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Simple, Rapid and Sensitive Portable Molecular Diagnosis of SFTS Virus Using Reverse Transcriptional Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP)

  • Baek, Yun Hee;Cheon, Hyo-Soon;Park, Su-Jin;Lloren, Khristine Kaith S.;Ahn, Su Jeong;Jeong, Ju Hwan;Choi, Won-Suk;Yu, Min-Ah;Kwon, Hyeok-il;Kwon, Jin-Jung;Kim, Eun-Ha;Kim, Young-il;Antigua, Khristine Joy C.;Kim, Seok-Yong;Jeong, Hye Won;Choi, Young Ki;Song, Min-Suk
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제28권11호
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    • pp.1928-1936
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    • 2018
  • Recently, human infections caused by severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV), which can lead to fatality, have dramatically increased in East Asia. With the unavailability of vaccines or antiviral drugs to prevent and/or treat SFTSV infection, early rapid diagnosis is critical for prevention and control of the disease. Here, we report the development of a simple, rapid and sensitive portable detection method for SFTSV infection applying reverse transcription-loop mediated isothermal amplification (RT-LAMP) combined with one-pot colorimetric visualization and electro-free reaction platform. This method utilizes a pocket warmer to facilitate diagnosis in a resource-limited setting. Specific primers were designed to target the highly-conserved region of L gene of SFTSV. The detection limit of the RT-LAMP assay was approximately $10^0$ viral genome copies from three different SFTSV strains. This assay exhibited comparable sensitivity to qRT-PCR and 10-fold more sensitivity than conventional RT-PCR, with a rapid detection time of 30 to 60 minutes. The RT-LAMP assay using SFTSV clinical specimens has demonstrated a similar detection rate to qRT-PCR and a higher detection rate compared to conventional RT-PCR. Moreover, there was no observed cross-reactive amplification of other human infectious viruses including Japanese Encephalitis Virus (JEV), Dengue, Enterovirus, Zika, Influenza and Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV). This highly sensitive, electro- and equipment-free rapid colorimetric visualization method is feasible for resource-limited SFTSV field diagnosis.

무흡광색소 생물의 감광수용체 개발연구(V) - 표고버섯 중의 광감응성 Mitochondrial ATPase 및 ATP synthase에 대한 FAD 및 $FADH_2$의 효과 - (Studies on the Development of Photoreceptor in the Nonchromatophore Organisms (V) - Effects of FAD and $FADH_2$ on Light-Induced Mitochondrial ATPase and ATP Synthase in Lentinus edodes -)

  • 박상신;민태진
    • 한국균학회지
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    • 제17권3호
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    • pp.161-168
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    • 1989
  • 표고버섯(L. edodes) 중의 mitochondria는 설탕밀도단계기울기법에 따라 분리정제 하였다. 앞서 보고한 바와 같이, 각 파장별 빛조사(400-700nm)에 따른 mitochondrial ATPase와 ATP synthase의 활성도는 680nm와 470nm에서 각각 활성화되었다. 본 연구에서, 400nm 이하의 파장별 빛조사에 따른 mitochondrial ATPase 및 ATP synthase의 활성도는 380nm와 330nm에서 각각 활성화되었으며, 330nm 및 350에서 각각 억제되었다. FAD의 존재하에서, mitochondrial ATP synthase는 활성화 파장 및 억제 파장의 조사에 의하여 활성도가 각각 증가된 반면, mitochondrial ATPase의 활성도는 감소되었다. 그러나, NADH의 존재하에서, 이들 파장의 조사에 의한 효소의 활성도는 변화가 없었다. 또한, 두 효소는 각각의 활성화 파장 및 억제 파장이 조사됨에 따라 $FADH_2$를 FAD로 산화시키는 spectrum을 보였다. 이로써, 이 두 효소는 빛 조사에 의하여 생체내의 산화 환원반응의 산화제로 작용하였으며, 특히 mitochondrial ATP synthase의 활성화에 따른 광유발물질은 mitochondria 중에 존재하는 flavin 또는 flavoprotein으로 추정된다.

