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Genome-wide survey and expression analysis of F-box genes in wheat

  • Kim, Dae Yeon;Hong, Min Jeong;Seo, Yong Weon
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.141-141
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    • 2017
  • The ubiquitin-proteasome pathway is the major regulatory mechanism in a number of cellular processes for selective degradation of proteins and involves three steps: (1) ATP dependent activation of ubiquitin by E1 enzyme, (2) transfer of activated ubiquitin to E2 and (3) transfer of ubiquitin to the protein to be degraded by E3 complex. F-box proteins are subunit of SCF complex and involved in specificity for a target substrate to be degraded. F-box proteins regulate many important biological processes such as embryogenesis, floral development, plant growth and development, biotic and abiotic stress, hormonal responses and senescence. However, little is known about the F-box genes in wheat. The draft genome sequence of wheat (IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly) used to analysis a genome-wide survey of the F-box gene family in wheat. The Hidden Markov Model (HMM) profiles of F-box (PF00646), F-box-like (PF12937), F-box-like 2 (PF13013), FBA (PF04300), FBA_1 (PF07734), FBA_2 (PF07735), FBA_3 (PF08268) and FBD (PF08387) domains were downloaded from Pfam database were searched against IWGSC Reference Sequence v1.0 assembly. RNA-seq paired-end libraries from different stages of wheat, such as stages of seedling, tillering, booting, day after flowering (DAF) 1, DAF 10, DAF 20, and DAF 30 were conducted and sequenced by Illumina HiSeq2000 for expression analysis of F-box protein genes. Basic analysis including Hisat, HTseq, DEseq, gene ontology analysis and KEGG mapping were conducted for differentially expressed gene analysis and their annotation mappings of DEGs from various stages. About 950 F-box domain proteins identified by Pfam were mapped to wheat reference genome sequence by blastX (e-value < 0.05). Among them, more than 140 putative F-box protein genes were selected by fold changes cut-offs of > 2, significance p-value < 0.01, and FDR<0.01. Expression profiling of selected F-box protein genes were shown by heatmap analysis, and average linkage and squared Euclidean distance of putative 144 F-box protein genes by expression patterns were calculated for clustering analysis. This work may provide valuable and basic information for further investigation of protein degradation mechanism by ubiquitin proteasome system using F-box proteins during wheat development stages.

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미국 무역정책 변화가 국내 중공업 기업의 경영성과에 미치는 영향 (Predicting Performance of Heavy Industry Firms in Korea with U.S. Trade Policy Data)

  • 박진수;김경호;김범수;서지혜
    • 한국전자거래학회지
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    • 제22권4호
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    • pp.71-101
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    • 2017
  • 미국 무역위원회(United States International Trade Commission)는 불공정 무역으로 인해 무역 질서를 해치는 경우 상계 관세(Countervailing Duties)와 반덤핑 관세(Antidumping Duties) 등을 징수하고 있다. 본 연구에서는 상기 연구 목적을 달성하기 위하여 상계 관세 및 반덤핑 관세와 관련된 데이터를 수집해 양적 분석을 수행하였다. 몇 가지 데이터 마이닝(Data mining) 기법을 활용한 본 연구의 양적 분석 결과, 미국의 상계 관세 및 반덤핑 관세 부과 경향이 우리나라의 중공업 산업의 성장률에 유의한 영향을 미친다고 잠정적으로 결론 내릴 수 있었다. 본 연구의 가장 큰 기여점은 '미국의 보호주의 무역기조가 울산지역의 주력산업의 경영성과에 부정적인 영향을 미칠 수 있다'는 직관적인 명제를 과거 데이터를 가지고 객관적으로 검증해보고 그 영향 정도를 계량화해 측정할 수 있도록 한 것이라고 할 수 있다.

