• 한국산학기술학회:학술대회논문집
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• 한국산학기술학회 2010년도 춘계학술발표논문집 2부
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• pp.1201-1204
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• 2010

최근, 마이크로어레이 실험 데이터의 품질과 재 생산성에 대한 신뢰도가 증가했기 때문에 마이크로어레이 데이터의 공유 및 활용에 대한 요구가 꾸준히 증가하고 있다. 하지만, 개별적으로 진행되는 이 실험에서, 연구자는 각각의 실험계획에 따른 실험을 위해 별도로 실험계획을 하고, 그에 따른 단편적인 결과를 얻을 뿐, 이를 다시 재활용 하는 방안에는 microarray databases를 이용하는 것만이 전부였다. 하지만, 이 방법은 일반 생물학자들이, 다시 데이터베이스를 이용해서 분석하는데 많은 어려움을 가져왔고, 또한 각각의 실험 과정을 이용하는 과정에서도, 통합개발환경을 구축하지 못 한 것에 대해 시간적 손해를 많이 입고 있다. 이에 본 논문에서는 실험계획부터 자료의 표준화 및 시각화, 유의한 유전자 탐색, 군집분석, 분류분석을 할 수 있는 통합개발환경 프로그램에 대해 제시하고, 결론적으로 이 데이터를 효과적으로 재활용 할 수 있는 방안에 대해서 제시하였다. 결론적으로, 이 프로그램은 개별적인 통계 프로그램으로 분석을 할 때에 비해, 편의성이 향상하며, 시간적인 소모를 줄임으로써, 상당히 많은 이득을 얻을 수 있으며, 한번 분석한 데이터를 효율적으로 저장해 놓음으로써, 추후에 제 2,3의 데이터 가공을 통해, 더 많은 정보를 얻어 낼 수 있다.

• 대한의용생체공학회:의공학회지
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• 제19권3호
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• pp.261-268
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• 1998

위전도는 피부전극을 이용하여 위에서 발생하는 전기신호를 측정하여 위운동상태를 측정하는 비관혈적인 검사방법이다. 본 연구에서는 임상적으로 유용한 위전도신호 측정 및 분석시스템을 개발하였으며, 개발시스템은 크게 하드웨어(생체증폭기, 필터)와 소프트웨어(유저인터페이스, 분석알고리듬, 환자데이터베이스)로 구성된다. 개발시스템의 생체신호증폭기는 신호분석에 용이하도록 3채널로 구성되어 있으며, 신호의 저장 및 분석은 PC에서 수행하도록 구성되어 있다. 위수축 정보의 획득을 위해서 분석신호는 16Hz로 샘플링하였으며, 위전도신호분석은 임상이용에 유용한 여러 가지 분석 파라메터를 추출할 수 있도록 하였다. 개발된 시스템은 동물실험을 통하여 성능을 평가하였으며, 현재 환자를 대상으로 임상시험이 진행중이다.

• Genomics & Informatics
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• 제12권2호
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• pp.50-57
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• 2014

We present a new next-generation sequencing-based method to identify somatic mutations of lung cancer. It is a comprehensive mutation profiling protocol to detect somatic mutations in 30 genes found frequently in lung adenocarcinoma. The total length of the target regions is 107 kb, and a capture assay was designed to cover 99% of it. This method exhibited about 97% mean coverage at $30{\times}$ sequencing depth and 42% average specificity when sequencing of more than 3.25 Gb was carried out for the normal sample. We discovered 513 variations from targeted exome sequencing of lung cancer cells, which is 3.9-fold higher than in the normal sample. The variations in cancer cells included previously reported somatic mutations in the COSMIC database, such as variations in TP53, KRAS, and STK11 of sample H-23 and in EGFR of sample H-1650, especially with more than $1,000{\times}$ coverage. Among the somatic mutations, up to 91% of single nucleotide polymorphisms from the two cancer samples were validated by DNA microarray-based genotyping. Our results demonstrated the feasibility of high-throughput mutation profiling with lung adenocarcinoma samples, and the profiling method can be used as a robust and effective protocol for somatic variant screening.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제62권2호
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• pp.121-140
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• 2020

