• 제목/요약/키워드: Sequence Classification

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선박자동식별장치(AIS)를 이용한 이어도 종합해양과학기지 주변 통항 선박의 분류: 2013년 11월 21일~30일 (Classification of Passing Vessels Around the Ieodo Ocean Research Station Using Automatic Identification System (AIS): November 21-30, 2013)

  • 홍단비;양찬수
    • 한국해양환경ㆍ에너지학회지
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    • 제17권4호
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    • pp.297-305
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    • 2014
  • 본 연구에서는 2013년 11월 21일부터 30일까지 9일간 이어도 종합해양과학기지에 선박자동식별장치(AIS)를 설치하여 관할해역과 한 중 잠정조치수역의 항행 선박 및 어업활동을 모니터링하기 위해 선박정보를 수집하였다. 수집된 AIS 원시자료는 자체적으로 개발된 프로그램을 이용해 선박의 고유정보(해상이동업무식별번호, IMO 번호, 호출 부호, 선명 등)와 위치정보(위치, 속력, 침로 등)를 추출하고, 국적과 선종 정보만을 이용해 선박을 분류하였다. 선박의 국적 정보는 해상식별부호(MID)로 파악되는데, 소형선박에서 많이 탑재하고 있고 기능이 보다 간소화된 소출력의 Class B AIS는 국제해사기구(IMO)의 탑재 요건을 따르고 있지 않아 국적을 알 수 없는 선박이 다수 존재함을 확인하였다. 국적 정보를 가지고 있는 선박 중에서는 중국선박과 한국선박이 많았으며, 선종정보를 가지고 있는 선박 중에서는 화물선, 어선 순으로 많았다. 또한 국적을 알 수 없는 선박의 특성을 파악하기 위해 이어도해양과학기지 주변의 항행빈도수가 높은 중국선박과 한국선박의 항적과 비교하였으며, 이를 통해 국적미상 선박이 중국선박의 항행경로와 높은 유사성을 보이는 것을 확인하였다. 따라서 이 해역에서 중국어선은 선단의 형태로 자주 출몰하는 것으로 판단된다.

먹물버섯류(Coprinus spp.)의 ITS II 영역 염기서열에 의한 유연관계 분석 (Genetic Relationships of Coprinus spp. on the Basis of Sequences in ITS II Region)

  • 박동석;고승주;김양섭;석순자;송재경;여윤수;류진창;성재모
    • 한국균학회지
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    • 제27권1호통권88호
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    • pp.27-31
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    • 1999
  • 먹물버섯속(Coprinus spp.)의 분자 생물학적 분류 가능성을 모색하기 위해 rDNA의 cluster중 ITS II영역을 PCR 증폭하여 염기서열을 밝혔다. 이들의 ITS II 영역은 $253{\sim}275$ 염기쌍으로 이루어져 있었으며 균주간 ITS II염기서열의 유사도는 $50.3{\sim}100%$로 나타났다. 이들의 염기서열을 이용해 분류도를 작성한 결과, Singer의 형태적 분류체계와 거의 유사한 결과를 보였으나 이들 그룹의 기준종(type species)인 C. comatus는 기타 종들과의 유사도에서 50% 수준의 저조한 상동성을 보여 주었다. 이와 같은 결과로 볼 때 이 종은 기존의 다수 학자들이 보고한 단일 계통진화를 해온 속이란 점에서는 다소 의문점을 남기었고, ITS II 영역은 종내 변이는 없는 것으로 보여지며 종내의 균주간의 변이가 밝혀진 그룹에 대해서는 종에 대한 재검토가 필요하다고 본다.

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소 MC1R 우성흑모색 대립인자를 구분하는 변형 프라이머를 이용한 소 품종들의 유전자형 분포 분석 (Analysis of the Genotype Distribution in Cattle Breeds Using a Double Mismatched Primer Set that Discriminates the MC1R Dominant Black Allele)

