• 대한임상검사과학회지
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• 제45권1호
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• pp.21-25
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• 2013

Acinetobacter baumannii is an aerobic, gram-negative and glucose-non-fermenting bacterium, which has emerged as a serious opportunistic pathogen. Many clinical microbiology laboratories use the Vitek 2 system for the routine antimicrobial susceptibility testing process, including testing on A. baumannii isolates. However, in case of amikacin, it is now recommended to perform additional antimicrobial susceptibility testing for A. baumannii strains due to the relatively lower minimum inhibitory concentration (MIC) in the Vitek 2 system compared to conventional reference methods. In our study, we assessed MIC for amikacin susceptibility testing of A. baumannii isolates in the Vitek 2 system, the agar dilution, Etest, and disk diffusion method. We collected 40 gentamicin-resistant, A. baumannii strains (amikacin MIC by Vitek 2:${\leq}2{\mu}g/mL$, 2 isolates; $4{\mu}g/mL$, 34 isolates; $8{\mu}g/mL$, 4 isolates) from a University hospital and compared the Vitek 2 system to other reference methods for testing susceptibility to amikacin. The Vitek 2 system showed major errors in all of the 40 isolates, yielding a low MIC. The results of our study strongly suggested that the Vitek 2 system was not a reliable method to test the MICs of gentamicin; ranging from ${\geq}16{\mu}g/mL$ for amikacin susceptibility. Other tests, such as agar dilution, Etest, or disk diffusion methods, should be paralleled to determine the MIC of amikacin in A. baumannii.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제30권3호
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• pp.281-288
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• 2015

Vibrio 속에 속한 세균에 의한 식중독은 오염된 해산물 식품의 섭취로 인하여 빈번하게 발생하고 있다. 그러므로 해산물을 날것으로 섭취하는 한국인의 특성을 고려할 때, 빠르고 정확한 Vibrio 검출기술은 식품위생 및 공중보건의 측면에서 매우 중요하다. 이와 관련하여 본 연구에서는 전통적인 배지를 이용한 동정방법의 단점을 보완할 수 있는 생화학적 방법인 Vitek 2 system방법과 분자생물학적 방법인 species-specific PCR 방법을 사용하여 얻은 동정결과를 비교 평가하고자 하였다. 본 연구에서는 5개의 Vibrio 표준균주와 16S rRNA gene sequencing 결과에 의하여 Vibrio 속으로 확인된 24개의 분리균주가 이용되었다. Vitek 2 system방법을 이용한 경우, 이와 같이 본 연구에 사용된 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 2개(2/5, 40%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 15개(15/24, 62.5%) 등의 총 17개 균주(17/29, 58.6%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. 그리고 species-specific PCR방법을 이용한 경우, 위의 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 5개(5/5, 100%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 16개(16/24, 66.7%) 등의 총 21개 균주(21/29, 72.5%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. Vitek 2 system방법과 species-specific PCR방법을 이용하여 동정된 결과를 비교하였을 때 표준균주 중 V. parahaemolyticus, V. mimicus 등의 2개(2/5, 40%), 새우분리균주 24개 중에서 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 7개 (7/24, 29.2%) 등의 총 9개(9/29, 31%) 균주들에 대한 동정결과만이 일치하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권3호
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• pp.279-284
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• 2017

