• 제목/요약/키워드: Similarity Pattern Group

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소양호에 존재하는 새로운 Flavobacterium의 분포와 특징 (Characterization and Distribution of Various Flavobacterium sp. in Lake Soyang)

  • 김하늘;정요찬;강희영;이범일;장태용;조기성
    • 환경생물
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    • 제30권3호
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    • pp.164-172
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    • 2012
  • 우리나라 최대 담수호인 소양호에 존재하는 미생물 중 Flavobacterium을 분리하여 그 특징을 조사하였다. 그 중에서 97%와 98% 사이의 상동성을 지니는 Flavobacterium을 대상으로 21종을 선택하였으며, 그 균주들의 생리학적, 생태학적 위치를 살펴보았다. 그 결과, 소양호에 존재하는 21종의 분리된 Flavobacterium은 4개의 주된 node에 위치하였으며, 그 중에서 대부분이 하나의 group에 속하여 있었다. 각 Flavoacterium 21종의 생리적인 특징은 기존의 보고된 Flavoacterium들과는 서로 다른 특징을 지니지만, total fatty acid의 분석결과 iso $C_{15:0}$과 summed feature 3 (comprised $C_{16:1}$ ${\omega}7c$ and/or $C_{16:1}$ ${\omega}6c$)가 주요 성분으로 전형적인 Flavobacterium의 특징을 지닌 것으로 나타났다. 따라서 소양호내에는 유전적 유연관계가 있는 아변종의 Flavobacterium이 존재하며, 기존에 알려진 종들과는 다른 형질을 가지고 있는 것으로 보아 소양호 생태계의 생물 종 다양성이 유지되고 있는 것으로 판단된다.

다래나무속 식물의 분류 및 계통 특이밴드 탐색을 위한 범용 프라이머 개발 (Development of Universal Primers for Phylogenetic Analysis and Species-specific Band Identification in the Genus Actinidia)

  • 김성철;장기창;송은영;김공호;정용환;김미선;오순자;고석찬
    • 한국자원식물학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.107-115
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    • 2004
  • 참다래 육종을 위한 종 분류와 분자 표지인자로서 유용하게 이용될 수 있는 primer를 개발하기 위하여 참다래 genome 특이 반복 염기서열로부터 19∼20base 크기로 18개의 primer를 제작하여 kiwifruit target primer(KT primer)라 명명하였으며, 동아시아 지역에서 수집된 7종 22계통의 다래나무 속 식물을 이용하여 활용 가능성 을 조사하였다. 유연관계 분석을 위하여 7개의 primer가 선발되었으며, 이를 이용한 RAPD 결과 크게 2개의 군으로 나뉘어 졌다. 제 1 군(A. arguta, A. melanandra, A. kolumikta와 A. marcrosperma)은 주로 과실에 전혀 털이 없으며 잎에는 털이 전혀 없거나 어렸을 때 극소량의 연모가 있다가 없어지는 그룹으로서 Leiocarpae 절에 속하였다. 제 2 군(A. chinensis, A. deliciosa 및 A. eriantha)은 어린 과실에서는 털이 많았다가 성숙하면서 털이 없어지는 계통 및 잎과 줄기에 털이 아주 많거나 조밀한 솜털이 있는 그룹으로서 Stellatae절에 속하였다. 제 2 군은 Stellatae 절에서도 Pefectae 아절에 속하는 것으로 A. chinensis, A. deliciosa 및 A. eriantha가 포함되었으며, 다시 A. chinensis와 A. deliciosa를 포함하는 그룹과 A. eriantha 등 2개의 그룹으로 나뉘어졌다. 같은 부모로부터 유래된 것으로 알려진 A. chinensis와 A. deliciosa는 80%의 유사도에서 두 개의 그룹으로 나뉘어졌다. 또한 PCR 결과 A. deliciosa 종 및 헤이워드와 토무리 계통 특이 밴드가 KT12F와 KT6F에서 나타났으며, 유전양상 분석에서 KT7F와 KT12F가 유용하였다. 본 연구 결과 KT primer는 참다래의 유전양상 분석과 특이한 유전양상을 나타내는 개체선발 및 도태에 유용하게 이용될 수 있고, 또한 참다래 육종 효율향상에 많은 도움을 줄 수 있다고 판단되었다.