  • 한상현;김영훈;조인철;장병귀;고문석;정하연;이성수
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제50권5호
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    • pp.633-640
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    • 2008
  • 소의 모색 발현에 결정적인 역할을 수행하며 Extension 좌위에 암호화되어 있는 melanocortin- 1 receptor(MC1R) 유전자형을 변형된 염기서열이 증폭되게 제작된 이중 mismatch primer 쌍을 이용하여 PCR-RFLP 방법으로 분석하였다. 증폭된 PCR 절편들은 MC1R 유전자에서 모색 표현형과 직접적으로 연관되어 있어 중요하게 다루어지고 있는 세 가지 대립인자들(ED, E+, e)로 MspI-과 AluI-RFLP에 의해 성공적으로 구분되었다. MC1R 유전자형의 분포를 조사한 결과 제주흑우는 세 가지 대립인자가 모두 출현하였고, 황-적모색의 한우와 호피문의 칡소에서는 흑모색우성 대립인자 ED가 출현하지 않았다. 반면, 우성흑모색으로 알려진 두 소 품종 Holstein과 Angus는 ED 대립인자의 빈도가 96% 이상으로 조사되었다. 한우×Holstein F1과 한우×Angus F1은 모두 ED/e의 유전자형을 나타내었고, 표현형은 전신 흑색으로 확인되었다. 본 연구에서 고안한 이중 mismatch primer 쌍을 이용한 MC1R 유전자 증폭 절편에 대한 MspI-과 AluI-RFLP 조합은 소의 품종 특성 규명과 품종 식별에서 매우 중요한 유전자 표지인자 중 하나인 MC1R 유전자의 세 가지 대립인자를 식별하는 데 유용한 실험기법이 될 것으로 사료된다.

Spine Computed Tomography to Magnetic Resonance Image Synthesis Using Generative Adversarial Networks : A Preliminary Study

  • Lee, Jung Hwan;Han, In Ho;Kim, Dong Hwan;Yu, Seunghan;Lee, In Sook;Song, You Seon;Joo, Seongsu;Jin, Cheng-Bin;Kim, Hakil
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제63권3호
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    • pp.386-396
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    • 2020
  • Objective : To generate synthetic spine magnetic resonance (MR) images from spine computed tomography (CT) using generative adversarial networks (GANs), as well as to determine the similarities between synthesized and real MR images. Methods : GANs were trained to transform spine CT image slices into spine magnetic resonance T2 weighted (MRT2) axial image slices by combining adversarial loss and voxel-wise loss. Experiments were performed using 280 pairs of lumbar spine CT scans and MRT2 images. The MRT2 images were then synthesized from 15 other spine CT scans. To evaluate whether the synthetic MR images were realistic, two radiologists, two spine surgeons, and two residents blindly classified the real and synthetic MRT2 images. Two experienced radiologists then evaluated the similarities between subdivisions of the real and synthetic MRT2 images. Quantitative analysis of the synthetic MRT2 images was performed using the mean absolute error (MAE) and peak signal-to-noise ratio (PSNR). Results : The mean overall similarity of the synthetic MRT2 images evaluated by radiologists was 80.2%. In the blind classification of the real MRT2 images, the failure rate ranged from 0% to 40%. The MAE value of each image ranged from 13.75 to 34.24 pixels (mean, 21.19 pixels), and the PSNR of each image ranged from 61.96 to 68.16 dB (mean, 64.92 dB). Conclusion : This was the first study to apply GANs to synthesize spine MR images from CT images. Despite the small dataset of 280 pairs, the synthetic MR images were relatively well implemented. Synthesis of medical images using GANs is a new paradigm of artificial intelligence application in medical imaging. We expect that synthesis of MR images from spine CT images using GANs will improve the diagnostic usefulness of CT. To better inform the clinical applications of this technique, further studies are needed involving a large dataset, a variety of pathologies, and other MR sequence of the lumbar spine.

Lack of Mitochondrial DNA Sequence Divergence between Two Subspecies of the Siberian Weasel from Korea: Mustela sibirica coreanus from the Korean Peninsula and M. s. quelpartis from Jeju Island