CGSR 기반의 이동 애드 흑 네트워크에서 신뢰성 있는 통신을 위한 노드간 인증 기법 (A Multistage Authentication Strategy for Reliable N-to-N Communication in CGSR based Mobile Ad Hoc Networks)

  • 이혜원;문영성
    • 한국정보과학회논문지:정보통신
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    • 제32권6호
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    • pp.659-667
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    • 2005
  • 이동 애드 혹 네트워크(Mobile Ad Hoc Network, MANET)는 유선 기반 망에 의존하지 않으면서 이동 단말기들로 구성된 망으로 다중 홉 기반의 무선 통신을 제공한다. 그러나 동적인 토폴로지 변화, 중앙의 감시와 관리의 결여, 자원의 제약성, 무선 매체의 사용 등의 문제점 때문에 수동공격인 도청에서 능동공격인 DoS까지 다양한 공격에 노출되기 쉽다. 이를 위해 메시지 인증이나 사용자 인증, 안전한 패킷 전송 기법 둥 다양한 보안 기법을 적용할 수 있으나, 인증이 이루어지지 않은 네트워크는 다른 보안성이 만족된다 하더라도 공격자에게 쉽게 노출된다. 본 논문에서는 CGSR[1]에서 제안하고 있는 클러스터링 기법을 기반으로 하여 인증된 노드들만이 통신에 참여할 수 있도록 하는 일반 노드와 클러스터 헤드키 관리자로 구성된 계층적 노드 인증기법을 제안한다. 키 관리를 위해서는 부분 분산 기법[2]을 적용하며, 키 관리자와 클러스터 헤드 간 인증 및 클러스터 헤드간 인증, 일반 노드와 클러스터 헤드간의 인증 등의 다단계 인증절차 갖는다. 더 나아가 노드간 통신시 자신의 ID를 교환함으로써 부인봉쇄를 제공한다. 본 논문에서는 제안하는 메커니즘이 보안 요구사항을 어떻게 만족시키는지 분석하고 각 공격유형에 대한 방어기법을 보인다. 성능평가를 위해서 제안하는 메커니즘의 인증 시간을 분석함으로써 노드증가 시에도 제안하는 모델이 잘 동작할 수 있음을 보인다.

MANET에서 비정상 노드를 효율적으로 탐지하기 위한 보안 설계 (Security Design for Efficient Detection of Misbehavior Node in MANET)

  • 황윤철
    • 한국통신학회논문지
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    • 제35권3B호
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    • pp.408-420
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    • 2010
  • MANET(Mobile Ad hoc NETwork)은 고정된 네트워크 구조의 부재로 원거리 노드들 간의 통신은 다중 홉 경로를 통해 이루어지기 때문에 종단 노드 사이에 존재하는 노드들의 비정상적 행위를 탐지하고 예방하기가 어렵다. 그러므로 MANET의 성능과 보안 유지를 위해서는 비정상적 행위를 하는 중간노드들과 그에 오염된 노드를 찾아내기 위한 기법들이 필요하다. 그러나 기존에 제안된 기법들은 MANET를 구성하는 노드들이 우호적이며 상호 협력적인 관계라고 가정하고 비정상적 행위를 하는 노드를 식별하는 방법들만 제시해 왔고, 큰 규모의 MANET에 적용할 경우 많은 오버헤드가 발생한다. 따라서 이 논문에서는 MANET에서 구성요소간 안전한 통신을 제공하고 비정상 노드를 효율적으로 탐지 관리할 수 있는 Secure Cluster-based MANET(SecCBM)을 제안하였다. SecCBM은 동적인증을 통한 클러스터 기반 계층적 제어 구조를 이용하여 비정상 노드들을 MANET 구성 과정에서 식별하는 예방 단계와 네트워크를 구성하고 있는 노드들간 통신과정에서 발생하는 비정상 노드들을 FC 테이블과 MN 테이블을 이용해 탐지 관리하는 사후 단계로 구성하였다. 이를 통하여 MANET의 통신 안전성과 효율성을 향상시켰으며 시뮬레이션을 통한 성능평가에서 MANET에 적합한 기법임을 확인 할 수 있었다.

