• 한국동물위생학회지
• /
• 제41권4호
• /
• pp.245-250
• /
• 2018

Lawsonia intracellularis is the pathogenic agent of porcine proliferative enteritis (PPE). The bacterial pathogen infects the intestinal crypt cells which causes hyperplasia of the infected cells and leads to the process of intestinal pathogenesis. PPE includes some clinical maninfestations, including acute hemorrhagic diarrhea with sudden death in growing pigs and porcine intestinal adenomatosis, to a chronic diarrhea with reduced productivity of the infected pigs. The purpose of the present studies were carried out to determine L. intracellularis in livestock transport car of slaughterhouse. Distribution of L. intracellularis in livestock transport car were conducted using real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) testing method, total 300 samples. Of 300 samples, 119 (39.7%) were detected as positive to L. intracellularis in livestock transport car. In seasonal analysis, 42 (28.0%) out of 150 samples in spring and summer season. 77 (51.3%) out of 150 sample in autumn and winter season. In regional analysis, 53 (88.3%) out of 60 cars and the detection ratio showed that regional variation in livestock transport car.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제55권3호
• /
• pp.184-194
• /
• 2023

골격근은 대사, 열기반 온도 조절, 그리고 전반적인 체내 균형을 위해 필수적인 조직이고 근발생(myogenesis)이라는 다단계 과정을 거쳐서 근관세포를 형성한다. p-아니스알데하이드(p-anisaldehyde, PAA) (4-메톡시벤잘데하이드)는 아니스 씨에서 추출된 에센셜 오일의 주성분이지만, 골격근에서의 기능은 아직까지 알려져 있지 않다. 따라서, 우리는 마우스 C2C12 근육모세포를 이용하여 근육분화가 PAA에 의해 영향을 받는지를 연구하였다. C2C12 근육모세포의 분화를 유도하기 위해 이 세포를 분화배지에서 5일동안 배양하였고, 매일 PAA (50 또는 200 ㎍/mL)를 포함하는 새로운 배지로 교체하였다. 대조군으로서 PAA가 포함되지 않은 배지를 사용하였다. 우리는 분화시작 후 1, 3, 5일째에 근관세포의 길이와 지름을 측정함으로써 PAA가 근관 형성에 미치는 영향을 평가하였고, quantitative real-time polymerase chain reaction 분석을 통해 PAA가 근육 표지인자(myoblast determination protein 1, myogenin, myocyte enhancer factor 2C, muscle creatine kinase, 및 myosin heavy chain)와 근육위축 관련 유전자(atrogin-1과 muscle ring finger-1 [MuRF-1])의 발현에 미치는 영향을 분석하였다. 또한, 주요 근육형성 키나아제인 protein kinase B (Akt)의 인산화를 웨스턴 블롯을 이용해 관찰하였다. 그 결과 PAA가 더 작고 얇은 근관 형성을 유의하게 유발하며 근육 표지인자의 발현을 감소시킨다는 것을 확인하였다. 또한, atrogin-1과 MuRF-1의 발현이 PAA에 의해서 감소하였는데, 이는 Akt 인산화의 감소와 일치하는 결과이다. 결론적으로, 본 연구결과는 PAA가 Akt 인산화와 활성화를 감소시킴으로써 C2C12 세포에서의 근육 분화를 억제하는 역할을 한다는 것을 증명한다.