  • Koh, Hung-Sun;Jang, Kyung-Hee;Oh, Jang-Geun;Han, Eui-Dong;Jo, Jae-Eun;Ham, Eui-Jeong;Jeong, Seon-Ki;Lee, Jong-Hyek;Kim, Kwang-Seon;Kweon, Gu-Hee;In, Seong-Teak
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제28권2호
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    • pp.133-136
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    • 2012
  • The objective of this study was to determine the degree of mitochondrial DNA (mtDNA) divergence between two subspecies of $Mustela$ $sibirica$ from Korea ($M.$ $s.$ $coreanus$ on the Korean Peninsula and ($M.$ $s.$ $quelpartis$ on Jeju Island) and to examine the taxonomic status of ($M.$ $s.$ $quelpartis$. Thus, we obtained complete sequences of mtDNA cytochrome $b$ gene (1,140 bp) from the two subspecies, and these sequences were compared to a corresponding haplotype of ($M.$ $s.$ $coreanus$, downloaded from GenBank. From this analysis, it was observed that the sequences from monogenic ($M.$ $s.$ $quelpartis$ on Jeju Island were identical to the sequences of four ($M.$ $s.$ $coreanus$from four locations across the Korean Peninsula, and that the two subspecies formed a single clade; the average nucleotide distance between the two subspecies was 0.26% (range, 0.00 to 0.53%). We found that the subspecies $quelpartis$ is not genetically distinct from the subspecies $coreanus$, and that this cytochrome $b$ sequencing result does not support the current classification, distinguishing these two subspecies by pelage color. Further systematic analyses using morphometric characters and other DNA markers are necessary to confirm the taxonomic status of ($M.$ $s.$ $quelpartis$.

멀티미디어 이동형 단말을 위한 축구경기 비디오의 지능적 디스플레이 방법 (An Intelligent Display Scheme of Soccer Video for Multimedia Mobile Devices)

  • 서기원;김창익
    • 방송공학회논문지
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    • 제11권2호
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    • pp.207-221
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    • 2006
  • 이 논문에서 우리는 작은 휴대형 단말기에서 축구영상을 화면에 보여주는 자동적이면서도 효율적인 방법을 제안하고자 한다. 정보통신 기술의 급속한 발전으로 작은 LCD 패널을 가진 멀티미디어 장치의 사용이 대단히 빠른 속도로 증가하고 있다. 이러한 작은 장치들의 증가 추세에도 불구하고 일반 TV나 HDTV 용으로 녹화되는 대부분의 동영상들은 작은 이동형 기기 사용자들이 화면 내의 상황을 인식하는데 있어서 많은 불편한 경험을 갖게 한다. 예를 들어, 원거리 샷 카메라 기법으로 찍힌 축구 경기 동영상의 경우, 운동장 내의 공과 선수들의 모습이 매우 작아서 작은 화면으로 알아보기가 힘든 경우가 발생한다. 따라서 소형 디스플레이 시청자들의 원활한 이해를 위해 지능형 디스플레이 기술을 제안하고자 한다. 이를 위한 핵심기술의 하나가 관심 영역을 자동으로 결정하는 일이다. 여기서 관심영역이란 시청자들이 화면 내에서 다른 부분에 비해 더욱 관심을 갖게 되는 부분을 말한다. 이 논문에서, 우리는 소형 단말기를 위한 축구 경기 비디오의 지능적 디스플레이에 초점을 맞춘다. 화면 내에서 시각적으로 현저한 부분의 검출에 관심을 갖는 방법 대신, 축구 경기 비디오 고유의 특징을 이용하는 도메인 한정적인 접근법을 이용한다. 제안된 알고리즘은 크게 세 단계 - 그라운드 색 학습과 샷 분류, 관심영역 결정으로 구성된다. 실험 결과를 통해 제안된 알고리즘이 이동형 단말기 상에서 지능형 디스플레이를 위한 좋은 해결책임을 보이고자 한다.

