• 제목/요약/키워드: SHANNON'S DIVERSITY

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Shannon의 함수

  • 이범준
    • 한국해양학회지
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    • 제14권1호
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    • pp.32-38
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    • 1979
  • 생태학에서의 다양성(diversity) 문제는 일반적으로 통용되고 있는 다양성=안정성 (diversity=stability)의 개념과 연관되어 항상 생태학자들의 관심대상이 되어 있다. (Watt 1966). 처음으로 군집(community)의 diversity에 대한 개념을 시도한 것은 Gleason(1922)이며 diversity index의 측정은 Fisher(1943)로부터 시작한다.(in Travers 1979, Hurlbert 1971, Gallucci 1973).

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Comparison of Plant Diversity of Natural Forest and Plantations of Rema-Kalenga Wildlife Sanctuary of Bangladesh

  • Sobuj, Norul-Alam;Rahman, Mizanur
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제27권3호
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    • pp.127-134
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    • 2011
  • The purpose of the study was to assess and compare the diversity of plant species (trees, shrubs, herbs) of natural forest and plantations. A total of 52 plant species were recorded in the natural forest, of which 16 were trees, 15 were shrubs and 21 were herbs. On the contrary, 31 species of plants including 11 trees, 8 shrubs and 12 herbs were identified in plantation forest. Shannon-Wiener diversity index were 2.70, 2.72 and 3.12 for trees, shrubs and herbs respectively in the natural forest. However, it was 2.35 for tree species, 2.31 for shrub species and 2.81 for herb species in the plantation forest. Jaccard's similarity index showed that 71% species of trees, 44% species of shrubs and 43% species of herbs were same in plantations and natural forest.

Diversity of Subcortical Arthropod Communities in Tropical and Temperate Forests

  • 조재천
    • Animal cells and systems
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    • 제1권4호
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    • pp.577-581
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    • 1997
  • Species diversity of subcortical arthropod communities were assessed in two tropical regions and two temperate regions. In the tropics, communities of subcortical arthropods were more diverse in La Selva, Costa Rica, than on Barro Colorado Island, Panama. Costa Rican communties yielses higher values of both Shannon and Simpson diversity indices than Panamanian communities. Compared to Panamanian communities, Costa Rican ones supported higher measures of both species richness and evenness. Between the two temperate regions, communities of subcortical arthropods in Korea scored consistently higher values of both Shannon and Simpson indices than the ones in eastern Massachusetts, U.S.A. When individual diversity components were compared, however, Korean communities yielded exceptionally high evenness measures but lower species richness than the communities in the U.S.A. Unusually high evenness values of Korean subcortical arthropods were due to extremely low population densities of all component species.

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설악산 국립공원 산림식생구조 - 신흥사~와선대지역 - (Plant Community Structure in the Sinhungsa - Wasondae Area, Soraksan National Park)

  • 최송현;권전오;이경재
    • 한국환경생태학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.270-282
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    • 1997
  • 설악산 국립공원 신흥사-와선대 지역의 산림군집구조를 분석하여 국립공원 관리를 위한 기초자료를 제공하고자 60개의 조사구를 설정하였으며, DCA분석결과 소나무군집과 졸참나무군집으로 분리되었다. 소나무군집은 장기적으로 아교목층과 관목층에서 세력이 우세한 졸참나무로의 천이진행이 예상되었으며, 졸참나무군집은 대경목 위주인 소나무의 세력은 계속감소되고 졸참나무와 신갈나무를 중심으로 한 참나무류로 유지될 것으로 판단되었다. 소나무군집과 졸참나무군집에서 Shannon의 종다양도지수는 각각 1.2554, 1.1134, 조사구 100m$^{2}$당 종수는 7~26종, 평균종수는 13종 이었다.

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시설재배지(施設栽培地)(P.E. 하우스, P.E. 턴넬, P.E. 멀칭)에서의 잡초발생특성(雜草發生特性) (Characterization of Weed Occurrence in Protected Culture(P.E. house, P.E. tunnel, P.E. mulching))

