지금까지 인간이나 다른 생물체의 전체 유전체 염기서열을 밝혀내는 작업은 크게 세가지 방법으로 진행되었다. Clone-by-clone approach, sequence tagged connector approach, random shotgun approach(1)가 그것인데 마지막의 random shotgun approach는 fragment assembly problem을 비롯한 여러 가지 전산학적인 문제들을 수반한다. 이 논문은 저자들의 국내 최초로 미생물체의 전체 염기서열을 random shotgun approach를 이용하여 밝혀낸 경험을 바탕으로 그에 따르는 문제인 fragment assembly problem에 대해 소개하고 그에 수반되는 몇 가지 전산학적인 문제와 몇 가지 해결책에 대해 설명하려 한다.
본 연구에서는 Butacene과 ${Bi_2}{O_3}$함량 변화에 따라 혼합된 추진제 8종을 대상으로 Shotgun/RQ Bomb 시험에 의한 추진제 폭연 특성을 살펴보았다. 추진제 연소속도와 기계적 특성은 추진제 폭연 특성에 크게 영향을 줄 수 있는 인자로 알려져 있다. 바인더이면서 연소촉매로 작용하는 Butacene(Ferrocene grafted HTPB)의 함량이 5.5% 이상에서는 탄속 135 m/s에서 모두 연소되었는데, 이는 Butacene이 고속으로 충격시 매우 민감한 물질로 작용함을 알 수 있었다 시험 결과 추진제의 연소속도가 압력 1500 psia에서 25 mm/s 이하의 추진제는 UN Test Series 7c(ii) 규격을 만족하였다. 현재까지의 결과로 볼 때 추진제의 폭연 특성은 추진제의 연소속도에 의존하는 것으로 판단된다.
현재 애니메이션 산업의 주축이 되고 있는 3D 애니메이션은 그 기술이 발달하면서 더욱 복잡한 파이프라인과 글로벌 파트너쉽의 제작 트랜드로 인해 전문적인 제작 관리 도구의 필요성이 제기되어 왔다. 현존하는 제작 관리 도구 중 샷건(Shotgun)과 Ftrack(에프트랙)은 3D 애니메이션 제작에 가장 적합한 서비스를 제공하고 있으며, 전통적인 서류 중심의 제작 관리와 샷건이나 에프트랙을 활용한 제작 관리를 비교하였을 때 효율적인 면을 확인하였다. 샷건 등 제작관리도구를 통한 제작 관리의 장점은 인터넷이 연결된 곳이라면 시공간의 제약을 받지 않고 제작 구성원들이 직접 참여하는 의사소통이 가능하여 정보가 실시간으로 공유된다는 점, 의사소통 과정에서 이루어진 논의들과 제작 과정의 히스토리가 체계적으로 축적되어 이후 추적이 용이하다는 점, 제작 관리팀의 정보 취합 및 분석 업무에도 효율적으로 기여한다는 점 등이다. 하지만 이들 도구가 자료검색에 있어 메타데이터 방식을 사용하고 있어 데이터 구축에 노력이 많이 들며 정확성에 있어서의 한계를 가진다는 점, 또한 이들 관리도구 도입을 위한 전문 기술인력 확보가 선행되어야 한다는 점 등은 한국 스튜디오들이 관리도구를 도입하는 데에 부담을 가질 수밖에 없는 현실이다. 이에 대한 대안으로 이들 관리도구의 콘텐츠 기반 검색 방식의 도입과, 툴셋 제공보다 조금 더 확장된 기술 업무에 대한 서비스를 제안하는 바이다.
