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A bioinformatics approach to characterize a hypothetical protein Q6S8D9_SARS of SARS-CoV

  • Md Foyzur Rahman;Rubait Hasan;Mohammad Shahangir Biswas;Jamiatul Husna Shathi;Md Faruk Hossain;Aoulia Yeasmin;Mohammad Zakerin Abedin;Md Tofazzal Hossain
    • Genomics & Informatics
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    • 제21권1호
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    • pp.3.1-3.10
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    • 2023
  • Characterization as well as prediction of the secondary and tertiary structure of hypothetical proteins from their amino acid sequences uploaded in databases by in silico approach are the critical issues in computational biology. Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus (SARS-CoV), which is responsible for pneumonia alike diseases, possesses a wide range of proteins of which many are still uncharacterized. The current study was conducted to reveal the physicochemical characteristics and structures of an uncharacterized protein Q6S8D9_SARS of SARS-CoV. Following the common flowchart of characterizing a hypothetical protein, several sophisticated computerized tools e.g., ExPASy Protparam, CD Search, SOPMA, PSIPRED, HHpred, etc. were employed to discover the functions and structures of Q6S8D9_SARS. After delineating the secondary and tertiary structures of the protein, some quality evaluating tools e.g., PROCHECK, ProSA-web etc. were performed to assess the structures and later the active site was identified also by CASTp v.3.0. The protein contains more negatively charged residues than positively charged residues and a high aliphatic index value which make the protein more stable. The 2D and 3D structures modeled by several bioinformatics tools ensured that the proteins had domain in it which indicated it was functional protein having the ability to trouble host antiviral inflammatory cytokine and interferon production pathways. Moreover, active site was found in the protein where ligand could bind. The study was aimed to unveil the features and structures of an uncharacterized protein of SARS-CoV which can be a therapeutic target for development of vaccines against the virus. Further research are needed to accomplish the task.

리눅스와 위키피디아를 중심으로 분석한 소셜 저작 시스템의 성공요소에 대한 연구 (Research on Key Success Factors of Social Authoring system : Focused on Linux and Wikipedia)

  • 이서영;이봉규
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제13권4호
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    • pp.73-82
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    • 2012
  • 전세계적 인지 잉여의 급격한 증가와 이를 이용한 소셜 저작의 성공적인 사례가 리눅스 프로젝트 및 위키피디아 등에서 나타나고 있다. 본 연구에서는 리눅스, 위키피디아 등의 소셜 저작 시스템을 분석하였으며 이를 기반으로 소셜 저작의 주요 성공 요소를 추출하였다. 더불어 페이스북 등의 소셜 미디어에서 적용되는 도구로서, 기존 리눅스와 위키피디아에서는 보이지 않았던 새로운 성공 요소가 존재하는 지 확인하였으며, 이를 기반으로 소셜 저작 시스템에 대한 개선 사항을 제시하였다. 소셜 저작 시스템에 요구되는 주요소들을 구체적으로 제시하여 향후 성공적 소셜 시스템 설계요인을 제시하였다.

기록 검색도구의 발전과 전망 (A Study on Development and Prospects of Archival Finding Aids)

  • 설문원
    • 기록학연구
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    • 제23호
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    • pp.3-43
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    • 2010
  • 검색도구는 기록을 찾고 이해할 수 있도록 지원하는 도구이다. 검색도구는 크게 수직형 검색도구와 수평형 검색도구로 구분할 수 있는데, 수직형 검색도구는 우리가 보통 '보존기록 기술(archival description)'이라 부르는, 출처 기반의 계층형 검색도구를 말하며, 수평형 검색도구는 목록이나 색인 등과 같은 주제 기반의 검색도구로서, 주로 수직형 검색도구로 안내해주는 역할을 수행했다. 그러나 이러한 검색도구들은 인터넷 환경에 맞추어 진화하고 있으며, 가령 수직형 검색도구의 경우, ISAD(G), ISAAR(CPF), ISDF와 같은 국제표준기술규칙의 개발에 발맞추어, 출처와 원질서 존중의 원칙을 견지하되 다중 엔티티 구조로 변화해가는 경향을 살펴볼 수 있다. 그러나 이용자 입장에서 기록관리 원칙을 적용한 수직형 검색도구는 어렵고 복잡하며, 구체성과 접근성이 떨어진다는 비판을 받는다. 이러한 문제를 극복하기 위하여 각국에서는 기록에 대한 다양한 접근경로를 제공하는 다양한 디지털 콘텐츠를 개발하여 제공하고 있는데, 이것들이 이른바 새로운 유형의 주제 기반 검색도구라고 볼 수 있다. 이 연구에서는 보존기록을 위한 수직형 검색도구의 변화와 그 한계를 조사하였고, 이를 보완하기 위하여 인터넷 환경에서 새롭게 출현하는 검색도구 및 관련 연구들을 전반적으로 살펴 본 결과 복합화, 통합화, 개방화라는 3가지 경향으로 유형화할 수 있었다. 즉, 주제 해설과 검색도구를 연계시킨 복합적 형태의 검색도구, 여러 기관이 소장한 기록을 한꺼번에 검색할 수 있도록 하는 통합 검색도구, 이용자 참여가 보장되는 개방적 형태의 검색도구는 향후 검색도구의 개발 전망을 보여주는 대표적 유형으로 볼 수 있다. 새로운 검색도구의 출현에 따라 우려되는 문제로는 탈 맥락화, 편견과 객관성 유지, 이용자 참여방식과 질적 통제 등으로 보았다. 앞으로 새로운 흐름을 적극적으로 수용하되 오히려 수직형 검색도구 기반을 지속적으로 강화해 나아가고 이용자를 적극 참여시키는 전략을 개발할 것을 제안하였다. 이 연구가 앞으로 국가기록원을 비롯한 영구기록물 관리기관들이 검색도구 개발 전략을 수립할 때 시사점을 제공할 수 있기를 기대한다.