  • 우인식;변종영
    • 한국잡초학회지
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    • 제8권3호
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    • pp.317-323
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    • 1988
  • 본(本) 연구(硏究)는 시설재배(施設栽培)에서 잡초방제(雜草防除)의 기초자료(基礎資料)를 얻고자 대전시(大田市) 유성지역(儒城地域)에서 1985년(年) 2월(月)부터 6월(月)까지 15일(日) 간격(間隔)으로 여러 시설재배조건(施設栽培條件)에서 잡초수(雜草數), 건물중(乾物重), 발생잡초(發生雜草)의 종생태적(種生態的) 및 사회적(社會的) 특성분석(特性分析)과 우점도(優占度)를 조사(調査)하였다. 1. 시설재배(施設栽培)에서 노지(露地)의 경우, 명아주, 여뀌, 쇠비름, 바랭이가 우점(優占)하였으며, PE 하우스는 냉이, 명아주, 바랭이, 쇠비름이 우점(優占)하였고 발생잡초(發生雜草) 본수(本數)는 무멀칭에 비해 멀칭과 턴넬내 멀칭에서는 많이 발생(發生)했으며 건물중(乾物重)은 이와는 반대로 무멀칭에서 무거웠다. 노지(露地)에서는 여름 광엽잡초(廣葉雜草)와 여름 화본과잡초(禾本科雜草)가 많이 발생(發生)했으나 PE 하우스내에서는 무멀칭에서 월동광엽잡초(越冬廣葉雜草)가 우점(優占)했으며 멀칭에서는 초기(初期)에 월동화본과잡초(越冬禾本科雜草)와 월동광엽잡초(越冬廣葉雜草)가 많이 발생(發生)했으나 후기(後期)에는 여름 화본과잡초(禾本科雜草)와 여름 광엽잡초(廣葉雜草)가 많이 발생(發生)하였다. 2. 시설내(施設內)에서 PE 하우스는 시설(施設)을 하므로 Simpson 지수(指數)가 높아 몇 초종(草種)이 우점(優占)하고 있는 군락(群落)을 이루었고 종다양도(種多樣度), 최대종다양도(最大種多樣度)가 안정도(安定度)에 비해 낮았고 또한 무피복보다 멀칭, 턴넬내 멀칭에서 높았으며 노지(露地)는 종다양도(種多樣度), 최대종다양도(最大種多樣度)가 멀칭, 턴넬을 하므로써 높아졌고 Simpson지수(指數)는 무멀칭에서 높고 오히려 시설(施設)을 하므로 낮아졌으며, PE 하우스, 노지(露地) 공(共)히 종간경쟁(種間競爭)이 종내경쟁(種內競爭)보다 높았던 것으로 생각된다.

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한반도 고래불 해안사구에 자생하는 혼합 염생식물군락 근권세균의 분포 및 다양성 고찰 : 해안사구 보전을 위한 접근 (Distribution and diversity of rhizosphere bacteria of mixed halophytes vegetation native to the Goraebul sand dune, Korea : Approaches to coastal dune conservation)

  • 박종명;홍지원;이기은;김종국;유영현
    • 한국해양바이오학회지
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    • 제16권1호
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    • pp.1-18
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    • 2024
  • Coastal dunes must be conserved. Their native halophytes support coastal geography while their symbiotic microorganisms help vegetation thrive. The Goraebul coast has the largest, well-conserved dune system on the East Sea of the Korean Peninsula due to a climax mixed halophyte (C. soldanella, C. kobomugi, and E. mollis) vegetation support. This study identified rhizobacteria and their diversity in mixed halophyte communities unique to Goraebul. Five phyla, 12 genera, and 21 species were identified based on 16S rDNA sequences from 65 isolates. The phylum Bacillota, class Bacillota, order Bacillales, and family Bacillaceae were identified, with Bacillus as the dominant genus (46.15%). The richness and Shannon's diversity were higher at the species than at the genus level due to the dominance of Bacillus; however, various Bacillus species (7) were identified. Therefore, the climax mixed vegetation adapted to the Goraebul coast may exert natural selection pressure in favor of the common characteristics of Bacillus. However, despite this advantage, the Shannon equitability (0.86), Simpson (0.08), and Shannon diversity (2.79) indexes indicate a stable rhizosphere cluster and the climax mixed vegetation is affected by symbiotic relationships between healthy rhizosphere microbiota.

Composition and Diversity of Salivary Microbiome Affected by Sample Collection Method

