• 제목/요약/키워드: Simpson's index

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Comparison of Different PCR-Based Genotyping Techniques for MRSA Discrimination Among Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Isolates

  • Kim, Keun-Sung;Seo, Hyun-Ah;Oh, Chang-Yong;Kim, Hong
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제11권5호
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    • pp.788-797
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    • 2001
  • The usefulness of three PCR methods were evaluated for the epidemiological typing of Staphylococcus aureus: an enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic element PCR (REP-PCR), and 16S-23S intergenic spacer PCR (ITS-PCR). The analysis was performed using a collection of S. aureus strains comprised of 6 reference and 79 isolates from patients with various diseases. Among the 85 S. aureus strains tested, 6 references and 6 isolates were found to be susceptible to methicillin, whereas the remaining 73 isolates were resistant to it. PCR methods are of special concern, as conventional phenotypic methods are unable to clearly distinguish among methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains. The ability of the techniques to detect different unrelated types was found to be as follows: ERIC-PCR, 19 types; REP-PCR, 36 types; and ITS-PCR, 14 types. On the basis of combining the ERIC, REP, and ITS fingerprints, the 85 S. aureus strains were grouped into 56 genetic types (designated G1 to G56). The diversities for the 85 S. aureus strains, calculated according to Simpson\`s index, were 0.88 for an ERIC-PCR, 0.93 for a REP-PCR, and 0.48 for an ITS-PCR, and the diversity increased up to 0.97 when an ERIC-PCR and REP-PCR were combined. The above discrimination indices imply that the genetic heterogeneity of S. aureus strains is high. Accordingly, this study demonstrates that DNA sequences from highly conserved repeats of a genome, particularly a combination of ERIC sequences and REP elements, are a convenient and accurate tool for the subspecies-specific discrimination and epidemiologic tracking of S. aureus.

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벼 직파재배(直播栽培)의 잡초(雜草)와 작물간(作物間)의 경합(競合) 및 방제(防除) (Competition between Crop and Weed and Weed Control in Dry Direct Seeded Rice)

  • 연규보;김길웅;신동현;이인중;정종우;김학기
    • 한국잡초학회지
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    • 제11권3호
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    • pp.178-186
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    • 1991
  • 벼 건답직파재배지(乾畓直播栽培地)에 발생(發生)하는 벼와 잡초(雜草)의 경합(競合)이 벼의 수량(收量)에 미치는 영향(影響) 및 벼 건답직파재배(乾畓直播栽培)에 적합(適合)한 제초제(除草劑) 선발(選拔)을 위해 수행(遂行)하여 얻어진 연구(硏究) 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 벼 건답직파재배(乾畓直播栽培)에서 발생(發生)하는 주요(主要) 잡초(雜草)는 피(Echinochloa crusgalli), 방동사니(Cyperus amuricus), 속속이풀(Rorippa islandica) 등(等)이었으며 이 가운데 피는 전(全) 생육기간(生育期間)동안 가장 우점(優占)하는 초종(草種)이었다. 발생잡초(發生雜草)의 우점도(優占度)를 Simpson's dominance index로 산출(算出)해 낸 결과(結果)를 보면 개체수(個體數)의 경우는 파종(播種) 후(後) 30 일에 0.26으로 가장 높았으나 시간(時間)이 경과(經過)함에 따라 減少(減少)한 반면, 건물중(乾物重)의 경우는 15일의 0.09에서 60일의 0.28로 증가(增加)함을 특정(特定) 잡초(雜草)(피)가 우점(優占)한 것으로 나타났다. 2. 잡초(雜草)와의 경합(競合)에 의한 벼의 초장(草長) 및 분벽수(粉蘗數)는 는 경합(競合) 시기(時期)에 큰 영향(影響)을 받지 않았으나, 수량(收量)은 경합(競合) 시기(時期) 및 기간(期間)에 따라 다소(多少) 차이(差異)를 보였다. 수량(收量)의 감소(減少)는 잡초발생(雜草發生) 후(後) 20-40일 (6월 7일 - 6월 27일)부터 수확시(收穫時)까지 경합(競合)시킬 때 나타났다 3. 벼 건답직파재배(乾畓直播栽培)에 유효(有效)한 제초제(除草劑)로는 토양(土壤) 처리(處理)로 Dimepiperate/Bensulfuron-methyl 나, Butachlor를 토양처리(土壤處理)하고 30일째 Mefenacet/Bensulfuron-methyl/Dymron을 체계처리(體系處理)하거나, 파종(播種) 후(後)40 일째에 Bentazone/Quinchlorac을 경엽처리(莖葉處理)하면 효과적(效果的) 방제(防除)가 기대(期待)된다.