집적경제와 도시내 기업입지에 대한 공간분선: 서울과 시카고를 대상으로 (Agglomeration Economies and Intra-metropolitan Location of Firms: A Spatial Analysis on Chicago and Seoul)

  • Jungyul Sohn
    • 대한지리학회지
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    • 제36권5호
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    • pp.561-577
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    • 2001
  • 도시공간구조는 도시경제활등의 공간적 분포를 반영한다. 또한 공간분포는 개별 경제활동주체들의 입지 또는 재입지 행태의 집합적 표현에 다름 아니다. 이러한 견지에서. 개별기업의 공간행태에 영향을 주는 요인들을 검증해 보는 것은 도시공간의 포괄적인 이해를 위해 매우 중요하다. 집적경제는 대도시 지역 내에서 매우 두드러진 도시경제현상 중의 하나이다. 도시공간 내 대부분의 기업들은 경제활동의 공간적 집중을 통해 외부경제를 추구한다. 본 연구의 촛점은 도시내 경제구조의 분석을 통해 집적경제를 고찰하는 것이다. 많은 수의 기존 연구들이 보다 거시공간적 규모에서 도시간 집적경제의 패턴에 대해서는 분석을 하였으나 도시내 패턴에 대한 연구는 상대적으로 적다. 본 논문은 집적경제를 미시공간적 규모에서 고찰함으로써 경제부문간 및 부문내 집적경제의 공간적분포를 파악하고자 한다. 제조업, 소매업 및 서비스업이 분석대상으로 모형에 이용되었다. 분석모험은 공간 계량 경제학적으로 보정된 변수들을 이용하는 연립방정식 모형이 이용되었으며 회귀결과는 KRP 기법으로 추정되었다

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웹서비스 저장소의 검색기법에 관한 실증적 연구 (Empirical Research on Search model of Web Service Repository)

  • 황유섭
    • 지능정보연구
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    • 제16권4호
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    • pp.173-193
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    • 2010
  • 월드와이드웹 (WWW)은 유용한 정보를 포함하는 자료들의 집합에서 유용한 작업을 수행할 수 있는 서비스들의 집합으로 변화하고 있다. 새롭게 등장하고 있는 웹서비스 기술은 향후 웹의 기술적 변화를 추구하며 최근 웹의 변화에 중요한 역할을 수행할 것으로 기대된다. 웹서비스는 어플리케이션 간의 통신을 위한 호환성 표준을 제시하며 기업 내/외를 아우를 수 있는 어플리케이션 상호작용 및 통합을 촉진한다. 웹서비스가 서비스 지향 컴퓨팅환경으로서 운영하기 위해서는 웹서비스 저장소가 완성도 높게 구축되어 있어야 할 뿐 아니라, 사용자들의 필요에 맞는 웹서비스 컴포넌트를 찾을 수 있는 효율적인 도구들을 제공하여야 한다. 서비스 지향 컴퓨팅을 위한 웹서비스의 중요성이 증대됨에 따라 웹서비스의 발견을 효율적으로 지원할 수 있는 기법의 수요 또한 증대된다. 다수의 웹서비스 저장소들은 웹서비스 분류체계 및 검색기법들을 제안하여 왔지만, 대부분의 분류체계와 기존의 검색기법들은 실질적으로 활용하기에는 제대로 발달하지 못하였거나 지속적이고 체계적으로 관리하기에 너무 어려운 단점을 갖고 있다. 이 논문에서는 인공신경망 기반 군집화 기법과 XML 기반의 웹서비스 기술표준인 WSDL의 의미적 가치를 활용하여 웹서비스 분류체계 생성 프레임워크를 통한 복합 검색기법을 제안한다. 이 논문에서 인공신경망을 활용하여 제안하는 웹서비스 분류체계 생성 프레임워크는 실증적인 프로토타입 시스템으로 개발하였으며, 실제 운영되고 있는 웹서비스 저장소로부터 획득한 실제 웹서비스들을 사용하여 제안하는 웹서비스 복합 검색기법을 실증적으로 평가하였다. 또한 제안하는 방식의 효용성을 보여주는 의미 있는 실험결과를 보고한다.

부산 북항-신항 연계발전 방안 (A Study on Succeeding Together-Busan North & New Port)