Anaerobic fungi habitat in the gastrointestinal tract of foregut fermenters or hindgut fermenters and degrade fibrous plant biomass through the hydrolysis reactions with a wide variety of cellulolytic enzymes and physical penetration through fiber matrix with their rhizoids. To date, seventeen genera have been described in family Neocallimasticaceae, class Neocallimastigomycetes, phylum Neocallimastigomycota and one genus has been described in phylum Neocallimastigomycota. In National Center for Biotechnology Information (NCBI) database (DB), 23,830 nucleotide sequences and 59,512 protein sequences have been deposited and most of them were originated from Piromyces, Neocallimastix and Anaeromyces. Most of protein sequences (44,025) were acquired with PacBio next generation sequencing system. The whole genome sequences of Anaeromyces robustus, Neocallimastix californiae, Pecoramyces ruminantium, Piromyces finnis and Piromyces sp. E2 are available in Joint Genome Institute (JGI) database. According to the results of protein prediction, average Isoelectric points (pIs) were ranged from 5.88 (Anaeromyces) to 6.57 (Piromyces) and average molecular weights were ranged from 38.7 kDa (Orpinomyces) to 56.6 kDa (Piromyces). In Carbohydrate-Active enZYmes (CAZY) database, glycoside hydrolases (36), carbohydrate binding module (11), carbohydrate esterases (8), glycosyltransferase (5) and polysaccharide lyases (3) from anaerobic fungi were registered. During four decades, 1,031 research articles about anaerobic fungi were published and 444 and 719 articles were available in PubMed (PM) and PubMed Central (PMC) DB.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권10호
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• pp.1655-1660
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• 2007

A metagenome is a unique resource to search for novel microbial enzymes from the unculturable microorganisms in soil. A forest soil metagenomic library using a fosmid and soil microbial DNA from Gwangneung forest, Korea, was constructed in Escherichia coli and screened to select lipolytic genes. A total of seven unique lipolytic clones were selected by screening of the 31,000-member forest soil metagenome library based on tributyrin hydrolysis. The ORFs for lipolytic activity were subcloned in a high copy number plasmid by screening the secondary shortgun libraries from the seven clones. Since the lipolytic enzymes were well secreted in E. coli into the culture broth, the lipolytic activity of the subclones was confirmed by the hydrolysis of p-nitrophenyl butyrate using culture supernatant. Deduced amino acid sequence analysis of the identified ORFs for lipolytic activity revealed that 4 genes encode hormone-sensitive lipase (HSL) in lipase family IV. Phylogenetic analysis indicated that 4 proteins were clustered with HSL in the database and other metagenomic HSLs. The other 2 genes and 1 gene encode non-heme peroxidase-like enzymes of lipase family V and a GDSL family esterase/lipase in family II, respectively. The gene for the GDSL enzyme is the first description of the enzyme from metagenomic screening.

• 디지털융복합연구
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• 제15권1호
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• pp.381-391
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• 2017

바이오인식 기술은 개인의 고유한 특성인 신체적 또는 행동적 특징을 이용해 사용자를 인증하는 기술이다. 현재 금융, 보안, 출입관리, 의료복지, 공공, 검역, 엔터테인먼트 등 광범위하게 그 필요성 및 효용성으로 서비스 범위가 확대되고 있는 추세이다. 지문, 얼굴과 같은 생체정보를 이용한 바이오인식은 위조, 변장 위협에 노출되어 사회적 문제가 되었다. 최근 신체 외부의 생체정보가 아닌 신체 내부의 생체신호를 이용한 연구가 진행되고 있다. 이에 따라 본 논문에서는 생체신호인 심전도, 심장음, 뇌전도, 근전도를 이용한 바이오인식 시스템의 최근 연구 및 기술들을 분석하고 발전 방향을 위해 필요한 기술들을 제시하고자 한다. 향후에는 개개인의 복합적 상태에서 생체신호 기반 빅 데이터를 관리하는 데이터베이스 구축, 빅 데이터를 분석하는 딥러닝을 이용하여 실시간 환경에 적합한 바이오인식 시스템 기술들이 연구될 것으로 예상된다.