본 연구에서는 혈액배양에서 신속한 세균 동정과 항생제 감수성 시험(antibiotic susceptibility test, AST) 결과를 얻기 위해 혈액배양 양성배지에서 계대배양 없이 세균을 VITEK MS와 VITEK 2 시스템에 직접 접종하였으며, 도출된 결과를 표준방법과 비교하여, 그 신뢰도와 정확도를 평가하였다. 혈액배양 양성시료에서 직접 결과는 표준방법 AST 결과와 비교하였을 때, 97.9% (1,936/1,978)의 전체적인 일치율을 보였다. 그람양성 세균은 97.2% (1,051/1,081)의 일치율을 나타냈으며, 매우 중대한 오차율은 0.5% (5/1081), 중대한 오차율은 0.1% (1/1,081), 사소한 오차율은 2.2% (24/1,081)의 결과를 나타냈다. 두 방법 간 불일치의 주요 원인균은 Staphylococcus epidermidis이었고, 그 중 gentamicin (N=9)과 fusidic acid (N=8)에서 높은 오류를 나타냈다. 그람음성 세균 중 전체적인 일치율은 98.6%(885/897)였고, 사소한 오류는 1.4% (12/897)였다. 그람음성세균의 불일치 주요 원인균은 Escherichia coli와 Pseudomonas aeruginosa였으며, 그 중 amoxicillin/clavulanic acid(N=3)에서 높은 오류를 나타냈다. 직접법에 의한 AST 방법은 CLSI 기준을 충족하였고, 결과 보고 시간을 24시간 단축할 수 있었지만, 매우 큰 오류가 있는 항생제에 대해서는 디스크확산법으로 추가적인 검사를 시행한 후 보고해야 한다는 것을 알 수 있었다. 이러한 연구 결과들을 토대로 혈액배양 시료에서 직접 AST를 실시하는 방법은 정확하고 결과를 보고하는데 까지 소요되는 시간을 크게 감소시킬 수 있기 때문에 환자의 정확하고 효율적인 치료에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권12호
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• pp.2206-2213
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• 2016

Recently, several studies have revealed that commercial microbial identification systems do not accurately identify the uncommon causative species of candidiasis, including Candida famata, Meyerozyma guilliermondii, and C. auris. We investigated the accuracy of species-level identification in a collection of clinical isolates previously identified as C. famata (N = 38), C. lusitaniae (N = 1 2), and M. guilliermondii (N = 5) by the Vitek 2 system. All 55 isolates were re-analyzed by the Phoenix system (Becton Dickinson Diagnostics), two matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry analyzers (a Vitek MS and a Bruker Biotyper), and by sequencing of internal transcribed spacer (ITS) regions or 26S rRNA gene D1/D2 domains. Among 38 isolates previously identified as C. famata by the Vitek 2 system, the majority (27/38 isolates, 71.1%) were identified as C. tropicalis (20 isolates) or C. albicans (7 isolates) by ITS sequencing, and none was identified as C. famata. Among 20 isolates that were identified as C. tropicalis, 17 (85%) were isolated from urine. The two isolates that were identified as C. auris by ITS sequencing originated from ear discharge. The Phoenix system did not accurately identify C. lusitaniae, C. krusei, or C. auris. The correct identification rate for 55 isolates was 92.7% (51/55 isolates) for the Vitek MS and 94.6% (52/55 isolates) for the Bruker Biotyper, as compared with results from ITS sequencing. These results suggest that C. famata is very rare in Korea, and that the possibility of misidentification should be noted when an uncommon Candida species is identified.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권4호
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• pp.401-406
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• 2017

이 연구에서 VITEK 2 시스템을 사용하여 $6{\mu}g/mL$ vancomycin이 첨가된 Enterococcosel (EV6 agar에서 배양한 327개의 검체 중 74개의 분리균(22.6%)으로 확인하였다. E. faecium은 55주(74.3%), E. gallinarum 16주(21.6%), E. casseliflavus 2주(2.7%) 및 E. avium 1주(1.4%)로 확인되었다. E. faecium의 55가지 표현형 중 vanA가 42주(76.4%), vanB가 9주(16.4%), vanC 표현형이 4주(7.3%)로 나타났다. E. gallinarum 16주와 E. casseliflavus 2주 모두 vanC 표현형을 보였으며 E. avium 1주는 vanB 표현형을 나타내었다. EV4에서만 증식된 E. faecium 1주는 VITEK2 시스템을 이용한 항균제 감수성 검사 결과 vancomycin과 teicoplanin에 모두 감수성이었고 vancomycin 내성 표현형 유전자는 PCR에 의해 검출되지 않았다. 총 327 검체를 $6{\mu}g/mL$ vancomycin (EV6 broth)을 첨가 한 Enterococoscosel broth에서 배양하여 120 균주(36.7%)가 분리되었다. 120균주에서 다중 중합 효소 연쇄반응에 의한 반코마이신 내성 유전형 실험을 실시한 결과, vanA가 51주(42.5%), vanA와 vanC가 5주(4.2%), vanC가 18주(15%), 나머지 46주(38.3%)에서는 vancomycin 내성 유전형 유전자는 검출되지 않았다.