해외 쇼핑몰을 이용한 전자상거래 만족도의 실증분석 (A Analysis on EC Satisfaction for Foreign Shopping Mall)

  • 이제홍
    • 통상정보연구
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    • 제3권2호
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    • pp.71-92
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    • 2001
  • The number of internet electronic commerce users has increased steadily and EC is now considered not only as the communication tools, but also as the economic activity. But in spite of these global trends, current studies limited to managerial approach are insufficient in the evaluation of EC policies and situations. The purpose of this study are to present satisfaction of customers who will operate foreign internet shopping mall, and to analysis after-purchase behavior on EC satisfaction. As a result of making regression analysis, for its satisfaction. the hypotheses on "Shopping Mall Contents", "Information supply", "Convenience of order process", "Economy", "The reliability", "Customer Service" were accepted at the p<.0.05 level of significance, for its after purchase behavior, the hypotheses on "Shopping Mall structure", "Convenience of order process", "Economy", "The reliability", etc factors were accepted at the p<0.05 level of significant in 4 factors. In order words, electronic commerce satisfaction became greater when better convenience and economy were provided, the ethics were observed better, more diverse information was supplied and better system support was given, and those who had a higher educational background or better perception of electronic commerce felt more satisfaction. Finally, more usefulness of electronic commerce led to bigger satisfaction after purchase.

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Evaluation of deep learning and convolutional neural network algorithms for mandibular fracture detection using radiographic images: A systematic review and meta-analysis

  • Mahmood Dashti;Sahar Ghaedsharaf;Shohreh Ghasemi;Niusha Zare;Elena-Florentina Constantin;Amir Fahimipour;Neda Tajbakhsh;Niloofar Ghadimi
    • Imaging Science in Dentistry
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    • 제54권3호
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    • pp.232-239
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    • 2024
  • Purpose: The use of artificial intelligence (AI) and deep learning algorithms in dentistry, especially for processing radiographic images, has markedly increased. However, detailed information remains limited regarding the accuracy of these algorithms in detecting mandibular fractures. Materials and Methods: This meta-analysis was conducted in accordance with the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) guidelines. Specific keywords were generated regarding the accuracy of AI algorithms in detecting mandibular fractures on radiographic images. Then, the PubMed/Medline, Scopus, Embase, and Web of Science databases were searched. The Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies 2 (QUADAS-2) tool was employed to evaluate potential bias in the selected studies. A pooled analysis of the relevant parameters was conducted using STATA version 17 (StataCorp, College Station, TX, USA), utilizing the metandi command. Results: Of the 49 studies reviewed, 5 met the inclusion criteria. All of the selected studies utilized convolutional neural network algorithms, albeit with varying backbone structures, and all evaluated panoramic radiography images. The pooled analysis yielded a sensitivity of 0.971 (95% confidence interval [CI]: 0.881-0.949), a specificity of 0.813 (95% CI: 0.797-0.824), and a diagnostic odds ratio of 7.109 (95% CI: 5.27-8.913). Conclusion: This review suggests that deep learning algorithms show potential for detecting mandibular fractures on panoramic radiography images. However, their effectiveness is currently limited by the small size and narrow scope of available datasets. Further research with larger and more diverse datasets is crucial to verify the accuracy of these tools in in practical dental settings.