지금까지 인간이나 다른 생물체의 전체 유전체 염기서열을 밝혀내는 작업은 크게 세가지 방법으로 진행되었다. Clone-by-clone approach, sequence tagged connector approach, random shotgun approach[1]가 그것인데 마지막의 random shotgun approach는 fragment assembly problem을 비롯한 여러 가지 전산학적인 문제들을 수반한다. 미생물체의 전체 염기서열을 random shotgun approach를 이용하여 밝혀낼 때 몇 가지 전산학적인 문제가 테크닉이 필요하며 그 중에서도 서열간의 forward, reverse의 mating 정보를 이용하는 것이 중요하다. 본 논문은 이러한 mating 작업을 한 눈에 볼 수 있게 하는 소프트웨어 페키지 “Mater”에 대해 소개하고자 하며 그 의미에 대해 논하고자 한다.
We propose a novel simulation method for modeling the game of golf using SystemC, a system description language that allows modeling of a concurrent system's behavior. Utilizing the proposed simulator, we compare different outing formats of golf, namely, regular and shotgun, in terms of playing time. Our simulation results reveal that the shotgun format can take longer than the regular format if the number of groups in a golf course exceeds 33 for the scenario we tested, confirming the belief that the shotgun format can take longer than the regular format. We also justify our simulation by comparing the simulation and analytical results.
추진제의 폭연 특성을 실험실 규모로 측정하는 시험방법으로 NAWC에서 개발한 BIC (Ballistic Impact Chamber) 시험과 SNPE에서 개발한 Shotgun/RQ Bomb 시험이 있다. SNPE에서는 화약과 추진제가 UNO 위험등급 분류체계에서 1.6급수(우연한 개시나 반응의 전환 가능성이 거의 없는 매우 둔감한 물질)로 분류되는 기준을 UN Test Series 7c(ii)에 탄속 150m/s에서 dP/dt가 15MPa 이내로 규정하고 있다.(중략)
Hur Cheol-Goo;Kim Sunny;Kim Chang-Hoon;Yoon Sung-Ho;In Yong-Ho;Kim Cheol-Min;Cho Hwan-Gue
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제16권5호
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pp.683-688
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2006
We have developed a program for generating shotgun data sets from known genome sequences. Generation of synthetic data sets by computer program is a useful alternative to real data to which students and researchers have limited access. Uniformly-distributed-sampling clones that were adopted by previous programs cannot account for the real situation where sampled reads tend to come from particular regions of the target genome. To reflect such situation, a probabilistic model for biased sampling distribution was developed by using an experimental data set derived from a microbial genome project. Among the experimental parameters tested (varied fragment or read lengths, chimerism, and sequencing error), the extent of sequencing error was the most critical factor that hampered sequence assembly. We propose that an optimum sequencing strategy employing different insert lengths and redundancy can be established by performing a variety of simulations.
Lactobacilli are normal constituents of the intestinal microbiota, and some strains show the capacity to bind to extracellular matrix proteins and components of the mucosal layer, which represents an adaptation to persist in this niche. A shotgun phage-display library of Lactobacillus casei BL23 was constructed and screened for peptides able to bind to fibronectin and collagen. Clones showing binding to these proteins were isolated, which encoded overlapping fragments of a putative transcriptional regulator (LCABL_29260), a hypothetical protein exclusively found in the L. casei/rhamnosus group (LCABL_01820), and a putative phage-related endolysin (LCABL_13470). The construction of different glutathione S-transferase (GST) fusions confirmed the binding activity and demonstrated that the three identified proteins could interact with fibronectin, fibrinogen, and collagen. The results illustrate the utility of phage display for the isolation of putative adhesins in lactobacilli. However, it remains to be determined whether the primary function of these proteins actually is adhesion to mucosal surfaces.
Finishing is the most time-consuming step in sequencing, and many genome projects are left unfinished due to complex repeat regions. Here, we have developed BACContigEditor, a prototype shotgun sequence finishing tool. It is essentially an editor that visualizes assemblies of shotgun sequence fragment reads as gapped multiple alignments. The program offers some flexibility that is needed to rapidly resolve complex regions within a working session. The sole purpose of the release is to promote collaborative creation of extensible software for fragment assembly editors, foster collaborative development, and reduce barriers to initial tool development effort. We describe our software architecture and identify current challenges. The program is available under an Open Source license.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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