강원도 지역 산불발생인자의 지역별 유형화 (Regional Analysis of Forest Eire Occurrence Factors in Kangwon Province)

  • 이시영;한상열;안상현;오정수;조명희;김명수
    • 한국농림기상학회지
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    • 제3권3호
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    • pp.135-142
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    • 2001
  • 이 연구는 강원도 지역의 시계열 기상자료와 산불발생현황자료를 이용하여 시ㆍ군별 산불발생유형을 구분하고자 지역간 기상요인과 발생원인 그리고 산불발생 일을 근거로 한 지역별 유형화 구분을 목적으로 시도되었다. 기상요인에 의한 산불발생 유형화에서는 최근 6년간의 강원도 소재 기상대의 기상자료를 적용하였으며, 지역과 산불발생원인과의 관련성 규명과 산불발생일의 불일치계수를 이용한 수량화된 다차원척도법 유형화에서는 최근 10년간의 산불발생현황자료를 적용하였다. 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 첫째, 강원도 동해안산불과 같은 대형산불에 관련되는 기상요인으로는 평균온도, 최저온도, 최저초상온도, 평균풍속, 최대풍속 등으로 규명되었다. 둘째, 산불발생원인과 지역간의 관계를 도식화한 대응일치분석 결과에서는 지역과 산불발생원인과의 관계에서 가장 확연히 구분되는 지역으로는 '강릉'의 경우로 '방화'와 깊은 관련이 있는 것으로 나타났으며, '삼척'은 '입산자실화'와 '철원', '화천', '양구'지역은 군사훈련과 관계하는 것으로 보여지며, '속초'와 '춘천'의 경우에는 '쓰레기 소각'과 '담뱃불'이 타지역보다 밀접한 관련성이 있는 것으로 나타났다. 마지막으로 산화발생일을 근거로 각 시ㆍ군의 산불발생 유사성 정도 및 유형화 구분을 위한 다차원척도법 적용결과에서는 강원도 18개 시ㆍ군 지역이 5개의 유형으로 분류되었는데, 유형 I로 구분된 지역으로는 삼척, 강릉, 춘천, 원주, 홍천, 횡성으로 나타났으며, 유형 Ⅱ는 동해, 태백, 양양, 평창지역, 유형 Ⅲ은 정선, 철원, 화천지역, 유형 Ⅵ는 고성, 인제, 양구지역이, 그리고 마지막으로 유형 V는 속초와 영월지역으로 구분되었다. 지금까지의 도출된 연구결과들은 산불현황자료와 기상자료를 기초로 하여 도출된 결과를 근거로 제시하였고, 지역별 산불발생 특성을 보다 체계적으로 구분하기 위하여는 이외에도 지역별 임상요인과 지형 및 사회적 요인에 대한 검토들이 병행되어야 할 것으로 판단된다.의 경쟁이 생장에 영향을 미치는 것이 사실이다. 따라서 앞으로의 연구에서는 지형, 토양, 미기후 조건, 그리고 임목 간의 경쟁관계가 종합적으로 고려된 환경요인에 의한 생장특성을 파악하는 연구가 필요하다. 아울러 본 연구에서와 같이 지형기후학적 방법에 의하여 추정된 미기후를 통하여 보다 정확한 결과를 얻기 위해서는 무인자동기상관측 망의 설치를 통하여 이를 검증하는 작업이 필요하다.deling of self-similar traffic.ti colored dan have been produced after 1960's. Around the end of 1980's, automatic shuttle change loom have been generalized and 7 color dan(칠색단), 9 color gumsadan (구색금사단) have been current in multi colored dan. In terms of materials, synthetic and chemical textiles had been used widely and alter 1980's most fabrics, of which the ground weave is not being woven with satin-weave but being woven with plain or twill-weave, are named Dan in general.Standards for Livestock Products of Korea". The measured mean concentrations of Ca, Fe, Zn were generally higher than lower limit of labeled value(above 80% of labeled value). The mean concentration of sodium was lower than upper limit of labeled value(below 120% of labeled value).

