• Title/Summary/Keyword: Tertiary structure

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Glyphosate 독성(毒性): I. Glyphosate 처리(處理)가 토마토의 Shikimic Acid의 축적(蓄積)과 엽록소(葉綠素)의 분해(分解)에 미치는 영향(影響) (Glyphosate Toxicity: I. Long Term Analysis of Shikimic Acid Accumulation and Chlorophyll Degradation in Tomato Plant)

  • 김태완;니콜라스 암라인
    • 한국잡초학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.141-147
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    • 1995
  • Glyphosate (N-[phosphonomethyl)glycine)에 의한 식물체(植物體)의 피해양상(被害樣相)을 알아보기 위하여 토마토(Lycopersicon esculentum Mil)를 대상으로 하여 동화부위(同化部位)에 부분처리(部分處理)하거나 전(全) 식물체(植物體)에 분무처리(噴霧處理)하였다. Glyphosate는 처리 24시간(時間)이내에 shikimic acid의 급속한 체내(體內) 축적(蓄積)을 유도(誘導)하였다. Shikimic acid의 축적(蓄積)은 정단엽(頂端葉)의 분열조직(分裂組織)에서 엽록소(葉綠素)의 감소(減少)를 동반(同伴)하였다. 이때 나타나는 황화(黃化)현상은 생장하는 어린잎의 정단조직(頂端組織)에서 향정성(向頂性)인 현상(現象)이었다 엽록소(葉綠素)의 감소(減少)는 glyphosate의 이차효과(二次效果) 내지 삼차효과(三次效果)인 것으로 보인다. 그렇지만 축적(蓄積)된 shikimic acid의 감소(減少)는 처리 5일째부터 정단엽과 뿌리를 제외하고는 감소(減少)하였다. Shikimic acid의 축적(蓄積) 정도는 처리(處理)된 부위(部位)에 따라 매우 다르게 나타났으며, paraquat를 처리(處理)한 하위(下位) 3엽(葉)에서는 3일 후(後)에 토마토의 정단분열조직(頂端分裂組織)에서 shikimic acid의 수준(水準)이 가장 높게 나타났다.

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형광 단백질 mCherry-I202T의 pH 감응성 분석 (Characterization of pH Dependent Properties of mCherry Mutant, I202T)

  • 이상민;정민섭
    • 공업화학
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    • 제32권1호
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    • pp.10-14
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    • 2021
  • DsRed에서 유래한 적색 형광 단백질들 중 하나인 mCherry는 GFP와 유사한 3차 구조를 가진 잘 알려진 적색 형광 단백질 중 하나이며, 수소결합 네트워크를 형성하고 있지 않아서 pH 변화에 민감하지 않다. 반면 mCherry의 발색단 근처에서 돌연변이를 야기 시켜 만든 mCherry-I202T는 mCherry 단백질의 202번째 아미노산인 이소루신(Ile)을 트레오닌(Thr)으로 치환함으로써 모체와는 다르게 추가적인 수소결합을 형성하여, 주위 pH에 더욱 민감하게 반응할 뿐 아니라 적색 편이된 형광을 보였다. 수소결합이 확장된 I202T의 pH 민감성을 검증하기 위해 산성과 염기성 pH 범위에서 I202T의 UV-vis 흡광 스펙트럼 변화와 가역성을 확인하고, 그를 pH sensor에 적용 가능한지 그 가능성을 검증하고자 하였다.