• 한국전자통신학회논문지
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• 제18권5호
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• pp.989-998
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• 2023

급격한 인구 고령화 및 식습관의 변화로 만성질환과 디지털 헬스케어에 대한 관심이 증가하고 있다. 2020년 노인실태조사에 따르면 우리나라 65세 이상 인구 중 84%가 한 가지 이상의 만성질환을 앓고 있으며, 고령층이 복용하는 약물의 종류 및 복용 기간도 증가하고 있다. 만성질환자의 순응을 높이는 관리는 합병증의 발병을 예방하여 심각한 질환으로 이어지는 것을 방지할 수 있기 때문에 약 복용에 대한 습관이 매우 중요하다. 본 논문에서는 OCR 기술을 활용한 복약 정보 검색 시스템을 제안한다. Google Cloud Vision API를 활용하여 의약품명을 검출 및 인식하고, 인식된 의약품명을 DB에서 검색하여 사용자에게 복약 정보 및 복약 일정 관리서비스를 제공한다. 복약 정보 검색을 통해 올바른 의약품 정보를 제공함으로써 복약 방법과 습관에 변화를 줄 수 있다. 또한, OCR 기술을 통해 직접 입력에 따른 불편을 제거하여 사용자에게 정보를 신속하게 전달함으로써 편의가 증진될 것으로 기대된다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제17권5호
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• pp.137-142
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• 2017

인구의 고령화와 의료서비스 수요의 증가로 한의학의 이론을 기초로 한 의료기기 개발이 증가하고 있다. 개발한 의료기기의 임상적 유효성 확보를 위한 다양한 임상시험들이 수행되고 있으며, 이 과정에서 다양하게 수집되는 정보들의 체계적인 관리의 중요성이 증가하고 있다. 본 논문에서는 한의학의 대표적인 진단 방법인 맥진을 기기화 한 맥진기를 이용하여 임상시험을 진행하는데 있어 환자의 의학적 정보, 맥진기의 측정 정보들을 체계적으로 관리할 수 있는 데이터베이스를 설계하고 구축하였다. 구축된 데이터베이스는 임상시험에 대한 다양한 정보 및 측정된 정보의 질관리를 통해 기존 알고리즘 검증 또는 새로운 알고리즘 개발 시 효율적인 대응이 가능하고, 임상 데이터의 통제 측면에서도 여러 장점들을 가지고 있다. 본 연구의 결과는 이종의 맥진기나 다른 생체신호 측정기와의 정보 공유가 가능한 통합 데이터베이스 관리 시스템 구축을 위한 한의 의료기기 데이터 표준안 구성에 기여할 수 있을 것이다.

• 한국멀티미디어학회:학술대회논문집
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• 한국멀티미디어학회 2003년도 추계학술발표대회(상)
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• pp.355-358
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• 2003

최근 바이오인포매틱스 분야에서는 유전자 주석정보 데이터들의 통합 방안에 대한 논의가 활발하게 진행 중에 있다. 본 논문에서는 BioDAS의 웹 서비스 개념을 이용, 분산된 주석 데이터서버들간의 통합검색 시스템을 구축함으로써 메타검색 시스템을 구현하였다. 본 시스템은 사용자에게 메타검색 기능 및 결과 저장기능을 제공해 주며 외부 사용자에게 웹 서비스를 제공한다.

• The Journal of the Acoustical Society of Korea
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• 제22권4E호
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• pp.150-154
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• 2003

The distortion effects of microphones have been analyzed and compensated at mel-frequency feature domain. Unlike popular bias removal algorithms a linear transformation of mel-frequency spectrum is incorporated. Although a diagonal matrix transformation is sufficient for medium-quality microphones, a full-matrix transform is required for low-quality microphones with severe nonlinearity. Proposed compensation algorithms are tested with HTIMIT database, which resulted in about 5 percents improvements in recognition rate over conventional CMS algorithm.