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화병의 불안 증상에 대한 시호가용골모려탕의 효능 임상연구 중간보고 (Interim Report about The Effect of Sihogayonggolmoryeo-tang on the Anxiety of Hwa-byung)

  • 최우창;박대명;이상룡;강위창;정인철
    • 동의신경정신과학회지
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    • 제23권4호
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    • pp.133-152
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    • 2012
  • Objectives : The purpose of this study is to investigate the effect of Sihogayonggolmoryeo-tang on the anxiety of Hwa-byung. Methods : In this randomized, double blinded, placebo-controlled study, we planned to give Sihogayonggolmoryeo-tang or controlled medication for anxiety of Hwa-byung. Hamilton Anxiety Scale (HAM-A) was measured as the 1st evaluative instrument, and Korean State-Trait Anxiety Inventory (STAI-K), Likert scale for major symptom of Hwa-byung, Hwa-Byung Scale Score, Korean Beck's Depression Inventory (BDI-K), Korean State-Trait Anger Expression Inventory (STAXI-K), Insomnia severity Index (ISI), Instrument of Oriental Medical Evaluation for Hwa-Byung, WHO Quality of Life Avvreviated (WHOQOL-BREF), genral self-Efficacy Scale (GSES), Rosenberg Self-Esteem Inventory (SRE) and Heart Rate Variability (HRV) were also measured as the 2nd evaluative instrument before treatment. Results : Clinical characteristics-vital signs and demographic characteristics showed no significant difference between both groups. The characteristics of disease-chief complaint, pattern Identification, period, etiological factor, and etc, also showed similarity of distribution in both groups. The results of Chest PA, EKG and clinicopathologic examination showed no significant difference between both groups. There were no significant difference between both groups in all valuation scales; HAM-A was measured as the first evaluative instrument, and STAI-K, Likert scale for major symptom of Hwa-byung, Hwa-Byung Scale Score, BDI-K, STAXI-K, ISI, Instrument of Oriental Medical Evaluation for Hwa-Byung, WHOQOL-BREF, GSES, SRE and HRV. Conclusions : We considered that establishment of the experimental group and controlled group was objective and worth conducting this research. In addition, this methodology is expected to be applied to the subsequent research. Further, we hope to make up for this study through various study and discussion.

Genotyping, Phage Typing, and Antimicrobial Resistance of Salmonella Typhimurium Isolated from Pigs, Cattle, and Humans

  • Ju, Min-Seok;Kang, Zheng-Wu;Jung, Ji-Hun;Cho, Seong-Beom;Kim, Sung-Hun;Lee, Young-Ju;Hong, Chong-Hae;Pak, Son-Il;Hahn, Tae-Wook
    • 한국축산식품학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.47-53
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    • 2011
  • Salmonella enterica serovar Typhimurium (ST) is one of the most common serovars isolated from humans and animals. It has been suggested that ST infections in Koreans are largely due to the consumption of contaminated pork and beef. To investigate the genotypes, phage types, and antimicrobial resistance patterns for ST isolates of different origins, a total of 70 ST strains, including 19 isolates from humans, 44 isolates from pigs, and 6 isolates from cattle, were analyzed using pulsedfield gel electrophoresis (PFGE), phage typing, and antimicrobial susceptibility tests. Forty-three distinct PFGE patterns were generated from 70 ST isolates, which were grouped into 14 PFGE groups (from A to N) at the level of 75% similarity. The most prevalent group was the A (A1-A17 subtypes) group, encompassing 54.5% (38/70) of ST isolates. ST isolates from pigs and cattle mostly belong to groups A and L, whereas ST isolates from humans mostly belong to groups F and C. Antimicrobial susceptibility tests using 11 antimicrobial agents showed that resistance to tetracycline (TE) (81.4%) was highly prevalent, followed by streptomycin (S) (64.3%) and nalidixic acid (NA) (31.4%) resistance. A total of seventeen antimicrobial resistance patterns were observed. Only 8.6% of isolates, including a reference strain, were susceptible to all antimicrobial agents tested. The most prevalent resistance pattern was TE-S (37.1%), which was seen in 66.6% of bovine, 40.8% of swine and 21.1% of human isolates. Three ST isolates from humans (15.9%) showed resistance to 7-8 antimicrobials. The most predominant phage type (PT) was U302 (64.3%), followed by DT170 (10.0%). PFGE types did not coincide with antimicrobial resistance patterns and phage types; therefore, the combination of those types allowed for further differentiation between tested ST isolates.