Strategic construction of mRNA vaccine derived from conserved and experimentally validated epitopes of avian influenza type A virus: a reverse vaccinology approach

  • Leana Rich Herrera-Ong
    • Clinical and Experimental Vaccine Research
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    • 제12권2호
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    • pp.156-171
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    • 2023
  • Purpose: The development of vaccines that confer protection against multiple avian influenza A (AIA) virus strains is necessary to prevent the emergence of highly infectious strains that may result in more severe outbreaks. Thus, this study applied reverse vaccinology approach in strategically constructing messenger RNA (mRNA) vaccine construct against avian influenza A (mVAIA) to induce cross-protection while targeting diverse AIA virulence factors. Materials and Methods: Immunoinformatics tools and databases were utilized to identify conserved experimentally validated AIA epitopes. CD8+ epitopes were docked with dominant chicken major histocompatibility complexes (MHCs) to evaluate complex formation. Conserved epitopes were adjoined in the optimized mVAIA sequence for efficient expression in Gallus gallus. Signal sequence for targeted secretory expression was included. Physicochemical properties, antigenicity, toxicity, and potential cross-reactivity were assessed. The tertiary structure of its protein sequence was modeled and validated in silico to investigate the accessibility of adjoined B-cell epitope. Potential immune responses were also simulated in C-ImmSim. Results: Eighteen experimentally validated epitopes were found conserved (Shannon index <2.0) in the study. These include one B-cell (SLLTEVETPIRNEWGCR) and 17 CD8+ epitopes, adjoined in a single mRNA construct. The CD8+ epitopes docked favorably with MHC peptidebinding groove, which were further supported by the acceptable ∆Gbind (-28.45 to -40.59 kJ/mol) and Kd (<1.00) values. The incorporated Sec/SPI (secretory/signal peptidase I) cleavage site was also recognized with a high probability (0.964814). Adjoined B-cell epitope was found within the disordered and accessible regions of the vaccine. Immune simulation results projected cytokine production, lymphocyte activation, and memory cell generation after the 1st dose of mVAIA. Conclusion: Results suggest that mVAIA possesses stability, safety, and immunogenicity. In vitro and in vivo confirmation in subsequent studies are anticipated.

한국 산맥론(I) : DEM을 이용한 산맥의 확인과 현행 산맥도의 문제점 및 대안의 모색 (Discussions on the Distribution and Genesis of Mountain Ranges in the Korean Peninsular (I) : The Identification Mountain Ranges using a DEM and Reconsideration of Current Issues on Mountain Range Maps)

  • 박수진;손일
    • 대한지리학회지
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    • 제40권1호
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    • pp.126-152
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    • 2005
  • 현재 한국 사회에서는 산맥의 개념 규정에 대한 혼동과 함께 교과서에 수록되어 있는 산맥의 존재 여부에 대해 많은 논란이 일고 있다. 이 연구에서는 지리학적 산맥과 유역분수계 개념의 차이점 그리고 산맥 개념의 사회적 논란에 대한 원인 분석을 바탕으로, 산맥의 정의 및 기존 산맥도와 관련된 한반도 지체구조와 산맥의 형성과정에 대해 살펴보았다. 한반도의 DEM에서 추출한 지표곡면도와 음영기복도, 그리고 지체구조선과 지질분포도를 이용하여 현재 및 과거에 표기되어 왔던 산맥들의 공간적인 분포를 비교$\cdot$검증하였다. 이 연구의 결과 현재 일반에게 알려져 있는 산맥들의 실체를 대부분 확인할 수 있었으며, 이들 산맥은 한반도의 지형적인 특성을 결정해 온 지체구조의 발달사와 지형발달과정을 이해하는 데 유용한 틀을 제시해 주고 있다는 사실이 입증되었다. 하지만 한반도의 산맥들은 형태와 성인적 특성에서 매우 다양하다. 현재 표기되고 있는 산맥들을 성인에 따라 5가지 유형으로 분류할 수 있었다. 형성 시기와 성인을 중심으로 살펴보면 1) 제3기 동해의 형성과정에서 나타난 한반도 전체의 융기 현상에 의해 형성된 융기산맥(함경산맥, 낭림산맥, 태백산맥), 2) 제3기 융기운동에 의해 2차적으로 나타난 단층운동과 융기 현상으로 형성된 산맥(마천령산맥, 소백산맥, 북서백산맥), 3) 중생대 광범위한 화강암의 관입에 의해 그 근간이 만들어진 습곡산맥(적유령산맥, 광주산맥, 차령산맥, 노령산맥), 4) 제3기 이후 하천의 침식으로 형성된 산지 중에서 유역의 분수계를 이루는 분수계형 침식산맥(마식령산맥, 묘향산맥), 5) 제3기 이후 하천의 침식에 의해 남겨진 분수계들을 하천과 수직으로 연결한 침식면형 침식산맥(강남산맥, 언진산맥, 멸악산맥) 등으로 구분할 수 있었다. 현재 한국 사회에서 나타나고 있는 산맥의 유무에 관한 논란은 부분적으로는 산맥의 설정 목적과 성인에 대한 지리학계의 명확한 설명이 제시되지 않았기 때문일 것이다. 이를 극복하기 위해서는 성인별로 분류된 산맥을 표현 목적과 사용되는 지도의 축척, 그리고 교육의 목적에 따라 계층적으로 제시하는 작업이 필요하다. 특히 일반인들의 산맥에 대한 이때를 높이기 위한 산맥의 성인과 형태에 관한 효과적이고 광범위한 교육과 홍보가 요구된다.

