• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제30권9호
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• pp.2083-2086
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• 2009

Human vascular endothelial growth factor receptor 2 (hVEGFR2) is an important signaling protein involved in angiogenesis and attractive drug target in cancer therapy. It has been reported that flavonols, a class of flavonoids, have anti-angiogenic activity in various cancer cell lines. We performed receptor-oriented pharmacophore based in silico screening for identification of hVEGFR2 inhibitors from flavonol database. By comparing with three X-ray complex structures of hVEGFR2 and its inhibitors, we evaluated the specific interactions between inhibitors and receptors and determined a single pharmacophore map. This map consisted of four features, a hydrogen bonding acceptor (HBA) on Cys917, two hydrogen bonding donors on Glu917 (HBD1) and Glu883 (HBD2), and one hydrophobic interaction (Lipo) with Val846, Ala864, Val897, Val914 and Phe1045 of hVEGFR2. Using this map, we searched a flavonol database including 9 typical flavonols and proposed that five flavonols, kaempferol, quercetin, fisetin, morin, and rhamnetin can be potent inhibitors of hVEGFR2. 3-OH of C-ring and 4’-OH of B-ring of flavonols are the essential features for hVEGFR2 inhibition. This study will be helpful for understanding the mechanism of inhibition of hVEGFR2 by natural products.

• 한국산업정보학회:학술대회논문집
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• 한국산업정보학회 2007년도 춘계학술대회
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• pp.48-52
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• 2007

As huge amount of literature including biological data is being generated after post genome era, it becomes difficult for researcher to find useful knowledge from the biological databases. Bio-text mining and related natural language processing technique are the key issues in the intelligent knowledge retrieval from the biological databases. We propose a bio-text mining technique for the biologists who find Knowledge from the huge literature. At first, web robot is used to extract and transform related literature from remote databases. To improve retrieval speed, we generate an inverted file for keywords in the literature. Then, text mining system is used for extracting given knowledge patterns and keywords. Finally, we construct a grid computing environment to guarantee processing speed in the text mining even for huge literature databases. In the real experiment for 10,000 bio-literatures, the system shows 95% precision and 98% recall.

• Genomics & Informatics
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• 제5권4호
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• pp.196-199
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• 2007

BOD is an FTP service management tool on the Internet. It was developed for biological researchers in South Korea. It enables easier and faster access of bioinformation without having to go through foreign FTP sites. BOD includes an automatic downloader with a management and email alert service from which the user can easily select and schedule any biological database. Once listed in BOD, the user can check and modify the download status and data from an additional email alert service.

• 한국지능시스템학회논문지
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• 제20권1호
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• pp.146-152
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• 2010

본 논문에서는 RFID를 이용하여 사용자를 인식한 후 사용자의 생체신호(혈압, 혈당, 체지방)를 측정하여 자가진단을 할 수 있는 지능형 헬스케어 시스템을 구현하였다. 구현한 헬스케어 자가진단 지능형 시스템은 RFID리더기, 생체신호측정기(혈압계, 혈당계, 체지방측정기), 데이터베이스 서버역할을 하는 컴퓨터, 자가진단 결과를 출력하는 프린터로 구성된 키오스크형태로 이루어졌으며 데이터베이스에서 보유한 사용자 정보 및 측정된 정보 데이터를 비교분석한 후 사용자의 건강상태를 자가진단할 수 있다. 구현된 시스템은 병원에 가지 않더라도 간단히 자가진단을 할 수 있으며, 회사나 학교 등에서 응용할 수 있다.

• BMB Reports
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• 제46권8호
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• pp.416-421
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• 2013

Genome-wide association studies (GWAS) have become popular as an approach for the identification of large numbers of phenotype-associated variants. However, differences in genetic architecture and environmental factors mean that the effect of variants can vary across populations. Understanding population genetic diversity is valuable for the investigation of possible population specific and independent effects of variants. EvoSNP-DB aims to provide information regarding genetic diversity among East Asian populations, including Chinese, Japanese, and Korean. Non-redundant SNPs (1.6 million) were genotyped in 54 Korean trios (162 samples) and were compared with 4 million SNPs from HapMap phase II populations. EvoSNP-DB provides two user interfaces for data query and visualization, and integrates scores of genetic diversity (Fst and VarLD) at the level of SNPs, genes, and chromosome regions. EvoSNP-DB is a web-based application that allows users to navigate and visualize measurements of population genetic differences in an interactive manner, and is available online at [http://biomi.cdc.go.kr/EvoSNP/].

• 식물병연구
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• 제22권3호
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• pp.158-167
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• 2016

육묘장과 재배포장의 애호박에서 새롭게 발생한 병원균의 특성을 분석하여 동정하였다. 병징은 잎에 수침상의 병반과 강한 노란색의 둘레무리를 가진 점무늬, 꽃에서 갈색 병반, 열매에 노란색의 점무늬였다. 잎의 점무늬로부터 분리된 세균은 박과작물 8개의 식물체, 흑종호박, 애호박, 쥬키니호박, 풋호박, 참박, 참외, 멜론, 오이에 병원성이 있었지만 수박과 밤호박에서는 병을 일으키지 못했다. 분리세균은 다발모를 가진 막대형으로 그람음성이며 King's B 배지에서 형광성이었으며, LOPAT 1a 그룹에 속했다. 그들의 Biolog 기질이용성은 Biolog database의 P. syringae pv. syringae 이용성과 유사하였다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용한 계통수와 4개의 항존유전자(gapA, gltA, gyrB, rpoD)의 염기서열과 PAMDB에 있는 P. syringae균주들의 염기서열을 이용한 MLST는 애호박 분리균주들이 P. syringae pv. syringae 균주들과 동일한 그룹(clade)으로 그룹화되었고, MLST 계통수에서 애호박 분리균주들의 그룹(clade)은 genomospecies 1에 속하였다. 표현형적, 유전적 특성은 애호박 분리균이 P. syringae pv. syringae임을 제시하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권1호
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• pp.90-95
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• 2005