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제초제(除草劑)의 연용(連用)이 논잡초(雜草) 발생(發生)에 미치는 영향(影響) (Effect of Repeated Use of Same Herbicide on Weed Growth in Lowland Rice)

  • 최충돈;김순철;황동용
    • 한국잡초학회지
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    • 제9권1호
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    • pp.39-45
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    • 1989
  • 동일(同一) 제초제(除草劑)의 연용(連用)이 잡초발생양상(雜草發生樣相) 및 군락변화(群落變化)에 미치는 영향(影響)을 구명(究明)하고자 Butachlor 등(等) 농가(農家)에서 상용(常用)하고 있는 주요(主要) 제초제(除草劑)를 대상(對象)으로 1985년(年)부터 1988년(年)까지 4 개년간(個年間) 포장시험(圃場試驗)을 수행(遂行)한 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 제초제(除草劑)를 처리(處理)하지 않은 손제초구(除草區), 무제초구(無除草區), 자연방임구(自然放任區)에서 4 개년간(個年間) 잡초발생량(雜草發짧量)은 연차적(年次的)으로 급증(急增)하였으며, 제초제처리구(除草劑處理區)에서도 같은 양상(樣相)이었는데 Butachlor/Pyrazolate fb. Bentazon+Propanil 처리구(處理區)가 연간(年間) 증가율(增加率)이 120%정도(程度)로 가장 낮았으며, Bifenox 연용구(連用區)가 280% 이상(以上)으로 가장 높았다. 2. 주요(主要) 초종별(草種別) 우점도(優占度)는 연차간(年次間) 많은 변화(變化)를 보였는데 대체로 피의 발생(發生)은 줄어들고, 올챙고랭이, 올방개, 너도방동사니가 점차(漸次) 우점(優占)하였으며 특(特)히 Butachlor/Pyrazolate 처리구(處理區)에서 올방개와 올챙고랭이의 발생(發生)이 크게 증가(增加)되었다. 3. 군락우점도(群落優占度)와 Simpson 지수(指數)가 연차적(年次的)으로 낮아지는 경향(傾向)이었는데, Bentanzon과 Propanil 처리구(處理區)에서는 특정초종(特定草種)의 우점(優占)으로 Simpson 지수(指數)가 높아지는 경향(傾向)이었다. 4. 잡초발생량(雜草發生量)의 증가(增加)로 수량성(收量性)은 연차적(年次的)으로 낮아지는 경향(傾向)이었고, 잡초발생량(雜草發生量)과 수량(收量)과는 부(負)의 상관관계(相關關係)가 있었으며, 출수기(出穗期)의 잡초발생량(雜草發生量)이 수량(收量)에 크게 영향(影響)을 미쳤다.

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과수원(果樹園)의 잡초발생(雜草發生) 동태(動態)와 Oxyfluorfen의 처리시기별(処理時期別) 방제효과(防除效果) (Weed Population Dynamic in Orchard and Their Control by Sequential Application of Oxyfluorfen)

