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Genome Research on Peach and Pear

  • Hayashi, Tateki;Yamamoto, Toshiya
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제4권2호
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    • pp.45-52
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    • 2002
  • A lot of SSRs (simple sequence repeats) in peach and pear from enriched genomic libraries and in peach from a cDNA library were developed. These SSRs were applied to other related species, giving phenograms of 52 Prunes and 60 pear accessions. Apple SSRs could also be successfully used in Pyrus spp. Thirteen morphological traits were characterized on the basis of the linkage map obtained from an $F_2$ population of peach. This map was compiled with those morphological markers and 83 DNA markers, including SSR markers used as anchor loci, to compare different peach maps. Molecular markers tightly linked to new root-knot nematode resistance genes were also found. A linkage map including disease related genes, pear scab resistance and black spot susceptibility, in the Japanese pear Kinchaku were constructed using 118 RAPD markers. Another linkage map, of the European pear Bartlett, was also constructed with 226 markers, including 49 SSRs from pear, apple, peach and cherry. Maps of other Japanese pear cultivars, i.e., Kousui and Housui, were also constructed. These maps were the first results of pear species.

Genetic Distance of Allium Section Cepa by DNA Fingerprint

  • Kim, Haeng-Hoon;Cho, Eun-Gi;Baek, Hyung-Jin;Kim, Chang-Yung;Chae, Young-Am
    • 한국작물학회지
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    • 제48권1호
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    • pp.31-37
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    • 2003
  • Identification of compatible parental line is of great importance in introduction of useful characters to onion breeding program, beyond the severe hybridization barrier. Phylogenic analysis of Allium section Cepa was conducted through PCR by URPs, repeated sequences of A. fistulosum, and microsatellite markers. Totally 76 accessions originated from 21 countries were clustered into five groups at a 0.84-similarity level: group I;A. cepa and its wild relatives and A. cepa ssp. ascalonicum, group II; A. cepa ssp. wakegii, A. cepa ssp. proliferum and Samcheung-pa group III; A. fistulosum and A. altaicum, group IV; A. galanthum, group V; Soeckkori-pa. Samcheung-pa and Soekkori-pa, Korean local varieties, shared band type of both Cepa group and Altaicum group, indicating that those are derived from interspecific hybridization between A. fistulosum and A. cepa.

ITS 염기서열에 의한 한국산 미나리아재비속 미나리아재비절의 분류학적 검토

  • 여성희;이창숙;이남숙
    • 식물분류학회지
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    • 제34권2호
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    • pp.173-183
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    • 2004
  • 한국산 미나리아재비속 미나리아재비(Acris Schur)절에 속하는 미나리아재비(Ranunculus japonicus)와 근연종인 산미나리아재비(R. acris var. nipponicus) 및 바위미나리아재비(R. crucilobus)의 실체와 분류학적 한계를 파악하기위해 속, 종간 규명에 많이 이용하고 있는 핵리보좀(ribosomal) DNA의 internal transcribed spacer 구간의 염기서열을 분석하였다. 본 연구는 6개의 군외군을 포함하여 총 18개의 DNA 재료(accessions)의 정열된 염기서열들을 바탕으로 bootsrap을 포함한 maximum parsimony와 maximum likelihood 분석법에 의한 계통수로 평가하였다. 연구 결과 Acris절에 속하는 미나리아재비, 산미나리아재비 및 바위미나리아재비는 단계통군으로 나타났으며 특히 미나리아재비(R. japonicus)와 산미나리아재비(R. acris var. nipponicus)는 같은 분계조를 형성하였다. 이와 달리 바위미나리아재비는 미나리아재비와 산미나리아재비에서 분지된 결과를 보여, 한라산 해발 1500m이상의 높은 지역에 분포하는 바위미나리아재비는 미나리아재비의 아종(R. japonicus Thunb. subsp. chrysotrichus (Nakai) Y. N. Lee, comb. nud.)으로 처리하기보다는, 독립된 고유종인 R. crucilobus H. L$\acute{e}$v.으로의 처리를 지지하였다.

