In this study, we propose a new fast algorithm for calculating short range forces in molecular dynamics, This algorithm uses a new hierarchical tree data structure which has a high adaptiveness to the particle distribution. It can divide a parent cell into k daughter cells and the tree structure is independent of the coordinate system and particle distribution. We investigated the characteristics and the performance of the tree structure according to k. For parallel computation, we used orthogonal recursive bisection method for domain decomposition to distribute particles to each processor, and the numerical experiments were performed on a 32-node Linux cluster. We compared the performance of the oct-tree and developed new algorithm according to the particle distributions, problem sizes and the number of processors. The comparison was performed sing tree-independent method and the results are independent of computing platform, parallelization, or programming language. It was found that the new algorithm can reduce computing cost for a large problem which has a short search range compared to the computational domain. But there are only small differences in wall-clock time because the proposed algorithm requires much time to construct tree structure than the oct-tree and he performance gain is small compared to the time for single time step calculation.
Park, Ik-Keun;Kim, Hyun-Mook;Kim, Young-Kwon;J. L. Rose
한국공작기계학회:학술대회논문집
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한국공작기계학회 2003년도 춘계학술대회 논문집
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pp.79-85
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2003
One of unique characteristics of guided waves is a dispersive behavior that guided wave velocity changes with an excitation frequency and mode. In practical applications of guided wave techniques, it is very important to identify propagating modes in a time-domain waveform for determination of defect location and size. Mode identification can be done by measurement of group velocity in a time-domain waveform. Thus, it is preferred to generate a single or less dispersive mode But in many cases, it is difficult to distinguish a mode clearly in a time-domain waveform because of superposition of multi modes and mode conversion phenomena. Time-frequency analysis is used as efficient methods to identify modes by presenting wave energy distribution in a time-frequency. In this study, experimental guided wave mode identification is carried out in a steel plate using time-frequency analysis methods such as wavelet transform. The results are compared with theoretically calculated group velocity dispersion curves. The results are in good agreement with analytical predictions and show the effectiveness of using the wavelet transform method to identify and measure the amplitudes of individual guided wave modes.
Park, Jinho;Hong, Hye-Jin;Yang, Young-Joong;Ahn, Chang-Beom
Investigative Magnetic Resonance Imaging
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제19권1호
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pp.19-30
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2015
Purpose: A new compressed sensing technique by iterative truncation of small transformed coefficients (ITSC) is proposed for fast cardiac CINE MRI. Materials and Methods: The proposed reconstruction is composed of two processes: truncation of the small transformed coefficients in the r-f domain, and restoration of the measured data in the k-t domain. The two processes are sequentially applied iteratively until the reconstructed images converge, with the assumption that the cardiac CINE images are inherently sparse in the r-f domain. A novel sampling strategy to reduce the normalized mean square error of the reconstructed images is proposed. Results: The technique shows the least normalized mean square error among the four methods under comparison (zero filling, view sharing, k-t FOCUSS, and ITSC). Application of ITSC for multi-slice cardiac CINE imaging was tested with the number of slices of 2 to 8 in a single breath-hold, to demonstrate the clinical usefulness of the technique. Conclusion: Reconstructed images with the compression factors of 3-4 appear very close to the images without compression. Furthermore the proposed algorithm is computationally efficient and is stable without using matrix inversion during the reconstruction.
다중 반송파를 사용하는 직접 대역확산 부호분할 다중접속 통신시스템에서 주파수 효율 향상을 위한 전송 전력 및 전송률 적응화 시스템을 제안하고 그 성능을 분석하였다. 본 논문에서는 수신단에서 이상적인 채널상태 정보를 알고 있다는 가정 하에, 주파수 영역에서는 각 사용자의 부채널 중에서 가장 채널상태가 좋은 한 대역을 선택하여 전력을 할당하고 시간 영역에서는 목표 수신 품질을 만족하도록 전송률을 결합 조정하는 것을 제안하였다. 수학적 분석을 통하여 평균 전송 전력이 고정되어 있을 때 제안한 방식의 평균 데이터 전송률을 구하고 전력 혹은 전송률 적응화가 적용된 단일 반송파 부호분할 다중접속 통신시스템과 그 성능을 비교하였다.
Hankel변환적분의 계산에 사용되는 $J_0$ 및 $J_1$ 디지탈 선형필터의 성능을 adaptive 필터를 사용함으로써 비교 하였다. $J_0$ 영역의 어떠한 Hankel 변환적분도 수학적으로 이에 대응하는 $J_1$ 영역으로 바꿀 수 있으며, 비저항 탐사에서 이용되는 모든 전극배치에 대한 겉보기비저항은 $J_1$ 필터만으로 계산이 가능하다. 보통 $J_1$ 필터는 이와 대응하는 $J_0$필터에 비하여 정확성은 비슷하지만, 계산효율은 좀 더 높다. 또한 $J_0$에서 $J_1$영역으로 변환시키면, Schlumberger배치 뿐만 아니라 쌍극자배치 사용시에도 $J_1$함수만을 포함하는 효율적인 겉보기비저항 계산식을 이용할 수 있다.