Lactic acid bacteria were isolated from silage, which produce high level of hydrogen peroxide in cell culture supernatant. The 16S rDNA sequences of the isolate matched perfectly with that of Lactobacillus fermentum (99.9%), examined by a 16S rDNA gene sequence analysis and similarity search using the GenBank database, thus named L. fermentum CS12-1. L. fermentum CS12-1 showed resistance to low pH and bile acid. The production of hydrogen peroxide by L. fermentum CS12-1 was confirmed by catalase treatment and high-performance liquid chromatography. L. fermentum CS12-1 accumulated hydrogen peroxide in culture broth as cells grew, and the highest concentration of hydrogen peroxide reached 3.5 mM at the late stationary growth phase. The cell-free supernatant of L. fermentum CS12-1 both before and after neutralization inhibited the growth of enterotoxigenic Escherichia coli K88 that causes diarrhea in piglets.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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• pp.77-85
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• 2004

A significant portion (about 8% in human genome) of mammalian mRNA sequences contains AU(Adenine and Uracil) rich elements or AREs at their 3' untranslated regions (UTR). These mRNA sequences are usually stable. ARE motifs are assorted into three classes. The importance of AREs in biology is that they make certain mRNA unstable. We analyzed the occurrences of AREs and Alu, and propose a possible mechanism on how human mRNA could acquire and keep A REs at its 3' UTR originated from Alu repeats. Interspersed in the human genome, Alu repeats occupy 5% of the 3' UTR of mRNA sequences. Alu has poly-adenine (poly-A) regions at the end that lead to poly -thymine (poly-T) regions at the end of its complementary Alu. It has been discovered that AREs are present at the poly -T regions. In the all ARE's classes, 27-40% of ARE repeats were found in the poly -T region of Alu with mismatch allowed within 10% of ARE's length from the 3' UTRs of the NCBI's reference m RNA sequence database. We report that Alu, which has been reported as a junk DNA element, is a source of AREs. We found that one third of AREs were derived from the poly -T regions of the complementary Alu.

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제10권4호
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• pp.98-105
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• 2010

사람들의 건강에 관련된 혈당, 혈압, 활동량 등을 생체 센서를 이용하여서 생체 정보를 획득하고, 건강상태를 모니터링하기 위한 시스템을 개발하기 위한 연구가 많이 되고 있다. 본 논문에서 생체 정보를 모니터링하여 분석하는 u-헬스 케어 에이전트 시스템을 개발하였다. 활동량 측정은 3축 가속도계 센서 기술을 이용한다. 3축 가속도 센서에서 획득되는 정보를 이용하여 활동량을 분석하여 정확한 활동량을 계산하는 알고리즘을 개발하였다. 기존 시스템들 보다 더 정확한 소모 칼로리를 계산하고, 이를 데이터베이스에 저장 관리한다. 또한 활동량과 생체 정보를 활용하여 건강 상태를 점검할 수 있다.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제30권6호
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• pp.573-584
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• 2003

최근 유전체학과 단백질체학 분야에서 생성되는 방대한 분량의 데이타로부터 생물학적 의미를 추출해내기 위한 생물정보학적인 도구들에 대한 필요성이 크게 대두되고 있다. 본 논문에서는 세포 신호전달 경로에 관한 정보를 효율적으로 표현, 저장함은 물론 저장된 데이타로부터 생물학적 의미를 추출할 수 있도록 하기 위한 다양한 요구 조건들을 생물학자의 관점에서 분석하고, 이들 요구조건을 체계적으로 반영하여 설계한 ROSPath 데이타베이스 시스템을 제안한다. ROSPath 데이타 모델에서는 향후의 확장성을 고려하여 불완전한 지식의 표현이 가능하도록 하며 인터넷상에서 기존의 다른 생화학 데이타베이스를 공유할 수 있는 연결성을 제공한다. 또한, 객체지향 모델을 이용하여 계층적인 구성을 제공함으로써 효율적인 검색을 지원한다. ROSPath 데이타 모델은 두 가지 주요 데이타 요소인 ‘바이오 개체’와 ‘상호작용’으로 정의된다. 바이오 개체는 세포 신호전달 경로에 관여하는 단백질과 단백질 상태 등과 같은 개개의 생화학적인 개체를 의미하고, 상호작용은 단백질 상태 전이나 화학 반응, 단백질-단백질 상호작용 등과 같은 바이오 개체들 간의 다양한 관계 및 신호전달과정을 설명한다. 제안된 ROSPath 데이타 모델을 이용하여 구성되는 복잡한 정보 네트워크는 다양한 생화학 프로세스들을 기술하고 분석하는 데에 활용할 수 있다.