국내 육계의 호흡기형 크립토스포리디움증에 대한 역학적 조사연구 (Epidemiological studies on the respiratory cryptosporidiosis of broiler in Korea)

  • 오명호;은길수;김홍집;정운익
    • 대한수의학회지
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    • 제33권4호
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    • pp.693-699
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    • 1993
  • In 1990, a retrospective examination of histologic data determined that 23 histology accessions at the Miwon Institute of Animal Science had a diagnosis of crytosporidiosis. These cases presented 10% of the 230 histologic examinations of broiler chicks of 23 cases, 18 cases were respiratory infection and 5 cases were bursal infection. The histologic findings of respiratory cryptosporidiosis were hyperplasia of mucosa epithelial cell, slightly swelling of epithelial cells, deciliation of tracheal epithelium, distribution of cryptosporidium organisms in epithelial surface of trachea and infiltration of plasma cells and lymphocytes in mucosa propria layer in trachea.

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Estimation of nuclear DNA content of various bamboo and rattan species

  • Kumar, Prakash P.;Turner, Ian M.;Rao, A. Nagaraja;Arumuganathan, K.
    • Plant Biotechnology Reports
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    • 제5권4호
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    • pp.317-322
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    • 2011
  • We determined the nuclear DNA content (genome size) of over 35 accessions each of bamboo and rattan species from Southeast Asia. The 2C DNA per nucleus was quantified by flow cytometry. The fluorescence of nuclei isolated from the leaves and stained with propidium iodide was measured. The genome size of the bamboo species examined was between 2.5 and 5.9 pg DNA per 2C nucleus. The genome size of the rattan species examined ranged from 1.8 to 10.5 pg DNA per 2C nucleus. This information will be useful for scientists working in diverse areas of plant biology such as biotechnology, biodiversity, genome analysis, plant breeding, physiology and molecular biology. Such data may be utilized to attempt to correlate the genome size with the ploidy status of bamboo species in cases where ploidy status has been reported.

2003년도에 추가된 고추 유전자원의 역병에 대한 저항성 (Resistance to Phytophthora capsici of Year 2003 Additions to Pepper Genetic Resources Collection)

  • 심현우;이진용;김정훈;김병수
    • Current Research on Agriculture and Life Sciences
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    • 제22권
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    • pp.13-18
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    • 2004
  • 2003년도에 추가된 85점의 고추 유전자원에 대하여 역병에 대한 저항성을 검정한 결과 새로운 고도 저항성 재료는 발견되지 않았다. 그러나 재래종의 원예적 형질을 갖춘 KC1184가 중도의 저항성을 나타내어 활용가치가 있을 것으로 사료되었다.

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Bridging Comparative Genomics and DNA Marker-aided Molecular Breeding

  • Choi, Hong-Kyu;Cook, Douglas R.
    • 한국육종학회지
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    • 제43권2호
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    • pp.103-114
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    • 2011
  • In recent years, genomic resources and information have accumulated at an ever increasing pace, in many plant species, through whole genome sequencing, large scale analysis of transcriptomes, DNA markers and functional studies of individual genes. Well-characterized species within key plant taxa, co-called "model systems", have played a pivotal role in nucleating the accumulation of genomic information and databases, thereby providing the basis for comparative genomic studies. In addition, recent advances to "Next Generation" sequencing technologies have propelled a new wave of genomics, enabling rapid, low cost analysis of numerous genomes, and the accumulation of genetic diversity data for large numbers of accessions within individual species. The resulting wealth of genomic information provides an opportunity to discern evolutionary processes that have impacted genome structure and the function of genes, using the tools of comparative analysis. Comparative genomics provides a platform to translate information from model species to crops, and to relate knowledge of genome function among crop species. Ultimately, the resulting knowledge will accelerate the development of more efficient breeding strategies through the identification of trait-associated orthologous genes and next generation functional gene-based markers.

九折草 揷穗로부터 發根 및 根生長에 미치는 생장조절물질, 九折草 種 및 揷穗位置의 효과 (Effect of Growth Regulators, Genotypes and Cutting Position on Rooting and Root Growth of Chrysanthemum zawadskii H.)

