla_{CTX-M-55}$ was isolated outside of Asia for the first time. The $bla_{CTX-M-55}$ gene was found to be downstream of ISEcp-1 and located in a ~130 kb conjugative plasmid belonging to the I1 incompatibility group. The strain was recovered from a 7-year-old Ecuadorian girl with watery diarrhea who had not travelled abroad. Recent local data describe the emergence of $bla_{CTX-M-55}$ and other variants typically found in Asia in the Andean Region, suggesting that increased travel of humans and trade relationships with Asian countries are influencing the current Ecuadorian bacterial resistance situation.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권9호
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• pp.1643-1649
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• 2016

The aims of this study were to characterize the molecular epidemiological profiles of CTX-M-producing uropathogenic Escherichia coli isolates from a tertiary hospital in Daejeon, Korea, and to investigate the genetic diversity and compare the prevalence of sequence types (STs) in different areas. Extended spectrum β-lactamase-producing E. coli strains isolated from urine were analyzed for CTX-M, integrons, and insertion sequence common regions (ISCRs) by PCR and sequencing. Multilocus sequence typing (MLST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), phylogenetic analysis, and rep-PCR were also used for molecular typing of the isolates. Of 80 CTX-M producers, 31 and 46 expressed CTX-M-15 and CTX-M-14, respectively. MLST analysis indicated that the most prevalent ST was ST131 (n = 34, 42.5%), followed by ST38 (n = 22, 27.5%), ST405 (n = 8, 10.0%), and ST69 (n = 6, 7.5%). Most CTX-M producers harbored class 1 integrons. ST131 strains belonged to phylogenetic group B2 and showed identical rep-PCR patterns, whereas ST69, ST38, and ST405 strains belonged to phylogenetic group D; the ST38 and ST405 strains displayed the same rep-PCR pattern, respectively. ST131 and ST38 isolates showed 21 and 19 distinct types, respectively, by PFGE. In Daejeon, D-ST38 CTX-M-14 producers were relatively more prevalent than in other countries and Korean cities. Our results indicate that CTX-M-producing E. coli isolates belonged mostly to ST131 or ST38 and were more related to hospital-onset than to community-onset infections and that the bla_CTX-M gene may vary according to the ST.