자외선-B에의한 Hairless mouse의 보호기능과 표면구조의 변화 영향 (UVB-INDUCED CHANGES OF BARRIERFUNCTION AND MORPHOLOGY OF THE HAIRLESS MOUSE SKIN)

  • 김진준;박문억;강세훈
    • 대한화장품학회지
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    • 제18권1호
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    • pp.81-98
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    • 1992
  • Hairless mouse에 자외선-B를 일회 조사한 후 시간에 따른 피부보호기능과 표면구조변화의 정도를 TEWL과 주름살밀도로 측정하였다. 자외선-B의 조사 량은 0.5, 1과 3 MED 였으며, 측정 및 관찰은 조사전과 조사 후 1, 3, 5, 7 및 14일에 수행하였다. TEWL은 Evaporimiter로, 주름살밀도는 silicone replica와 image-analyzer를 이용하여 측정하였다. 조사전과 0.5MED 그룹들의 TEWL값은 변화가 없었으나, 1과 3MED그룹들의 TEWL값은 현저한 변화를 보여 3일째에 극대 값을 보였고, 이후 감소하기 시작하여 14일째에는 거의 정상 값에 도달하였다. 반면 주름살밀도는 자외선-B의 조사량에 비례하는 경향을 보여 모든 조사 그룹에서 3-5일째까지 감소한 후 서서히 증가하였다. 결과로부터, 1) 자외선 조사 후 시간에 따른 TEWL과 주름살밀도의 최대, 소 값은 3일째에 나타났으며, 2) 주름살밀도의 회복정도가 조사량에 상관없이 시간에 따라 일정한 기울기를 보였으며, 3) 주름살밀도측정만이 Sub-erythemal 손상의 정도차를 유의하게 보여주었다.

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경기도에서 분리한 병원성대장균의 역학적 특성 및 PFGE, 항생제 내성 연구 (Analysis of Epidemiological Characteristics, PFGE Typing and Antibiotic Resistance of Pathogenic Escherichia coli Strains Isolated from Gyeonggi-do)

  • 김경아;용금찬;정진아;허정원;허은선;박성희;최연숙;윤미혜;이정복
    • 미생물학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.285-295
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    • 2014
  • 병원성 대장균은 최근 3년간 경기도에서 발생한 학교급식식 중독의 주된 원인균으로서 그 역학적 특성을 정리하고 PFGE typing과 항생제 감수성 시험으로 분리균주의 특성을 알아보고자 하였다. 2010년부터 2012년까지 19건의 학교급식 식중독에 대한 역학조사보고서를 분석한 결과, 급식의 주된 운영방식은 직영(18건, 95%)이며, 고등학교에서 주로 발생하였다. 계절적 요인으로는 13건(65%)이 6월부터 9월에, 특히 여름방학 후 학기 초인 8월말부터 9월에 더 많이 발생하였다. 수요일(7건, 37%)과 목요일(7건, 37%)에 최초환자가 발생되어, 목요일 7건(37%) 금요일 5건(26%)에 주로 신고가 이루어 졌다. 추정위험에는 월요일(4건, 21%), 화요일(7건, 37%), 수요일(4건, 21%)에 노출되었고, 추정원인체로서 가능성이 높은 식품은 김치류가 50%(5건)를 차지하였다. 분리된 98균주는 EPEC, ETEC, EAEC, EHEC가 각각 50%, 34%, 15%, 1%이며, 항생제 감수성 시험 결과 ampicillin, nalidixic acid, sulfamethoxazole/trimethoprim, tetracycline에 대하여 각각 40%, 37%, 24%, 19%의 내성을 나타내었고, 2, 3세대 cephalosporins계, cabarpenem계, aminoglycosides계, 2세대 quinolones계 항생제에는 감수성이 있었으며, cefalotin, ampicillin/sulbactam, chloramphenicol에는 각각 29%, 25%, 6%가 중간내성을, 그리고 70%에서 한 가지 이상의 항생제에 내성이 관찰되었다. PFGE 분석결과, 57.6%의 similarity로 8개의 group과 32개의 profiles로 분류되었다. 개별적인 소규모 식중독에서 항생제 감수성과 유전자형의 연관성을 찾기가 어려웠으며, 동시에 발생한 대규모 식중독의 경우, 항생제 내성과 PFGE 유형이 매우 유사하여 동일 기원으로부터 유래한 병원성대장균에 의해 식중독 사고가 발생한 것으로 추정이 가능하였다.