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CaCl2-CaF2-CaO 용융염에서 YSZ 세라믹의 고온 안정성에 미치는 성형공정의 영향 (Effect of Pressing Process on the High-Temperature Stability of Yttria-Stabilized Zirconia Ceramic Material in Molten Salt of CaCl2-CaF2-CaO)

  • 김완배;권숙철;조수행;이종현
    • 한국재료학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.176-183
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    • 2020
  • The high-temperature stability of YSZ specimens fabricated by die pressure and cold isostatic press (CIP) is investigated in CaCl2-CaF2-CaO molten salt at 1,150 ℃. The experimental results are as follows: green density 46.7 % and 50.9 %; sintering density 93.3 % and 99.3 % for die press and CIP, respectively. YSZ foremd by CIP exhibits higher stability than YSZ formed by die press due to denseness dependency after high-temperature stability test. YSZ shows peaks mainly attributed to CaZrO3, with a small t-ZrO2 peak, unlike the high-intensity tetragonal-ZrO2 (t-ZrO2) peak observed for the asreceived specimen. The t-ZrO2 phase of YSZ is likely stabilized by Y2O3, and the leaching of Y2O3 results in phase transformation from t-ZrO2 to m-ZrO2. CaZrO3 likely forms from the reaction between CaO and m-ZrO2. As the exposure time increases, more CaZrO3 is observed in the internal region of YSZ, which could be attributed to the inward diffusion of molten salt and outward diffusion of the stabilizer (Y2O3) through the pores. This results in greater susceptibility to phase transformation and CaZrO3 formation. To use SOM anodes for the electroreduction of various metals, YSZ stability must be improved by adjusting the high-density in the forming process.

유기용매 전해조를 이용한 리튬이차박막전지용 Sn 음극의 제조 (Preparation and Characterization of a Sn-Anode Fabricated by Organic-Electroplating for Rechargeable Thin-Film Batteries)

  • 김동훈;도칠훈;이정훈;이덕준;하경화;진봉수;김현수;문성인;황영기
    • 전기화학회지
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    • 제11권4호
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    • pp.284-288
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    • 2008
  • 박막 리튬이차전지의 고용량 음극을 개발하기 위하여, Sn(II) 아세테이트를 포함한 유기전해조 도금법을 이용하여 Sn 박막전극을 제조하였다. $Li^+$$Sn^{2+}$를 포함한 전해조에 대한 순환전위전류시험 결과 3종류의 환원 반응이 나타났으며, $2.0{\sim}2.5\;V$ 영역이 Ni 집전체 표면에 대한 Sn의 석출 반응에 해당한다. 수계전해액에 대한 $Sn^{2+}$의 표준환원전위는 2.91 V vs. $Li^+/Li^{\circ}$ 인데 반해 유기전해조에서는 보다 낮은 전위에서 환원반응이 일어났다. 이는 유기전해질의 고저항과 $Sn^{2+}$의 낮은 농도에 기인한 과전위의 결과로 생각된다. 제조한 전극의 물리적 특성 및 전기화학적 특성을 연구하였다. 석출한 Sn 전극을 $150^{\circ}C$로 열처리하여 보다 높은 결정성을 얻을 수 있었고, 이를 Sn/Li 전지로 구성하여 전기화학적 실험을 한 결과 0.25 V와 0.75 V에서 각각 합금화-탈합금화 과정을 확인 할 수 있었다. 제조한 전극의 두께를 전기량을 통하여 계산한 바 $7.35{\mu}m$였으며, 가역용량은 $400{\mu}Ah/cm^2$을 얻었다.