• 한국식품영양과학회지
• /
• 제39권4호
• /
• pp.595-601
• /
• 2010

본 연구는 국내 주요 식중독 원인균인 Staphylococcus aureus, Salmonella enterica subsp., Vibrio parahaemolyticus를 동시에 검출 및 동정할 수 있는 simultaneous multiplex PCR방법을 개발하고자 하였다. S. aureus의 23s rRNA 유전자(482 bp), V. Parahaemolyticus의 toxR 유전자(368 bp), S. enterica subsp.의 invA 유전자(284 bp)를 특이적으로 검출 및 동정할 수 있는 3개 primer set 즉, STA-5F/STA-5R, ToxR-F/ToxR-R, 139/141을 구축하였으며, 그 결과 정제되어진 각 식중독 원인균의 genomic DNA를 template로 하여 세 균주 모두 10 pg까지 다중동시검출이 가능하였다. 생균수(CFU)와 상응되는 검출한계 결과로써 $10^1\sim10^2$ CFU/reaction의 검출한계를 보였으며 이는 즉, S. aureus $6.0\times10^4$ CFU/mL, S. enterica subsp. $9.5\times10^4$ CFU/mL, V. parahaemolyticus $6.1\times10^5$ CFU/mL의 검출한계를 나타내었다. 균체회수부터 agarose gel 상에서 검출 및 동정까지 3~4 hr의 시간 소요로 single tube 반응으로 세 식중독 원인균의 다중동시검출이 가능하였다. 또한 추가적인 연구를 통하여 세 식중독 원인균주의 검출을 위한 향상된 민감도를 가지는 multiplex PCR법 및 real time PCR을 이용한 다중동시검출법 개발을 위한 기초자료로서 활용 가능할 것이라 사료된다.

• 식물병연구
• /
• 제18권4호
• /
• pp.298-303
• /
• 2012

토마토황화잎말림바이러스(Tomato yellow leaf curl virus; TYLCV)는 온실가루이(Bemisia tabaci)에 의해서 영속전염되는 DNA 바이러스로 토마토에 발생하는 가장 중요한 병 중 하나이다. 우리나라에서 TYLCV는 2008년 최초로 보고된 이래 급속하게 전국적으로 확산되어 토마토 생산에 심각한 경제적 손실을 일으키고 있다. 토마토 생산과정에서 TYLCV의 확산을 최소화하기 위해 바이러스의 조기진단이 매우 중요하다. 본 연구에서는 바이러스의 신속진단을 위해 초고속 정밀 PCR 진단기술을 개발하였으며, 이는 마이크로칩을 기반으로 하여 $5{\mu}l$의 시료만으로 PCR을 수행할 수 있도록 고안된, 휴대가 가능할 정도의 소형 GenSpector$^{TM}$ TMC-1000 PCR 기기를 이용한 새로운 기술이다. 본 연구에서 개발된 초고속 정량 PCR을 이용하였을 때 TYLCV 진단을 위한 30 cycle의 PCR과 용융점분석(melting curve analysis)에 15분 이내의 시간이 소요되었으며, GenSpector$^{TM}$ TMC-1000 PCR을 이용한 초고속 정밀진단 기술은 향후 TYLCV의 대발생을 모니터링하는데 유용하게 사용될 수 있을 것으로 생각한다. 본 연구결과는 GenSpector$^{TM}$ TMC-1000 PCR기반의 초고속정량 PCR 기술을 이용한 식물 바이러스의 진단기술 개발로는 최초의 보고이다.

• 한국축산식품학회지
• /
• 제31권6호
• /
• pp.851-857
• /
• 2011

This study was conducted to develop a real time reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) method for the detection of viable Enterobacteriaceae in milk using primers based on the genes of ribosomal proteins S11 and S13 and to determine effects of heating and subsequent treatments on the threshold cycle (Ct) of the real time RT-PCR. Total RNA was isolated from 17 strains of bacteria including 11 strains of Enterobacteriaceae suspended in milk using a modified Tri reagent method. SYBR Green Master Mix was added to the RNA and the mixture was subjected to the real time RT-PCR. The Cts of eleven type strains of the Enterobacteriaceae in milk ($10^7$ cells) in the real time RT-PCR ranged from 21.5 to 24.6. However, the Cts of Pseudomonas fluorescens, Acinetobacter calcoaceticus, and three gram-positive bacteria were more than 40. The real time RT-PCR detected as low as $10^3$ cells in agarose gel electrophoresis. The Cts increased from 22.0 to 34.2 when milk samples contaminated with Escherichia coli ($10^7$ cells/mL) were heated at $65^{\circ}C$ for 30 min. In addition, subsequent incubation at $37^{\circ}C$ for 6 and 24 h increased the Cts further up to 36.2 and 37.2, respectively. Addition of RNase A to the bacterial suspension obtained from the heated milk and subsequent incubation at $37^{\circ}C$ for 1 h increased the Cts to more than 40. The results of this study suggests that pretreatment of bacterial cells heated in milk with RNase A before RNA extraction might enhance the ability to differentiate between viable and dead bacteria using real time RT-PCR.