  • 김정률;유창연;조동하
    • 한국자원식물학회지
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    • 제11권3호
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    • pp.353-357
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    • 1998
  • This study was conducted to determine the effect of growth regulators, genotype, and cutting position on the rooting and root growth from cutting of Chrysanthemum zawadskii H.. Rooting rate of Keungugeolcho in the treatement of IBA 500 and 1000 ppm was the better than those of other treatments of IAA, NAA and Rooton. Rooting rate differed depending on the genotype. Hangryobonggugeolcho was better than Keungucheolcho in rooting rate. The treatment of rooton remarkably induced many roots from the cuttings of eight accessions of Chrysanthemum zawadskii H.. Also, rooting rate and number of root differed depending on cutting position. When cuttings including shoot tip were cultured on tray containing bed soil, rooting rate and number of root induced from cuttings with shoot tip was higher than when cuttings without shoot tip and with lateral axillary bud were cultured.

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국내 육성 벼 품종 입형 관련 특성 분석 (Characterization of Traits Related to Grain Shape in Korean Rice Varieties)

  • 이창민;이건미;백만기;김우재;서정필;정오영;조영찬;박현수;김석만
    • 한국작물학회지
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    • 제65권3호
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    • pp.199-213
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    • 2020
  • 국내 육성 벼 품종의 입형 특성은 협소한 유전적 배경을 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 육성품종의 입형 관련 표현형과 유전자형을 분석하여 생태형에 따른 입형 특성과 대립유전자 효과를 파악하고, 자포니카 품종에 도입된 대립유전자의 기원을 확인하고자 수행되었다. 자포니카 225, 흑미 14, 통일형 생태형 33품종 등 272품종에 대해서 현미 길이, 너비, 두께, 장폭비, 천립중의 표현형과 GW2, GS3, qGL3, qSW5, GS5, TGW6, GW7, GW8 등 8개 입형 관련 유전자형을 분석하였다. 자포니카 품종은 중단립종에 단원형, 흑미와 통일형 품종은 중립종에 중원형 입형 특성을 나타냈다. 표현형에 대한 군집분석을 통해 자포니카 품종 대부분으로 구성된 그룹 1, 흑미와 통일형 품종 위주로 구성된 그룹 2, 자포니카 품종이 포함된 그룹 3 등 세 그룹으로 나눌 수 있었다. 그룹 1은 현미 너비와 두께, 그룹 2는 장폭비와 길이, 그룹 3은 천립중에 의해 영향을 많이 받아 구분되며 그룹 1은 중단립종·단원형, 그룹 2는 중립종·중원형, 그룹 3은 장립종·단원형 입형 특성을 나타냈다. 입형 관련 대립유전자형 분석 결과 gw2 (빈도수 1.1%)와 tgw6 (0.4%) 대립유전자는 매우 드물었으며, qgl3와 gw8는 통일형 생태형에서만 존재하였고 자포니카 품종의 qSW5 유전자형은 qsw5_N이 대부분을 차지하였다. 생태형별 대립유전자 조합의 수는 자포니카 7개(Cj1-Cj7), 흑미 3개(Cj_b1-Cj_b3), 통일형 13개(CT1-CT13)로 자포니카에 비해 품종수가 적은 통일형 생태형이 더 다양하였다. 자포니카 품종의 대표 대립유전자 조합은 자포니카 Cj1, 2 (GW2-GS3_C-qGL3-qsw5_N-gs5-TGW6-gw7(GW7)-GW8)로 여기에 gw2, gs3, qSW5, GS5 대립유전자가 도입됨으로써 다양성이 확대되었다. 흑미 품종의 대표 대립유전자 조합은 Cj_b2, 3 (GW2-gs3-qGL3-qsw5_N-gs5-TGW6-gw7(GW7)-GW8)로 자포니카 대표 조합에서 GS3_C가 gs3로 치환된 조합이다. 통일형 생태형은 GW2 유전자만 다형성이 없었고 7개 유전자에서 13개 대립유전자 조합이 확인되었으며 대표조합은 CT3 (GW2-GS3_C-qgl3-qsw5_N-gs5-TGW6-GW7-gw8)이다. 우리나라 대표 품종인 '신동진'의 입형 특성은 자포니카 대립유전자 조합 Cj2에서 gs3가 도입됨으로써 중대립화되었고, gs3는 미국품종 Calrose로부터 유래한 것으로 판단된다. 국내 육성 벼 품종에 대한 입형 관련 표현형과 유전자형 분석 결과는 우리나라 벼 품종의 입형 특성을 다양화하는데 기여할 것으로 기대된다.