단순 열성 경련에서 interleukin-1β promoter 유전자의 다형성 (Polymorphisms of interleukin-1β promoter in simple febrile seizures)

  • 윤장원;천은정;이영혁
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제51권9호
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    • pp.1007-1011
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    • 2008
  • 목 적 : 열성 경련은 소아에서 가장 흔한 경련의 원인으로 우리나라의 경우 6-9%의 발생율을 보인다. 열성 경련의 원인으로 유전적인 소인이 중요한 것으로 생각되고 있지만 아직까지 열성경련과 관련된 정확한 유전자는 밝혀지지 않았다. $IL-1{\beta}$은 내인성 발열인자로서 열성 경련의 발병에 중요한 역할을 할 것으로 생각된다. 방 법 : 40명의 열성경련 환아(가족형 20명, 산발형 20명)와 33명의 대조군을 대상으로 하여 말초혈액에서 DNA를 추출했으며 PCR을 통해 분석하였다. $IL-1{\beta}$ gene의 -31, -511 promoter region에서 C/T biallelic polymorphism의 빈도를 대조군과 단순 열성경련 군(가족형과 산발형)으로 나누어 각각 비교해 보았다. 결 과 : 두 군간 다형성의 빈도는 통계학적으로 유의한 차이를 보이지 않았다. 결 론 : 통계학적 의의는 없으나 가족력이 있는 열성경련 군에서 CT/CT의 빈도가 상대적으로 높게(70.0%) 측정되어 많은 수의 환아를 대상으로 한 연구가 필요할 것으로 보인다.

면역조직 화학법 및 단백질체 변화 분석을 통한 한우에서 발생한 브루셀라증의 특성 (Characterization of Bovine Brucellosis in Korean Native Cattle by Means of Immunohistochemistry and Proteomics)

  • 장성준;도선희;기미란;홍일화;박진규;조유정;박상준;김태환;곽동미;정규식
    • 생명과학회지
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    • 제20권2호
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    • pp.153-160
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    • 2010
  • 면역조직 화학법 및 단백질체 변화 분석을 통한 한우에서 발생한 브루셀라증의 특성 본 연구는 브루셀라증 감염 소 혈청으로부터 분리한 항 브루셀라 면역글로블린 항체를 이용하여 조직 면역 염색을 통한 브루셀라증 진단의 활용 가능성을 조사하고 병의 발생과 관련한 기능적 진단 마커를 개발하고자 하였다. Rose-Bengal test에 대해 양성 반응을 나타내어 브루셀라증으로 진단된 17개의 케이스와 음성 반응을 나타낸 19개의 대조군 케이스에 대해 조사를 실시하였다. 본 실험실에서 분리한 항 브루셀라 항체를 이용한 면역조직화학적 반응에서 간의 중심 소엽에 위치한 간세포의 세포질, 신장의 사구체 및 관 상피에서 강한 양성 반응을 나타내었다. 감염된 소의 간과 비감염 대조군의 간의 2차원 전기 영동법에 의한 단백질체를 비교 분석한 결과, 발현량이 대조군에 비해 유의적으로 증가한 5개의 단백질 스팟과 반대로 대조군에 비해 발현량이 현저히 감소한 5개의 단백질 스팟을 선별 하였다. 이 중 카탈라아제와 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase의 발현 증가는 브루셀라증에 의한 장독 쇼크에 의한 산화적 스트레스 증가에 대한 방어적 반응으로 사료 되었다. 결론적으로, 항 브루셀라 면역글로불린 항체는 감염 조직의 감별 진단을 위한 좋은 진단 재료 임과, 더 나아가 단백질체학 분석을 통해 브루셀라증 진단 및 병리 연구를 위한 새로운 마커 단백질을 제시하였다.

Molecular epidemiological analysis of viscerotropic velogenic Newcastle disease viruses