  • 김길웅;권순태;최대웅;이상백;김동균
    • Current Research on Agriculture and Life Sciences
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    • 제4권
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    • pp.22-26
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    • 1986
  • 과수원(果樹園)에 발생(發生)되는 잡초(雜草)의 발생동태(發生動態)를 조사(調査)하고 효과적(效果的)인 방제시기(防除時期)를 확립(確立)코져 시험(試驗)하여 얻어진 약간의 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 본(本) 조사지(調査地)에서 여뀌외(外) 27종(種)의 잡초(雜草)가 발생검정(發生檢定)되었다. 2. 시기별(時期別) 발생량(發生量)을 종합(綜合)해 보면 8월(月) 10일(日)의 여뀌 발생량(發生量)이 60.79%로 가장 우점(優占)하였으며 그밖에도 애기매꽃, 둑새풀, 냉이, 속속이풀, 피, 쇠비름, 왕바랭이 등(等)이 그 다음으로 많이 발생(發生)하였다. 3. Simpson's index는 5월(月) 1일(日)에 0.11에서 8월(月) 10일(日)에 0.40으로 크게 증가(增加)하여 여러 종(種)의 잡초종(雜草種)이 비교적(比較的) 고르게 발생(發生)해 있다가 특정잡초(特定雜草)가 크게 우점화(優占化)하는 현상을 보였다. 4. Oxyfluorfen을 3월(月) 25일(日)에 1ha당(當) 5kg(상품량(商品量)) 처리(處理)는 처리후(處理後) 120일(日)까지 93.3%의 높은 방제율(防除率)을 나타내어 적합한 처리시기(處理時期) 및 엽량(葉量)으로 사료(思料)되며 1ha당(當) 3kg을 3월(月) 25일(日)에 처리시(處理時)는 6월말(月末)경에 비선택성(非選擇性) 제초제(除草劑) paraquat을 처리(處理)하면 효과적(效果的)으로 방제(防除)가 가능(可能)한 것으로 나타났다.

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Some Proposed Indices of Structural Regeneration of Secondary Forests and Their Relation to Soil Properties

  • Aweto, Albert Orodena
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제37권4호
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    • pp.292-303
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    • 2021
  • Studies that relate the structure of tropical regrowth vegetation to soil properties are generally lacking in the literature. This study proposes three indices for assessing the structural regeneration of secondary forests. They are: (1) the tree diameter class, (2) the plant life form and (3) the woody/herbaceous plants ratio indices. They were applied to assess the regeneration status of forest regrowth vegetation (aged 1-10 years), derived savanna regrowth vegetation in south western Nigeria, and to secondary forests in different stages of succession in Columbia and Venezuela, Bolivia, Mexico in South and Central America and semi-arid savanna in Ethiopia and seasonal deciduous forest successional stages in India. In all the cases, the indices increased with increasing age of regrowth vegetation and hence, with increasing structural complexity of regenerating vegetation. The tree diameter class index increased from 32.1% in a 9-year secondary forest to 69.0% in an 80-year-old secondary forest in Columbia and Venezuela and from 0.4% in a 1-year fallow to 20.9% in 10-year regrowth vegetation in southwestern Nigeria. In semi-arid savanna in northern Ethiopia, the woody/herbaceous plants ratio index increased from 18.1% in a 5-year protected grazing enclosure to 75.1% in 15-year protected enclosure, relative to the status of 20-year enclosure. The indices generally had correlations of 0.6-0.90 with species richness and Simpson's/Margalef's species diversity, implying that they are appropriate measures of ecosystem development over time. The proposed indices also had strong and positive correlations with soil organic carbon and nutrients. They are therefore, significant indicators of fertility status.

GIS를 이용한 논 잡초 올방개의 방제연구 (GIS application on weed control of Eleocharis kuroguwai in lowland rice field in Korea)