• Restorative Dentistry and Endodontics
• /
• 제33권6호
• /
• pp.537-544
• /
• 2008

세균의 검출에 있어서 polymerase chain reaction (PCR) 방법은 기존의 plate counting과 달리 빠르게 세균을 검출할 수 있다. 하지만 세균이 죽은 후에도 DNA는 장기간 존재할 수 있기 때문에, DNA에 기초한 분석은 살아있는 세균과 죽은 세균을 구분할 수 없다. 최근에 DNA extraction전에 propidium monoazide (PMA)를 처리하여 살아있는 세균만 선택적으로 검출하는 방법이 제시되었다. PMA는 손상된 세포막만 통과하여 죽은 세포의 DNA와 빛 노출 하에서 결합하여 PCR이 증폭되는 것을 막는다. Enterococcus faecalis는 근관치료의 실패에 있어서 중요한 원인이 되는 세균으로 제시되어 왔다. 그리고 chlorhexidine (CHX)은 E. faecalis의 제거에 있어서 효과적인 약제임이 밝혀졌다. 이번 실험의 목적은 세균 수의 측정에 있어서, PMA 처리와 real-time PCR 방법의 적용 가능성을 기존의 plate counting과 비교하여 알아보는 것이다. 또한 E. faecalis에 대한 2% CHX의 살균 효과를 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 사용하여 알아보는 것이다. 실험 방법으로 먼저 살아있는 세균과 죽은 세균을 다른 비율로 섞어서 PMA를 처리한 후 real-time PCR을 시행하여 PMA가 빛 노출 하에서 죽은 세균의 DNA와 결합하는 효과를 나타내는지 알아보았다. 다음으로 PMA 처리 후 realtime PCR 방법을 이용하여 살아있는 세균의 양을 측정한 것을 plate counting으로 얻은 CFU와 비교하였다. 마지막으로 2% CHX의 처리시간을 다르게 하였을 때 E. faecalis에 대한 살균 효과를 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 사용하여 알아보았다. 실험 결과로 살아있는 E. faecalis의 비율이 감소할수록 Ct value는 증가하였다. 그리고 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 이용하여 세균의 양을 측정한 것과 plate counting으로 얻은 CFU 사이에는 Optical density (OD) 값이 1.0일 때까지는 상관관계가 있었다. 하지만 OD 값이 1.5일 때는, PMA를 처리한 후 real-time PCR을 시행했을 때 측정된 살아있는 세균의 양이 감소하였음에 반해서 plate counting에 의한 CFU는 계속 증가하였다. 마지막으로 2% CHX을 오래 적용할수록 살아있는 E. faecalis의 상대적인 양이 감소하는 것을 PMA 처리와 real-time PCR 방법을 이용해 확인하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제14권4호
• /
• pp.2439-2442
• /
• 2013

We investigated the possible association of interleukin-10 (IL-10) single nucleotide polymorphisms (SNPs) and susceptibility to acute myeloid leukemia (AML) in 115 patients and 137 healthy controls. Genetic analysis of IL-10 SNPs at -819 and -592 was carried out with the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) approach. The IL-10 mRNA expression of AML patients and controls with different genotype was detected by real-time quantitative polymerase chain reaction (RT-PCR). Genetic analysis of IL-10 revealed that the -819AA genotype frequencies and the -819A allele frequencies in the AML group were higher than in the controls (59.1% vs 40.9%; 75.6% vs 63.9%, respectively); there were remarkable differences in -819T/C and -592A/C gene distribution (P<0.05) and the TA haploid frequencies were higher in the AML group (75.6% vs 63.9%, P<0.05). IL-10 mRNA expression in incipient AML patients was obvious higher than the non-tumor group and the remission group ($7.78{\times}10^{-3}$ vs $2.43{\times}10^{-3}$, $3.64{\times}10^{-3}$, P<0.05).The study suggested that the haploid TA and genotype TA/TA may be associated with AML in Han people in Hunan province.The IL-10 SNPs at -819 and -592 sites were associated with AML and may affect IL-10 mRNA expression in AML patients.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제28권10호
• /
• pp.1433-1441
• /
• 2015