  • Lee, Youn-Jeong
    • 한국가금학회:학술대회논문집
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    • 한국가금학회 2005년도 제22차 정기총회 및 학술발표회
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    • pp.44-52
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    • 2005
  • 내장친화성 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주의 분자역학적 분석 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주의 유전자 염기서열과 아미노산 염기서열을 분석한 후 미국, 유럽, 일본, 대만과 중국 등지에서 보고된 뉴캣슬병 바이러스의 유전자와 비교분석을 실시하였다. 1949, 1982-1984, 1988-1997, 1995-2002년도에 분리된 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주 들은 각각 유전자형 III, V, VI, VII형에 속하는 것으로 나타났다. 이와 같은 결과는 다섯번의 한국 뉴캣슬병 유행기에 분리된 바이러스의 유전자형이 시대순으로 차례대로 III, V, VI, VII형으로 교체되어 왔음을 의미한다. 계통발생학적 분석 결과, 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주중 V유전자형에 속하는 바이러스는 1970년대의 유럽 유행주와 관련성이 있는 반면, 1988년 이후 분리된 VI과 VII 유전자형의 바이러스는 일본, 대만, 중국과 같은 극동아시아의 뉴캣슬병 발생과 관련성이 높은 것으로 나타났다. 따라서 최근에는 극동아시아 유래의 VI과 VII유전자형이 한국분리주의 주류를 이루고 있으며, 이는 극동아시아 국가들간의 축산물과 사람의 교역 및 교류의 증가 때문인 것으로 보인다.

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과학영재학교 학생들이 알러지 관련 SNP 탐색고 분석 (Investigation and Analysis of Allergy-related SNPs for Allergy Affected Students in a high school.)

  • 김경원;이호경;김현근;김수영;안정훈
    • 생명과학회지
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    • 제14권5호
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    • pp.847-854
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    • 2004
  • 알러지는 복합적인 유전적, 환경적 요인에 의해 발병하는 질환이다. 선진국에서 알러지 질환의 수가 증가함에 따라 알러지에 대한 관심이 증가하고 있으며 이에 대한 유전적인 원인에 대한 관심도 증가하고 있다. 알러지에는 천식, 아토피, 비염을 포함한 알러지에 관련된 유전자와 염색체 부위가 밝혀지고 있다. 하지만 이들에 대한 평가 및 확인이 제대로 진행되지 않는 상황이다. 본 연구팀은 알러지를 일으키는 유전적인 요인을 찾고자 하였다. 과학영재학교 138명을 대상으로 하였고 이들 중 약 30%가 천식, 아토피, 비염과 같은 알러지 질환을 앓고 있었다. 본 연구팀은 지금까지 보고된 연구 결과들을 토대로 알러지에 관련된 유전자를 찾았으며 그중 알러지를 일으키는데 관여하는 IL-4와 IL-4Ra를 후보 유전자로 선정하였다. 지금까지 발표된 보고들은 SNP의 발견과 그리고 하나 혹은 두개의 SNP에 초점을 맞추어 발표한 반면, 본 연구팀은 알러지와 관련하여 발표된 IL-4와 IL-4Ra의 SNP를 종합적으로 분석하고자 하였다 과학영재학교 학생들 96명을 머리카락 샘플을 확보하고 이 것으로 9개 의 SNP를 선정 하여 염기서열 분석 및 MALDI-TOF을 이용한 유전자 분석을 진행하였다. 각각의 SNP에 대해 알러지를 가지고 있는 그룹과 정상 그룹간의 약간의 차이들은 있었지만 이것이 알러지를 가지고 있는 사람과 정상인과의 구분을 시켜줄 수 있을 정도는 아니었다. 이러한 결과는 현재 한국에서 널리 행하여지고 있는 유전자 검사에 대한 재고가 필요함을 시사한다.

Molecular characterization and docking dynamics simulation prediction of cytosolic OASTL switch cysteine and mimosine expression in Leucaena leucocephala