DDC문학류의 조합식 분류시스템 분석 - 20판을 중심으로

  • 윤희윤
    • 한국도서관정보학회지
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    • 제20권
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    • pp.351-381
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    • 1993
  • The purpose of this study is to analyze the various processes and patterns to build or synthesize class numbers in the 800 class of the Dewey Decimal Classification, Edition 20(1989). The results of the analysis are as follows: 1. The 800(Literature and rhetoric) class in the DDC system is the main class added analytico-synthetic principle positively to an enumerative scheme. 2. The facets to be a n.0, pplied in literature are language literary form literary period ; kind, scope, or medium ; notation 08(collection) or 09(criticism) literary feature, subject, author, etc. 3. In the 800 class, there are the five tables of precedence for literary forms aspects ; specific kinds of persons ; literary, period in relation to the aspects for works treating more than one literary form subforms, aspects and literary periods in the works treating a specific literary form. 4. The basic number synthesis of literary works proceeds through the various facets in the following sequence, as far as necessary for the item : base no. + literary form + literary time or period + kind, scope, or medium + notation 08 or 09 + subform + additional notation from T3C and other tables. 5. In view of the multiplicity of facets, their synthesis formulas take the following order : (1) Works about the literature : base no.(schedule) + language(T6) or form(T3B) (2) Works by or about individual author : base no.(schedule) + form (T3A) + period(schedule) + subform(T3A) (3) Works by or about more than one author, not restricted by language facet : base no.(schedule) + period(T1) ; base no.(schedule) + kind, scope, medium(T3B), or feature(T3C), or person(T5). (4) Works by or about more than one author, restricted by language facet : base no.(schedule) + form (T3B) + period(schedule) + subform(T3B) + notation 08 or 09(T3B) ; base no.(schedule) + notation 08 or 09(T3B) + 9(T3C) + area notation(T2) : base no.(schedule) + form (T3B) + notation 008 or 009(T3B) : base no.(schedule) + form (T3B) + kind, scope, medium(T3B) + notation 08 or 09(T3B) + period(schedule). (5) Affiliated literatures for which period numbers are not us base no.(schedule) + form (T3A or T3B), or notation 08 or 09(T3B) : base no.(schedule) + kind, scope, medium(T3B), feature(T3C), or person(T5) 6. The problems in the number building of the 800 class are the complexity and difficulty of number synthesis, the intrinsic weakness of from distinction and the inconvenience of retrieval inherent in the form class. In order to solve these problems, therefore, the citation orders and methods of DDC should be improved and synthesis patterns simplified from the point of view of its applicability and its usefulness in the "literature class".

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강수계열의 상태분류에 의한 Markov 연쇄 모의발생 모형 (Markov Chain Model for Synthetic Generation by Classification of Daily Precipitation Amount into Multi-State)

  • 김주환;박찬영;강관원
    • 물과 미래
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    • 제29권6호
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    • pp.179-188
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    • 1996
  • 수자원의 주공급원인 강수는 현상의 발생여부에 따라 건조일과 습윤일이 교대로 반복되는 과정으로 구성되어 있으며, 특히, 일강수계열의 습윤일에 발생되는 강수량의 크기는 매우 다양한 형태를 지니고 있어 이 과정을 모형화 하는데는 복잡한 확률과정이 수반된다. 본 연구에서는 일강수계열의 발생과정을 건조일, 습윤일로 구분하고 습윤일의 강수량을 상태별로 분류하여 각 상태별 천이확률을 계산함으로써 이를 장래에 발생 가능한 강수사상의 모의발생에 이용하였다. 본 모형은 수문사상의 발생과 비발생만을 구분하던 2-state Markov 연쇄모형에 강수의 발생시 강수량의 크기에 따라 상태를 여러 개로 구분하여 강수량을 추정할 수 있도록 수정한 것으로 간헐 수문사상인 일강수계열의 구성성분인 건조일과 습윤일, 건조, 습윤 지속기간 및 습윤일의 강수량을 Markov 연쇄에 의해 동시에 발생있도록 한 것이며 다른 모형에 비해 사용이 비교적 용이하다. 본 연구에서 제안한 multi-state Markov 연쇄모형의 적용 가능성을 검토하기 위하여 비교적 장기간의 자료를 보유하고 있는 관측소의 강수자료를 이용하였으며 그 결과를 강수량, 건조, 습윤일수 및 건조, 습윤계속기간의 분포를 실제자료와 비교하여 모형의 적합도를 평가하였다. 이를 토대로 홍수 및 한발기간의 추정과 모의발생에 의한 자료 확장으로 중장기 수자원 계획 및 운영에 효율적으로 이용될 수 있을 것으로 판단된다.

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톱밥, 볏짚, 왕겨 및 신문지를 이용한 돈분의 퇴비화 (Composting of Swine Feces Using Sawdust, Rice Straw Rice Hull or Newspaper as a Bulking Material)