  • Lee, Yeon-Hee;Hong, Ji-Youn;Lee, Gi-Ja
    • Journal of Oral Medicine and Pain
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    • 제47권1호
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    • pp.10-26
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    • 2022
  • Purpose: The purpose of this study was to investigate whether various saliva collection methods affect the observed salivary microbiome and whether microbiomes of stimulated and unstimulated saliva and plaque differ in richness and diversity. Methods: Seven sampling methods for unstimulated saliva, stimulated saliva, and plaque samples were applied to six orally and systemically healthy participants. Bacterial 16S ribosomal RNA genes of 10 major oral bacterial species, namely, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus mitis, Streptococcus sobrinus, and Lactobacillus casei, were analyzed by real-time polymerase chain reaction. We comprehensively examined the dependence of the amount of bacterial ribosomal DNA (rDNA), bacterial-community composition, and relative abundance of each species on sample collection methods. Results: There were significant differences in the bacterial rDNA copy number depending on the collection method in three species: F. nucleatum, P. nigrescens, and S. mitis. The species with the highest richness was S. mitis, with the range from 89.31% to 100.00%, followed by F. nucleatum, P. nigrescens, T. denticola, T. forsythia, and P. intermedia, and the sum of the proportions of the remaining five species was less than 1%. The species with the lowest observed richness was P. gingivalis (<0.1%). The Shannon diversity index was the highest in unstimulated saliva collected with a funnel (4.449). The Shannon diversity index was higher in plaque samples (3.623) than in unstimulated (3.171) and stimulated (3.129) saliva and in mouthwash saliva samples (2.061). Conclusions: The oral microbial profile of saliva samples can be affected by sample collection methods, and saliva differs from plaque in the microbiome. An easy and rapid technique for saliva collection is desirable; however, observed microbial-community composition may more accurately reflect the actual microbiome when unstimulated saliva is assayed.

고성 심해에서 수심에 따른 해양미생물의 다양성 비교 (Comparison of Bacterial Diversity in the Water Columns of Goseong Deep Seawaters)

  • 강용호
    • 미생물학회지
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    • 제49권3호
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    • pp.282-285
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    • 2013
  • 강원도 고성군 근해에서 수심 300 m와 500 m의 심층수에 서식하는 해양미생물 분포를 조사하였다. 심해미생물을 16S rRNA genes pyrosequencing 방법으로 분석한 결과 300 m 심층수 시료에서 얻은 19,474 reads에서 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria가 각각 57.41%와 38.85%의 분포 비율을 보였다. 심해 500 m의 시료에서 얻은 82,806 reads에서는 Gammaproteobacteria가 99.64%로 대부분을 차지하였다. 수심 300 m에서는 Rhodobacterales (57.31%)가 우점하였고, 수심 500 m에서는 Alteromonadales (45.65%)와 Oceanospirillales (34.61%)가 우점하였다. Operational Taxonomic Units와 diversity indexes (Shannon과 Simpson)를 기준으로 할 때 해양미생물의 다양성은 수심 500 m지역이 수심 300 m지역보다 더 높게 나타났다.

오일러(Euler)와 샤논(Shannon)의 만남 (A Meeting of Euler and Shannon)

  • 이문호
    • 한국인터넷방송통신학회논문지
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    • 제17권1호
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    • pp.59-68
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    • 2017
  • 세상에 꽃고 여자도 아름답지만 오일러 공식과 대칭이 가장 아름답다. 샤논은 무선통신과 정보이론이 뿌리가 되는 샤논 정리를 오일러 정리에 기반해 정보와 통신에 응용했고, 오늘날 Smart Phone의 원리다. 그들의 만난 점은 MIMO(multiple input and multiple output) 다중안테나 다이버시티가 $e^{-SNR}$ 이다. 본 논문에서는 세상에서 가장 아름다운 공식 $e^{{\pi}i}+1=0$를 발견한 오일러와 무선통신과 정보통신을 탄생시킨 $C=Blog_2(1+{\frac{S}{N}})$을 발견한 샤논의 공식을 간단히 유도하고 이 두 거장은 샤논 한계(Shannon limit)에서 만남을 증명하고 숨어있는 비밀이 무엇인가를 밝힌다. 또한 대수학코딩이론(Algebraic coding theory)와 삼각함수 속에 숨겨진 비밀은 대칭(symmetric)과 Element-wise Inverse가 됨을 발견한다.

순천만에 자생하는 염생식물 근권에서 유래한 해양세균의 계통학적 분석 및 다양성 (Phylogenetic Analysis and Diversity of Marine Bacteria Isolated from Rhizosphere Soils of Halophyte in Suncheon Bay)

  • 유영현;박종명;이명철;김종국
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.65-78
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    • 2015
  • 순천만의 염생식물 근권에서 정주하는 세균의 분리를 위해 순천만에서 우점하는 자생식물인 칠면초 군락 3개 지점을 선발하여 샘플링 하였다. 시료는 marine broth, tryptic soy broth 한천배지를 통해 분리되었으며, 형태학적인 구분을 통해 순수분리되었다. 분리주의 16S rDNA를 분석하여 총 92 균주가 동정되었다. 이들의 유연관계 확인을 위한 계통수 작성 결과, 각각 firmicutes (56.5%), gamma-proteobacteria (29.3%), alpha-proteobacteria (5.4%), actinobacteria (5.4%), bacteroidetes (3.3%)에 속하였다. Shannon’s Diversity index (H')를 산출하였을 때 각각 1.675, 1.924, 2.04로, 채취 지점별로 종 다양성의 차이를 보였다.