산사태지역 토층사면의 지질조건별 토질특성 (Soil Characteristics according to the Geological Condition of Soil Slopes in Landslide Area)

  • 김경수
    • 지질공학
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    • 제16권4호
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    • pp.359-371
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    • 2006
  • 이 연구는 산사태가 발생한 편마암류, 화강암류 및 제3기퇴적암류지역 자연사면의 토층을 대상으로 여러 토질시험을 실시하여 산사태에 영향을 미치는 토층사면의 토질특성을 고찰하였다. 이를 위하여 같은 시기에 집중호우로 인해 많은 산사태들이 발생되었던 지역으로 편마암류인 장흥지역, 화강암류인 상주지역 및 제3기퇴적암류인 포항지역의 산사태현장 및 그와 대비되는 곳의 토층으로 부터 채취한 시료에 대해 물성 및 공학시험을 실시하였다. 산사태자료와 시험결과를 토대로 산사태지역의 토질측성을 파악하고 발생지역과 미발생지역간의 차별성을 분석하였다. 지질별로 다소의 차이는 있으나 산사태발생지역의 토층은 미발생지역에 비해 균등계수와 곡률계수가 더 크고 세립자의 함유비율이 더 높다. 액성한계는 거의 유사한 경향성을 보이나 소성한계는 다른 두 지질에 비해서 편마암이 상대적으로 더 크게 나타났으며, 산사태발생지역의 토층이 더 낮은 연경도를 갖는다. 함수비는 다른 두 지질에 비해서 제3기퇴적암류가 훨씬 큰데, 이는 모암의 광물조성과 토층의 구조 및 풍화양상 등 다양한 토질요소에 영향을 받는다. 3개 지질조건 모두에서 산사태발생지역의 토층이 미발생지역에 비해서 대체로 큰 간극율과 작은 밀도특성을 갖는데, 이는 산사태발생지역의 토층이 미발생지역에 비해 더 불량한 입도분포와 느슨한 지반상태에 있음을 보여주는 것으로, 간극율이 크고 밀도가 작은 토층에서 산사태가 더 쉽게 발생될 수 있음을 의미한다. 그리고 동일한 지질조건인 경우 투수성이 양호한 토층이 산사태에 더 취약한데, 투수성은 입도분포, 간극크기, 흙입자의 거칠기 및 구조 등의 토질특성과 풍화나 퇴적환경 등 지질성인에 영향을 받는다. 한편, 전단특성은 지질조건에 따라 다소의 차이는 있으나 특별하게 구분되지는 않는다. 그러나 모든 지질조건에서 산사태발생지역의 토층이 미발생지역에 비해 전단저항각이 더 작은 것으로 나타남으로써 동일한 지질조건인 경우 전단저항각이 큰 토층은 작은 토층에 비해 산사태에 더 안정한 지반으로 분류된다.