  • 최경호;박석환;정문식
    • 한국환경보건학회지
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    • 제21권1호
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    • pp.56-67
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    • 1995
  • This study was carried out to observe how composting reaction proceed in the optimum composting condition and to understand the characteristics of final compost, when swine feces was amended with different bulking material. Sawdust, rice straw, and rice hull were selected as bulking materials and each of these was mixed with swine feces to obtain the optimum range of moisture contents and C:N ratio. To grasp the influence of newspaper on cornposting reaction when it flew into the composting site intentionally or accidentally, another composting reaction using newspaper as a bulking material was studied. In this experiment, raw material mixes containing the same amount of organic materials were put into 4 composting reactors and composted in the same environmental condition for 3 weeks from Aug. 1, 1994 to Aug. 22, 1994. The followings are the main results of this study. 1. The maximum temperatures reached at during cornposting reaction were 53.8$\circ$C, 51.9$\circ$C, 52.7$\circ$C, and 52.1$\circ$C in the reactor using sawdust, rice straw, rice hull, and newspaper as a bulking material respectively: Thermophilic temperatures were maintained for 72, 108, 108, and 111 hours in each reactor. Mean temperatures of reactors using sawdust, rice straw, rice hull, or newspaper as a bulking materials were 39.7$\circ$C, 39.5$\circ$C, 41.3$\circ$C, and 40.3$\circ$C, but no significant difference between these mean temperatures was observed(p>0.05). Each composter showed significant difference from room temperature(p<0.01), and the mean difference between them was 9.4$\circ$C. 2. Ash contents of each reactor increased rapidly in order of rice straw, rice hull, newspaper, and sawdust according to the pattern of second order function. This rate of increase seemed to result from structural characteristics of a bulking material. The absolute values of second order coefficient of these regression functions were 0.0199, 0.0159, 0.0157, and 0.0144 in each reactor using rice straw, rice hull, newspaper, or sawdust as a bulking material. 3. C:N ratio decreased as the reaction proceeded. Degree of decrease was in order of rice straw, rice hull, newspaper, and sawdust. This sequence was consistent with the increase rate of ash content. The ratios of initial C:N ratio to final C:N ratio were 0.45, 0.53, 0.64, and 0.75 in each reactor using rice straw, rice hull, newspaper, and sawdust as a bulking material respectively. From this ratios, it was possible to infer that all the composting reactions were completed. 4. Fertilizer content containing in the final compost was 1.61~2.20% of N, and 0.35~0.54% of P in dry weight base. According to the classification standard for compost constituent by Higgins, all composts had the intermediate grade of N, but below the low grade of P excepting the newspaper amended compost(fall into the range of the low grade). 5. Heavy metal contents contained in the composts were analyzed. In case of Cd, the range of 0.58~1.11 $\mu$g/g was observed, and in case of Pb, the range of 24.76~39.53 $\mu$g/g was observed(in wet weight base). These values are below the permissible heavy metal level for compost of foreign countries.

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Comparison of the Three Molecular Diagnostic Assays for Molecular Identification of Mycobacterium tuberculosis and Nontuberculous Mycobacteria Species in Sputum Samples

  • Bae, Jinyoung;Park, Sung-Bae;Kim, Ji-Hoi;Kang, Mi Ran;Lee, Kyung Eun;Kim, Sunghyun;Jin, Hyunwoo
    • 대한의생명과학회지
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    • 제26권3호
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    • pp.170-178
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    • 2020
  • Mycobacterium tuberculosis (MTB) continues to be one of the main causative agents of tuberculosis (TB); moreover, the incidence of nontuberculous mycobacteria (NTM) infections has been rising gradually in both immunocompromised and immunocompetent patients. Precise and rapid detection and identification of MTB and NTM in respiratory specimens are thus important for MTB infection control. Molecular diagnostic methods based on the nucleic acid amplification test (NAAT) are known to be rapid, sensitive, and specific compared to the conventional acid-fast bacilli (AFB) smear and mycobacterial culture methods. In the present study, the clinical performances of three commercial molecular diagnostic assays, namely TB/NTM PCR (Biocore), MolecuTech Real MTB-ID® (YD Diagnostics), and REBA Myco-ID® (YD Diagnostics), were evaluated with a total of 92 respiratory specimens (22 AFB smear positives and 67 AFB smear negatives). The sensitivity and specificity of TB/NTM PCR were 100% and 75.81%, respectively. The corresponding values of MolecuTech Real MTB-ID® and REBA Myco-ID® were 56.52% and 90.32%, and 56.52% and 82.26%, respectively. TB/NTM PCR showed the highest sensitivity; however, the concordant rate was 10% compared with sequence analysis. Although MolecuTech Real MTB-ID® showed lower sensitivity, its specificity was the highest among the three methods. REBA Myco-ID® allowed accurate classification of NTM species; therefore, it was the most specific diagnostic method. Of the three PCR-based methods, MolecuTech Real MTB-ID® showed the best performance. This method is expected to enable rapid and accurate identification of MTB and NTM.