Disinfectant effectiveness of chlorhexidine gel compared to sodium hypochlorite: a systematic review with meta-analysis

  • Theodoro Weissheimer;Karem Paula Pinto;Emmanuel Joao Nogueira Leal da Silva;Lina Naomi Hashizume;Ricardo Abreu da Rosa;Marcus Vinicius Reis So
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제48권4호
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    • pp.37.1-37.17
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    • 2023
  • This study aimed to compare the disinfectant ability of chlorhexidine (CHX) gel and sodium hypochlorite (NaOCl). Systematic searches were conducted from inception until December 8th, 2022 (MEDLINE/PubMed, Cochrane Library, Web of Science, Scopus, Embase, and Grey Literature databases). Only randomized clinical trials were included. The revised Cochrane risk of bias tools for randomized trials were used to assess the quality of studies. Meta-analyses were performed. The overall quality of evidence was assessed through the Grading of Recommendations Assessment, Development, and Evaluation tool. Six studies were included. Five had a low risk of bias and 1 had some concerns. Three studies assessed bacterial reduction. Two were included in the meta-analysis for bacterial reduction (mean difference, 75.03 [confidence interval, CI, -271.15, 421.22], p = 0.67; I2 = 74%); and 3 in the meta-analysis for cultivable bacteria after chemomechanical preparation (odds ratio, 1.03 [CI, 0.20, 5.31], P = 0.98; I2 = 49%). Five studies assessed endotoxin reduction. Three were included in a meta-analysis (mean difference, 20.59 [CI, -36.41, 77.59], p = 0.48; I2 = 74%). There seems to be no difference in the disinfectant ability of CHX gel and NaOCl, but further research is necessary.

지구과학 해양 단원의 웹 기반 학습자료 개발 및 효과 분석 (The Development of Web Based Instruction Program on Oceanography Unit and the Analysis of Its Effects in Earth Science Class)

  • 박수경;강민주;김상달
    • 한국과학교육학회지
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    • 제21권2호
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    • pp.264-278
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    • 2001
  • 본 연구에서는 고등학교 지구과학의 해양 단원에 대한 웹 기반 학습 자료를 개발하고 개발한 웹 자료를 운영하여 그 효과를 밝혔다. 웹 기반 학습 자료로 학습한 두 학급과 동일한 내용의 모듈 학습지로 학습한 두 학급의 과학 성취도, 과학 태도 점수를 비교하였고 웹기반 학습 반의 WBI 평가 설문 결과를 분석하였다. 학업 성취도에서 웹 기반 학습의 주 효과가 나타났으나 수업처치와 학습능력 수준 사이의 상호작용 효과는 없었다. 전체 과학 성취도에서 웹 집단이 모듈 집단보다 높게 나타났으며 상위 수준 학습자와 하위 수준 학습자 모두 웹 집단이 모듈 집단보다 전체 성취도가 높게 나타났다. 과학에 대한 태도면에서 웹 학습이 모듈 학습보다 긍정적인 효과를 미친 것으로 나타났으며 과학적 탐구에 대한 태도, 과학적 태도의 적용, 과학 수업의 즐거움 등 세 가지 하위 범주별로는 과학적 탐구에 대한 태도 범주에서 수업처치의 주 효과가 있었으나 수업처치와 학습능력 수준과의 상호작용 효과는 없었다. 웹 기반 학습에 대한 학습자들의 평가결과를 보면 문자의 크기와 모양, 제시된 정보의 양, 중요한 내용을 강조하는 시각적 효과 등 화면 구성에 대하여 긍정적인 평가를 하였다. 또한 지시와 도움말의 역할이나 동화상이나 애니메이션 등 멀티미디어 효소에 대해서도 학습내용에 적합하게 설계된 것으로 평가하였다. 반면에 관련 내용의 학습 후 이전의 분기점으로 되돌아가는 경로선택의 문제, 현재 어느 부분을 학습하는지 학습 위치 파악의 문제 등 사용 편의성 측면에서는 일부 부정적인 반응이 나타났다.