  • 송계의
    • 한국항만경제학회지
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    • 제27권2호
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    • pp.313-331
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    • 2011
  • 동북아 항만의 Hub Port 경쟁이 더욱 치열해 지고 있고, 신항 개발이 가속화되면서 공급과잉상태를 초래하게 되어, 부산 북항과 신항이 상생하기에 충분한 물동량 확보가 어려운 시점에서 부산항만은 많은 어려움에 직면하고 있다. 또한 북항은 시설이 노후화되어 있고 초대형선박이 접안하기에 필요한 수심 16m을 확보할 수 없으며, 또한 북항 재개발의 진행과 정책부재로 물동량은 자연스럽게 신항으로의 이전이 가속화되고 있다. 따라서 부산 신항의 추가적인 선석 개장운영과 더불어 부산 북항과의 역할정립 및 연계 발전 방안 모색을 서둘러야 할 시점이다. 북항과 신항의 연계발전 전략은 다음과 같이 요약될 수 있다. 첫째, 북항-신항 연계발전을 위한 모델 정립이 필요하다. 따라서 신항은 16m의 수심과 최첨단시설을 보유하고 있으므로 극대형선(ULCC) 위주로 특화기능을 부여하고, 지속적인 개발과 첨단시설 유치로 세계적인 글로벌 항만으로 발전시켜 나가야 한다. 반면에 북항은 항만리모델링을 통해 피더선 중심의 동북아 중심 항만으로 새로운 기능을 수행하도록 해야하고, 대부분의 공간은 북항 재개발 개념에 포함시켜 시민 친수공간으로 기능을 재부여 하여야 한다. 둘째, 북항의 컨테이너 전용부두를 기능 전환하여 부산항만의 항만별 부두기능을 재배치함으로써 항만기능 집적화를 통한 시너지 창출을 기하여야 한다. 셋째, 북항의 기능이 살아있는 한 북항과 신항의 효율적 연계교통망 확충을 통해 환적화물 처리를 효율적으로 할 수 있도록 하여 부산항만을 동북아 환적중심항만으로 발전시켜 나가야 한다. 넷째, 신항과 부산진해경제자유구역을 연계발전시켜 자체 수요 물동량 창출형 항만배후물류단지를 개발하여야 한다. 다섯째, 물동량 창출을 위해 화주고객, 운송사, 복합운송주선업자 및 관련 기관간 SCM을 구축하여 상호 협력적인 Win-Win 관계를 유지하는 것이 중요하다.

최적 pRBFNNs 패턴분류기 기반 2차원 영상과 ASM 알고리즘을 이용한 얼굴인식 알고리즘 설계 (Design of Optimized pRBFNNs-based Face Recognition Algorithm Using Two-dimensional Image and ASM Algorithm)

  • 오성권;마창민;유성훈
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제21권6호
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    • pp.749-754
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    • 2011
  • 본 연구에서는 최적 pRBFNNs 패턴분류기 기반 2차원 영상과 ASM 알고리즘을 이용한 얼굴인식 시스템을 설계하고자 한다. 기존의 2차원 영상 기반 얼굴 인식 기법들은 인식하고자 하는 객체의 영상내의 위치, 크기 및 배경의 존재 유무에 따라 인식률이 영향을 받는 단점이 있으며, 본 연구에서는 이를 보완하기 위하여 관심 영역 내에서의 얼굴 영역 추출 및 특징 추출기법을 이용한 얼굴인식 방법을 소개한다. 본 연구에서는 CCD 카메라를 이용하여 영상을 획득하고 히스토그램 평활화를 이용하여 조명으로 왜곡된 영상정보를 개선한다. AdaBoost 알고리즘을 이용하여 얼굴영역을 검출하고 ASM을 통하여 얼굴 윤곽선 및 형상을 추출하여 개인 프로필을 구성한 후 PCA 알고리즘을 사용하여 고차원 얼굴데이터의 차원을 축소한다. 그리고 인식 모듈로서 pRBFNNs 패턴분류기를 제안한다. 제안된 다항식 기반 RBFNNs은 조건부, 결론부, 추론부 세 가지의 기능적 모듈로 구성되어 있고 조건부는 퍼지 클러스터링을 사용하여 입력 공간을 분할하고, 결론부는 분할된 로컬 영역을 다항식 함수로 표현한다. 또한 차분진화 알고리즘을 이용하여 제안된 분류기의 파라미터, 즉, 학습률, 모멘텀 계수, 퍼지 클러스터링의 퍼지화 계수를 최적화한다. 제안된 다항식 기반 RBFNNs는 얼굴 인식을 위한 패턴분류기로서 직접 CCD 카메라로부터 입력받은 데이터를 영상 보정, 얼굴 검출 및 특징 추출 등과 같은 데이터 전 처리 과정을 포함하여 고차원 데이터로 이루어진 얼굴 영상에 대한 인식 성능을 확인한다.