가치사슬 활동이 종합병원 경영성과에 미치는 영향 분석 (The Effects of Value Chain Activity on General Hospital Management Performance)

  • 백승준;김영훈;김한성;최영진;한휘종;윤병준;우정식;김효정
    • 한국병원경영학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.11-28
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    • 2014
  • This study, targeting Korean tertiary hospitals and general hospitals, aims to analyze how value chain model in health and medical institution suggested by Duncan and else influences on hospital management. A survey was conducted to verify the actual proof analysis of this study model. 880 questionnaires were distributed to entire 88 hospitals and 739 copies were returned from 76 hospitals. This study mainly consists of three steps to analyze the effect value chain activity has on management performance of general hospitals. For the first step, we analyzed the effects service delivery activity has on management performance. For the second step, we analyzed the effects service support activity has on management performance and for the third, we analyzed the effects interaction between service delivery activity and service support activity has on management performance. The main results of this study are as follows. First, in terms of the management performance of scale, the factors which influenced on daily charge of outpatient were service activity before treatment, at the moment of treatment and value chain activity, while more important factors in daily charge of inpatient were organizational culture, organizational structure and value chain activity. In terms of management performance of quality, the factors which influenced on the first medical examination rate of outpatient were service activity before, at the moment of and after treatment, while activity at the moment of treatment, organizational structure, and value chain activity which is interaction were more important factors in average length of stay. In terms of non-financial performance, the management performance factors which influenced on job satisfaction were service activity at the moment of, after the treatment and value chain activity, while organizational culture, strategy resources and value chain activity which is interaction were more important factors in job commitment. Secondly, all the service support activity, service delivery activity and value chain activity had statistically significant effect on management performance. Among the three factors, service support activity had relatively high effect than others.

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의료기관 영양서비스 현황 I : 영양부서 조직.인력체계 및 작업생산성 (Hospital Nutrition Services I : Organization, Personnel and Productivity of Nutrition Department)

  • 김동연;이윤태;김정원;장영애;서희재;김영찬;윤성원
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제34권4호
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    • pp.458-471
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    • 2001
  • To evaluate the infra structure supporting hospital nutrition services, we conducted a survey on the unit of organization, unit of dietitians work system, number of personnel engaged on nutrition services, productivity of food service, management of dietitians works, computerization of nutrition services etc. Total ninety-six hospitals were participated in the survey, and they were varied in terms of hospital classification, location, number of beds and type of food service management. All of the large hospitals with more than 400 beds conducted nutrition services under the department of nutrition, but some of the middle and small hospitals with less than 400 beds conducted nutrition services under the other department such as administration. In most of the tertiary hospitals, the work of dietitians were separated in which food services and medical nutrition services were conducted independently by different dietitians, whereas, in most of general hospitals and all the hospital, food services and medical nutrition services were conducted by the same dietitians in all time. The numbers of dietitians and cooks per 100 beds were fewer in the large hospitals with more than 400 beds than the hospitals with less than 400 beds, and the number of cooking and meal serving assistants were the just opposit. The average productivity of food service was 44.5 meals per hour for each dietitian, 84.8 meals per hour for a cook and 7.0 meals per hour for a cooking and meal serving assistant. The productivities for dietitians and cooks tend to be higher in large hospitals than middle and small hospitals, whereas the productivities for cooking and meal serving assistants were just opposite. The large hospitals seemed to solve the problem on the lack of working personnels by hiring part-time workers and by utilization of computer system for their works. The pattern of daily work management in food service area was not much different between dietitians duties, but the pattern of daily work management in medical nutrition service area was different in a way which the analysis of patients nutrient intakes was almost not conducted by dietitians handling both food services and medical nutrition services. Therefore, this study demonstrates that there are significant differences in the infra structures conducting nutrition services among hospitals, suggesting that the strategies to improve this improve this structure in relation to the improvement of service qualities need to be investigated in the future. (Korean J Nutrition 34(4) : 458∼471, 2001)

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Dione Bisoxime 계통의 화합물에 대한 테크네슘표지 원리에 관한 연구 (Tc-99m Labeling of Dione Bisoxime Compounds)