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Incorporation of Media in the Activities of Scientific Library of Higher Education Institution

  • Horban, Yurii;Berezhna, Oksana;Bohush, Iryna;Doroshenko, Yevhenii;Kovbel, Viktoriia
    • International Journal of Computer Science & Network Security
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    • 제22권4호
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    • pp.59-66
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    • 2022
  • Students can successfully connect with one another thanks to the introduction of Web 2.0 and the tools and technology linked with it. The fact that rising digital tools are systematically influencing the education system is not a secret. The purpose of the research article efficiently evaluates the influence of incorporation of media in the activities of the scientific library of the higher education institution. The research Methodology is the Concepts, techniques, and procedures to effectively inculcate primary and secondary data to conduct the research effortlessly. It's worth noting that in this case, quantitative primary research was provided in the form of a survey. The researchers have proposed a survey in order to successfully instil a comprehensive view on the "incorporation of media in the operations of the scientific library of higher education institutions." As a result, fifty-one higher education institution principals were asked to attend this session. This is necessary to understand that they are both well-educated and cognizant of the impact of technology innovation on schooling. As a result, the researchers were able to gain a comprehensive view of this situation thanks to this survey. The results effectively showed that most of the participants believe that social media plays a vital role in shaping up higher education and at the same time they believe that the libraries of famous educational institutions must adapt as per the new educational trend so that teachers and students both can tap into its benefit.The practical significance of the result is manoeuvred by the efficient survey analysis and at the same time, peer-reviewed journals have been employed to put forward authentic information. Therefore, efficient insight regarding this topic has been gathered by the researchers.

동시적 이중과제 훈련이 노인의 실행기능에 미치는 효과: 체계적 고찰 및 메타분석 (A Systematic Review and Meta-Analysis of the Effects of Simultaneous Dual-Task Training on Executive Function in Older Adults)

  • 전유진;박진혁
    • 재활치료과학
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    • 제10권3호
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    • pp.23-41
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    • 2021
  • 목적 : 본 연구는 노인을 대상으로 한 동시적 이중과제 훈련을 적용하였을 때 실행기능의 효과를 알아본 연구를 분석하는 것을 목적으로 한다. 연구방법 : PubMed, EMBASE, CoChrane, Web of Science, RISS를 이용하여 지난 10년간 출판된 논문을 검색하였고, 선정 및 배제 기준을 통해 최종 7편의 논문을 선정하였다. 선정 논문에 대한 PEDro 질적평가와 메타분석을 시행하였다. 결과 : 선정된 7편의 논문은 모두 무작위 대조군 설계로, PEDro Scale 7점 이상의 높은 편에 속하였다. 이중과제 훈련의 실행기능 효과를 보기 위한 평가도구로 4편의 문헌에서 선로잇기검사(Trail Making Test)를 사용하였고, 2편에서 색선로잇기검사(Color Trail Test)를 사용하였으며, 3편에서 스트룹검사(Stroop test)를 사용하였다. 메타분석을 실시한 결과 전체적인 실행기능의 향상은 0.38로 작은효과크기를 보였으며, 선로잇기검사와 색선로잇기검사는 0.37, 스트룹검사는 0.34로 작은효과크기를 보였다. 전체적인 실행기능 효과와 선로잇기검사, 색선로잇기검사의 효과크기만 통계학적으로 유의하였다(p<0.05). 결론 : 본 연구를 통해 이중과제 훈련이 노인의 실행기능 향상에 효과적임을 확인하였지만, 이중과제 훈련의 효과를 높이기 위해서는 훈련의 난이도 설정이 중요하며, 실행기능을 평가하는 다양한 평가도구와 실제 이중과제 조건에서의 수행도를 평가하는 평가도 동시에 이루어져야 함을 알 수 있었다. 이는 향후, 노인들의 실행기능 향상 훈련을 하는데 적절한 중재방법으로 사용될 수 있으며, 치매 발현을 늦추는데 도움이 될 것이라 사료된다.

플로우 경험이 휴대폰 서비스 이용에 미치는 영향에 관한 연구 (A Study on the Effects of Flow on the Utilization of Mobile Phone Service)

  • 박윤서;이승인;이효선
    • 경영과학
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    • 제27권3호
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    • pp.117-135
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    • 2010
  • The purpose of this study is to segment the mobile phone users based on the flow types and to understand the differences in mobile phone usage behavior between the segmented groups. The 'flow' construct, which was introduced first in marketing by Hoffman and Novak[44], has been used as an important keyword for understanding consumer behavior on the World Wide Web. In this paper, we will try to use the flow aspect for the mobile market segmentation, which is one of the most fundamental tools for developing a successful marketing strategy on the mobile phone service market. We collected survey data from consumers and analyzed the data with the SPSS 12.0 package where we did ${\chi}^2$-test, factor analysis, one-way ANOVA and cluster analysis. Main results of this study are as follow. First, the flow types of the mobile phone users were classified into five types, which are named as the 'Flow' type, 'Apathy' type, 'Anxiety' type, 'Boredom' type, 'Control' type. Second, most of the results related to the usage of mobile phone service showed statistically significant differences between flow types. These findings suggest that the mobile phone service marketers should consider the various flow types of users and work out effective market segmentation strategies based on these consumer flow types.