• Journal of Microbiology
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• 제40권2호
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• pp.170-172
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• 2002

To determine the occurrence of vancomycin-resistant Enterococci in a raw milk sample, raw milk samples were examined for a period of 6 months. Enterococci were isolated directly from Enterococcal selective agar plates supplemented with 2 mg of vancomycin per liter, Nineteen strains were selected and identified by applying the Vitek system. To determine resistance patterns, 19 isolates were tested with vancomycin and teicoplanin. Vancomycin-resistant Enterococci were genotyped by using a PCR analysis and 5 out of 19 isolates were of the VanC type.

• Safety and Health at Work
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• 제11권4호
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• pp.517-525
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• 2020

Background: The study was planned to show the status of indoor microorganisms and the status of the reduction device in the military dog clinic. Methods: Airborne microbes were analyzed according to the number of daily patient canines. For identification of bacteria, sampled bacteria was identified using VITEK^®2 and molecular method. The status of indoor microorganisms according to the operation of the ventilation system was analyzed. Results: Airborne bacteria and fungi concentrations were 1000.6 ± 800.7 CFU/m³ and 324.7 ± 245.8 CFU/m³. In the analysis using automated identification system, based on fluorescence biochemical test, VITEK^®2, mainly human pathogenic bacteria were identified. The three most frequently isolated genera were Kocuria (26.6%), Staphylococcus (24.48%), and Granulicatella (12.7%). The results analyzed by molecular method were detected in the order of Kocuria (22.6%), followed by Macrococcus (18.1%), Glutamicibacter (11.1%), and so on. When the ventilation system was operated appropriately, the airborne bacteria and fungi level were significantly decreased. Conclusion: Airborne bacteria in the clinic tend to increase with the number of canines. Human pathogenic bacteria were mainly detected in VITEK^®2, and relatively various bacteria were detected in molecular analysis. A decrease in the level of bacteria and fungi was observed with proper operation of the ventilation system.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권4호
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• pp.413-419
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• 2017

폐렴의 한(일개) 환자의 임상검체에서 연속적으로 분리된 Imipenem 내성세균 4균주를 분리하였다. 분리균을 동정하기 위해 Vitek II system의 GN card를 이용하였으며 16S rRNA유전자 염기서열을 기초로 계통학적 분석을 실시하였다. 분리균은 P. aeruginosa (2 strains), P. monteilii (1) 및 P. putida (1) 으로 동정되었다. 분리균들의 항생제에 대한 내성시험은 Vitek II system AST-N225 card를 이용해서 imipenem의 최소억제 농도가 모두 $${\geq_-}8{\mu}g/mL$$을 확인한 후 실험에 사용하였다. ${\beta}-Lactamase$ 유전자의 특이 시발체를 이용하여 증폭한 PCR 산물로 imipenem 내성 유전자형을 결정하였는데 분리된 4균주 모두에서 MBL 유전자를 확인하였으며 2균주의 P. aeruginosa는 MBL유전자중 VIM형과 SHV형 유전자를 그리고 또다른 균주는 VIM형과 OXA group II형 유전자를 동시에 보유하고 있었다. 항생제 감수성 결과에서는 amikacin이 다른 항생제보다 감수성을 보였을 뿐 대체적으로 내성율이 높았다. 균주들간의 역학적 연관성 분석을 위해 ERIC-PCR을 이용한 DNA 지문 분석결과, 분리된 2 균주의 P. aeruginosa는 유사한 균주일 것으로 추정하였으나 DNA band 유형의 상동성은 서로 다른 유형임을 알아 볼 수 있었다. 특이하게 한 환자에게서 imipenem 내성세균이 4균주가 검출 된 것은 이례적이며 동종의 DNA band 유형도 서로 상이하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권4호
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• pp.407-412
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• 2017