  • 박광호;오윤진
    • Spatial Information Research
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    • 제3권1호
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    • pp.47-53
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    • 1995
  • GIS의 농업분야 이용으로서는 농작물 적지선정, 토양비옥도 지도작성, 병충해 발생양상 및 확산예측, 잡초분포현황, 주요 농작물의 작황 및 수량예측, 농업환경 영향평가, 기후변동과 농작물생육 등 활용도가 매우 높은 편이다. 1992년 농촌진흥청이 주관하여 우리 나라 전국 논 잡초조사(총 2459개 지점)를 9개도에 걸쳐 121시군의 벼 재배포장에서 논 특성, 작부양식, 재배양식, 이앙시기, 경운 방법별로 구분하여 벼 파종후 60일 (직파재배)및 40-5-(이앙재배)에 초종별 발생본수 및 검물중등을 각각 조사하였다. SPANS(Spatial Anyalysis System)를 이용 Vector, Quadtree, Provincial map을 기본으로 하여 절대 미 상대밀도, 절대 및 상대빈도, 중요도, Simpson's Index, 종합우점도에서 주요 우점 초종중 가장 우점도가 높았던 올방개의 전국적인 분포지도를 작성하였다. 생태학적 분석에 으한 종합우점도, 중요값, Simpon's Index에서는 올방개의 발생이 전국에 걸쳐 가장 높게 나타나 전 농가에서 이 잡초의 효과적인 방제가 요구되었지만 GIS 이용 전국적인 지도작성에서는 가장 극심한 지역으로서 경기남부지역으로 나타나 이 지역 농가에서 특히 체계적, 중점적 방제가 요구되어 방제전략을 제시해주었다.

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Tidal Front in the Main Tidal Channel of Kyunggi Bay, Eastern Yellow Sea

  • Lee, Heung-Jae;Lee, Seok;Cho, Cheol-Ho;Kim, Cheol-Ho
    • Journal of the korean society of oceanography
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    • 제37권1호
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    • pp.10-19
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    • 2002
  • The detailed structure of a tidal front and its ebb-to flood variation in the main tidal channel of the Kyunggi Bay in the mid-west coast of Korea were investigated by analyzing CTD data and drifter trajectories collected in late July 1999. A typical tidal front was formed in water about 60 m deep at the mouth of the channel. Isotherms and isohalines in the upper layer above the seasonal pycnocline in the offshore stratified zone inclined upward to the sea surface to form a surface front, while those in the lower layer declined to the bottom front. The location of the front is consistent with $100 S^3/cm^2$ of the mixing index H/U defined by Simpson and Hunter (1974), where H is the water depth and U is the amplitude of tidal current. The potential energy anomaly in the frontal zone varied at an ebb-to flood tidal cycle, showing a minimum at slack water after ebb but a maximum at slack water after flood. This ebb-to flood variation in potential energy anomaly is not accounted for by the mixing index. We conclude that on- and offshore displacement of the water column by tidal advection is responsible for the ebb-to-flood variation in the frontal zone.

Effects of dietary fiber levels on cecal microbiota composition in geese

  • Li, Yanpin;Yang, Haiming;Xu, Lei;Wang, Zhiyue;Zhao, Yue;Chen, Xiaoshuai
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제31권8호
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    • pp.1285-1290
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    • 2018
  • Objective: This study shows the effects of dietary fiber levels on cecal microbiota composition in geese at day 70 according to pyrosequencing of the 16S ribosomal RNA gene. Methods: A total of 468 1-day-old healthy male Yangzhou goslings with similar body weight were randomly divided into 3 groups with 6 replicates per group and 26 geese per replicate. Geese were fed diets with fiber levels of 2.5% (low fiber level diet, Group I) and 6.1% (Group III) during days 1-70, respectively, or 4.3% for days 1-28 and 6.1% for days 29-70 (Group II). Results: Low fiber level diet decreased body weight, average daily gain during, increased lower feed conversation rate of geese during day 1 to 70 (p<0.05). Low fiber level diet decreased the total operational taxonomic units, Chao1 index and Shannon index, whereas increased the Simpson index of cecal microbiota in geese at day 70. Low fiber level diet decreased the relative abundance of Bacteroidetes, Firmicutes, Bacteroides, and Paraprevotella in cecum of geese at day 70. The similarity of cecal microbiota between low fiber level diet group and other groups was smaller. Conclusion: This study indicates that the low fiber level diet decreased diversity of microbiota, and relative abundance of some beneficial microbiota in cecum of geese at day 70, implying that the low fiber level diet has negative influence on performance by altering the diversity and population of cecal microbiota in geese.