Bacterial Community Dynamics during Swine In vitro Fermentation Using Starch as a Substrate with Different Feed Additives for Odor Reduction

  • Alam, Md.J.;Jeong, C.D.;Mamuad, L.L.;Sung, H.G.;Kim, D.W.;Cho, S.B.;Lee, K.;Jeon, C.O.;Lee, Sang-S.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제25권5호
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    • pp.690-700
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    • 2012
  • The experiment was conducted by in vitro fermentation and bacterial community analysis to investigate the reduction of odorous compounds in response to the use of feed additives (FA) during carbohydrate overload in growing pigs. Soluble starch at 1% (control) and various FA at 0.1% Ginseng meal (FA1); Persimmon leaf (FA2); Gingko nut (FA3) and Oregano lippia (FA4) were added to fecal slurry and incubated anaerobically for 12 and 24 h. In vitro parameters and microbial diversity of the dominant bacteria following fermentation were analyzed using Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE), band cloning and sequencing of the V3 region. Results showed that total gas production increased with the advancement of incubation (p<0.05). pH values of FAs and control groups were decreased except the FA4 group which increased somewhat from 12 to 24 h (p<0.05). Ammonia nitrogen ($NH_3$-N) and $H_2S$ gas concentrations were comparatively lower in both stages in FA4 treatment than in the other groups (p<0.05). Hence, $NH_3$-N concentrations in liquid phases were increased (p<0.05) from 12 to 24 h, but the trend was lowest in FA4 than in the other groups at both stages. The total VFA production was comparatively lower and butyrate levels were moderate in FA4 group than in the the other groups during both stages (p<0.05). Indirect odor-reducing compounds such as $NO_2$, $NO_3$ and $SO_4$ concentrations were higher in the FA4 and FA3 than in the other groups at 24 h (p<0.05). After fermentation, ten dominant bands appeared, six of which appeared in all samples and four in only the FA4 treated group. The total number of DGGE bands and diversity was higher in the FA4-group compared to other groups. Additionally, similarity indices were lowest (71%) in the FA4, which represented a different bacterial community compared with the other groups. These findings indicate that $NH_3$-N, $H_2S$ and VFA production was minimal, and pH was also better in the FA4 group than in the other groups. Furthermore, the conversion of odor-reducing indirect compounds or their intermediates was higher in the FA4 group in compared to the other groups. FA4 group generated less odorous products and more indirect products by in vitro fermentation at 24 h, and their microbial pattern appeared to differ from that of the other groups. These findings suggest that this particular FA could change the microbial population, which may have a beneficial effect on odor reduction. It is recommended that the oregano lippia may be supplied to growing pigs as FA along with excess carbohydrate sources to reduce the production of odorous compounds.

고추 역병균의 접종원에 따른 역병 저항성의 유전 양식 (Inheritance of Resistance to Phytophthora capsici by Inoculums in Korean Hot Pepper)