본 연구에서는 계대배양과 세균 동정 시험에 소요되는 시간을 단축하고, 혈류감염의 새로운 검사 방법을 모색하여 간단하고 신속 정확한 동정 결과를 도출할 목적으로 질량분석기를 이용하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 혈액배양에서 한 가지 세균만 배양된 검체는 총 254개였으며, Vitek 2에서 208주(81.8%)의 세균을 동정되었으며, 45주는 동정되지 않았다. 동정된 세균 중 그람양성 세균이 146개(57.5%), 그람음성 세균이 108개(42.5%)이었다. 전체적으로 233개는 종(species) 수준까지 동정 되었으며, 21개는 속(genus)수준까지 동정 되었다. 동정 오류는 Propionibacterium acnes를 Clostridium bifermentans로 동정 되었다. 균종별로는 enterobacteriaceae, glucose non-fermentative bacilli (GNFB), staphylococci의 정확도는 각각 81/83 (97.6%), 12/15 (80.0%), 72/85 (84.7%)로 나타났다. Vitek 2에 의한 표준법과 Vitek MS에 의한 직접법에 의한 동정의 일치율은 81.8%이었으며, 45주는 동정되지 않았다. 동정되지 않은 세균들의 대부분은 그람양성 세균(n=37)이었고, 그람양성 세균은 streptococci (14), coagulase-negative staphylococci (CNS) (11), enterococci (3), Staphylococcus aureus (2), Micrococcus spp. (2), Bacillus spp. (2) 그리고 Actinomyces odontolyticus, Finegoldia mag na, Peptostreptococcus spp.가 각각 1건씩 이었다. 결과 보고 시간은 기존의 검사 방법보다 24~72시간까지 단축되었다. 산소성 배양과 무산소성 배양 사이의 동정률의 차이는 없었으나 무산소성 배양을 사용하면 용해 과정이 필요 없어 검체 준비 시간을 단축할 수 있었다. 이상의 연구 결과로 혈액배양병에서 직접 동정하는 방법은 정확하고 결과 보고 시간이 신속하여 환자의 치료에 매우 유용할 것이라 생각된다. 향후 추가적인 연구에서는 본 연구에서 정확성이 부족했던 사슬알균(streptococci)과 혈장응고효소 음성 포도알균(CNS)을 동정하기 위한 방법을 더욱 개선할 필요가 있을 것으로 사료된다.

• 한국축산시설환경학회지
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• 제21권3호
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• pp.83-92
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• 2015

An attempt to produce more pigs in limited spaces inevitably generalized concentrated feeding operation (CFO). As concentrated pig production practice expanded, concerns on environmental issues grow concurrently. Since odor is the concerned most among those, we attempted to develop means to tackle odor emission from livestock operations. Previously, we excavated few microorganisms from pig manure and, one of them, Bacillus licheniformis was particularly useful to handle odor problem. In this study, we conducted our investigation to further characterize Bacillus licheniformis. Strain identification was conducted using Vitek 2 compact, and the optimal temperature and pH conditions to growth B. licheniformis were searched for by analyzing turbidity on O.D 600 nm. Results of this study can be summarized as these, (1) it was re-verified that the bacterial strain that purified from pig manure was, in fact, Bacillus licheniformis, (2) the bacterial growth was highest when the temperature was kept at $30^{\circ}C$, also (3) growth rate was dependent on media pH as it was high at neutral (6, 7 and 8) but dropped when it was diverged from neutral (4, 5, 9 and 10), and (4) regarding ammonia removal efficiency, B. licheniformis recorded 64% effectiveness after 48 h incubation and reached its highest (80%) at 72 h.