산채밭의 잡초발생(雜草發生) 양상(樣相) 및 방제(防除)에 관(關)한 연구(硏究) (Studies on Occurrence and Control of Weeds in Edible Wild Greens Field)

  • 이인용;박재읍;박태선;유갑희;유범선
    • 한국잡초학회지
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    • 제18권1호
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    • pp.63-68
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    • 1998
  • 산채류(山菜類)중 달래, 머위, 참취밭에 발생하는 일년생(一年生) 잡초(雜草)를 방제(防除)하기 위하여 napropamide 21.8% 유제(乳劑) nitralin 50% 수화제(水和劑) 그리고 pendimethalin 31.7% 유제(乳劑)를 약량별(藥量別)로 처리(處理)하였을 때 잡초방제(雜草防除) 효과(效果)와 산채류(山菜類)에 나타나는 반응(反應)을 조사(調査)하였다. 1. 시험포장(試驗圃場)에서는 피, 바랭이, 여뀌, 명아주, 털진득찰, 깨풀, 속속이풀, 닭의장풀 등 9종(種)의 잡초(雜草)가 발생(發生)하였으며, 그중 피, 바랭이, 여뀌, 명아주, 털진득찰 등이 우점(優占)하였다. 2. 잡초발생(雜草發生)의 다양화(多樣化) 정도(程度)를 나타내는 Simpson 지수(指數)는 0.26~0.30로 낮아 잡초발생(雜草發生) 초종(草種)이 다양(多樣)하였다. 3. 공시약제(供試藥劑)의 잡초방제(雜草防除) 효과(效果)는 napropamide유제(乳劑)(21.8%) 872g(ai/ha) 처리구(處理區)는 81.4%~85.6%이고, nitralin수화제(水和劑)(50%) 1,000g(ai/ha) 처리구(處理區)는 79.4%~82.8%, pendimethalin유제(乳劑)(31.7%) 634g(ai/ha) 처리구(處理區)에서는 86.8%~92.2%로서 작물별로 큰 차이가 없었다. 4. 공시약제(供試藥劑)에 대한 약제(藥劑)의 반응(反應)은 napropamide유제(乳劑)에서는 발아(發芽) 혹은 출아지연(出芽遲延)으로 인하여 생장(生長)이 억제(抑制)되는 1~3정도(程度)의 약해(藥害)가 나타났으며, nitralin수화제(水和劑)에서도 그 약해 증상과 정도가 napropamide유제(乳劑)와 유사(類似)하였으며 pendimethalin유제(乳劑)처리구의 달래와 머위는 생육지연(生育遭遲延)에 의한 1~2의 약해가 발현(發現)된 반면에 참취는 잎의 기형발현(畸形發現)으로 인한 2~3의 약해가 유발(誘發)되었다.

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Status, Distribution, Conservation and Use Value of Medicinal and Aromatic Plants (MAPs) in Sagarmatha National Park, Nepal

  • Gaire, Damodar
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제30권3호
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    • pp.253-258
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    • 2014
  • The study attempts to assess the status, distribution, conservation and use value of Medicinal and Aromatic Plant (MAPs) in the Sagarmatha National Park. Altogether 62 species of MAPs belonging to 47 genera and 33 families have been recorded in the study area. 10 species, belonging to 9 families are categorized as the potential species. Out of the these species, most potential in local but threatened species are Allium hypsistum Stearn, Cordyceps sinensis Sacc, Dactylorhiza hatagirea Soo, Nardostachys grandiflora DC, Aconitum orochryseum, Ephedra gerardiana Wall. Ex. Stapf, Swertia multicaulis D. Don, Picrorhiza scrophulariflora Penne, Rheum australe. D. Don, Malva verticillataL and Swertia pedicallata Benerji. By analysis of data using Simpson's diversity index (SI) and Shannon weaver function (H'), there was high diversity (more heterogeneous) MAPs species composition in the Manjo Gate to Large Dobhan. (0.98349). Less diversity (less heterogeneous) MAPs species composition was in Tyanboche to Pangoche (0.90419). Similarly, the Shannon weaver function shows that in plots laying out in Mongla to Phorche are evenly distributed than others However, higher MAPs species (i.e., 31) was found in the way of Manjo Gate to Larja Dobhan than others.