  • 정재민;조정혁;오승준;이명철;정수욱;정준기;이동수;곽철은;이경한;고창순
    • 대한핵의학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.110-117
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    • 1995
  • Tc-99m Labeled hexamethylenepropyleneamineoxime ([$^{99m}Tc$]-HMPAO) is a famous amino-oxime compound and is widely used to construct SPECT images of cerebral blood flow. To investigate the relationship between chemical structure and radiolabeling in these kind of diamine-oxime compounds, we synthesized seven compounds by Schiff's base formation and successive reduction with sodium borohydride. They were (RR/SS )-4,8-diaza-3,6,6,9-tetramethylundecane-2,10-dione bisoxime (2), (RR/SS/meso)-4,8-diaza-3,9-dimethy-lundecane-2,10-dione bisoxime (4), (RR/SS/meso)-4,8-diaza-3,10-dimethyldodecane-2,11-dione bisoxime (5), (RR/SS/meso)-4,7-diaza-3,6,6,8-tetramethyldecane-2,9-dione bisoxime (8), (RR/SS/meso)-4,7-diaza-5,6-cyclohexyl-3,8-dimethyldecane-2,9-dione bisoxime (10), (RR/SS/meso)-3,4-bis(1-aza-2-methyl-3-oxime-1-butyl)-benzoic acid (12), and (RR/SS/ meso)-2,3-bis(1-aza-2-methyl-3-oxime-1-butyl) benzophenone (14). Chemical structures of all the synthesized compounds were identified by taking $^1H$ spectrum. Among them, 2 and 4 are propyleneamine oxime (PnAO), 6 is butyleneamine oxime (BnAO) and 8, 10, 12 and 14 are ethyleneamine oxime (EnAO). Each compound (0.5 mg) was incubated with stannous chloride (0.5 g - 8 g), carbonate-bicarbonate buffer (final concentration = 0.1 M, pH 7 - pH 10) and Tc-99m-pertechenate (1 ml). Tc-99m labeling of these compounds were checked by ITLC (acetone), ITLC (normal saline), reverse phase TLC (50 % acetonitrile) and ITLC (ethyl acetate). According to the results, EnAO's were not labeled by Tc-99m in any of above condition. About 11 % of maximum labeling efficiency was obtained with BnAO. However, 4 (PnAO) was labeled with Tc-99m to 85 % which is similar to the labeling efficiency of 2 (HMPAO). Hydrophilic impurity (9 % ) was the most significant problem with the labeling of 4, however, pertechnetate (3 % ) and colloid (3 %) were minor problem. In conclusion, we synthesized seven diamine blsoxlme compounds. Among them, four EnAO compounds were not labeled by Tc-99m. A BnAO was labeled poorly and two PnAO's were labeled well. These labeling can be explained by tertiary structure of their Tc-99m chelate.

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Some characters of bacterial cellulases in goats' rumen elucidated by metagenomic DNA analysis and the role of fibronectin 3 module for endoglucanase function