X-means 확장을 통한 효율적인 집단 개수의 결정 (Extensions of X-means with Efficient Learning the Number of Clusters)

  • 허경용;우영운
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제12권4호
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    • pp.772-780
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    • 2008
  • K-means는 알고리즘의 단순함과 효율적인 구현이 가능함으로 인해 군집화를 위해 현재까지 널리 사용되는 방법 중 하나이다. 하지만 K-means는 집단의 개수가 사전에 결정되어야 하는 근본적인 문제점이 있다. 이 논문에서는 BIC(Bayesian information criterion) 점수를 이용하여 효율적으로 집단의 개수를 추정할 수 있는 X-means 알고리즘을 확장한 두 가지 알고리즘을 제안한다. 제안한 방법은 기본적으로 X-means 방법을 따르면서 집단이 임의의 분산 행렬을 가질 수 있도록 함으로써 X-means 알고리즘이 원형 집단만을 허용함에 따른 over-fitting을 개선한다. 제안한 방법은 하나의 집단에서 시작하여 계속해서 집단을 나누어가는 하향식 방법으로, BIC score를 최대로 증가시키는 집단을 분할해 나간다. 제안한 알고리즘은 Modified X-means(MX-means)와 Generalized X-means(GX-means)의 두 가지로, 전자는 K-means 알고리즘을, 후자는 EM 알고리즘을 사용하여 현재 주어진 집단들에서 최적의 분할을 찾아낸다. MX-means는 GX-means보다 그 속도에서 앞서지만 집단들이 중첩 된 경우에는 올바른 집단을 찾아낼 수 없는 단점이 있다. GX-means는 실행 속도가 느린 단점이 있지만 집단들이 중첩된 경우에도 안정적으로 집단들을 찾아낼 수 있다. 이러한 점들은 일련의 실험을 통해서 확인할 수 있으며, 제안한 방법들이 기존의 방법들에 비해 나은 성능을 보임을 확인할 수 있다.

Use of the Quantitatively Transformed Field Soil Structure Description of the US National Pedon Characterization Database to Improve Soil Pedotransfer Function

  • Yoon, Sung-Won;Gimenez, Daniel;Nemes, Attila;Chun, Hyen-Chung;Zhang, Yong-Seon;Sonn, Yeon-Kyu;Kang, Seong-Soo;Kim, Myung-Sook;Kim, Yoo-Hak;Ha, Sang-Keun
    • 한국토양비료학회지
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    • 제44권5호
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    • pp.944-958
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    • 2011
  • Soil hydraulic properties such as hydraulic conductivity or water retention which are costly to measure can be indirectly generated by soil pedotransfer function (PTF) using easily obtainable soil data. The field soil structure description which is routinely recorded could also be used in PTF as an input to reduce the uncertainty. The purposes of this study were to use qualitative morphological soil structure descriptions and soil structural index into PTF and to evaluate their contribution in the prediction of soil hydraulic properties. We transformed categorical morphological descriptions of soil structure into quantitative values using categorical principal component analysis (CATPCA). This approach was tested with a large data set from the US National Pedon Characterization database with the aid of a categorical regression tree analysis. Six different PTFs were used to predict the saturated hydraulic conductivity and those results were averaged to quantify the uncertainty. Quantified morphological description was successively used in multiple linear regression approach to predict the averaged ensemble saturated conductivity. The selected stepwise regression model with only the transformed morphological variables and structural index as predictors predicted the $K_{sat}$ with $r^2$ = 0.48 (p = 0.018), indicating the feasibility of CATPCA approach. In a regression tree analysis, soil structure index and soil texture turned out to be important factors in the prediction of the hydraulic properties. Among structural descriptions size class turned out to be an important grouping parameter in the regression tree. Bulk density, clay content, W33 and structural index explained clusters selected by a two step clustering technique, implying the morphologically described soil structural features are closely related to soil physical as well as hydraulic properties. Although this study provided relatively new method which related soil structure description to soil structure index, the same approach should be tested using a datasets containing the actual measurement of hydraulic properties. More insight on the predictive power of soil structure index to estimate hydraulic properties would be achieved by considering measured the saturated hydraulic conductivity and the soil water retention.