In this paper, we analyzed the contraction patterns of active elbow muscles during isometric, concentric and eccentric contraction. The analysis parameters consist of frequency domain parameters (mean frequency, median frequency, peak frequency, peak power, skewness, kurtosis) and time domain paraseters (zero crossing, positive maxima, integrated EMG). The results of this study were as follows; The BR/BB of isometric contraction appeared to be Venter as the elbow joint was more extended. The BR /BB during concentric and eccentric contraction tended to increase with more extension of the elbow joint angle, but there was no significant difference between concentric and eccentric contraction. Further, the EMG power spectrum due to the type of contraction were different betwen eccentric and concentric contraction. According to the results, it was found that the activation pattern in elbow flexor muscles was different during three different muscle contraction pattern. Therefore, elbow flexor muscles should not be considered a single functioning unit. Especially, at the time domain analysis, IEMG is a dominant parameter for analysis of activation patterns, and the skewness kurtosis can be useful parameters in functional recognition for prosthesis control purpose.
본 논문에서는 MPI 기반이 성층${\cdot}$회전 난류 시뮬레이션을 위한 LES코드의 기법에 대해 연구하며 그 결과를 실험한다. 본 논문에서는 병렬화 기법을 위해서 순차 LES코드에 내재되어 있는 Tridiagonal solver의 제거를 통한 병렬화의 성능 향상과 포아선 방정식의 병렬화를 위한 영역 분할 방법을 소개한다. 또한 본 논문에서 연구되어진 병렬 LES 코드를 슈퍼컴퓨터에서 다양한 영역 분할에 대한 실험을 수행하며 그 결과에 대해 나타낸다. 실험 환경은 CRAY-T3E에서 수행하였으며, 다양한 영역 분할에 대해 프로세서의 개수를 변화시키며 수행속도와 그에 따른 속도의 향상을 측정하였다. 그 결과 단일 프로세서에서 순차 LES를 수행하는 것보다 병렬 LES코드에서 최고 16배에 해당되는 속도의 향상의 결과를 얻을 수 있었다.
One of unique characteristics of guided waves is a dispersive behavior that guided wave velocity changes with an excitation frequency and mode. In practical applications of guided wave techniques, it is very important to identify propagating modes in a time-domain waveform for determination of detect location and size. Mode identification can be done by measurement of group velocity in a time-domain waveform. Thus, it is preferred to generate a single or less dispersive mode But, in many cases, it is difficult to distinguish a mode clearly in a time-domain waveform because of superposition of multi modes and mode conversion phenomena. Time-frequency analysis is used as efficient methods to identify modes by presenting wave energy distribution in a time-frequency. In this study, experimental guided wave mode identification is carried out in a steel plate using time-frequency analysis methods such as wavelet transform. The results are compared with theoretically calculated group velocity dispersion own. The results are in good agreement with analytical predictions and show the effectiveness of using the wavelet transform method to identify and measure the amplitudes of individual guided wave modes.
The subcellular localization of the SopB protein, which is encoded by the Escherichia coli F plasmid and is involved in the partition of the single-copy plasmid, was directly visualized through the expression of the protein fused to the jellyfish green fluorescent protein (GFP). The fusion protein was found to localize to positions close but not at the poles of exponentially growing cells. Examination of derivatives of the fusion protein lacking various regions of SopB suggests that the signal for the cellular localization of SopB resides in a region close to its N terminus. Overexpression of SopB led to silencing of genes linked to, but well-separated from, a cluster of SopB-binding sites termed sopC. In this SopB-mediated repression of sopC-linked genes, all but the N-terminal 82 amino acids of SopB can be replaced by the DNA-binding domain of a sequence-specific DNA -binding protein, provided that the sopC locus is also replaced by the recognition sequence of the DNA-binding domain. These results suggest a mechanism of gene silencing: patches of closely packed DNA-binding protein is localized to specific cellular sites; such a patch can capture a DNA carrying the recognition site of the DNA -binding domain and sequestrate genes adjacent to the recognition site through nonspecific binding of DNA.
본 논문에서는 사건들이 발생한 전체 영역에 대해서는 신뢰도가 그리 높지 않더라도, 특정 기간 혹은 특정 영역에서 강하게 성립하는 연관성을 영역(ranged) 연관규칙을 정의하고, 영역 연관규칙이 성립되는 부분영역을 탐사하는 효율적인 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘은 데이타 자체의 분포에 근거하여 부분영역을 설정하는 데이타 기반 검색 방법과, 중복되는 데이타베이스 스캐닝을 줄이기 위해 한번의 데이타베이스 스캐닝(scanning)에 의해 생성되어 주기억장치 상에 관리할 수 있는 효과적인 자료구조를 설계한다. 아울러 모의 실험을 통해 제안 알고리즘이 현장에 적용할 만한 시간 비용으로 수행됨을 보인다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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