  • Harun-Ur-Rashid, Md.;Masakazu, Fukuta;Amzad Hossain, Md.;Oku, Hirosuke;Iwasaki, Hironori;Oogai, Shigeki;Anai, Toyoaki
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.36-36
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    • 2017
  • Out of twenty common protein amino acids, there are many kinds of non protein amino acids (NPAAs) that exist as secondary metabolites and exert ecological functions in plants. Mimosine (Mim), one of those NPAAs derived from L. leucocephala acts as an iron chelator and reversely block mammalian cell cycle at G1/S phases. Cysteine (Cys) is decisive for protein and glutathione that acts as an indispensable sulfur grantor for methionine and many other sulfur-containing secondary products. Cys biosynthesis includes consecutive two steps using two enzymes-serine acetyl transferase (SAT) and O-acetylserine (thiol)lyase (OASTL) and appeared in plant cytosol, chloroplast, and mitochondria. In the first step, the acetylation of the ${\beta}$-hydroxyl of L-serine by acetyl-CoA in the existence of SAT and finally, OASTL triggers ${\alpha}$, ${\beta}$-elimination of acetate from OAS and bind $H_2S$ to catalyze the synthesis of Cys. Mimosine synthase, one of the isozymes of the OASTLs, is able to synthesize Mim with 3-hydroxy-4-pyridone (3H4P) instead of $H_2S$ for Cys in the last step. Thus, the aim of this study was to clone and characterize the cytosolic (Cy) OASTL gene from L. leucocephala, express the recombinant OASTL in Escherichia coli, purify it, do enzyme kinetic analysis, perform docking dynamics simulation analysis between the receptor and the ligands and compare its performance between Cys and Mim synthesis. Cy-OASTL was obtained through both directional degenerate primers corresponding to conserved amino acid region among plant Cys synthase family and the purified protein was 34.3KDa. After cleaving the GST-tag, Cy-OASTL was observed to form mimosine with 3H4P and OAS. The optimum Cys and Mim reaction pH and temperature were 7.5 and $40^{\circ}C$, and 8.0 and $35^{\circ}C$ respectively. Michaelis constant (Km) values of OAS from Cys were higher than the OAS from Mim. Inter fragment interaction energy (IFIE) of substrate OAS-Cy-OASTL complex model showed that Lys, Thr81, Thr77 and Gln150 demonstrated higher attraction force for Cys but 3H4P-mimosine synthase-OAS intermediate complex showed that Gly230, Tyr227, Ala231, Gly228 and Gly232 might provide higher attraction energy for the Mim. It may be concluded that Cy-OASTL demonstrates a dual role in biosynthesis both Cys and Mim and extending the knowledge on the biochemical regulatory mechanism of mimosine and cysteine.

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조직학과 효소활성 방법을 이용한 순 타이타늄과 타이타늄 합금의 상대적인 생체적합성 평가 (Relative Evaluation for Biocompatibility of Pure Titanium and Titanium Alloys using Histological and Enzymatic Methods)

  • 염동성;김병일;이유미;이은정;이성태;성치남;서권일;조현욱
    • Toxicological Research
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    • 제23권4호
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    • pp.331-339
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    • 2007
  • Titanium or titanium alloy is a widely used implant material according to its certified biocompatibility, sufficient strength and ready availability. The purpose of this study was to evaluate the relative biocompatibility of titanium and titanium alloy specimens (Ti-29Nb-13Ta, TiNb and Ti-6Al-4V, Ti64) using in vivo and in vitro methods. For in vivo experiment, the specimens were implanted in the abdominal subcutaneous region of female mice for 2 and 4 weeks. The reaction of connective tissue to specimens was evaluated histologically. The specimens were encapsulated by fibrous connective tissue consisting of fibroblast, fibrocyte and other cells including neutrophil, macrophage, giant multinucleated cell and unidentified cells. Some newly formed blood vessels were located in the fibrous capsule surrounding the implant. Cell types and the thickness of fibrous capsules were examined quantitatively. Most of cell types located in the fibrous capsule were fibroblasts and fibrocytes. The average thickness of fibrous capsules for the TiNb specimens was much thinner than that of the titanium alloy, Ti64. The thickness of the fibrous capsule around all titanium specimens decreased at 4 weeks compared to 2 weeks post-implantation. The biocompatibility of titanium and titanium alloy specimens were also investigated in in vitro method using alkaline phosphatase from MG-63 cells. Alkaline phosphatase activity of the TiNb specimen showed higher activity than the titanium alloy, Ti64. In conclusion, the TiNb alloy with thin capsule thickness in vivo and high alkaline phosphatase activity in vitro will be of considerable use in biomedical applications.