This study examined changes of rumen fermentation, ruminal bacteria biodiversity and abundance caused by nitrate addition with Ion Torrent sequencing and real-time polymerase chain reaction. Three rumen-fistulated steers were fed diets supplemented with 0%, 1%, and 2% nitrate (dry matter %) in succession. Nitrate supplementation linearly increased total volatile fatty acids and acetate concentration obviously (p = 0.02; p = 0.02; p<0.01), butyrate and isovalerate concentration numerically (p = 0.07). The alpha (p>0.05) and beta biodiversityof ruminal bacteria were not affected by nitrate. Nitrate increased typical efficient cellulolytic bacteria species (Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus ablus, and Fibrobacter succinogenes) (p<0.01; p = 0.06; p = 0.02). Ruminobactr, Sphaerochaeta, CF231, and BF311 genus were increased by 1% nitrate. Campylobacter fetus, Selenomonas ruminantium, and Mannheimia succiniciproducens were core nitrate reducing bacteria in steers and their abundance increased linearly along with nitrate addition level (p<0.01; p = 0.02; p = 0.04). Potential nitrate reducers in the rumen, Campylobacter genus and Cyanobacteria phyla were significantly increased by nitrate (p<0.01; p = 0.01).To the best of our knowledge, this was the first detailed view of changes in ruminal microbiota by nitrate. This finding would provide useful information on nitrate utilization and nitrate reducer exploration in the rumen.

• Genomics & Informatics
• /
• 제14권4호
• /
• pp.216-221
• /
• 2016

Osteoporotic fractures (OFs) are critical hard outcomes of osteoporosis and are characterized by decreased bone strength induced by low bone density and microarchitectural deterioration in bone tissue. Most OFs cause acute pain, hospitalization, immobilization, and slow recovery in patients and are associated with increased mortality. A variety of genetic studies have suggested associations of genetic variants with the risk of OF. Genome-wide association studies have reported various single-nucleotide polymorphisms and copy number variations (CNVs) in European and Asian populations. To identify CNV regions associated with OF risk, we conducted a genome-wide CNV study in a Korean population. We performed logistic regression analyses in 1,537 Korean subjects (299 OF cases and 1,238 healthy controls) and identified a total of 8 CNV regions significantly associated with OF (p < 0.05). Then, one CNV region located on chromosome 20q13.12 was selected for experimental validation. The selected CNV region was experimentally validated by quantitative polymerase chain reaction. The CNV region of chromosome 20q13.12 is positioned upstream of a family of long non-coding RNAs, LINC01260. Our findings could provide new information on the genetic factors associated with the risk of OF.

• 대한한의학회지
• /
• 제39권1호
• /
• pp.1-12
• /
• 2018

Objectives: Astragalus membranaceus has been reported to inhibit immune responses, but its effect on hair loss is not clear. In this study, the effect of A. membranaceus extract (AM) on hair regrowth in C57BL/6 mice with natural hair loss in the telogen phase was investigated. Methods: Mice with natural hair loss were topically treated with 1% AM on the dorsal skin for 2 weeks. Dorsal skin samples were stained with hematoxylin and eosin and probed with an anti-mouse CD8a IgG. The mRNA expression levels of tumor necrosis factor $(TNF)-{\alpha}$, interferon $(IFN)-{\gamma}$ and interleukin (IL)-4 were measured by reverse transcription polymerase chain reaction and quantitative real-time polymerase chain reaction. Results: AM treatment induced hair regrowth in hair loss mice, while control mice suffered continued hair loss. Tapering hair shafts and broken hair follicles were decreased as well as CD8+ T lymphocyte infiltration. In addition, the expressions of $TNF-{\alpha}$, $IFN-{\gamma}$ and IL-4 were reduced by AM treatment. Also, AM treatment significantly increased the KGF expressions in Hs68 fibroblast cells. Conclusion: These results suggest that topical application of A. membranaceus may be an alternative therapy for hair loss.