농업유전자원은행의 식물유전자원 분양 활용에 대한 수요자 요구도 분석 (Customers' Needs Analysis for Distribution and Utilization of Plant Genetic Resources in RDA-Genebank)

  • 김창영;조규택;백형진;이석영;이명철;이영이;최유미
    • 한국자원식물학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.328-335
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    • 2013
  • 농촌진흥청 농업유전자원센터의 식물유전자원 확보, 보존 및 활용과 관련하여 수요자가 요구하는 유전자원 확보 및 유전자원의 품질향상 방안을 도출하기 위하여 2010년도에 종자 유전자원을 분양받아 활용한 수요자를 대상으로 2011년에 우편설문 방법에 의하여 설문조사를 실시하고 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 분양된 유전자원에 대한 만족도는 종자의 순도, 발아율 및 기대 특성 발현도 등에서 '보통이상이다'고 답변한 비율이 각각 87.5%, 88.9%, 84.2%로 높게 나타났으며, 유전자원을 분양신청한 후 자원을 수령하기까지는 76.7%가 15일 이내에 수령한 것으로 만족도를 나타내었다. 2. 유전자원을 분양받은 후 자원을 활용하여 추진하고 있는 경과상황 및 예상 성과, 분양자원의 활용결과보고서 제출 여부 등에 관한 설문조사에서는 89.2%가 '분양받은 자원이 목적한대로 활용 중이다'는 답변을 나타내었다. 자원 활용 예상성과에 대해서는 자원정보 축적과 논문발표가 비교적 높은 비율이고 신품종 등록과 특허 출원이 상대적으로 낮은 비율을 나타내었는데 현시점에서의 유전자원 분양요청자의 성향을 나타낸 것으로 해석할 수 있다. 분양자원의 활용결과보고서 제출여부에 대한 답변결과는 자원분양 시 별도의 조치가 필요한 것으로 나타났다. 3. 유전자원 분양과 관련한 개선사항에 대한 설문에서는 특성이 있는 유전자원의 확보 제공과 유전자원의 특성정보 제공에 대한 답변 합계가 75.0%로서 유전자원 분양업무 절차보다는 현실적으로 필요한 자원이나 정보가 보다 더 절실함을 나타내었다. 금후 필요한 유전자원에 대한 설문에서의 답변은 국내의 재래종이 23.8%로 가장 많았고, 국제농업연구기관 보유 유전자원 21.4%, 외국국가가 보유한 유전자원 21.4%로 외국의 유전자원에 대한 희망이 42.8%로 나타나고 있으며, 다음이 해당 작물의 야생종 또는 야생근연종 10.7%, 외국의 육성품종 또는 계통 9.5%, 국내의 육성품종 또는 계통 9.5%의 순이었다. 또한, 수요자 소속별로 희망하는 유전자원이 다르게 나타났다. 4. 설문조사 분석결과, 유전자원 관리 단계별로 반영하여 수요자가 요구하는 유전자원을 우선적으로 확보하고 보존자원의 품질향상 관리가 되도록 하는 것이 중요한 것으로 나타났다. 수요자 맞춤형 자원도입 및 우선순위에 의한 자원 확보가 요구되었고, 보유 자원의 품질향상을 위해서는 자원 도입 시부터 특성 있는 자원을 확보하고 보존자원의 특성평가가 조속히 추진될 필요가 있으며, 유전자원 정보의 확충 및 확대 제공 노력이 요구되었다.