  • 소재우;한경숙;이성찬;이중섭
    • 식물병연구
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    • 제18권4호
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    • pp.317-323
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    • 2012
  • 본 연구는 국내 고추 주산지의 P. capsici의 균주에 대한 병원성과 균주별 역병 저항성 유전 양식을 구명하고자 수행하였다. 이병성 재료 '#308'과 역병 저항성 재료 'CM334' 및 이들의 $F_1$, $F_2$ 그리고 'Kataguma'(Sakata Korea) 고추 총 5종의 공시 재료에 이천, 음성, 부안, 임실, 영양 지역에서 수집한 P. capsici 각각의 균주와 국립농업유전자원센터에서 분양받은 PA-159(KACC No. 40482)를 포함하여 총 6종의 고추 P. capsici 균주를 사용하여 접종하였다. 접종 농도는 $1{\times}10^5spores/ml$로 관주 접종하였고 이들의 기내 특성, 이병률, $F_2$ 후대 집단의 역병저항성 분리 기대비를 분석하였다. 이병성 재료 '#308'과 저항성 'CM334', $F_1$의 비분리세대는 균주별 군내 비교에서는 각각 고추 역병의 발병도는 4.94-5.00, 1.00-1.07, 1.01-1.08을 보여 P. capsici 균주별 군내 비교에서 공시재료간 역병 저항성 차이는 명확히 구분할 수 있다. 또한 $F_2$ 분리세대의 역병 발병도의 경향은 1.79-2.31을 보여 P. capsici 군내 비교의 차이가 없고 저항성과 이병성 재료간에 유의한 차이를 보여 본 연구에서 사용된 6종의 P. capsici 균주 모두 역병 저항성 검정을 위한 균주로 활용 가능한 것으로 나타났다. 하지만 $F_2$ 분리세대의 균주별 군간 비교에서 PA-159 균주를 중심으로 이천 균주, 부안 균주, 임실 균주가 포함된 집단과 이보다 높은 병원성을 지닌 영양 균주와 음성 균주로 구분되었다. 각 균주별 $F_2$ 세대의 역병 저항성에 대한 분리 기대비를 분석하였는데, PA-159 균주는 3:1 또는 9:3:3:1의 분리비를 보여 1-2개의 유전자가 관여하는 것으로 나타났다. 반면 음성 균주와 영양 균주는 11:5, 이천 균주는 12:3:1의 분리비를 보여 유전자간 상호작용이 있는 것으로 나타났다.

폐수처리 시설의 영향에 따른 영산강 수계의 생물학적 수질 평가 (Biological Water Quality Assessments in Wastewater-impacted and Non-impacted Streams)

  • 안광국;김강일;김자현
    • 생태와환경
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    • 제40권1호
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    • pp.82-92
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    • 2007
  • 본 연구는 2003년 영산강 수계내 12개 조사지점에서 어류 군집분석, 개체 특성분석 및 생태 건강성 지수(IBI) 산정을 통해 하천의 생물학적 수질을 비교 분석하였다. 12개 조사정점 중 4개 지점은 오염의 영향이 없는 대조군 지점이었고, 나머지 8개 지점은 농공폐수 및 하수처리장 배출수의 영향을 받는 지점이었다. 본 조사수역 12개 지점에서 산정된 평균 생태 건강성 지수(IBI)는 28(n=12, 범위: $18{\sim}44$)로서 U.S. EPA(1993)의 기준에 의거할 때 악화${\sim}$보통상태$(Fair{\sim}poor)$를 보였다. 한편, 대조군 지점(S3, S5, S6, S11)의 평균 생태 건강성 지수는 42(n=4, 변이폭: $38{\sim}44$)로서 양호상태(Good)를 보인 반면, 농공 폐수 및 하수처리장 배출수의 영향을 받는 나머지 8개 지점에서 평균 건강성 지수는 21(n=8, $18{\sim}24$)로서 악화상태(Poor)를 보여 2배 정도의 뚜렷한 차이를 보였다. 이런 건강도 지수의 지점별 변이는 종 풍부도 지수 및 종 다양도 지수와 거의 일치하였으나,1차 하천인 S11은 불일치하였다. 즉, 하천차수가 낮은 상류의 1차 하천은 종 다양도 혹은 군집 풍부도 지수에 의해 생태건강도가 평가될 경우 하천의 크기를 고려하지 않아 상대적으로 과소평가 되는 것으로 나타났다. 군집 유사도 분석 결과에 따르면, 유사도 수준 80%(p<0.05)에서 지점은 3개 그룹으로 대별되었다. 하나의 그룹은 폐수에 의해 영향을 받는 지점이었고, 나머지 2개의 그룹은 오염에 의해 영향 받지 않는 2개 대조군 그룹으로 대별되었다. 상관도 분석에 따르면, 생물학적 건강성 지수는 내성종의 상대빈도와 역상관 관계(r=-0.899, p<0.001)를 보였으며, 민감종과는 정상관 관계(r=0.890, p<0.001)를 보였다. 이런 결과는 본 수역에서 농공폐수 및 하수처리장 배출수 방류는 하천의 생물학적 수질 악화에 직접적인 영향을 주며, 수자원의 보호를 위해서는 이러한 배출수와 같은 오염원의 관리를 강화해야 한다는 것을 제시한다.