  • Nguyen, Khanh Hoang Viet;Dao, Trong Khoa;Nguyen, Hong Duong;Nguyen, Khanh Hai;Nguyen, Thi Quy;Nguyen, Thuy Tien;Nguyen, Thi Mai Phuong;Truong, Nam Hai;Do, Thi Huyen
    • Animal Bioscience
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    • 제34권5호
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    • pp.867-879
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    • 2021
  • Objective: Fibronectin 3 (FN3) and immunoglobulin like modules (Ig) are usually collocated beside modular cellulase catalytic domains. However, very few researches have investigated the role of these modules. In a previous study, we have sequenced and analyzed bacterial metagenomic DNA in Vietnamese goats' rumen and found that cellulase-producing bacteria and cellulase families were dominant. In this study, the properties of modular cellulases and the role of a FN3 in unique endoglucanase belonging to glycosyl hydorlase (GH) family 5 were determined. Methods: Based on Pfam analysis, the cellulases sequences containing FN3, Ig modules were extracted from 297 complete open reading frames (ORFs). The alkaline, thermostability, tertiary structure of deduced enzymes were predicted by AcalPred, TBI software, Phyre2 and Swiss models. Then, whole and truncated forms of a selected gene were expressed in Escherichia coli and purified by His-tag affinity column for assessment of FN3 ability to enhance enzyme activity, solubility and conformation. Results: From 297 complete ORFs coding for cellulases, 148 sequences containing FN3, Ig were identified. Mostly FN3 appeared in 90.9% beta-glucosidases belonging to glycosyl hydrolase family 3 (GH3) and situated downstream of catalytic domains. The Ig was found upstream of 100% endoglucanase GH9. Rarely FN3 was seen to be situated downstream of X domain and upstream of catalytic domain endoglucanase GH5. Whole enzyme (called XFN3GH5 based on modular structure) and truncate forms FN3, XFN3, FN3GH5, GH5 were cloned in pET22b (+) and pET22SUMO to be expressed in single and fusion forms with a small ubiquitin-related modifier partner (S). The FN3, SFN3 increased GH5 solubility in FN3GH5, SFN3GH5. The SFN3 partly served for GH5 conformation in SFN3GH5, increased modules interaction and enzyme-soluble substrate affinity to enhance SXFN3GH5, SFN3GH5 activities in mixtures. Both SFN3 and SXFN3 did not anchor enzyme on filter paper but exfoliate and separate cellulose chains on filter paper for enzyme hydrolysis. Conclusion: Based on these findings, the presence of FN3 module in certain cellulases was confirmed and it assisted for enzyme conformation and activity in both soluble and insoluble substrate.

한반도 동남부 제3기 마이오세 어일분지내 둥지형 화산함몰구조 (A Nested Cauldron Structure in the Tertiary Miocene Eoil Basin, Southeastern Korea)

  • 손문;김인수;옥수석
    • 암석학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.121-131
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    • 2001
  • 한반도 동남부 마이오세 어일분지내 화산 분출 양식을 파악하기 위하여 지질, 지질구조 그리고 위성사진을 종합적으로 분석하였다. 동해가 확장하는 동안 북북서 방향의 우수향 전단력에 의해 북서-남동방향으로 확장된 어일분지는 지질구조와 충전물의 암상 및 연령을 근거로 북동과 남서 소분지로 구분된다. 북동 소분지에는 주로 현무암질 용암류 및 화산쇄설물이 그리고 남서 소분지에는 화산물질을 포함하지 않은 해성 퇴적물이 분포한다. 북동 소분지에는 특징적으로 주요 정단층을 따라 퇴적동시성 향사구조와 배사구조가 반복되며 단층과 멀어지면 습곡구조는 동사구조로 바뀐다. 주요 향사구조의 축부를 중심으로 두꺼운 용암류가 분포하며 그 상위에 화산집괴암 그리고 호성 퇴적층이 원형으로 분포한다. 위성사진에는 네 곳에서 원형구조들이 관찰되는데 이 구조들은 정단층에 인접하여 평행하게 발달하며 주요 향사구조의 축부 그리고 화산집괴암과 호성 퇴적층의 분포지와 일치한다. 이러한 사실들은 북동 소분지에는 주요 정단층을 통로로 하는 열하분출형의 현무암질 화산활동이 있었으며 특히, 현재 향사구조가 형성된 지점에서 화산활동이 보다 활발하였음을 지시한다. 활발한 화산활동은 뒤이어 보다 깊은 침강의 원인이 되었으며 이 때문에 정단충 인접부에는 현저한 차별 침강과 함께 퇴적동시성 습곡구조가 형성되었다. 따라서 북동 소분지에는 정단층을 따라 분출시기는 같으나 측방으로는 차별적이고 다발적인 화산활동이 발생하였으며 그 결과로 일종의 둥지형 화산함몰구조가 형성되었다. 이러한 화산활동은 어일분지 북동 소분지를 용암 호수로 만들기도 했으며 용암 유출 후에는 함몰 호수를 만드는 등의 분지충전과 퇴적활동을 제어하였다.

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